Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0193
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0193, 414 aa
1>>>pF1KSDA0193 414 - 414 aa - 414 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6863+/-0.000863; mu= 15.0012+/- 0.052
mean_var=71.7707+/-13.925, 0's: 0 Z-trim(106.7): 16 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.151391
statistics sampled from 9114 (9122) to 9114 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16
Scan time: 2.160
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5422.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 414) 2809 622.8 1.8e-178
CCDS47567.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 434) 2809 622.8 1.9e-178
CCDS47568.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 346) 2347 521.9 3.7e-148
CCDS11519.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 ( 425) 1463 328.8 5.9e-90
CCDS2258.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 ( 424) 1417 318.8 6.2e-87
CCDS45723.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 ( 378) 1387 312.2 5.3e-85
CCDS54420.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 ( 417) 1356 305.5 6.3e-83
>>CCDS5422.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 (414 aa)
initn: 2809 init1: 2809 opt: 2809 Z-score: 3317.5 bits: 622.8 E(32554): 1.8e-178
Smith-Waterman score: 2809; 100.0% identity (100.0% similar) in 414 aa overlap (1-414:1-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECTYISID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECTYISID
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KSD DQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIKFFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIKFFK
370 380 390 400 410
>>CCDS47567.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 (434 aa)
initn: 2809 init1: 2809 opt: 2809 Z-score: 3317.2 bits: 622.8 E(32554): 1.9e-178
Smith-Waterman score: 2809; 100.0% identity (100.0% similar) in 414 aa overlap (1-414:21-434)
10 20 30 40
pF1KSD MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MVQDGTFKTRDSTWTCESTRMAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD FSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREP
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD AAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEF
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KSD NFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVS
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD VLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEK
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KSD PDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGD
370 380 390 400 410 420
410
pF1KSD LFYDCVDTEIKFFK
::::::::::::::
CCDS47 LFYDCVDTEIKFFK
430
>>CCDS47568.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 (346 aa)
initn: 2347 init1: 2347 opt: 2347 Z-score: 2773.4 bits: 521.9 E(32554): 3.7e-148
Smith-Waterman score: 2347; 100.0% identity (100.0% similar) in 346 aa overlap (69-414:1-346)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD VYFSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTR
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTR
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KSD EPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYL
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KSD IVDRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IVDRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEG
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KSD EFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASG
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQ
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KSD EKPDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EKPDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEV
280 290 300 310 320 330
400 410
pF1KSD GDLFYDCVDTEIKFFK
::::::::::::::::
CCDS47 GDLFYDCVDTEIKFFK
340
>>CCDS11519.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 (425 aa)
initn: 1155 init1: 619 opt: 1463 Z-score: 1728.5 bits: 328.8 E(32554): 5.9e-90
Smith-Waterman score: 1463; 51.7% identity (78.2% similar) in 422 aa overlap (1-409:1-420)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECT
::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::::::. :. : : :...::
CCDS11 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD YISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRL
:: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. :.::..: ::::::::.::
CCDS11 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTKEPVGEGEALLGMDLLRL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYW
.:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:..:: ::::::: :. :
CCDS11 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFS----PVE-
::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: :.: :.:...:: ::.
CCDS11 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD --DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSS
. ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:: : :::: ::::::. ..
CCDS11 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD PCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELY
::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .::.. :::: . :::: ::
CCDS11 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGMGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD KAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPA-EVGDLFYDCVD
..:. : ...: ::..:..:.. . .::..:::: . .: ..: : :.:.:: :
CCDS11 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLL-AGEWAPPLWELGSLFQAFVK
360 370 380 390 400 410
410
pF1KSD TEIKFFK
:
CCDS11 RESQAYA
420
>>CCDS2258.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 (424 aa)
initn: 1122 init1: 465 opt: 1417 Z-score: 1674.2 bits: 318.8 E(32554): 6.2e-87
Smith-Waterman score: 1417; 52.4% identity (78.2% similar) in 418 aa overlap (6-414:3-415)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAAPPSYC--FVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPES-KVECTYI
: : :::.:: . :. ..::::: : ::::::::: :. :. . ...::::
CCDS22 MEPFSCDTFVALPPATVDNRIIFGKNSDRLYDEVQEVVYFPAVVHDNLGERLKCTYI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGL
:::::.:::...::::::::::::::::::::.:::. :: . . :::::::::::::
CCDS22 EIDQVPETYAVVLSRPAWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWGREEVCDEEALLGMDLVRLGL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD ERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAA
::..::..::.:::.:::..::::: : . :.....::.::.:::.::: ::::::
CCDS22 ERADTAEKALNVIVDLLEKYGQGGNCTE-GRMVFSYHNSFLIADRNEAWILETAGKYWAA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVED-HLDCG
::: :::: : .:::.:::. :::..:.::. .::: :. ::.:. ..: .. .. .
