Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0317
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0317, 823 aa
1>>>pF1KSDA0317 823 - 823 aa - 823 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7541+/-0.00102; mu= 18.0774+/- 0.062
mean_var=72.6571+/-14.261, 0's: 0 Z-trim(104.3): 59 B-trim: 23 in 1/47
Lambda= 0.150465
statistics sampled from 7764 (7823) to 7764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.606), E-opt: 0.2 (0.24), width: 16
Scan time: 2.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 ( 823) 5556 1216.0 0
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 716 165.7 1.5e-39
CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 685 158.5 2.2e-38
CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 685 158.6 3.6e-38
CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 685 158.7 4e-38
CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 675 156.5 1.6e-37
CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 675 156.5 1.8e-37
CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 675 156.5 1.9e-37
CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 644 149.8 2e-35
CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 593 138.7 4e-32
CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 593 138.7 4.1e-32
CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 593 138.7 4.3e-32
CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 593 138.7 4.5e-32
CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 593 138.7 4.5e-32
CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 593 138.7 4.6e-32
CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 593 138.7 4.6e-32
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 588 137.6 9.2e-32
CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 586 137.2 1.2e-31
CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 586 137.2 1.6e-31
CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 586 137.2 1.7e-31
CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 586 137.2 1.7e-31
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 540 127.2 1.5e-28
CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 500 118.5 4.3e-26
CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 500 118.5 4.4e-26
CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 503 119.3 5.3e-26
CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 503 119.3 5.4e-26
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 498 118.0 5.9e-26
CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 500 118.6 6.6e-26
CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 500 118.6 8.3e-26
CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068) 490 116.4 2.7e-25
CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 447 107.0 1.3e-22
CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 447 107.0 1.3e-22
CCDS64946.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2798) 385 93.8 4.5e-18
CCDS34933.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2799) 385 93.8 4.5e-18
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 377 91.8 5.3e-18
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 377 91.8 5.4e-18
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 377 91.8 5.4e-18
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 317 79.1 2e-13
CCDS63145.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1722) 291 73.3 4.1e-12
CCDS33391.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1992) 291 73.3 4.6e-12
