Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0275
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0275, 424 aa
1>>>pF1KSDA0275 424 - 424 aa - 424 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6611+/-0.000819; mu= 11.6717+/- 0.049
mean_var=118.3046+/-22.093, 0's: 0 Z-trim(111.8): 47 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.117916
statistics sampled from 12657 (12704) to 12657 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16
Scan time: 3.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7313.1 SPOCK2 gene_id:9806|Hs108|chr10 ( 424) 3005 522.0 4.2e-148
CCDS54817.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 ( 436) 1444 256.5 3.8e-68
CCDS34095.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 ( 433) 1411 250.8 1.8e-66
CCDS4191.1 SPOCK1 gene_id:6695|Hs108|chr5 ( 439) 1317 234.9 1.2e-61
CCDS56344.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 ( 385) 1270 226.8 2.8e-59
CCDS75207.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 ( 344) 1161 208.2 9.7e-54
CCDS56347.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 ( 313) 1067 192.2 5.9e-49
CCDS56343.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 ( 316) 1024 184.9 9.4e-47
CCDS58931.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 ( 338) 926 168.3 1e-41
CCDS56346.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 ( 393) 695 129.0 7.9e-30
CCDS44431.1 SPOCK2 gene_id:9806|Hs108|chr10 ( 77) 432 83.8 6.5e-17
>>CCDS7313.1 SPOCK2 gene_id:9806|Hs108|chr10 (424 aa)
initn: 3005 init1: 3005 opt: 3005 Z-score: 2772.3 bits: 522.0 E(32554): 4.2e-148
Smith-Waterman score: 3005; 100.0% identity (100.0% similar) in 424 aa overlap (1-424:1-424)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRAPGCGRLVLPLLLLAAAALAEGDAKGLKEGETPGNFMEDEQWLSSISQYSGKIKHWNR
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CCDS73 MRAPGCGRLVLPLLLLAAAALAEGDAKGLKEGETPGNFMEDEQWLSSISQYSGKIKHWNR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FRDEVEDDYIKSWEDNQQGDEALDTTKDPCQKVKCSRHKVCIAQGYQRAMCISRKKLEHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FRDEVEDDYIKSWEDNQQGDEALDTTKDPCQKVKCSRHKVCIAQGYQRAMCISRKKLEHR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IKQPTVKLHGNKDSICKPCHMAQLASVCGSDGHTYSSVCKLEQQACLSSKQLAVRCEGPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 IKQPTVKLHGNKDSICKPCHMAQLASVCGSDGHTYSSVCKLEQQACLSSKQLAVRCEGPC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PCPTEQAATSTADGKPETCTGQDLADLGDRLRDWFQLLHENSKQNGSASSVAGPASGLDK
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CCDS73 PCPTEQAATSTADGKPETCTGQDLADLGDRLRDWFQLLHENSKQNGSASSVAGPASGLDK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SLGASCKDSIGWMFSKLDTSADLFLDQTELAAINLDKYEVCIRPFFNSCDTYKDGRVSTA
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CCDS73 SLGASCKDSIGWMFSKLDTSADLFLDQTELAAINLDKYEVCIRPFFNSCDTYKDGRVSTA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EWCFCFWREKPPCLAELERIQIQEAAKKKPGIFIPSCDEDGYYRKMQCDQSSGDCWCVDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EWCFCFWREKPPCLAELERIQIQEAAKKKPGIFIPSCDEDGYYRKMQCDQSSGDCWCVDQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LGLELTGTRTHGSPDCDDIVGFSGDFGSGVGWEDEEEKETEEAGEEAEEEEGEAGEADDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LGLELTGTRTHGSPDCDDIVGFSGDFGSGVGWEDEEEKETEEAGEEAEEEEGEAGEADDG
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GYIW
::::
CCDS73 GYIW
>>CCDS54817.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 (436 aa)
initn: 849 init1: 559 opt: 1444 Z-score: 1337.0 bits: 256.5 E(32554): 3.8e-68
