Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0323
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0323, 719 aa
1>>>pF1KSDA0323 719 - 719 aa - 719 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1304+/-0.000809; mu= 14.3195+/- 0.049
mean_var=174.0186+/-34.734, 0's: 0 Z-trim(113.9): 38 B-trim: 31 in 1/52
Lambda= 0.097225
statistics sampled from 14507 (14540) to 14507 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.447), width: 16
Scan time: 3.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 ( 678) 4697 671.2 1.4e-192
CCDS45090.1 NYNRIN gene_id:57523|Hs108|chr14 (1898) 879 136.1 4.7e-31
CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 ( 896) 799 124.6 6.7e-28
CCDS44727.1 ZC3H12C gene_id:85463|Hs108|chr11 ( 883) 639 102.1 3.8e-21
CCDS417.1 ZC3H12A gene_id:80149|Hs108|chr1 ( 599) 625 100.0 1.1e-20
CCDS48131.2 ZC3H12B gene_id:340554|Hs108|chrX ( 836) 618 99.1 2.8e-20
CCDS47500.2 ZC3H12D gene_id:340152|Hs108|chr6 ( 527) 588 94.7 3.8e-19
>>CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 (678 aa)
initn: 4697 init1: 4697 opt: 4697 Z-score: 3570.8 bits: 671.2 E(32554): 1.4e-192
Smith-Waterman score: 4697; 99.7% identity (99.7% similar) in 678 aa overlap (42-719:1-678)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD QPELQGSPAGWDSTEGWTWGDGEHGLGAAAMPTWGARPASPDRFAVSAEAENKVREQQPH
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CCDS32 MPTWGARPASPDRFAVSAEAENKVREQQPH
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD VERIFSVGVSVLPKDCPDNPHIWLQLEGPKENASRAKEYLKGLCSPELQDEIHYPPKLHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VERIFSVGVSVLPKDCPDNPHIWLQLEGPKENASRAKEYLKGLCSPELQDEIHYPPKLHC
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KSD IFLGAQGFFLDCLAWSTSAHLVPRAPGSLMISGLTEAFVMAQSRVEELAERLSWDFTPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IFLGAQGFFLDCLAWSTSAHLVPRAPGSLMISGLTEAFVMAQSRVEELAERLSWDFTPGP
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KSD SSGASQCTGVLRDFSALLQSPGDAHREALLQLPLAVQEELLSLVQEASSGQGPGALASWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SSGASQCTGVLRDFSALLQSPGDAHREALLQLPLAVQEELLSLVQEASSGQGPGALASWE
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KSD GRSSALLGAQCQGVRAPPSDGRESLDTGSMGPGDCRGARGDTYAVEKEGGTQGGPREMDL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::
CCDS32 GRSSALLGAQCQGVRAPPSDGRESLDTGSMGPGDCRGARGDTYAVEKEGGKQGGPREMDW
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KSD GWKELPGEEAWEREVALRPQSVGGGARESAPLKGKALGKEEIALGGGGFCVHREPPGAHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GWKELPGEEAWEREVALRPQSVGGGARESAPLKGKALGKEEIALGGGGFCVHREPPGAHG
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KSD SCHRAAQSRGASLLQRLHNGNASPPRVPSPPPAPEPPWHCGDRGDCGDRGDVGDRGDKQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SCHRAAQSRGASLLQRLHNGNASPPRVPSPPPAPEPPWHCGDRGDCGDRGDVGDRGDKQQ
340 350 360 370 380 390
440 450 460 470 480 490
pF1KSD GMARGRGPQWKRGARGGNLVTGTQRFKEALQDPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GMARGRGPQWKRGARGGNLVTGTQRFKEALQDPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMV
400 410 420 430 440 450
500 510 520 530 540 550
pF1KSD HGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVFVPQWRFSKDAKVRESHFLQKLYSLSLLSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVFVPQWRFSKDAKVRESHFLQKLYSLSLLSLT
460 470 480 490 500 510
560 570 580 590 600 610
pF1KSD PSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGIIVSNDQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGIIVSNDQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVG
520 530 540 550 560 570
620 630 640 650 660 670
