Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0147
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0147, 1630 aa
1>>>pF1KSDA0147 1630 - 1630 aa - 1630 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.3758+/-0.000446; mu= -6.5517+/- 0.028
mean_var=506.9512+/-103.134, 0's: 0 Z-trim(123.7): 324 B-trim: 96 in 1/61
Lambda= 0.056963
statistics sampled from 43705 (44068) to 43705 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.517), width: 16
Scan time: 14.420
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056171 (OMIM: 607733) protein scribble homolog (1630) 10803 903.9 0
NP_874365 (OMIM: 607733) protein scribble homolog (1655) 10383 869.4 0
NP_060684 (OMIM: 608195) leucine-rich repeat-conta ( 524) 2108 188.9 1e-46
XP_011513028 (OMIM: 608195) PREDICTED: leucine-ric ( 524) 2108 188.9 1e-46
XP_016866486 (OMIM: 608195) PREDICTED: leucine-ric ( 331) 1600 147.0 2.7e-34
XP_011513029 (OMIM: 608195) PREDICTED: leucine-ric ( 465) 1557 143.6 3.9e-33
XP_006714723 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1246) 1327 125.1 3.8e-27
NP_001006600 (OMIM: 606944) erbin isoform 7 [Homo (1302) 1327 125.1 4e-27
NP_001240627 (OMIM: 606944) erbin isoform 4 [Homo (1346) 1327 125.1 4.1e-27
NP_061165 (OMIM: 606944) erbin isoform 2 [Homo sap (1371) 1327 125.1 4.1e-27
NP_001240626 (OMIM: 606944) erbin isoform 1 [Homo (1412) 1327 125.1 4.2e-27
NP_001240628 (OMIM: 606944) erbin isoform 8 [Homo (1419) 1327 125.1 4.2e-27
XP_016865124 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1460) 1327 125.1 4.3e-27
XP_005248611 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1460) 1327 125.1 4.3e-27
XP_016865126 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1298) 1322 124.7 5.3e-27
NP_001240630 (OMIM: 606944) erbin isoform 9 [Homo (1367) 1322 124.7 5.5e-27
XP_016865125 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1415) 1322 124.7 5.6e-27
XP_005248612 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1456) 1322 124.7 5.7e-27
XP_016857384 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1255) 1303 123.1 1.5e-26
XP_016857383 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1438) 1303 123.2 1.7e-26
XP_016857382 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1472) 1303 123.2 1.7e-26
XP_016857381 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1490) 1303 123.2 1.7e-26
NP_001317564 (OMIM: 614453) leucine-rich repeat-co (1495) 1303 123.2 1.7e-26
XP_016857379 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1528) 1303 123.2 1.7e-26
NP_065845 (OMIM: 614453) leucine-rich repeat-conta (1537) 1303 123.2 1.8e-26
XP_016857378 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1537) 1303 123.2 1.8e-26
XP_016857377 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1541) 1303 123.2 1.8e-26
XP_016857376 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1547) 1303 123.2 1.8e-26
XP_016857375 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1594) 1303 123.2 1.8e-26
XP_016857374 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1594) 1303 123.2 1.8e-26
NP_001255968 (OMIM: 602775,607721) leucine-rich re ( 536) 559 61.6 2.1e-08
XP_016872192 (OMIM: 602775,607721) PREDICTED: leuc ( 582) 516 58.1 2.6e-07
NP_001311265 (OMIM: 602775,607721) leucine-rich re ( 582) 516 58.1 2.6e-07
XP_016872193 (OMIM: 602775,607721) PREDICTED: leuc ( 582) 516 58.1 2.6e-07
NP_001311266 (OMIM: 602775,607721) leucine-rich re ( 582) 516 58.1 2.6e-07
NP_031399 (OMIM: 602775,607721) leucine-rich repea ( 582) 516 58.1 2.6e-07
XP_016872191 (OMIM: 602775,607721) PREDICTED: leuc ( 582) 516 58.1 2.6e-07
XP_011542154 (OMIM: 605352) PREDICTED: malignant f (1003) 483 55.6 2.5e-06
NP_004216 (OMIM: 605352) malignant fibrous histioc (1052) 483 55.6 2.6e-06