Smith-Waterman score: 1444; 49.5% identity (73.6% similar) in 416 aa overlap (15-421:20-429)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRAPGCGRLVLPLLLLAAAALAEGDAKGLKEGETPGNFMEDEQWLSSISQYSGKI
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CCDS54 MLKVSAVLCVCAAAWCSQSLAAAAAVAA--AGGRSDG---GNFLDDKQWLTTISQYDKEV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KHWNRFRDEVEDDYIKSWEDNQQGDEALDTTKDPCQKVKCSRHKVCIAQGYQRAMCISRK
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CCDS54 GQWNKFRDEVEDDYFRTWSPGKPFDQALDPAKDPCLKMKCSRHKVCIAQDSQTAVCISHR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD KLEHRIKQPTV---KLHGNKDSICKPCHMAQLASVCGSDGHTYSSVCKLEQQACLSSKQL
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CCDS54 RLTHRMKEAGVDHRQWRGPILSTCKQCPVVYPSPVCGSDGHTYSFQCKLEYQACVLGKQI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AVRCEGPCPCPTEQAATSTADGKPETCTGQDLADLGDRLRDWFQLLHENSKQNGSASSVA
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CCDS54 SVKCEGHCPCPSDKP-TSTSRNVKRACSDLEFREVANRLRDWFKALHESGSQNKKTKTLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GPA-SGLDKSLGASCKDSIGWMFSKLDTSADLFLDQTELAAINLDKYEVCIRPFFNSCDT
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CCDS54 RPERSRFDTSILPICKDSLGWMFNRLDTNYDLLLDQSELRSIYLDKNEQCTKAFFNSCDT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD YKDGRVSTAEWCFCFWREK-PPCLAELERIQIQEAAKKKPGIFIPSCDEDGYYRKMQCDQ
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CCDS54 YKDSLISNNEWCYCFQRQQDPPCQTELSNIQKRQGVKKLLGQYIPLCDEDGYYKPTQCHG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD SSGDCWCVDQLGLELTGTRTHGSPDCDDIVGFSGDFGSGV--GWEDEEEKETEEAGEE--
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CCDS54 SVGQCWCVDRYGNEVMGSRINGVADCAIDFEISGDFASGDFHEWTDDEDDEDDIMNDEDE
360 370 380 390 400 410
410 420
pF1KSD AEEEEGEAGEADDGGYIW
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CCDS54 IEDDDEDEGDDDDGGDDHDVYI
420 430
>>CCDS34095.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 (433 aa)
initn: 639 init1: 612 opt: 1411 Z-score: 1306.7 bits: 250.8 E(32554): 1.8e-66
Smith-Waterman score: 1411; 48.8% identity (72.8% similar) in 416 aa overlap (15-421:20-426)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRAPGCGRLVLPLLLLAAAALAEGDAKGLKEGETPGNFMEDEQWLSSISQYSGKI
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CCDS34 MLKVSAVLCVCAAAWCSQSLAAAAAVAA--AGGRSDG---GNFLDDKQWLTTISQYDKEV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KHWNRFRDEVEDDYIKSWEDNQQGDEALDTTKDPCQKVKCSRHKVCIAQGYQRAMCISRK
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CCDS34 GQWNKFRD---DDYFRTWSPGKPFDQALDPAKDPCLKMKCSRHKVCIAQDSQTAVCISHR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD KLEHRIKQPTV---KLHGNKDSICKPCHMAQLASVCGSDGHTYSSVCKLEQQACLSSKQL
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CCDS34 RLTHRMKEAGVDHRQWRGPILSTCKQCPVVYPSPVCGSDGHTYSFQCKLEYQACVLGKQI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AVRCEGPCPCPTEQAATSTADGKPETCTGQDLADLGDRLRDWFQLLHENSKQNGSASSVA
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CCDS34 SVKCEGHCPCPSDKP-TSTSRNVKRACSDLEFREVANRLRDWFKALHESGSQNKKTKTLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GPA-SGLDKSLGASCKDSIGWMFSKLDTSADLFLDQTELAAINLDKYEVCIRPFFNSCDT
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CCDS34 RPERSRFDTSILPICKDSLGWMFNRLDTNYDLLLDQSELRSIYLDKNEQCTKAFFNSCDT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD YKDGRVSTAEWCFCFWREK-PPCLAELERIQIQEAAKKKPGIFIPSCDEDGYYRKMQCDQ