pF1KSD NLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKKPARTQGSSKAQHPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKKPARTQGSSKAQHPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIR
580 590 600 610 620 630
680 690 700 710
pF1KSD KTRETERLRRQLLEVFWGQDHKVDFILQREPYCRDINQLSEALLSLNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KTRETERLRRQLLEVFWGQDHKVDFILQREPYCRDINQLSEALLSLNF
640 650 660 670
>>CCDS45090.1 NYNRIN gene_id:57523|Hs108|chr14 (1898 aa)
initn: 1457 init1: 644 opt: 879 Z-score: 671.0 bits: 136.1 E(32554): 4.7e-31
Smith-Waterman score: 879; 62.6% identity (85.4% similar) in 206 aa overlap (432-637:746-949)
410 420 430 440 450 460
pF1KSD PPAPEPPWHCGDRGDCGDRGDVGDRGDKQQGMARGRGPQWKRGARGGNLVTGTQRFKEAL
: .: : : .... ::. ::..:::
CCDS45 GQGQAGRQGPQSSGTLALSSKHQFQMEGLLGAWEGAPRQPPRHLQANSTVTSFQRYHEAL
720 730 740 750 760 770
470 480 490 500 510 520
pF1KSD QDPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVF
. :: : :.. ::. ::..:::::.:::::::::.:: ::::.:::.::.::::..:::
CCDS45 NTPFELNLSGEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRGHREVTVF
780 790 800 810 820 830
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VPQWRFSKDAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGIIV
:: :...:. .::::::: ::.::..::.:::.. .::.:..:: :::::::::::::::
CCDS45 VPTWQLKKNRRVRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAEETDGIIV
840 850 860 870 880 890
590 600 610 620 630 640
pF1KSD SNDQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKKPARTQGS
.:.:.. : . :.: : ...:::::::.:::::::::::::.::::::::::: :
CCDS45 TNEQIHILMNSSKKLM--VKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFLKKPNRLDTD
900 910 920 930 940 950
650 660 670 680 690 700
pF1KSD SKAQHPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIRKTRETERLRRQLLEVFWGQDHKVDFILQRE
CCDS45 IGNFLKVWKTLPPSSASVTELSDDADSGPLESLPNMEEVREEKEERQDEEQRQGQGTQKA
960 970 980 990 1000 1010
>--
initn: 683 init1: 612 opt: 679 Z-score: 519.3 bits: 108.1 E(32554): 1.3e-22
Smith-Waterman score: 679; 47.1% identity (70.7% similar) in 242 aa overlap (46-284:5-242)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD QGSPAGWDSTEGWTWGDGEHGLGAAAMPTWGARPASPDRFAVSAEAENKVREQQPHVERI
:. : . . : :..... .:..:. .:.::
CCDS45 MLLSGGDPPAQEWFMVQTKSKPRVQRQRLQVQRI
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KSD FSVGVSVLPKDCPDNPHIWLQLEGPKENASRAKEYLKGLCSPELQDEIHYPPKLHCIFLG
: : .... .. ::.:..:::::::.:: ..::::::::::::: :..::: ::: :::
CCDS45 FRVKLNAF-QSRPDTPYFWLQLEGPRENMGKAKEYLKGLCSPELWKEVRYPPILHCAFLG
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KSD AQGFFLDCLAWSTSAHLVPRAPGSLMISGLTEAFVMAQSRVEELAERLSWDFTPGPSSGA
:::.::::: ::: :.::: :::::..::::.:.:.:. .:::. :: : .: . .
CCDS45 AQGLFLDCLCWSTLAYLVPGPPGSLMVGGLTESFIMTQNWLEELVGRLRWGPAPLLTPRG
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KSD SQCTGVLRDFSALLQSPGDAHREALLQLPLAVQEELLSLVQEASSGQGPGALASWEGRSS
. : : :.::. :: : ::::: :::: :::::..:. : . : .: .
CCDS45 IWEAEVTRAFGALVWIRGDQHAGDLLQLPPAVQELLLSLVRDAA---GKEDIIEWLSRFG
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KSD ALLGAQCQGVRA-PPSDGRESLDTGSMG--PGDCRGARGDTYAVEKEGGTQGGPREMDLG
. . : ::.. .:. :.: ::
CCDS45 ISDSHSDPEVLICPPQQQKEAPAMVSVGESPGPFVDMGTLQNRGPENSKRLSSLGATGSL
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KSD WKELPGEEAWEREVALRPQSVGGGARESAPLKGKALGKEEIALGGGGFCVHREPPGAHGS
CCDS45 ITAQSTPQEAANQLVRVGSNNQDGMDSAQEEGTVQATSSQDSTNHTQALLKQRQVQKIED
280 290 300 310 320 330
>>CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 (896 aa)
initn: 1091 init1: 798 opt: 799 Z-score: 614.4 bits: 124.6 E(32554): 6.7e-28
Smith-Waterman score: 825; 44.7% identity (68.9% similar) in 318 aa overlap (434-710:577-890)
410 420 430 440 450 460
pF1KSD APEPPWHCGDRGDCGDRGDVGDRGDKQQGMARGRGPQWKRGARGGNLVTGTQRFKEALQD
::. ::. . . :::.:::...:.
