Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0216
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0216, 2054 aa
1>>>pF1KSDA0216 2054 - 2054 aa - 2054 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.2699+/-0.000643; mu= -33.7811+/- 0.040
mean_var=772.8527+/-159.328, 0's: 0 Z-trim(117.9): 722 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.046135
statistics sampled from 29500 (30266) to 29500 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.355), width: 16
Scan time: 25.740
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_510880 (OMIM: 610067) unconventional myosin-XVI (2054) 13241 899.1 0
NP_976063 (OMIM: 610067) unconventional myosin-XVI (2039) 12569 854.4 0
XP_016884503 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2609) 3630 259.5 3.5e-67
XP_011528767 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2449) 3626 259.2 4e-67
NP_001305174 (OMIM: 607295,616549) unconventional (2568) 3626 259.2 4.2e-67
XP_011528763 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2610) 3626 259.2 4.2e-67
XP_011528760 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2610) 3626 259.2 4.2e-67
XP_011528761 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2610) 3626 259.2 4.2e-67
XP_016884501 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2610) 3626 259.2 4.2e-67
XP_016884502 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2610) 3626 259.2 4.2e-67
XP_011528762 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2610) 3626 259.2 4.2e-67
XP_016884505 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (1722) 3586 256.4 1.9e-66
XP_011528768 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2163) 3503 251.0 1.1e-64
XP_016884506 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (1721) 3498 250.6 1.1e-64
XP_016884504 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2566) 3502 251.0 1.3e-64
NP_115997 (OMIM: 607295,616549) unconventional myo (2567) 3498 250.7 1.5e-64
XP_011528766 (OMIM: 607295,616549) PREDICTED: unco (2609) 3498 250.7 1.5e-64
XP_011520804 (OMIM: 132900,160745) PREDICTED: myos (1929) 972 82.5 5e-14
NP_074035 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isoform (1938) 972 82.5 5e-14
NP_002465 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isoform (1972) 972 82.5 5.1e-14
XP_011525623 (OMIM: 600652,608568,614369) PREDICTE (2035) 954 81.3 1.2e-13
NP_079005 (OMIM: 600652,608568,614369) myosin-14 i (1995) 942 80.5 2e-13
XP_011528499 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 935 80.0 2.8e-13
XP_016884292 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 935 80.0 2.8e-13
NP_002464 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60020 (1960) 935 80.0 2.8e-13
XP_016884295 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 935 80.0 2.8e-13
XP_016884294 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 935 80.0 2.8e-13
XP_016884293 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 935 80.0 2.8e-13
XP_016880170 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (1976) 912 78.5 8.1e-13
NP_005955 (OMIM: 160776) myosin-10 isoform 2 [Homo (1976) 912 78.5 8.1e-13
XP_016880171 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (1976) 912 78.5 8.1e-13
XP_011522182 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (2006) 912 78.5 8.2e-13
NP_001242941 (OMIM: 160776) myosin-10 isoform 1 [H (2007) 905 78.0 1.1e-12
XP_011522177 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (2037) 905 78.0 1.1e-12
NP_002463 (OMIM: 158300,160741,608837) myosin-8 [H (1937) 899 77.6 1.4e-12
NP_002462 (OMIM: 160710,192600,613251,613252,61408 (1939) 894 77.3 1.8e-12
NP_005954 (OMIM: 160730) myosin-1 [Homo sapiens] (1939) 888 76.9 2.4e-12
XP_016880164 (OMIM: 160730) PREDICTED: myosin-1 is (1939) 888 76.9 2.4e-12
NP_002461 (OMIM: 160720,178110,193700,601680) myos (1940) 888 76.9 2.4e-12