CCDS22 EKVQEGVRNISNQLSITTKIAREHPDMRNYAKRKGWWDGKKEFDFAAAYSYLDTAKMMTS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD AGKDS-----LEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCI
.:. :.:.. .:: .:::. :::: ::. ...:: ::::: ::.:::. : :::
CCDS22 SGRYCEGYKLLNKHKGNITFETMMEILRDKPSGINMEGEF-LTTASMVSILPQDSSLPCI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD HYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAH
:.::::::: ::.::::::: .. . :.:: : .: .::. .: :::::: ::. :
CCDS22 HFFTGTPDPERSVFKPFIFVPHISQLLDTSSPTFELEDLVKKKSHF--KPDRRHPLYQKH
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD EWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIK
. : ......:... . ..: .:::. .. :: :: ... :: .. .:: .:. ::.
CCDS22 QQALEVVNNNEEKAKIMLDNMRKLEKELFREMESIL-QNKHLDVEKIVNLFPQCTKDEIQ
360 370 380 390 400 410
pF1KSD FFK
...
CCDS22 IYQSNLSVKVSS
420
>>CCDS45723.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 (378 aa)
initn: 1081 init1: 619 opt: 1387 Z-score: 1639.6 bits: 312.2 E(32554): 5.3e-85
Smith-Waterman score: 1387; 53.3% identity (79.2% similar) in 379 aa overlap (1-367:1-378)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECT
::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::::::. :. : : :...::
CCDS45 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD YISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRL
:: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. :.::..: ::::::::.::
CCDS45 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTKEPVGEGEALLGMDLLRL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYW
.:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:..:: ::::::: :. :
CCDS45 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFS----PVE-
::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: :.: :.:...:: ::.
CCDS45 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD --DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSS
. ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:: : :::: ::::::. ..
CCDS45 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD PCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELY
::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .::.. :::: . :::: ::
CCDS45 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGMGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD KAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDT
..:. : ...: :: . :.
CCDS45 RGHQAALGLMERDQVSPRE
360 370
>>CCDS54420.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 (417 aa)
initn: 1109 init1: 477 opt: 1356 Z-score: 1602.3 bits: 305.5 E(32554): 6.3e-83
Smith-Waterman score: 1356; 51.3% identity (77.5% similar) in 417 aa overlap (5-414:2-408)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPES-KVECTYISI
:: .: :: .. .: : :. . : ::::::::: :. :. . ...:::: :
CCDS54 MPP----LATPPSVHLSLRVAGRPD-RLYDEVQEVVYFPAVVHDNLGERLKCTYIEI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD DQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLER
::::.:::...::::::::::::::::::::.:::. :: . . :::::::::::::::
CCDS54 DQVPETYAVVLSRPAWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWGREEVCDEEALLGMDLVRLGLER
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEK
..::..::.:::.:::..::::: : . :.....::.::.:::.::: ::::::::
CCDS54 ADTAEKALNVIVDLLEKYGQGGNCTE-GRMVFSYHNSFLIADRNEAWILETAGKYWAAEK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD VTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVED-HLDCGAG
: :::: : .:::.:::. :::..:.::. .::: :. ::.:. ..: .. .. ..:
CCDS54 VQEGVRNISNQLSITTKIAREHPDMRNYAKRKGWWDGKKEFDFAAAYSYLDTAKMMTSSG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KDS-----LEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHY
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