Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0237
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0237, 308 aa
1>>>pF1KSDA0237 308 - 308 aa - 308 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8679+/-0.000751; mu= 12.9733+/- 0.045
mean_var=80.9479+/-16.561, 0's: 0 Z-trim(109.6): 59 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.142551
statistics sampled from 10949 (11010) to 10949 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 2.490
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30687.1 RIMS3 gene_id:9783|Hs108|chr1 ( 308) 1996 419.8 1.3e-117
CCDS55030.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 (1012) 1291 275.1 1.5e-73
CCDS47449.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 (1692) 1291 275.3 2.3e-73
CCDS64949.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8 ( 285) 1180 252.0 3.9e-67
CCDS55032.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 ( 760) 1170 250.2 3.7e-66
CCDS55029.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 ( 817) 1170 250.2 3.9e-66
CCDS55031.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 ( 826) 1170 250.2 4e-66
CCDS43761.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8 (1163) 1145 245.1 1.9e-64
CCDS64948.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8 (1188) 1145 245.1 1.9e-64
CCDS55269.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8 (1349) 1145 245.2 2.1e-64
CCDS55033.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 ( 219) 1096 234.7 5e-62
CCDS56191.1 RIMS4 gene_id:140730|Hs108|chr20 ( 270) 976 210.0 1.6e-54
CCDS13338.1 RIMS4 gene_id:140730|Hs108|chr20 ( 269) 970 208.8 3.8e-54
>>CCDS30687.1 RIMS3 gene_id:9783|Hs108|chr1 (308 aa)
initn: 1996 init1: 1996 opt: 1996 Z-score: 2225.2 bits: 419.8 E(32554): 1.3e-117
Smith-Waterman score: 1996; 99.7% identity (100.0% similar) in 308 aa overlap (1-308:1-308)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSIGGEICGSQQAGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLT
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CCDS30 MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSISGEICGSQQAGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLE
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SATSPSCS
::::::::
CCDS30 SATSPSCS
>>CCDS55030.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 (1012 aa)
initn: 1209 init1: 1077 opt: 1291 Z-score: 1433.8 bits: 275.1 E(32554): 1.5e-73
Smith-Waterman score: 1291; 66.9% identity (87.4% similar) in 302 aa overlap (13-307:711-1009)
10 20 30
pF1KSD MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSIGGEI-----CGSQQAGGGA
..:....:.:..::. ..:. ..
CCDS55 STSFMSEQSERPRGRISSFTPKMQGRRMGTSGRSIMKSTSVSGEMYTLEHNDGSQSDTAV
690 700 710 720 730 740
40 50 60 70 80 90
pF1KSD GTTTA--KKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEM
::. : :::::::.::.:::: .. :.:: :: : :.. :::.:.:.::::::.:.::
CCDS55 GTVGAGGKKRRSSLSAKVVAIV--SRRSRSTSQLSQTESGHKKLKSTIQRSTETGMAAEM
750 760 770 780 790
100 110 120 130 140 150
pF1KSD RSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATP
: ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::::.:::::::::
CCDS55 R-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGPAQLVGRQTLATP
800 810 820 830 840 850
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTK
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CCDS55 AMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENGACIAKKKTRIAR
860 870 880 890 900 910
220 230 240 250 260 270
pF1KSD KTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYK
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CCDS55 KTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEELDLSSMVIGWYK
920 930 940 950 960 970
280 290 300
pF1KSD LFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS
::: ::..: :: :::: :::::::.:.: :
CCDS55 LFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
980 990 1000 1010
>>CCDS47449.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 (1692 aa)
initn: 1209 init1: 1077 opt: 1291 Z-score: 1430.5 bits: 275.3 E(32554): 2.3e-73
Smith-Waterman score: 1291; 66.9% identity (87.4% similar) in 302 aa overlap (13-307:1391-1689)
10 20 30
pF1KSD MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSIGGEI-----CGSQQAGGGA
..:....:.:..::. ..:. ..