XP_011522172 (OMIM: 160720,178110,193700,601680) P (1940) 888 76.9 2.4e-12
XP_011522173 (OMIM: 160720,178110,193700,601680) P (1940) 888 76.9 2.4e-12
NP_000248 (OMIM: 160500,160760,181430,192600,25516 (1935) 887 76.8 2.5e-12
XP_016876829 (OMIM: 160500,160760,181430,192600,25 (1935) 887 76.8 2.5e-12
NP_003793 (OMIM: 603487) myosin-13 [Homo sapiens] (1938) 880 76.4 3.5e-12
XP_016883475 (OMIM: 609928) PREDICTED: myosin-7B i (2003) 864 75.3 7.5e-12
XP_011527249 (OMIM: 609928) PREDICTED: myosin-7B i (1738) 858 74.9 8.8e-12
XP_011527250 (OMIM: 609928) PREDICTED: myosin-7B i (1738) 858 74.9 8.8e-12
XP_016883476 (OMIM: 609928) PREDICTED: myosin-7B i (1807) 858 74.9 9.1e-12
XP_011510861 (OMIM: 609929) PREDICTED: myosin-15 i (1946) 859 75.0 9.2e-12
NP_055796 (OMIM: 609929) myosin-15 precursor [Homo (1946) 859 75.0 9.2e-12
>>NP_510880 (OMIM: 610067) unconventional myosin-XVIIIa (2054 aa)
initn: 13241 init1: 13241 opt: 13241 Z-score: 4785.8 bits: 899.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 13241; 100.0% identity (100.0% similar) in 2054 aa overlap (1-2054:1-2054)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MFNLMKKDKDKDGGRKEKKEKKEKKERMSAAELRSLEEMSLRRGFFNLNRSSKRESKTRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 MFNLMKKDKDKDGGRKEKKEKKEKKERMSAAELRSLEEMSLRRGFFNLNRSSKRESKTRL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EISNPIPIKVASGSDLHLTDIDSDSNRGSVILDSGHLSTASSSDDLKGEEGSFRGSVLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 EISNPIPIKVASGSDLHLTDIDSDSNRGSVILDSGHLSTASSSDDLKGEEGSFRGSVLQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD AAKFGSLAKQNSQMIVKRFSFSQRSRDESASETSTPSEHSAAPSPQVEVRTLEGQLVQHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 AAKFGSLAKQNSQMIVKRFSFSQRSRDESASETSTPSEHSAAPSPQVEVRTLEGQLVQHP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GPGIPRPGHRSRAPELVTKKFPVDLRLPPVVPLPPPTLRELELQRRPTGDFGFSLRRTTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 GPGIPRPGHRSRAPELVTKKFPVDLRLPPVVPLPPPTLRELELQRRPTGDFGFSLRRTTM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LDRGPEGQACRRVVHFAEPGAGTKDLALGLVPGDRLVEINGHNVESKSRDEIVEMIRQSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 LDRGPEGQACRRVVHFAEPGAGTKDLALGLVPGDRLVEINGHNVESKSRDEIVEMIRQSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DSVRLKVQPIPELSELSRSWLRSGEGPRREPSDAKTEEQIAAEEAWNETEKVWLVHRDGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 DSVRLKVQPIPELSELSRSWLRSGEGPRREPSDAKTEEQIAAEEAWNETEKVWLVHRDGF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SLASQLKSEELNLPEGKVRVKLDHDGAILDVDEDDVEKANAPSCDRLEDLASLVYLNESS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 SLASQLKSEELNLPEGKVRVKLDHDGAILDVDEDDVEKANAPSCDRLEDLASLVYLNESS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VLHTLRQRYGASLLHTYAGPSLLVLGPRGAPAVYSEKVMHMFKGCRREDMAPHIYAVAQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 VLHTLRQRYGASLLHTYAGPSLLVLGPRGAPAVYSEKVMHMFKGCRREDMAPHIYAVAQT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AYRAMLMSRQDQSIILLGSSGSGKTTSCQHLVQYLATIAGISGNKVFSVEKWQALYTLLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 AYRAMLMSRQDQSIILLGSSGSGKTTSCQHLVQYLATIAGISGNKVFSVEKWQALYTLLE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AFGNSPTIINGNATRFSQILSLDFDQAGQVASASIQTMLLEKLRVARRPASEATFNVFYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 AFGNSPTIINGNATRFSQILSLDFDQAGQVASASIQTMLLEKLRVARRPASEATFNVFYY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LLACGDGTLRTELHLNHLAENNVFGIVPLAKPEEKQKAAQQFSKLQAAMKVLGISPDEQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 LLACGDGTLRTELHLNHLAENNVFGIVPLAKPEEKQKAAQQFSKLQAAMKVLGISPDEQK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD ACWFILAAIYHLGAAGATKEAAEAGRKQFARHEWAQKAAYLLGCSLEELSSAIFKHQHKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 ACWFILAAIYHLGAAGATKEAAEAGRKQFARHEWAQKAAYLLGCSLEELSSAIFKHQHKG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GTLQRSTSFRQGPEESGLGDGTGPKLSALECLEGMAAGLYSELFTLLVSLVNRALKSSQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 GTLQRSTSFRQGPEESGLGDGTGPKLSALECLEGMAAGLYSELFTLLVSLVNRALKSSQH