CCDS63146.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (2040) 291 73.3 4.7e-12
CCDS41939.1 HECTD1 gene_id:25831|Hs108|chr14 (2610) 277 70.3 4.8e-11
>>CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 (823 aa)
initn: 5556 init1: 5556 opt: 5556 Z-score: 6512.7 bits: 1216.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5556; 100.0% identity (100.0% similar) in 823 aa overlap (1-823:1-823)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MFYVIGGITVSVVAFFFTIKFLFELAARVVSFLQNEDRERRGDRTIYDYVRGNYLDPRSC
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CCDS41 MFYVIGGITVSVVAFFFTIKFLFELAARVVSFLQNEDRERRGDRTIYDYVRGNYLDPRSC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KVSWDWKDPYEVGHSMAFRVHLFYKNGQPFPAHRPVGLRVHISHVELAVEIPVTQEVLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KVSWDWKDPYEVGHSMAFRVHLFYKNGQPFPAHRPVGLRVHISHVELAVEIPVTQEVLQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PNSNVVKVAFTVRKAGRYEITVKLGGLNVAYSPYYKIFQPGMVVPSKTKIVCHFSTLVLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PNSNVVKVAFTVRKAGRYEITVKLGGLNVAYSPYYKIFQPGMVVPSKTKIVCHFSTLVLT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD CGQPHTLQIVPRDEYDNPTNNSMSLRDEHNYTLSIHELGPQEEESTGVSFEKSVTSNRQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CGQPHTLQIVPRDEYDNPTNNSMSLRDEHNYTLSIHELGPQEEESTGVSFEKSVTSNRQT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD FQVFLRLTLHSRGCFHACISYQNQPINNGEFDIIVLSEDEKNIVERNVSTSGVSIYFEAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FQVFLRLTLHSRGCFHACISYQNQPINNGEFDIIVLSEDEKNIVERNVSTSGVSIYFEAY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LYNATNCSSTPWHLPPMHMTSSQRRPSTAVDEEDEDSPSECHTPEKVKKPKKVYCYVSPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LYNATNCSSTPWHLPPMHMTSSQRRPSTAVDEEDEDSPSECHTPEKVKKPKKVYCYVSPK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QFSVKEFYLKIIPWRLYTFRVCPGTKFSYLGPDPVHKLLTLVVDDGIQPPVELSCKERNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QFSVKEFYLKIIPWRLYTFRVCPGTKFSYLGPDPVHKLLTLVVDDGIQPPVELSCKERNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LAATFIRSLHKNIGGSETFQDKVNFFQRELRQVHMKRPHSKVTLKVSRHALLESSLKATR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LAATFIRSLHKNIGGSETFQDKVNFFQRELRQVHMKRPHSKVTLKVSRHALLESSLKATR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NFSISDWSKNFEVVFQDEEALDWGGPRREWFELICKALFDTTNQLFTRFSDNNQALVHPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NFSISDWSKNFEVVFQDEEALDWGGPRREWFELICKALFDTTNQLFTRFSDNNQALVHPN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PNRPAHLRLKMYEFAGRLVGKCLYESSLGGAYKQLVRARFTRSFLAQIIGLRMHYKYFET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PNRPAHLRLKMYEFAGRLVGKCLYESSLGGAYKQLVRARFTRSFLAQIIGLRMHYKYFET
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD DDPEFYKSKVCFILNNDMSEMELVFAEEKYNKSGQLDKVVELMTGGAQTPVTNANKIFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DDPEFYKSKVCFILNNDMSEMELVFAEEKYNKSGQLDKVVELMTGGAQTPVTNANKIFYL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD NLLAQYRLASQVKEEVEHFLKGLNELVPENLLAIFDENELELLMCGTGDISVSDFKAHAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NLLAQYRLASQVKEEVEHFLKGLNELVPENLLAIFDENELELLMCGTGDISVSDFKAHAV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VVGGSWHFREKVMRWFWTVVSSLTQEELARLLQFTTGSSQLPPGGFAALCPSFQIIAAPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VVGGSWHFREKVMRWFWTVVSSLTQEELARLLQFTTGSSQLPPGGFAALCPSFQIIAAPT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KSD HSTLPTAHTCFNQLCLPTYDSYEEVHRMLQLAISEGCEGFGML