XP_016872767 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 839) 443 52.3 2.2e-05
XP_016872764 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 857) 443 52.3 2.2e-05
XP_016872762 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 871) 443 52.3 2.2e-05
XP_016872772 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 810) 442 52.2 2.2e-05
XP_016872755 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 891) 443 52.3 2.2e-05
NP_001193698 (OMIM: 603583) disks large homolog 2 ( 909) 443 52.3 2.3e-05
XP_016872766 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 842) 442 52.2 2.3e-05
XP_016872751 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 923) 443 52.3 2.3e-05
NP_001136172 (OMIM: 603583) disks large homolog 2 ( 749) 440 52.0 2.4e-05
XP_011543090 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 767) 440 52.0 2.4e-05
XP_016872774 (OMIM: 603583) PREDICTED: disks large ( 796) 440 52.0 2.5e-05
>>NP_056171 (OMIM: 607733) protein scribble homolog isof (1630 aa)
initn: 10803 init1: 10803 opt: 10803 Z-score: 4815.4 bits: 903.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 10803; 99.9% identity (99.9% similar) in 1630 aa overlap (1-1630:1-1630)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PLSLEDAGQQGSLSETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGDEDAEEAAAEKRGLQRRATPHPSE
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PPSLEDAGQQGSLSETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGDEDAEEAAAEKRGLQRRATPHPSE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAESGLSEDSRPSASTVSEAEPEGPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAESGLSEDSRPSASTVSEAEPEGPS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AEAQGGSQQEATTAGGEEDAEEDYQEPTVHFAEDALLPGDDREIEEGQPEAPWTLPGGRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 AEAQGGSQQEATTAGGEEDAEEDYQEPTVHFAEDALLPGDDREIEEGQPEAPWTLPGGRQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RLIRKDTPHYKKHFKISKLPQPEAVVALLQGMQPDGEGPVAPGGWHNGPHAPWAPRAQKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RLIRKDTPHYKKHFKISKLPQPEAVVALLQGMQPDGEGPVAPGGWHNGPHAPWAPRAQKE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD EEEEEEGSPQEEEEEEEEENRAEEEEASTEEEDKEGAVVSAPSVKGVSFDQANNLLIEPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EEEEEEGSPQEEEEEEEEENRAEEEEASTEEEDKEGAVVSAPSVKGVSFDQANNLLIEPA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD RIEEEELTLTILRQTGGLGISIAGGKGSTPYKGDDEGIFISRVSEEGPAARAGVRVGDKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RIEEEELTLTILRQTGGLGISIAGGKGSTPYKGDDEGIFISRVSEEGPAARAGVRVGDKL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LEVNGVALQGAEHHEAVEALRGAGTAVQMRVWRERMVEPENAVTITPLRPEDDYSPRERR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LEVNGVALQGAEHHEAVEALRGAGTAVQMRVWRERMVEPENAVTITPLRPEDDYSPRERR
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GGGLRLPLLPPESPGPLRQRHVACLARSERGLGFSIAGGKGSTPYRAGDAGIFVSRIAEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GGGLRLPLLPPESPGPLRQRHVACLARSERGLGFSIAGGKGSTPYRAGDAGIFVSRIAEG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD GAAHRAGTLQVGDRVLSINGVDVTEARHDHAVSLLTAASPTIALLLEREAGGPLPPSPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GAAHRAGTLQVGDRVLSINGVDVTEARHDHAVSLLTAASPTIALLLEREAGGPLPPSPLP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD HSSPPTAAVATTSITTATPGVPGLPSLAPSLLAAALEGPYPVEEIRLPRAGGPLGLSIVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HSSPPTAAVATTSITTATPGVPGLPSLAPSLLAAALEGPYPVEEIRLPRAGGPLGLSIVG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD GSDHSSHPFGVQEPGVFISKVLPRGLAARSGLRVGDRILAVNGQDVRDATHQEAVSALLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GSDHSSHPFGVQEPGVFISKVLPRGLAARSGLRVGDRILAVNGQDVRDATHQEAVSALLR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD PCLELSLLVRRDPAPPGLRELCIQKAPGERLGISIRGGARGHAGNPRDPTDEGIFISKVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PCLELSLLVRRDPAPPGLRELCIQKAPGERLGISIRGGARGHAGNPRDPTDEGIFISKVS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD PTGAAGRDGRLRVGLRLLEVNQQSLLGLTHGEAVQLLRSVGDTLTVLVCDGFEASTDAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PTGAAGRDGRLRVGLRLLEVNQQSLLGLTHGEAVQLLRSVGDTLTVLVCDGFEASTDAAL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD EVSPGVIANPFAAGIGHRNSLESISSIDRELSPEGPGKEKELPGQTLHWGPEATEAAGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EVSPGVIANPFAAGIGHRNSLESISSIDRELSPEGPGKEKELPGQTLHWGPEATEAAGRG
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD LQPLKLDYRALAAVPSAGSVQRVPSGAAGGKMAESPCSPSGQQPPSPPSPDELPANVKQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LQPLKLDYRALAAVPSAGSVQRVPSGAAGGKMAESPCSPSGQQPPSPPSPDELPANVKQA
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD YRAFAAVPTSHPPEDAPAQPPTPGPAASPEQLSFRERQKYFELEVRVPQAEGPPKRVSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 YRAFAAVPTSHPPEDAPAQPPTPGPAASPEQLSFRERQKYFELEVRVPQAEGPPKRVSLV
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD GADDLRKMQEEEARKLQQKRAQMLREAAEAGAEARLALDGETLGEEEQEDEQPPWASPSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GADDLRKMQEEEARKLQQKRAQMLREAAEAGAEARLALDGETLGEEEQEDEQPPWASPSP
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD TSRQSPASPPPLGGGAPVRTAKAERRHQERLRVQSPEPPAPERALSPAELRALEAEKRAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TSRQSPASPPPLGGGAPVRTAKAERRHQERLRVQSPEPPAPERALSPAELRALEAEKRAL
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD WRAARMKSLEQDALRAQMVLSRSQEGRGTRGPLERLAEAPSPAPTPSPTPVEDLGPQTST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 WRAARMKSLEQDALRAQMVLSRSQEGRGTRGPLERLAEAPSPAPTPSPTPVEDLGPQTST
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KSD SPGRLSPDFAEELRSLEPSPSPGPQEEDGEVALVLLGRPSPGAVGPEDVALCSSRRPVRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SPGRLSPDFAEELRSLEPSPSPGPQEEDGEVALVLLGRPSPGAVGPEDVALCSSRRPVRP
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630
pF1KSD GRRGLGPVPS
::::::::::
NP_056 GRRGLGPVPS
1630
>>NP_874365 (OMIM: 607733) protein scribble homolog isof (1655 aa)
initn: 10789 init1: 10351 opt: 10383 Z-score: 4628.8 bits: 869.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 10743; 98.4% identity (98.4% similar) in 1655 aa overlap (1-1630:1-1655)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 HVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PLSLEDAGQQGSLSETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGDEDAEEAAAEKRGLQRRATPHPSE
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 PPSLEDAGQQGSLSETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGDEDAEEAAAEKRGLQRRATPHPSE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAESGLSEDSRPSASTVSEAEPEGPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAESGLSEDSRPSASTVSEAEPEGPS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AEAQGGSQQEATTAGGEEDAEEDYQEPTVHFAEDALLPGDDREIEEGQPEAPWTLPGGRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 AEAQGGSQQEATTAGGEEDAEEDYQEPTVHFAEDALLPGDDREIEEGQPEAPWTLPGGRQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RLIRKDTPHYKKHFKISKLPQPEAVVALLQGMQPDGEGPVAPGGWHNGPHAPWAPRAQKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 RLIRKDTPHYKKHFKISKLPQPEAVVALLQGMQPDGEGPVAPGGWHNGPHAPWAPRAQKE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD EEEEEEGSPQEEEEEEEEENRAEEEEASTEEEDKEGAVVSAPSVKGVSFDQANNLLIEPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 EEEEEEGSPQEEEEEEEEENRAEEEEASTEEEDKEGAVVSAPSVKGVSFDQANNLLIEPA
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pF1KSD RIEEEELTLTILRQTGGLGISIAGGKGSTPYKGDDEGIFISRVSEEGPAARAGVRVGDKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 RIEEEELTLTILRQTGGLGISIAGGKGSTPYKGDDEGIFISRVSEEGPAARAGVRVGDKL