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pF1KSD SLCSMMIVDTPGFQNPEQGGSARGASFEELCHNYTQDRLQRLFHERTFVQELERYKEENI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 SLCSMMIVDTPGFQNPEQGGSARGASFEELCHNYTQDRLQRLFHERTFVQELERYKEENI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD ELAFDDLEPPTDDSVAAVDQASHQSLVRSLARTDEARGLLWLLEEEALVPGASEDTLLER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 ELAFDDLEPPTDDSVAAVDQASHQSLVRSLARTDEARGLLWLLEEEALVPGASEDTLLER
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910 920 930 940 950 960
pF1KSD LFSYYGPQEGDKKGQSPLLHSSKPHHFLLGHSHGTNWVEYNVTGWLNYTKQNPATQNAPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 LFSYYGPQEGDKKGQSPLLHSSKPHHFLLGHSHGTNWVEYNVTGWLNYTKQNPATQNAPR
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD LLQDSQKKIISNLFLGRAGSATVLSGSIAGLEGGSQLALRRATSMRKTFTTGMAAVKKKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 LLQDSQKKIISNLFLGRAGSATVLSGSIAGLEGGSQLALRRATSMRKTFTTGMAAVKKKS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD LCIQMKLQVDALIDTIKKSKLHFVHCFLPVAEGWAGEPRSASSRRVSSSSELDLPSGDHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 LCIQMKLQVDALIDTIKKSKLHFVHCFLPVAEGWAGEPRSASSRRVSSSSELDLPSGDHC
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KSD EAGLLQLDVPLLRTQLRGSRLLDAMRMYRQGYPDHMVFSEFRRRFDVLAPHLTKKHGRNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 EAGLLQLDVPLLRTQLRGSRLLDAMRMYRQGYPDHMVFSEFRRRFDVLAPHLTKKHGRNY
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1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD IVVDERRAVEELLECLDLEKSSCCMGLSRVFFRAGTLARLEEQRDEQTSRNLTLFQAACR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 IVVDERRAVEELLECLDLEKSSCCMGLSRVFFRAGTLARLEEQRDEQTSRNLTLFQAACR
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD GYLARQHFKKRKIQDLAIRCVQKNIKKNKGVKDWPWWKLFTTVRPLIEVQLSEEQIRNKD
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NP_510 GYLARQHFKKRKIQDLAIRCVQKNIKKNKGVKDWPWWKLFTTVRPLIEVQLSEEQIRNKD
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1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD EEIQQLRSKLEKAEKERNELRLNSDRLESRISELTSELTDERNTGESASQLLDAETAERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 EEIQQLRSKLEKAEKERNELRLNSDRLESRISELTSELTDERNTGESASQLLDAETAERL
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1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD RAEKEMKELQTQYDALKKQMEVMEMEVMEARLIRAAEINGEVDDDDAGGEWRLKYERAVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 RAEKEMKELQTQYDALKKQMEVMEMEVMEARLIRAAEINGEVDDDDAGGEWRLKYERAVR
1330 1340 1350 1360 1370 1380
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pF1KSD EVDFTKKRLQQEFEDKLEVEQQNKRQLERRLGDLQADSEESQRALQQLKKKCQRLTAELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 EVDFTKKRLQQEFEDKLEVEQQNKRQLERRLGDLQADSEESQRALQQLKKKCQRLTAELQ
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1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD DTKLHLEGQQVRNHELEKKQRRFDSELSQAHEEAQREKLQREKLQREKDMLLAEAFSLKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 DTKLHLEGQQVRNHELEKKQRRFDSELSQAHEEAQREKLQREKLQREKDMLLAEAFSLKQ
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD QLEEKDMDIAGFTQKVVSLEAELQDISSQESKDEASLAKVKKQLRDLEAKVKDQEEELDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 QLEEKDMDIAGFTQKVVSLEAELQDISSQESKDEASLAKVKKQLRDLEAKVKDQEEELDE
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1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KSD QAGTIQMLEQAKLRLEMEMERMRQTHSKEMESRDEEVEEARQSCQKKLKQMEVQLEEEYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 QAGTIQMLEQAKLRLEMEMERMRQTHSKEMESRDEEVEEARQSCQKKLKQMEVQLEEEYE
