Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0334
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0334, 846 aa
1>>>pF1KSDA0334 846 - 846 aa - 846 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2880+/-0.00125; mu= -2.5049+/- 0.075
mean_var=218.8852+/-44.288, 0's: 0 Z-trim(108.7): 100 B-trim: 73 in 1/50
Lambda= 0.086689
statistics sampled from 10324 (10413) to 10324 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.32), width: 16
Scan time: 4.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3500.1 CLOCK gene_id:9575|Hs108|chr4 ( 846) 5563 709.3 7e-204
CCDS2048.1 NPAS2 gene_id:4862|Hs108|chr2 ( 824) 2568 334.7 3.9e-91
>>CCDS3500.1 CLOCK gene_id:9575|Hs108|chr4 (846 aa)
initn: 5563 init1: 5563 opt: 5563 Z-score: 3773.8 bits: 709.3 E(32554): 7e-204
Smith-Waterman score: 5563; 100.0% identity (100.0% similar) in 846 aa overlap (1-846:1-846)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SKVQPQ
::::::
CCDS35 SKVQPQ
>>CCDS2048.1 NPAS2 gene_id:4862|Hs108|chr2 (824 aa)
initn: 2378 init1: 1955 opt: 2568 Z-score: 1749.6 bits: 334.7 E(32554): 3.9e-91
Smith-Waterman score: 2568; 50.9% identity (75.3% similar) in 839 aa overlap (26-844:1-820)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
..::.::.:::.::::::::::::::::::::.::
CCDS20 MDEDEKDRAKRASRNKSEKKRRDQFNVLIKELSSM
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
::::.:::::.:::.: : ::.::.:..::.. .:.:::::.:::::::::::::::::
CCDS20 LPGNTRKMDKTTVLEKVIGFLQKHNEVSAQTEICDIQQDWKPSFLSNEEFTQLMLEALDG
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
:..:. :::::::::.:.: :: :::::..::...::.:: ::::::::::.:.: .::
CCDS20 FIIAVTTDGSIIYVSDSITPLLGHLPSDVMDQNLLNFLPEQEHSEVYKILSSHMLVTDSP
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
.:::::: ..::: ::.:::...::: ::::.::.:::.: :.: : . :::..:..:
CCDS20 SPEYLKSDSDLEFYCHLLRGSLNPKEFPTYEYIKFVGNFRSYNNVPSPSCNGFDNTLSRP
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
: .:::.::::::::::.:::: :.:: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 CRVPLGKEVCFIATVRLATPQFLKEMCIVDEPLEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::.:::: ::.::.::::.:::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS20 PFEVLGTSGYDYYHIDDLELLARCHQHLMQFGKGKSCCYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KSD QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKS--QDSGS--DNRINTVS
::::.::::::::.:::::.::.:::.::..:. : : .: .:.:: . : . .
CCDS20 QWNSKPEFIVCTHSVVSYADVRVERRQELALEDP-PSEALHSSALKDKGSSLEPRQHFNT
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LKEALERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTP--PRQHLPAHEKMV
: . .. : .::::::::.::::::.:.:.:::::. ...::: ::. .: :
CCDS20 LDVGASGLNTSHSPSASSRSSHKSSHTAMSEPTSTPTKLMAEASTPALPRSATLPQELPV
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KSD QRRSSFSSQSINSQSVGS-SLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQR
:. ... : .: .::: .. :.. : :.:: :::.. .: .:::::::
CCDS20 PGLSQAATMPAPLPSPSSCDLTQQLLPQTVLQSTPAPMAQF--SAQFSMFQTIKDQLEQR
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TRMIEANIHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLA
::...:::. :::::.:::::: .:. ...:::::: .:.:.:.: .... .:: .
CCDS20 TRILQANIRWQQEELHKIQEQLCLVQDSNVQMFLQQPAVSLSFSSTQRPEAQQQ-LQQRS
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KSD PINMQGQVVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQT
: :. :. . ...... :.::....... :::. . . :.. .:.: ...
CCDS20 AAVTQPQLGAGPQLPGQISSAQV-TSQHLLRESSV--ISTQGPKPMRSSQLMQSS--GRS
580 590 600 610 620
660 670 680 690 700 710
pF1KSD QSTLTAPLYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKL
:.:..: ... . . : . ... :.: :...: :..:::.:. .: . .
CCDS20 GSSLVSP-FSSATAALPPSLNLTT-PASTSQDASQCQPSPDFSHDRQLRLLLSQPIQPMM
630 640 650 660 670 680
720 730 740 750 760
pF1KSD VTAPVACGAVMVPSTM---------LMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQ--QSS
: .: : . :: . ..:.: : ...: . : . : . :
CCDS20 ---PGSCDARQ-PSEVSRTGRQVKYAQSQTVFQNPDAHPANSSSAPMPVLLMGQAVLHPS
690 700 710 720 730 740
770 780 790 800 810 820
pF1KSD QEQQLTSVQQPSQAQLTQPPQQFLQTS--RLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQ
. : ::.::. ::::..::.. ::.. . .:.::. . : .:. .. :
CCDS20 FPASQPSPLQPAQAR-QQPPQHYLQVQAPTSLHSEQQDSLLLST-YSQQPGTL--GYPQP
750 760 770 780 790
830 840
pF1KSD HQSQQQQQLSRHRTDSLPDPSKVQPQ
.: : .:..:: . : .:
CCDS20 PPAQPQPLRPPRRVSSLSESSGLQQPPR
800 810 820
846 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 01:19:35 2016 done: Thu Nov 3 01:19:36 2016
Total Scan time: 4.120 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]