CCDS47 STSFMSEQSERPRGRISSFTPKMQGRRMGTSGRSIMKSTSVSGEMYTLEHNDGSQSDTAV
1370 1380 1390 1400 1410 1420
40 50 60 70 80 90
pF1KSD GTTTA--KKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEM
::. : :::::::.::.:::: .. :.:: :: : :.. :::.:.:.::::::.:.::
CCDS47 GTVGAGGKKRRSSLSAKVVAIV--SRRSRSTSQLSQTESGHKKLKSTIQRSTETGMAAEM
1430 1440 1450 1460 1470
100 110 120 130 140 150
pF1KSD RSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATP
: ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::::.:::::::::
CCDS47 R-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGPAQLVGRQTLATP
1480 1490 1500 1510 1520 1530
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTK
:::..:.. :..::::::::.::.:: :::::: :: :.::::::::::.:::::....
CCDS47 AMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENGACIAKKKTRIAR
1540 1550 1560 1570 1580 1590
220 230 240 250 260 270
pF1KSD KTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYK
:: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:::::. : ::::
CCDS47 KTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEELDLSSMVIGWYK
1600 1610 1620 1630 1640 1650
280 290 300
pF1KSD LFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS
::: ::..: :: :::: :::::::.:.: :
CCDS47 LFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
1660 1670 1680 1690
>>CCDS64949.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8 (285 aa)
initn: 1158 init1: 1134 opt: 1180 Z-score: 1318.7 bits: 252.0 E(32554): 3.9e-67
Smith-Waterman score: 1180; 64.0% identity (86.2% similar) in 283 aa overlap (29-308:2-283)
10 20 30 40 50
pF1KSD MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSIGGEICGSQQAGGGAGTTTAKKR---RSSLGAKMVAIV
: : ::.... . .: ::::.:.. :..
CCDS64 MGRQGLGGASAAGRSMQRSQSRSSLSASFEALA
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KSD GLTQWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSS
: ..:. . :.. :::::...::::::.:::::. .:::.:::::::: :: ::
CCDS64 GYFP-CMNSLEEEEGEAGGKKLRSTVQRSTETGLAVEMRNWMTRQASRESTDGSMNSYSS
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KSD DGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIE
.:..::: .::...::::::::::::::.::::::::: :::.....::..::::::.:.
CCDS64 EGNLIFPGVRLASDSQFSDFLDGLGPAQLVGRQTLATPAMGDIQVGMMDKKGQLEVEIIR
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVL
::::. :::::.::: :.:::::.::.:.::::::...:: .::::: : :.:.::::::
CCDS64 ARGLVVKPGSKTLPAPYVKVYLLDNGVCIAKKKTKVARKTLEPLYQQLLSFEESPQGKVL
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQS
:.:::::::::::: :::.:::.::::.:: : ::.:::: ::..: ::. :::: :::
CCDS64 QIIVWGDYGRMDHKSFMGVAQILLDELELSNMVIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQS
220 230 240 250 260 270
300
pF1KSD SLESATSPSCS
::::.:.:: :
CCDS64 SLESSTGPSYSRS
280
>>CCDS55032.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 (760 aa)
initn: 1190 init1: 1077 opt: 1170 Z-score: 1301.2 bits: 250.2 E(32554): 3.7e-66
Smith-Waterman score: 1170; 70.9% identity (87.4% similar) in 254 aa overlap (63-307:505-757)
40 50 60 70 80
pF1KSD AGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ-P--------EGATKKLRSNI
:. :::: : :.. :::.:.:
CCDS55 QTRKGTASDAERMHRQRSPTQSPPADTSFSSRRGRQLPQVPVRSGSIEQESGHKKLKSTI
480 490 500 510 520 530
90 100 110 120 130 140
pF1KSD RRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGP
.::::::.:.::: ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::
CCDS55 QRSTETGMAAEMR-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGP
540 550 560 570 580 590
150 160 170 180 190 200
pF1KSD AQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENG
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CCDS55 AQLVGRQTLATPAMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENG