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1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KSD DKQKVLREKRELEGKLATLSDQVNRRDFESEKRLRKDLKRTKALLADAQLMLDHLKNSAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 DKQKVLREKRELEGKLATLSDQVNRRDFESEKRLRKDLKRTKALLADAQLMLDHLKNSAP
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KSD SKREIAQLKNQLEESEFTCAAAVKARKAMEVEIEDLHLQIDDIAKAKTALEEQLSRLQRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 SKREIAQLKNQLEESEFTCAAAVKARKAMEVEIEDLHLQIDDIAKAKTALEEQLSRLQRE
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KSD KNEIQNRLEEDQEDMNELMKKHKAAVAQASRDLAQINDLQAQLEEANKEKQELQEKLQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 KNEIQNRLEEDQEDMNELMKKHKAAVAQASRDLAQINDLQAQLEEANKEKQELQEKLQAL
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KSD QSQVEFLEQSMVDKSLVSRQEAKIRELETRLEFERTQVKRLESLASRLKENMEKLTEERD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 QSQVEFLEQSMVDKSLVSRQEAKIRELETRLEFERTQVKRLESLASRLKENMEKLTEERD
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KSD QRIAAENREKEQNKRLQRQLRDTKEEMGELARKEAEASRKKHELEMDLESLEAANQSLQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_510 QRIAAENREKEQNKRLQRQLRDTKEEMGELARKEAEASRKKHELEMDLESLEAANQSLQA
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NP_510 SDSDTEAKLTETNA
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NP_976 SDSDTEAKLTETNA
2030
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:::::. .::::::.:: ::: :.:::: .::.:.:: ::: :.: : .. :: ::.
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. :: ..:: :: :.: .:.::::. :: ::.:::: :......:. .:: ..: :
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::: .: .:.:.:::. . .:::::...::::. .:....:..::::::: ::::.
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:..:::: .::.: : .:::::::::::: : .::::: : :::. :: ::: ::
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:..: ::: : .:. : : :: . :: : ..: :.....:.::::.:::.:::.
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.:::.::...: . :. :.:.::.::::::.. :. :.:.::::::::...::: ::..
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::::. :.::.::.. . :: .: .::.::: :.: . . . ...::::.:.:.
XP_016 RTFVSTLQRYQEEGVPVQFDLPDPSPGTTVAVVDQNPSQQVRLPAGGGAQDARGLFWVLD
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::. : :.:....:::: . . . . .:.: : .: . . :. : . :.:..::
XP_016 EEVHVEGSSDSVVLERLCAAFEKKGAGTEGSSALRTCEQPLQCEIFHQLGWDPVRYDLTG
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::. .: : .. .::..:..:... . .:: .:: : ..::::: :: ::.:.
XP_016 WLHRAKPNLSALDAPQVLHQSKREELRSLFQARAKLPPVCR-AVAGLEGTSQQALQRSRM
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.:.::....:::..:. : :.:::.::: . ::.:.:::.::..: .: . ::
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. : :. :. :: : ::.: ::.:: : ..:.:.:..: :: ::: ...:::
XP_016 SGQESPPPPQPGRDKPGAGGPLALDIPALRVQLAGFHILEALRLHRTGYADHMGLTRFRR
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.:.:: : :: . .:::.::::::: :::::.. .: :.::..::...:::.:
XP_016 QFQVLDAPLLKKLMSTSEGIDERKAVEELLETLDLEKKAVAVGHSQVFLKAGVISRLEKQ
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:.. .:....::::::.:.:.::.::: ::. :: .:.:::. .:::::::.:. ..
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.::. . .. ::.: :.::. :: ::::.:: ::::: :.: :::.:..:::.:.:::
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pF1KSD LSSAIFKHQHKGGTLQRSTSFRQGPEESGLGD---GTGPKLSALECLEGMAAGLYSELFT
:..: ::: : .:. : : :: . :: : ..: :.....:.::::.:::.:::.
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NP_001 AVVSLINRSFSSHHLSMASIMVVDSPGFQNPRHQGKDRAATFEELCHNYAHERLQLLFYQ
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...... :. ..::: ::: :: .. .:..:::.:.::::.::: .::.. :..::..:
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.. ...... : ..:. : ...:::: . . :.: : . .. . :.:
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... :
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