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pF1KSD LEVNGVALQGAEHHEAVEALRGAGTAVQMRVWRERMVEPENAVTITPLRPEDDYSPRERR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LEVNGVALQGAEHHEAVEALRGAGTAVQMRVWRERMVEPENAVTITPLRPEDDYSPRERR
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pF1KSD GGGLRLPLLPPESPGPLRQRHVACLARSERGLGFSIAGGKGSTPYRAGDAGIFVSRIAEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 GGGLRLPLLPPESPGPLRQRHVACLARSERGLGFSIAGGKGSTPYRAGDAGIFVSRIAEG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 GAAHRAGTLQVGDRVLSINGVDVTEARHDHAVSLLTAASPTIALLLEREAGGPLPPSPLP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 HSSPPTAAVATTSITTATPGVPGLPSLAPSLLAAALEGPYPVEEIRLPRAGGPLGLSIVG
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pF1KSD GSDHSSHPFGVQEPGVFISKVLPRGLAARSGLRVGDRILAVNGQDVRDATHQEAVSALLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 GSDHSSHPFGVQEPGVFISKVLPRGLAARSGLRVGDRILAVNGQDVRDATHQEAVSALLR
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pF1KSD PCLELSLLVRRDPAPPGLRELCIQKAPGERLGISIRGGARGHAGNPRDPTDEGIFISKVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 PCLELSLLVRRDPAPPGLRELCIQKAPGERLGISIRGGARGHAGNPRDPTDEGIFISKVS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KSD PTGAAGRDGRLRVGLRLLEVNQQSLLGLTHGEAVQLLRSVGDTLTVLVCDGFEASTDAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 PTGAAGRDGRLRVGLRLLEVNQQSLLGLTHGEAVQLLRSVGDTLTVLVCDGFEASTDAAL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD EVSPGVIANPFAAGIGHRNSLESISSIDRELSPEGPGKEKELPGQTLHWGPEATEAAGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 EVSPGVIANPFAAGIGHRNSLESISSIDRELSPEGPGKEKELPGQTLHWGPEATEAAGRG
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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pF1KSD LQPLKLDYRALAAVPSAGSVQRVPSGAAGGKMAESPCSPSGQQPPSPPSPDELPANVKQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LQPLKLDYRALAAVPSAGSVQRVPSGAAGGKMAESPCSPSGQQPPSPPSPDELPANVKQA
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD YRAFAAVPTSHPPEDAPAQPPTPGPAASPEQLSFRERQKYFELEVRVPQAEGPPKRVSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 YRAFAAVPTSHPPEDAPAQPPTPGPAASPEQLSFRERQKYFELEVRVPQAEGPPKRVSLV
1330 1340 1350 1360 1370 1380
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pF1KSD GADDLRKMQEEEARKLQQKRAQMLREAAEAGAEARLALDGETLGEEEQEDEQPPWASPSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 GADDLRKMQEEEARKLQQKRAQMLREAAEAGAEARLALDGETLGEEEQEDEQPPWASPSP
1390 1400 1410 1420 1430 1440
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pF1KSD TSRQSPASPPPLGGGAPVRTAKAERRHQERLRVQSPEPPAPERALSPAELRALEAEKRAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 TSRQSPASPPPLGGGAPVRTAKAERRHQERLRVQSPEPPAPERALSPAELRALEAEKRAL
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD WRAARMKSLEQDALRAQMVLSRSQEGRGTRGPLERLAEAPSPAPTPSPTPVEDLGPQTST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 WRAARMKSLEQDALRAQMVLSRSQEGRGTRGPLERLAEAPSPAPTPSPTPVEDLGPQTST
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590
pF1KSD SPGRL-------------------------SPDFAEELRSLEPSPSPGPQEEDGEVALVL
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 SPGRLPLSGKKFDYRAFAALPSSRPVYDIQSPDFAEELRSLEPSPSPGPQEEDGEVALVL
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1600 1610 1620 1630
pF1KSD LGRPSPGAVGPEDVALCSSRRPVRPGRRGLGPVPS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LGRPSPGAVGPEDVALCSSRRPVRPGRRGLGPVPS
1630 1640 1650
>>NP_060684 (OMIM: 608195) leucine-rich repeat-containin (524 aa)
initn: 2516 init1: 1993 opt: 2108 Z-score: 959.9 bits: 188.9 E(85289): 1e-46
Smith-Waterman score: 2145; 64.5% identity (85.3% similar) in 504 aa overlap (1-494:1-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
:..:::::::::::::.::::::: ::::::::.:::::::::::::::::. ::.:..
