Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0193
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0193, 414 aa
1>>>pF1KSDA0193 414 - 414 aa - 414 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6578+/-0.000386; mu= 15.3599+/- 0.024
mean_var=76.6238+/-15.344, 0's: 0 Z-trim(113.5): 20 B-trim: 1299 in 1/53
Lambda= 0.146518
statistics sampled from 22831 (22851) to 22831 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.268), width: 16
Scan time: 5.790
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055581 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform a [Hom ( 414) 2809 603.4 3.3e-172
NP_001138985 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform a [ ( 414) 2809 603.4 3.3e-172
NP_001138986 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform b [ ( 434) 2809 603.4 3.4e-172
NP_001138987 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform c [ ( 346) 2347 505.7 7e-143
NP_612364 (OMIM: 614966) secernin-2 isoform 1 [Hom ( 425) 1463 318.9 1.5e-86
XP_005257833 (OMIM: 614966) PREDICTED: secernin-2 ( 425) 1463 318.9 1.5e-86
XP_016860398 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83
XP_005246913 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83
XP_005246912 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83
XP_005246914 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83
XP_005246911 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83
XP_016860399 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 424) 1417 309.2 1.2e-83
NP_078859 (OMIM: 614967) secernin-3 isoform 1 [Hom ( 424) 1417 309.2 1.2e-83
XP_005246910 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 444) 1417 309.2 1.3e-83
NP_001138495 (OMIM: 614966) secernin-2 isoform 2 [ ( 378) 1387 302.8 9.2e-82
NP_001180457 (OMIM: 614967) secernin-3 isoform 2 [ ( 417) 1356 296.3 9.4e-80
XP_016880775 (OMIM: 614966) PREDICTED: secernin-2 ( 403) 1316 287.8 3.2e-77
XP_011510141 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 ( 344) 1103 242.8 1e-63
>>NP_055581 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform a [Homo sa (414 aa)
initn: 2809 init1: 2809 opt: 2809 Z-score: 3212.8 bits: 603.4 E(85289): 3.3e-172
Smith-Waterman score: 2809; 100.0% identity (100.0% similar) in 414 aa overlap (1-414:1-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECTYISID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECTYISID
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KSD DQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIKFFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIKFFK
370 380 390 400 410
>>NP_001138985 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform a [Homo (414 aa)
initn: 2809 init1: 2809 opt: 2809 Z-score: 3212.8 bits: 603.4 E(85289): 3.3e-172
Smith-Waterman score: 2809; 100.0% identity (100.0% similar) in 414 aa overlap (1-414:1-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECTYISID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECTYISID
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KSD DQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIKFFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGDLFYDCVDTEIKFFK
370 380 390 400 410
>>NP_001138986 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform b [Homo (434 aa)
initn: 2809 init1: 2809 opt: 2809 Z-score: 3212.5 bits: 603.4 E(85289): 3.4e-172
Smith-Waterman score: 2809; 100.0% identity (100.0% similar) in 414 aa overlap (1-414:21-434)
10 20 30 40
pF1KSD MAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVQDGTFKTRDSTWTCESTRMAAAPPSYCFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD FSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREP
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD AAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEF
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KSD NFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVS
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD VLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEK
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KSD PDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEVGD
370 380 390 400 410 420
410
pF1KSD LFYDCVDTEIKFFK
::::::::::::::
NP_001 LFYDCVDTEIKFFK
430
>>NP_001138987 (OMIM: 614965) secernin-1 isoform c [Homo (346 aa)
initn: 2347 init1: 2347 opt: 2347 Z-score: 2686.1 bits: 505.7 E(85289): 7e-143
Smith-Waterman score: 2347; 100.0% identity (100.0% similar) in 346 aa overlap (69-414:1-346)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD VYFSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTR
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTR
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KSD EPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYL
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KSD IVDRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IVDRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEG
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KSD EFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFNFSEVFSPVEDHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASG
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQ
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KSD EKPDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKPDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPAEV
280 290 300 310 320 330
400 410
pF1KSD GDLFYDCVDTEIKFFK
::::::::::::::::
NP_001 GDLFYDCVDTEIKFFK
340
>>NP_612364 (OMIM: 614966) secernin-2 isoform 1 [Homo sa (425 aa)
initn: 1155 init1: 619 opt: 1463 Z-score: 1674.9 bits: 318.9 E(85289): 1.5e-86
Smith-Waterman score: 1463; 51.7% identity (78.2% similar) in 422 aa overlap (1-409:1-420)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECT
::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::::::. :. : : :...::
NP_612 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD YISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRL
:: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. :.::..: ::::::::.::
NP_612 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTKEPVGEGEALLGMDLLRL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYW
.:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:..:: ::::::: :. :
NP_612 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFS----PVE-
::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: :.: :.:...:: ::.
NP_612 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD --DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSS
. ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:: : :::: ::::::. ..
NP_612 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD PCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELY
::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .::.. :::: . :::: ::
NP_612 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGMGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD KAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPA-EVGDLFYDCVD
..:. : ...: ::..:..:.. . .::..:::: . .: ..: : :.:.:: :
NP_612 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLL-AGEWAPPLWELGSLFQAFVK
360 370 380 390 400 410
410
pF1KSD TEIKFFK
:
NP_612 RESQAYA
420
>>XP_005257833 (OMIM: 614966) PREDICTED: secernin-2 isof (425 aa)
initn: 1155 init1: 619 opt: 1463 Z-score: 1674.9 bits: 318.9 E(85289): 1.5e-86
Smith-Waterman score: 1463; 51.7% identity (78.2% similar) in 422 aa overlap (1-409:1-420)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECT
::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::::::. :. : : :...::
XP_005 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD YISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRL
:: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. :.::..: ::::::::.::
XP_005 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTKEPVGEGEALLGMDLLRL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYW
.:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:..:: ::::::: :. :
XP_005 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFS----PVE-
::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: :.: :.:...:: ::.
XP_005 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD --DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSS
. ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:: : :::: ::::::. ..
XP_005 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD PCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELY
::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .::.. :::: . :::: ::
XP_005 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGMGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD KAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPA-EVGDLFYDCVD
..:. : ...: ::..:..:.. . .::..:::: . .: ..: : :.:.:: :
XP_005 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLL-AGEWAPPLWELGSLFQAFVK
360 370 380 390 400 410
410
pF1KSD TEIKFFK
:
XP_005 RESQAYA
420
>>XP_016860398 (OMIM: 614967) PREDICTED: secernin-3 isof (424 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]