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CCDS34 YKDSLISNNEWCYCFQRQQDPPCQTELSNIQKRQGVKKLLGQYIPLCDEDGYYKPTQCHG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD SSGDCWCVDQLGLELTGTRTHGSPDCDDIVGFSGDFGSGV--GWEDEEEKETEEAGEE--
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CCDS34 SVGQCWCVDRYGNEVMGSRINGVADCAIDFEISGDFASGDFHEWTDDEDDEDDIMNDEDE
360 370 380 390 400 410
410 420
pF1KSD AEEEEGEAGEADDGGYIW
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CCDS34 IEDDDEDEGDDDDGGDDHDVYI
420 430
>>CCDS4191.1 SPOCK1 gene_id:6695|Hs108|chr5 (439 aa)
initn: 709 init1: 427 opt: 1317 Z-score: 1220.2 bits: 234.9 E(32554): 1.2e-61
Smith-Waterman score: 1333; 46.6% identity (70.4% similar) in 425 aa overlap (25-424:25-439)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRAPGCGRLVLPLLLLAAAALAEGDAKGLKEGETPGNFMEDEQWLSSISQYSGKIKHWNR
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CCDS41 MPAIAVLAAAAAAWCFLQVESRHLDALAGGAGPNHGNFLDNDQWLSTVSQYD-RDKYWNR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FRDEVEDDYIKSWEDNQQGDEALDTTKDPCQKVKCSRHKVCIAQGYQRAMCISRKKLEHR
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CCDS41 FRD---DDYFRNWNPNKPFDQALDPSKDPCLKVKCSPHKVCVTQDYQTALCVSRKHLLPR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KSD IKQPTV-KLH--GNKDSI-CKPCHMAQLASVCGSDGHTYSSVCKLEQQACLSSKQLAVRC
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CCDS41 QKKGNVAQKHWVGPSNLVKCKPCPVAQSAMVCGSDGHSYTSKCKLEFHACSTGKSLATLC
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EGPCPC-PTEQAATSTADGKPETCTGQDLADLGDRLRDWFQLLHENSKQNGSASSVAGPA
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CCDS41 DGPCPCLPEPEPPKHKAERS--ACTDKELRNLASRLKDWFGALHEDANRVIKPTSSNTAQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD SGLDKSLGASCKDSIGWMFSKLDTSADLFLDQTELAAINLDKYEVCIRPFFNSCDTYKDG
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CCDS41 GRFDTSILPICKDSLGWMFNKLDMNYDLLLDPSEINAIYLDKYEPCIKPLFNSCDSFKDG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD RVSTAEWCFCFWREKP---PCLAELERIQIQEAAKKKPGIFIPSCDEDGYYRKMQCDQSS
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CCDS41 KLSNNEWCYCF--QKPGGLPCQNEMNRIQKLSKGKSLLGAFIPRCNEEGYYKATQCHGST
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KSD GDCWCVDQLGLELTGTRTHGSPDCDDIVGFSGDFGSG--------------VGWEDEEEK
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CCDS41 GQCWCVDKYGNELAGSRKQGAVSCEEEQETSGDFGSGGSVVLLDDLEYERELGPKDKEGK
360 370 380 390 400 410
400 410 420
pF1KSD ---ETEEAGEEAEEEEGEAGEADDGGYIW
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CCDS41 LRVHTRAVTEDDEDEDDD--KEDEVGYIW
420 430
>>CCDS56344.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 (385 aa)
initn: 734 init1: 559 opt: 1270 Z-score: 1177.8 bits: 226.8 E(32554): 2.8e-59
Smith-Waterman score: 1270; 48.8% identity (72.9% similar) in 365 aa overlap (66-421:15-378)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD GNFMEDEQWLSSISQYSGKIKHWNRFRDEVEDDYIKSWEDNQQGDEALDTTKDPCQKVKC
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CCDS56 MITQDHIHMSSGLSQDDYFRTWSPGKPFDQALDPAKDPCLKMKC
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KSD SRHKVCIAQGYQRAMCISRKKLEHRIKQPTV---KLHGNKDSICKPCHMAQLASVCGSDG
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CCDS56 SRHKVCIAQDSQTAVCISHRRLTHRMKEAGVDHRQWRGPILSTCKQCPVVYPSPVCGSDG
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KSD HTYSSVCKLEQQACLSSKQLAVRCEGPCPCPTEQAATSTADGKPETCTGQDLADLGDRLR
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CCDS56 HTYSFQCKLEYQACVLGKQISVKCEGHCPCPSDKP-TSTSRNVKRACSDLEFREVANRLR
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260 270
pF1KSD DWFQLLHENSKQNGSASSVAGPA-SGLDKSLGASCKDSIGWMFSKLDTSADLFLDQTELA