600 610 620 630 640 650
210 220 230 240 250 260
pF1KSD ACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDE
::.:::::....:: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:
CCDS55 ACIAKKKTRIARKTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEE
660 670 680 690 700 710
270 280 290 300
pF1KSD LDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS
::::. : ::::::: ::..: :: :::: :::::::.:.: :
CCDS55 LDLSSMVIGWYKLFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
720 730 740 750 760
>>CCDS55029.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 (817 aa)
initn: 1190 init1: 1077 opt: 1170 Z-score: 1300.7 bits: 250.2 E(32554): 3.9e-66
Smith-Waterman score: 1170; 70.9% identity (87.4% similar) in 254 aa overlap (63-307:562-814)
40 50 60 70 80
pF1KSD AGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ-P--------EGATKKLRSNI
:. :::: : :.. :::.:.:
CCDS55 PDTSLHSPERERMHRQRSPTQSPPADTSFSSRRGRQLPQVPVRSGSIEQESGHKKLKSTI
540 550 560 570 580 590
90 100 110 120 130 140
pF1KSD RRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGP
.::::::.:.::: ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::
CCDS55 QRSTETGMAAEMR-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGP
600 610 620 630 640 650
150 160 170 180 190 200
pF1KSD AQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENG
::.::::::::: :::..:.. :..::::::::.::.:: :::::: :: :.::::::::
CCDS55 AQLVGRQTLATPAMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENG
660 670 680 690 700 710
210 220 230 240 250 260
pF1KSD ACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDE
::.:::::....:: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:
CCDS55 ACIAKKKTRIARKTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEE
720 730 740 750 760 770
270 280 290 300
pF1KSD LDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS
::::. : ::::::: ::..: :: :::: :::::::.:.: :
CCDS55 LDLSSMVIGWYKLFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
780 790 800 810
>>CCDS55031.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6 (826 aa)
initn: 1190 init1: 1077 opt: 1170 Z-score: 1300.6 bits: 250.2 E(32554): 4e-66
Smith-Waterman score: 1170; 70.9% identity (87.4% similar) in 254 aa overlap (63-307:571-823)
40 50 60 70 80
pF1KSD AGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ-P--------EGATKKLRSNI
:. :::: : :.. :::.:.:
CCDS55 QTRKGTASDAERMHRQRSPTQSPPADTSFSSRRGRQLPQVPVRSGSIEQESGHKKLKSTI
550 560 570 580 590 600
90 100 110 120 130 140
pF1KSD RRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGP
.::::::.:.::: ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::
CCDS55 QRSTETGMAAEMR-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGP
610 620 630 640 650
150 160 170 180 190 200
pF1KSD AQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENG
::.::::::::: :::..:.. :..::::::::.::.:: :::::: :: :.::::::::
CCDS55 AQLVGRQTLATPAMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENG
660 670 680 690 700 710
210 220 230 240 250 260
pF1KSD ACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDE
::.:::::....:: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:
CCDS55 ACIAKKKTRIARKTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEE
720 730 740 750 760 770
270 280 290 300
pF1KSD LDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS
::::. : ::::::: ::..: :: :::: :::::::.:.: :
CCDS55 LDLSSMVIGWYKLFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
780 790 800 810 820
>>CCDS43761.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8 (1163 aa)
initn: 1163 init1: 1134 opt: 1145 Z-score: 1270.6 bits: 245.1 E(32554): 1.9e-64
Smith-Waterman score: 1145; 69.5% identity (88.8% similar) in 249 aa overlap (68-308:913-1161)
