Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0334
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0334, 846 aa
1>>>pF1KSDA0334 846 - 846 aa - 846 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8418+/-0.00053; mu= -11.0434+/- 0.033
mean_var=308.1708+/-63.632, 0's: 0 Z-trim(116.8): 228 B-trim: 19 in 1/52
Lambda= 0.073060
statistics sampled from 28020 (28284) to 28020 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.332), width: 16
Scan time: 14.300
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016864343 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 5563 601.0 7.4e-171
XP_011532711 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 5563 601.0 7.4e-171
XP_005265844 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 5563 601.0 7.4e-171
NP_001254772 (OMIM: 601851) circadian locomoter ou ( 846) 5563 601.0 7.4e-171
XP_011532712 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 5563 601.0 7.4e-171
XP_011532713 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 5563 601.0 7.4e-171
NP_004889 (OMIM: 601851) circadian locomoter outpu ( 846) 5563 601.0 7.4e-171
XP_016864344 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 787) 5189 561.5 5.1e-159
XP_005264010 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 889) 2575 286.0 5e-76
NP_002509 (OMIM: 603347) neuronal PAS domain-conta ( 824) 2568 285.3 7.8e-76
XP_016859704 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 838) 2542 282.6 5.3e-75
XP_005264016 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 835) 2541 282.5 5.7e-75
XP_016859703 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 843) 2458 273.7 2.5e-72
XP_016859705 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 789) 2430 270.7 1.8e-71
XP_011509545 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 637) 2322 259.3 4e-68
XP_011509544 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 794) 1958 221.0 1.7e-56
XP_005264018 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 700) 1936 218.6 7.7e-56
XP_016859706 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 732) 998 119.8 4.6e-26
XP_005264017 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 786) 998 119.8 4.9e-26
NP_001612 (OMIM: 600253) aryl hydrocarbon receptor ( 848) 336 50.0 5.3e-05
XP_011518415 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 582) 314 47.6 0.00019
XP_016873237 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 582) 314 47.6 0.00019
NP_001025444 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon recep ( 582) 314 47.6 0.00019
XP_016873232 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 625) 314 47.7 0.0002
NP_001025443 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon recep ( 625) 314 47.7 0.0002
NP_001169 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon receptor ( 625) 314 47.7 0.0002
XP_016873234 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 587) 313 47.5 0.00021
XP_016873233 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 587) 313 47.5 0.00021
XP_011518409 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 668) 314 47.7 0.00021
XP_016873229 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 630) 313 47.6 0.00022
XP_016873230 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 630) 313 47.6 0.00022
XP_011518407 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 673) 313 47.6 0.00023
NP_001284653 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon recep ( 583) 311 47.3 0.00024
XP_011518414 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 583) 311 47.3 0.00024
XP_016873236 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 583) 311 47.3 0.00024
XP_016873235 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 583) 311 47.3 0.00024
XP_016856780 (OMIM: 126110) PREDICTED: aryl hydroc ( 764) 314 47.7 0.00024
XP_011507849 (OMIM: 126110) PREDICTED: aryl hydroc ( 772) 314 47.7 0.00024
NP_001184254 (OMIM: 126110) aryl hydrocarbon recep ( 773) 314 47.7 0.00024
XP_016856777 (OMIM: 126110) PREDICTED: aryl hydroc ( 779) 314 47.7 0.00024
XP_005245208 (OMIM: 126110) PREDICTED: aryl hydroc ( 788) 314 47.7 0.00025
XP_016873231 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 626) 311 47.3 0.00025
NP_001284651 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon recep ( 626) 311 47.3 0.00025
NP_001284648 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon recep ( 626) 311 47.3 0.00025
XP_011518413 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 588) 310 47.2 0.00026
XP_006718297 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 588) 310 47.2 0.00026
XP_011518412 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 588) 310 47.2 0.00026
XP_016873228 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 669) 311 47.4 0.00027
XP_011518410 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 631) 310 47.2 0.00027
XP_011518411 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 631) 310 47.2 0.00027
>>XP_016864343 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian locom (846 aa)
initn: 5563 init1: 5563 opt: 5563 Z-score: 3188.4 bits: 601.0 E(85289): 7.4e-171
Smith-Waterman score: 5563; 100.0% identity (100.0% similar) in 846 aa overlap (1-846:1-846)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SKVQPQ
::::::
XP_016 SKVQPQ
>>XP_011532711 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian locom (846 aa)
initn: 5563 init1: 5563 opt: 5563 Z-score: 3188.4 bits: 601.0 E(85289): 7.4e-171
Smith-Waterman score: 5563; 100.0% identity (100.0% similar) in 846 aa overlap (1-846:1-846)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SKVQPQ
::::::
XP_011 SKVQPQ
>>XP_005265844 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian locom (846 aa)
initn: 5563 init1: 5563 opt: 5563 Z-score: 3188.4 bits: 601.0 E(85289): 7.4e-171
Smith-Waterman score: 5563; 100.0% identity (100.0% similar) in 846 aa overlap (1-846:1-846)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD SKVQPQ
::::::
XP_005 SKVQPQ