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CCDS56 DWFKALHESGSQNKKTKTLLRPERSRFDTSILPICKDSLGWMFNRLDTNYDLLLDQSELR
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KSD AINLDKYEVCIRPFFNSCDTYKDGRVSTAEWCFCFWREK-PPCLAELERIQIQEAAKKKP
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CCDS56 SIYLDKNEQCTKAFFNSCDTYKDSLISNNEWCYCFQRQQDPPCQTELSNIQKRQGVKKLL
230 240 250 260 270 280
340 350 360 370 380 390
pF1KSD GIFIPSCDEDGYYRKMQCDQSSGDCWCVDQLGLELTGTRTHGSPDCDDIVGFSGDFGSGV
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CCDS56 GQYIPLCDEDGYYKPTQCHGSVGQCWCVDRYGNEVMGSRINGVADCAIDFEISGDFASGD
290 300 310 320 330 340
400 410 420
pF1KSD --GWEDEEEKETEEAGEE--AEEEEGEAGEADDGGYIW
: :.:. : . ..: :... . :. ::::
CCDS56 FHEWTDDEDDEDDIMNDEDEIEDDDEDEGDDDDGGDDHDVYI
350 360 370 380
>>CCDS75207.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 (344 aa)
initn: 629 init1: 559 opt: 1161 Z-score: 1078.2 bits: 208.2 E(32554): 9.7e-54
Smith-Waterman score: 1161; 48.8% identity (72.5% similar) in 338 aa overlap (93-421:1-337)
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DEVEDDYIKSWEDNQQGDEALDTTKDPCQKVKCSRHKVCIAQGYQRAMCISRKKLEHRIK
.::::::::::: : :.:::...: ::.:
CCDS75 MKCSRHKVCIAQDSQTAVCISHRRLTHRMK
10 20 30
130 140 150 160 170
pF1KSD QPTV---KLHGNKDSICKPCHMAQLASVCGSDGHTYSSVCKLEQQACLSSKQLAVRCEGP
. : . .: : :: : .. . :::::::::: :::: :::. .::..:.:::
CCDS75 EAGVDHRQWRGPILSTCKQCPVVYPSPVCGSDGHTYSFQCKLEYQACVLGKQISVKCEGH
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KSD CPCPTEQAATSTADGKPETCTGQDLADLGDRLRDWFQLLHENSKQNGSASSVAGPA-SGL
::::... :::. . ..:. .. ....::::::. :::...:: ..... : : .
CCDS75 CPCPSDKP-TSTSRNVKRACSDLEFREVANRLRDWFKALHESGSQNKKTKTLLRPERSRF
100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DKSLGASCKDSIGWMFSKLDTSADLFLDQTELAAINLDKYEVCIRPFFNSCDTYKDGRVS
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CCDS75 DTSILPICKDSLGWMFNRLDTNYDLLLDQSELRSIYLDKNEQCTKAFFNSCDTYKDSLIS
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KSD TAEWCFCFWREK-PPCLAELERIQIQEAAKKKPGIFIPSCDEDGYYRKMQCDQSSGDCWC
. :::.:: :.. ::: .:: :: ....:: : .:: :::::::. :: : :.:::
CCDS75 NNEWCYCFQRQQDPPCQTELSNIQKRQGVKKLLGQYIPLCDEDGYYKPTQCHGSVGQCWC
210 220 230 240 250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KSD VDQLGLELTGTRTHGSPDCDDIVGFSGDFGSGV--GWEDEEEKETEEAGEE--AEEEEGE
::. : :. :.: .: :: .::::.:: : :.:. : . ..: :... .
CCDS75 VDRYGNEVMGSRINGVADCAIDFEISGDFASGDFHEWTDDEDDEDDIMNDEDEIEDDDED
270 280 290 300 310 320
420
pF1KSD AGEADDGGYIW
:. ::::
CCDS75 EGDDDDGGDDHDVYI
330 340
>>CCDS56347.1 SPOCK3 gene_id:50859|Hs108|chr4 (313 aa)
initn: 959 init1: 603 opt: 1067 Z-score: 992.4 bits: 192.2 E(32554): 5.9e-49
Smith-Waterman score: 1067; 50.3% identity (75.7% similar) in 300 aa overlap (15-310:20-310)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRAPGCGRLVLPLLLLAAAALAEGDAKGLKEGETPGNFMEDEQWLSSISQYSGKI
: ::::.: : : ..: :::..:.:::..::::. ..
CCDS56 MLKVSAVLCVCAAAWCSQSLAAAAAVAA--AGGRSDG---GNFLDDKQWLTTISQYDKEV
10 20 30 40 50
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120 130 140 150 160 170
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CCDS58 GSRINGVADCAIDFEISGDFASGDFHEWTDDEDDEDDIMNDEDEIEDDDEDEGDDDDGGD
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pF1KSD IW
CCDS58 DHDVYI
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120 130 140 150 160 170
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180 190 200 210 220 230
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CCDS56 EDDDEDEGDDDDGGDDHDVYI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]