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HSTLPTAHTCFNQLCLPTYDSYEEVHRMLQLAISEGCEGFGML
790 800 810 820
>>CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374 aa)
initn: 596 init1: 197 opt: 716 Z-score: 823.3 bits: 165.7 E(32554): 1.5e-39
Smith-Waterman score: 723; 34.6% identity (67.2% similar) in 396 aa overlap (439-822:3994-4373)
410 420 430 440 450 460
pF1KSD PPVELSCKERNILAATFIRSLHKNIGGSETFQDKVNFFQRELRQVHMKRPHSKVTLKVSR
:. : ..:..::... . ....: :
CCDS35 TVLNQILRQSTTHLADGPFAVLVDYIRVLDFDVKRKYFRQELERLDEGLRKEDMAVHVRR
3970 3980 3990 4000 4010 4020
470 480 490 500 510 520
pF1KSD HALLESSLKATRNFSISDWSKNFEVVFQDEEALDWGGPRREWFELICKALFDTTNQLFTR
..:.: . . : . .. . .::. ::. : :: :::. .: . .:. :: :
CCDS35 DHVFEDSYRELHRKSPEEMKNRLYIVFEGEEGQDAGGLLREWYMIISREMFNPMYALF-R
4030 4040 4050 4060 4070 4080
530 540 550 560 570 580
pF1KSD FSDNNQALVHPNPNR---PAHLRLKMYEFAGRLVGKCLYESSLGGAYKQLVRARFTRSFL
: .... ::. : :: ....:.::.:.: .:.. .:.. :::::
CCDS35 TSPGDRVTYTINPSSHCNPNHL--SYFKFVGRIVAKAVYDN-------RLLECYFTRSFY
4090 4100 4110 4120 4130
590 600 610 620 630 640
pF1KSD AQIIGLRMHYKYFETDDPEFYKSKVCFILNNDMSEM--ELVFAEEKYNKSGQLDKVVELM
.:.: ..: .:..: .::.. : ..:.::.: . .:.:. : .. : . .: .:
CCDS35 KHILGKSVRYTDMESEDYHFYQGLV-YLLENDVSTLGYDLTFSTE-VQEFG-VCEVRDLK
4140 4150 4160 4170 4180 4190
650 660 670 680 690 700
pF1KSD TGGAQTPVTNANKIFYLNLLAQYRLASQVKEEVEHFLKGLNELVPENLLAIFDENELELL
.::. ::. :: :..:. :.:... ..... ::.:. :..:. :..:: :.:::::
CCDS35 PNGANILVTEENKKEYVHLVCQMRMTGAIRKQLAAFLEGFYEIIPKRLISIFTEQELELL
4200 4210 4220 4230 4240 4250
710 720 730 740 750 760
pF1KSD MCGTGDISVSDFKAHAVVVGGSWHFREKVMRWFWTVVSSLTQEELARLLQFTTGSSQLPP
. : :...:.:... ... ..::: .. :. : . :..:::.::.:..:
CCDS35 ISGLPTIDIDDLKSNTEY--HKYQSNSIQIQWFWRALRSFDQADRAKFLQFVTGTSKVPL
4260 4270 4280 4290 4300
770 780 790 800 810
pF1KSD GGFAAL-----CPSFQIIAAPTHST--LPTAHTCFNQLCLPTYDSYEEVHRMLQLAISEG
::::: .::: .:: ::.:::::::: ::.:.:.:....:: :::.:
CCDS35 QGFAALEGMNGIQKFQI-HRDDRSTDRLPSAHTCFNQLDLPAYESFEKLRHMLLLAIQEC
4310 4320 4330 4340 4350 4360
820
pF1KSD CEGFGML
::::.
CCDS35 SEGFGLA
4370
>>CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 (431 aa)
initn: 661 init1: 208 opt: 685 Z-score: 802.6 bits: 158.5 E(32554): 2.2e-38
Smith-Waterman score: 694; 36.3% identity (63.2% similar) in 375 aa overlap (460-821:74-429)
430 440 450 460 470 480
pF1KSD HKNIGGSETFQDKVNFFQRELRQVHMKRPHSKVTLKVSRHALLESSLKATRNFSISDWSK
:.: ..:::..:.:.:.. :.. : .
CCDS58 TKQGSPGAYDRSFRWKYHQFRFLCHSNALPSHVKISVSRQTLFEDSFQQIMNMKPYDLRR
50 60 70 80 90 100
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NFEVVFQDEEALDWGGPRREWFELICKALFDTTNQLFTRFSDNNQAL-VHPNPN-RPAHL
. .... ::.::.:: :::: :. . ... :: . :: : ..: . : ::
CCDS58 RLYIIMRGEEGLDYGGIAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKNNYCLQINPASSINPDHL
110 120 130 140 150 160
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RLKMYEFAGRLVGKCLYESSLGGAYKQLVRARFTRSFLAQIIGLRMHYKYFETDDPEFYK
...: ::... :: . ... . :: : .... : : .:. :::::.
CCDS58 --TYFRFIGRFIAMALY-------HGKFIDTGFTLPFYKRMLNKRPTLKDLESIDPEFYN
170 180 190 200 210
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SKVCFILNNDMSE--MELVFAEEKYNKSGQLDKVV--ELMTGGAQTPVTNANKIFYLNLL
: . .: .:.. : .:: : .. : ::. :: :: . ::. :: :. ::
CCDS58 S-IVWIKENNLEECGLELYFIQDME----ILGKVTTHELKEGGESIRVTEENKEEYIMLL
220 230 240 250 260
670 680 690 700 710 720
pF1KSD AQYRLASQVKEEVEHFLKGLNELVPENLLAIFDENELELLMCGTGDISVSDFKAHAVVVG
...:.. :.:... :: :.::..: . : :::.::::..:: .:..::.. ..