NP_060 MFHCIPLWRCNRHVESIDKRHCSLVYVPEEIYRYARSLEELLLDANQLRELPEQFFQLVK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
:::::::::::::::::.::::::::::::::.::::::::.:::::..::::::::.::
NP_060 LRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCKALQVADFSGNPLTRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
:..: .:..:. :..::.:::.:: ..::: ::..:::::::: :: ::. : .::.::
NP_060 PESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLPDSLTQLRRLEELD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
::.:.. ::...::: .:..:::: :::: :: :.:::. :.::::::::::.:: :..
NP_060 LGNNEIYNLPESIGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVSENRLERLPEEIS
190 200 210 220 230 240
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pF1KSD GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
::. ::::..:::::. .:::::.::.::::::::::: .. ::.:.::.:.::.::::
NP_060 GLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAVGECESLTELVLTENQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
:..::.:.::: ::.:::.:::.: .:: ::::: .:.:. .:::::. .: :....:::
NP_060 LLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEIGGCCSLTVFCVRDNRLTRIPAEVSQATEL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQP
:::::::::: ::..:: :.::::::..::.::.: :::. : ::::.::: :::: :
NP_060 HVLDVAGNRLLHLPLSLTALKLKALWLSDNQSQPLLTFQTDTDYTTGEKILTCVLLPQLP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KSD --PLSLEDAGQQGSL--------SETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGDEDAEEAAAEKRGL
: :. . :.: .:.:.. .:::.:.:.: :: :: : : :
NP_060 SEPTCQENLPRCGALENLVNDVSDEAWNERAVNRVSAIRFVE----DEKDEEDN-ETRTL
430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD QRRATPHPSELKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAESGLSEDSRPSAST
:::::::.::: ::...:. :..
NP_060 LRRATPHPGELKHMKKTVENLRNDMNAAKGLDSNKNEVNHAIDRVTTSV
480 490 500 510 520
>>XP_011513028 (OMIM: 608195) PREDICTED: leucine-rich re (524 aa)
initn: 2516 init1: 1993 opt: 2108 Z-score: 959.9 bits: 188.9 E(85289): 1e-46
Smith-Waterman score: 2145; 64.5% identity (85.3% similar) in 504 aa overlap (1-494:1-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
:..:::::::::::::.::::::: ::::::::.:::::::::::::::::. ::.:..
XP_011 MFHCIPLWRCNRHVESIDKRHCSLVYVPEEIYRYARSLEELLLDANQLRELPEQFFQLVK
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
:::::::::::::::::.::::::::::::::.::::::::.:::::..::::::::.::
XP_011 LRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCKALQVADFSGNPLTRL
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
:..: .:..:. :..::.:::.:: ..::: ::..:::::::: :: ::. : .::.::
XP_011 PESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLPDSLTQLRRLEELD
130 140 150 160 170 180
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pF1KSD LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
::.:.. ::...::: .:..:::: :::: :: :.:::. :.::::::::::.:: :..
XP_011 LGNNEIYNLPESIGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVSENRLERLPEEIS
190 200 210 220 230 240
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pF1KSD GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
::. ::::..:::::. .:::::.::.::::::::::: .. ::.:.::.:.::.::::
XP_011 GLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAVGECESLTELVLTENQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
:..::.:.::: ::.:::.:::.: .:: ::::: .:.:. .:::::. .: :....:::
XP_011 LLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEIGGCCSLTVFCVRDNRLTRIPAEVSQATEL
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD HVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQP
:::::::::: ::..:: :.::::::..::.::.: :::. : ::::.::: :::: :
XP_011 HVLDVAGNRLLHLPLSLTALKLKALWLSDNQSQPLLTFQTDTDYTTGEKILTCVLLPQLP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KSD --PLSLEDAGQQGSL--------SETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGDEDAEEAAAEKRGL
: :. . :.: .:.:.. .:::.:.:.: :: :: : : :
XP_011 SEPTCQENLPRCGALENLVNDVSDEAWNERAVNRVSAIRFVE----DEKDEEDN-ETRTL
430 440 450 460 470
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pF1KSD QRRATPHPSELKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAESGLSEDSRPSAST
:::::::.::: ::...:. :..