CCDS45 GCCSSPHSKPNCSTLSPPMPLPQLLPSVTDARSAGPS----DHIDSSVTGVQRFRDTLKI
550 560 570 580 590 600
470 480 490 500 510 520
pF1KSD PFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVFVP
:. : : : ::. ::.::::::::::..:::...:: :::::::.::: :.:.::::::
CCDS45 PYKLELKNEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVFVP
610 620 630 640 650 660
530 540 550 560 570 580
pF1KSD QWRFSKDAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGIIVSN
::: .: .: :.::: .: :..:::::.:.. :.::.:.::::...::..: ::::.:
CCDS45 QWRTRRDPNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGIIVTN
670 680 690 700 710 720
590 600 610 620 630
pF1KSD DQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKK---------
:.::....:: .: :: .::: .::::..::::::::::.:: :.:::.:
CCDS45 DNFREFVNESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLRDMQP
730 740 750 760 770 780
640 650 660
pF1KSD -----------------PARTQGSSKAQHPSR---GFAEHGKQQQGR----------EEE
:. .:.. : :.: . . : :: . ...
CCDS45 LLSALPNVGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPSLQQN
790 800 810 820 830 840
670 680 690 700 710
pF1KSD KGSGGIRKTRETERLRRQLLEVFWGQDH--KVDFILQREPYCRDINQLSEALLSLNF
. :.. ::..::. ::..: ... :.: :: .:: .:.: :
CCDS45 LPMPAQRSSAETNELREALLKIFPDSEQRLKIDQILVAHPYMKDLNALSAMVLD
850 860 870 880 890
>>CCDS44727.1 ZC3H12C gene_id:85463|Hs108|chr11 (883 aa)
initn: 641 init1: 422 opt: 639 Z-score: 493.2 bits: 102.1 E(32554): 3.8e-21
Smith-Waterman score: 639; 49.3% identity (73.7% similar) in 205 aa overlap (477-678:244-448)
450 460 470 480 490 500
pF1KSD GGNLVTGTQRFKEALQDPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIA
.:: :::::::::: :: .. :: ::: .:
CCDS44 TINTITRETSSLESQRSESPMQEIVTDDGENLRPIVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGIKLA
220 230 240 250 260 270
510 520 530 540 550 560
pF1KSD VQYFWDRGHRDITVFVPQWRFSK---DAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISS
:..: .:::.::::::: :: . :: . ....:.:: . ..: .:::: ..:.:.
CCDS44 VDWFLERGHKDITVFVPAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVC
280 290 300 310 320 330
570 580 590 600 610 620
pF1KSD YDDRFMVKLAEETDGIIVSNDQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGR
:::::.:::: :.::::::::..::::.:. .: .: :::: ..::.. :: :::::::
CCDS44 YDDRFIVKLAFESDGIIVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGR
340 350 360 370 380 390
630 640 650 660 670 680
pF1KSD NGPTLDEFLKKPARTQGSSKAQHPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIRKTRETERLRRQL
.::.::.::.: . .: : .:.. . . :.:: :.. . :
CCDS44 HGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRN
400 410 420 430 440 450
690 700 710
pF1KSD LEVFWGQDHKVDFILQREPYCRDINQLSEALLSLNF
CCDS44 TAAKTANEGGLVKSNSVPCSTKADSTSDVKRGAPKRQSDPSIRTQVYQDLEEKLPTKNKL
460 470 480 490 500 510
>>CCDS417.1 ZC3H12A gene_id:80149|Hs108|chr1 (599 aa)
initn: 599 init1: 379 opt: 625 Z-score: 484.6 bits: 100.0 E(32554): 1.1e-20
Smith-Waterman score: 625; 49.5% identity (69.3% similar) in 212 aa overlap (439-647:104-307)
410 420 430 440 450 460
pF1KSD WHCGDRGDCGDRGDVGDRGDKQQGMARGRGPQWKRGARGGNLVTGTQRFKEALQDPFTLC
:: ::: :: . :. : :