40 50 60 70 80
pF1KSD GTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ--PEGAT------KKLRSNIRRSTET
:::: :.:. :::::...:::::
CCDS43 PSPALSRSHPRTGSVQTSPSSTPVAGRRGRQLPQLPPKGTLDRKAGGKKLRSTVQRSTET
890 900 910 920 930 940
90 100 110 120 130 140
pF1KSD GIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGR
:.:::::. .:::.:::::::: :: ::.:..::: .::...::::::::::::::.:::
CCDS43 GLAVEMRNWMTRQASRESTDGSMNSYSSEGNLIFPGVRLASDSQFSDFLDGLGPAQLVGR
950 960 970 980 990 1000
150 160 170 180 190 200
pF1KSD QTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKK
:::::: :::.....::..::::::.:.::::. :::::.::: :.:::::.::.:.:::
CCDS43 QTLATPAMGDIQVGMMDKKGQLEVEIIRARGLVVKPGSKTLPAPYVKVYLLDNGVCIAKK
1010 1020 1030 1040 1050 1060
210 220 230 240 250 260
pF1KSD KTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAA
:::...:: .::::: : :.:.:::::::.:::::::::::: :::.:::.::::.::
CCDS43 KTKVARKTLEPLYQQLLSFEESPQGKVLQIIVWGDYGRMDHKSFMGVAQILLDELELSNM
1070 1080 1090 1100 1110 1120
270 280 290 300
pF1KSD VTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS
: ::.:::: ::..: ::. :::: :::::::.:.:: :
CCDS43 VIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQSSLESSTGPSYSRS
1130 1140 1150 1160
>>CCDS64948.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8 (1188 aa)
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40 50 60 70 80
pF1KSD GTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ--PEGAT------KKLRSNIRRSTET
:::: :.:. :::::...:::::
CCDS64 PSPALSRSHPRTGSVQTSPSSTPVAGRRGRQLPQLPPKGTLDRKAGGKKLRSTVQRSTET
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:.:::::. .:::.:::::::: :: ::.:..::: .::...::::::::::::::.:::
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:::::: :::.....::..::::::.:.::::. :::::.::: :.:::::.::.:.:::
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:::...:: .::::: : :.:.:::::::.:::::::::::: :::.:::.::::.::
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: ::.:::: ::..: ::. :::: :::::::.:.:: :
CCDS64 VIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQSSLESSTGPSYSRS
1150 1160 1170 1180
>>CCDS55269.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8 (1349 aa)
initn: 1163 init1: 1134 opt: 1145 Z-score: 1269.7 bits: 245.2 E(32554): 2.1e-64
Smith-Waterman score: 1145; 69.5% identity (88.8% similar) in 249 aa overlap (68-308:1099-1347)
40 50 60 70 80
pF1KSD GTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ--PEGAT------KKLRSNIRRSTET
:::: :.:. :::::...:::::
CCDS55 PSPALSRSHPRTGSVQTSPSSTPVAGRRGRQLPQLPPKGTLDRKAGGKKLRSTVQRSTET
1070 1080 1090 1100 1110 1120
90 100 110 120 130 140
pF1KSD GIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGR
:.:::::. .:::.:::::::: :: ::.:..::: .::...::::::::::::::.:::
CCDS55 GLAVEMRNWMTRQASRESTDGSMNSYSSEGNLIFPGVRLASDSQFSDFLDGLGPAQLVGR
1130 1140 1150 1160 1170 1180
150 160 170 180 190 200
pF1KSD QTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKK
:::::: :::.....::..::::::.:.::::. :::::.::: :.:::::.::.:.:::
CCDS55 QTLATPAMGDIQVGMMDKKGQLEVEIIRARGLVVKPGSKTLPAPYVKVYLLDNGVCIAKK
1190 1200 1210 1220 1230 1240
210 220 230 240 250 260
pF1KSD KTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAA
:::...:: .::::: : :.:.:::::::.:::::::::::: :::.:::.::::.::
CCDS55 KTKVARKTLEPLYQQLLSFEESPQGKVLQIIVWGDYGRMDHKSFMGVAQILLDELELSNM
1250 1260 1270 1280 1290 1300
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pF1KSD VTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS
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CCDS55 VIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQSSLESSTGPSYSRS
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308 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]