XP_011 LRRATPHPGELKHMKKTVENLRNDMNAAKGLDSNKNEVNHAIDRVTTSV
480 490 500 510 520
>>XP_016866486 (OMIM: 608195) PREDICTED: leucine-rich re (331 aa)
initn: 1983 init1: 1592 opt: 1600 Z-score: 736.8 bits: 147.0 E(85289): 2.7e-34
Smith-Waterman score: 1600; 70.9% identity (91.5% similar) in 330 aa overlap (1-330:1-330)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
:..:::::::::::::.::::::: ::::::::.:::::::::::::::::. ::.:..
XP_016 MFHCIPLWRCNRHVESIDKRHCSLVYVPEEIYRYARSLEELLLDANQLRELPEQFFQLVK
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
:::::::::::::::::.::::::::::::::.::::::::.:::::..::::::::.::
XP_016 LRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCKALQVADFSGNPLTRL
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
:..: .:..:. :..::.:::.:: ..::: ::..:::::::: :: ::. : .::.::
XP_016 PESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLPDSLTQLRRLEELD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
::.:.. ::...::: .:..:::: :::: :: :.:::. :.::::::::::.:: :..
XP_016 LGNNEIYNLPESIGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVSENRLERLPEEIS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
::. ::::..:::::. .:::::.::.::::::::::: .. ::.:.::.:.::.::::
XP_016 GLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAVGECESLTELVLTENQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
:..::.:.::: ::.:::.:::.: .:: :
XP_016 LLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEQ
310 320 330
>>XP_011513029 (OMIM: 608195) PREDICTED: leucine-rich re (465 aa)
initn: 1924 init1: 1444 opt: 1557 Z-score: 715.8 bits: 143.6 E(85289): 3.9e-33
Smith-Waterman score: 1594; 58.1% identity (82.0% similar) in 427 aa overlap (78-494:24-440)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD LRELPKPFFRLLNLRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKAL
..::..: . ..::::::::.:::::
XP_011 MSHLYSTSGHKVFMGGEEKGELHLGNFYELCQ-----QEIPEIPESISFCKAL
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KSD EIADFSGNPLSRLPDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLP
..::::::::.:::..: .:..:. :..::.:::.:: ..::: ::..:::::::: ::
XP_011 QVADFSGNPLTRLPESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLP
50 60 70 80 90 100
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pF1KSD ASLSFLVKLEQLDLGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDV
::. : .::.::::.:.. ::...::: .:..:::: :::: :: :.:::. :.::::
XP_011 DSLTQLRRLEELDLGNNEIYNLPESIGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDV
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270 280
pF1KSD SENRLEELPAELGGLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGD
::::::.:: :..::. ::::..:::::. .:::::.::.::::::::::: .. ::.:.
XP_011 SENRLERLPEEISGLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAVGE
170 180 190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KSD CENLSELILTENLLMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRL
::.:.::.:::: :..::.:.::: ::.:::.:::.: .:: ::::: .:.:. .:::::
XP_011 CESLTELVLTENQLLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEIGGCCSLTVFCVRDNRL
230 240 250 260 270 280
350 360 370 380 390 400
pF1KSD AVLPPELAHTTELHVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTG
. .: :....::::::::::::: ::..:: :.::::::..::.::.: :::. : ::
XP_011 TRIPAEVSQATELHVLDVAGNRLLHLPLSLTALKLKALWLSDNQSQPLLTFQTDTDYTTG
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450
pF1KSD EKVLTCYLLPQQP--PLSLEDAGQQGSL--------SETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGD
::.::: :::: : : :. . :.: .:.:.. .:::.:.:.: :
XP_011 EKILTCVLLPQLPSEPTCQENLPRCGALENLVNDVSDEAWNERAVNRVSAIRFVE----D
350 360 370 380 390 400
460 470 480 490 500 510
pF1KSD EDAEEAAAEKRGLQRRATPHPSELKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAE
: :: : : : :::::::.::: ::...:. :..
XP_011 EKDEEDN-ETRTLLRRATPHPGELKHMKKTVENLRNDMNAAKGLDSNKNEVNHAIDRVTT
410 420 430 440 450 460
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]