CCDS41 VQADTNTVLGELVKHGTATERERQTSPDPCPQLPLVPRGG----GTPK-APNLEPP--LP
80 90 100 110 120
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVFVPQWRFS
. :. ::: .::::::::: :: .. :: ::: .::..: .::: :::::::.::
CCDS41 EEEKEGS-DLRPVVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGILLAVNWFLERGHTDITVFVPSWRKE
130 140 150 160 170 180
530 540 550 560 570 580
pF1KSD K---DAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGIIVSNDQ
. :. . ..:.:..: . ..: .:::: . :::. :::::.:::: :.:::.::::
CCDS41 QPRPDVPITDQHILRELEKKKILVFTPSRRVGGKRVVCYDDRFIVKLAYESDGIVVSNDT
190 200 210 220 230 240
590 600 610 620 630 640
pF1KSD FRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKKPARTQGSSKAQ
.::: : ..: .:.:::: ..::.. :: :::::::.::.::.::.: : :
CCDS41 YRDLQGERQEWKRFIEERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPLTLEHRKQP
250 260 270 280 290 300
650 660 670 680 690 700
pF1KSD HPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIRKTRETERLRRQLLEVFWGQDHKVDFILQREPYCR
:
CCDS41 CPYGRKCTYGIKCRFFHPERPSCPQRSVADELRANALLSPPRAPSKDKNGRRPSPSSQSS
310 320 330 340 350 360
>>CCDS48131.2 ZC3H12B gene_id:340554|Hs108|chrX (836 aa)
initn: 642 init1: 391 opt: 618 Z-score: 477.5 bits: 99.1 E(32554): 2.8e-20
Smith-Waterman score: 618; 44.5% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (472-686:184-401)
450 460 470 480 490 500
pF1KSD KRGARGGNLVTGTQRFKEALQDPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSR
. .. .:: .::::::::: :: .. :: :
CCDS48 SEGQINLSLLVPRGPSSREIASPELSLEDEIDNSDNLRPVVIDGSNVAMSHGNKEEFSCR
160 170 180 190 200 210
510 520 530 540 550
pF1KSD GIAIAVQYFWDRGHRDITVFVPQWRFSK---DAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDG
:: .::..: :.::.::::::: :: . :: . .. .:.:: . ..: .:::: ..:
CCDS48 GIQLAVDWFLDKGHKDITVFVPAWRKEQSRPDAPITDQDILRKLEKEKILVFTPSRRVQG
220 230 240 250 260 270
560 570 580 590 600 610
pF1KSD KRISSYDDRFMVKLAEETDGIIVSNDQFRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPD
.:. :::::.:::: ..::::::::..::: :. .: .:.:::: ..::.. :: ::
CCDS48 RRVVCYDDRFIVKLAFDSDGIIVSNDNYRDLQVEKPEWKKFIEERLLMYSFVNDKFMPPD
280 290 300 310 320 330
620 630 640 650 660 670
pF1KSD DPLGRNGPTLDEFLKKPARTQGSSKAQHPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIRKTRETER
:::::.::.:..::.: . .: : .:.. . . :... :.. . :
CCDS48 DPLGRHGPSLENFLRKRPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERANQPQRSVADELR
340 350 360 370 380 390
680 690 700 710
pF1KSD LRRQLLEVFWGQDHKVDFILQREPYCRDINQLSEALLSLNF
. .: :
CCDS48 ISAKLSTVKTMSEGTLAKCGTGMSSAKGEITSEVKRVAPKRQSDPSIRSVAMEPEEWLSI
400 410 420 430 440 450
>>CCDS47500.2 ZC3H12D gene_id:340152|Hs108|chr6 (527 aa)
initn: 576 init1: 375 opt: 588 Z-score: 457.3 bits: 94.7 E(32554): 3.8e-19
Smith-Waterman score: 588; 51.6% identity (71.7% similar) in 184 aa overlap (478-657:89-265)
450 460 470 480 490 500
pF1KSD GNLVTGTQRFKEALQDPFTLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAV
:: :::::::::: :: .. :: ::: .::
CCDS47 VPRGSCGVPDSAQRGPGTALEEDFRTLASSLRPIVIDGSNVAMSHGNKETFSCRGIKLAV
60 70 80 90 100 110
510 520 530 540 550 560
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