CCDS58 TDWRFTRGVEEQTKAFLDGFNEVAPLEWLRYFDEKELELMLCGMQEIDMSDWQKSTIYR-
270 280 290 300 310 320
730 740 750 760 770
pF1KSD GSWHFRE--KVMRWFWTVVSSLTQEELARLLQFTTGSSQLPPGGFAALCPS-----FQII
:. . : ..::: ::. . .:. :::::.::. .:: :::: : : : :
CCDS58 ---HYTKNSKQIQWFWQVVKEMDNEKRIRLLQFVTGTCRLPVGGFAELIGSNGPQKFCID
330 340 350 360 370 380
780 790 800 810 820
pF1KSD AAPTHSTLPTAHTCFNQLCLPTYDSYEEVHRMLQLAISEGCEGFGML
. .. :: .:::::.: :: : :::.... : :: : ::::
CCDS58 KVGKETWLPRSHTCFNRLDLPPYKSYEQLREKLLYAIEE-TEGFGQE
390 400 410 420 430
>>CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 (754 aa)
initn: 691 init1: 208 opt: 685 Z-score: 798.8 bits: 158.6 E(32554): 3.6e-38
Smith-Waterman score: 694; 36.3% identity (63.2% similar) in 375 aa overlap (460-821:397-752)
430 440 450 460 470 480
pF1KSD HKNIGGSETFQDKVNFFQRELRQVHMKRPHSKVTLKVSRHALLESSLKATRNFSISDWSK
:.: ..:::..:.:.:.. :.. : .
CCDS58 TKQGSPGAYDRSFRWKYHQFRFLCHSNALPSHVKISVSRQTLFEDSFQQIMNMKPYDLRR
370 380 390 400 410 420
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NFEVVFQDEEALDWGGPRREWFELICKALFDTTNQLFTRFSDNNQAL-VHPNPN-RPAHL
. .... ::.::.:: :::: :. . ... :: . :: : ..: . : ::
CCDS58 RLYIIMRGEEGLDYGGIAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKNNYCLQINPASSINPDHL
430 440 450 460 470 480
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RLKMYEFAGRLVGKCLYESSLGGAYKQLVRARFTRSFLAQIIGLRMHYKYFETDDPEFYK
...: ::... :: . ... . :: : .... : : .:. :::::.
CCDS58 --TYFRFIGRFIAMALY-------HGKFIDTGFTLPFYKRMLNKRPTLKDLESIDPEFYN
490 500 510 520 530
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SKVCFILNNDMSE--MELVFAEEKYNKSGQLDKVV--ELMTGGAQTPVTNANKIFYLNLL
: . .: .:.. : .:: : .. : ::. :: :: . ::. :: :. ::
CCDS58 S-IVWIKENNLEECGLELYFIQDME----ILGKVTTHELKEGGESIRVTEENKEEYIMLL
540 550 560 570 580 590
670 680 690 700 710 720
pF1KSD AQYRLASQVKEEVEHFLKGLNELVPENLLAIFDENELELLMCGTGDISVSDFKAHAVVVG
...:.. :.:... :: :.::..: . : :::.::::..:: .:..::.. ..
CCDS58 TDWRFTRGVEEQTKAFLDGFNEVAPLEWLRYFDEKELELMLCGMQEIDMSDWQKSTIYR-
600 610 620 630 640 650
730 740 750 760 770
pF1KSD GSWHFRE--KVMRWFWTVVSSLTQEELARLLQFTTGSSQLPPGGFAALCPS-----FQII
:. . : ..::: ::. . .:. :::::.::. .:: :::: : : : :
CCDS58 ---HYTKNSKQIQWFWQVVKEMDNEKRIRLLQFVTGTCRLPVGGFAELIGSNGPQKFCID
660 670 680 690 700
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pF1KSD AAPTHSTLPTAHTCFNQLCLPTYDSYEEVHRMLQLAISEGCEGFGML
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CCDS58 FGQE
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CCDS45 FEESYRRIMSVKRPDVLKARLWIEFESEKGLDYGGVAREWFFLLSKEMFNPYYGLFEYSA
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CCDS45 EIMVTNENKREYIDLVIQWRFVNRVQKQMNAFLEGFTELLPIDLIKIFDENELELLMCGL
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CCDS45 GDVDVNDWRQHSIYKNG-YCPNHPVIQWFWKAVLLMDAEKRIRLLQFVTGTSRVPMNGFA
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CCDS45 ELYGSNGPQLFTIEQWGSPEKLPRAHTCFNRLDLPPYETFEDLREKLLMAV-ENAQGFEG
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