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Smith-Waterman score: 5563; 100.0% identity (100.0% similar) in 846 aa overlap (1-846:1-846)
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NP_001 PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
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NP_001 QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_001 VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
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NP_001 GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
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pF1KSD SKVQPQ
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NP_001 SKVQPQ
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Smith-Waterman score: 5563; 100.0% identity (100.0% similar) in 846 aa overlap (1-846:1-846)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
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pF1KSD QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
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pF1KSD LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
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490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
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pF1KSD IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
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XP_011 IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
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pF1KSD VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
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pF1KSD LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
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pF1KSD PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SKVQPQ
::::::
XP_011 SKVQPQ
>>XP_011532713 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian locom (846 aa)
initn: 5563 init1: 5563 opt: 5563 Z-score: 3188.4 bits: 601.0 E(85289): 7.4e-171
Smith-Waterman score: 5563; 100.0% identity (100.0% similar) in 846 aa overlap (1-846:1-846)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SKVQPQ
::::::
XP_011 SKVQPQ
>>NP_004889 (OMIM: 601851) circadian locomoter output cy (846 aa)
initn: 5563 init1: 5563 opt: 5563 Z-score: 3188.4 bits: 601.0 E(85289): 7.4e-171
Smith-Waterman score: 5563; 100.0% identity (100.0% similar) in 846 aa overlap (1-846:1-846)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEAN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 IHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDP
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SKVQPQ
::::::
NP_004 SKVQPQ
>>XP_016864344 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian locom (787 aa)
initn: 5189 init1: 5189 opt: 5189 Z-score: 2975.8 bits: 561.5 E(85289): 5.1e-159
Smith-Waterman score: 5189; 100.0% identity (100.0% similar) in 787 aa overlap (60-846:1-787)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD DKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSMLPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITA
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITA
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KSD QSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KSD VDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSLTPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSLTPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPST
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KSD YEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRTHRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRTHRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTV
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KSD EEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLM
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KSD QYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRREL
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KSD GIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEALERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEALERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPS
340 350 360 370 380 390
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pF1KSD STPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSFSSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSFSSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLPIPQ
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pF1KSD GMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEANIHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQRTRMIEANIHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQ
460 470 480 490 500 510
570 580 590 600 610 620
pF1KSD SNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQVVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQVVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQ
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630 640 650 660 670 680
pF1KSD STSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAPLYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAPLYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQS
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690 700 710 720 730 740
pF1KSD AAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVACGAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVACGAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQ
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750 760 770 780 790 800
pF1KSD TLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQPPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQPPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQ
700 710 720 730 740 750
810 820 830 840
pF1KSD QSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDPSKVQPQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QSTFPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDPSKVQPQ
760 770 780
>>XP_005264010 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PAS do (889 aa)
initn: 2385 init1: 1962 opt: 2575 Z-score: 1485.9 bits: 286.0 E(85289): 5e-76
Smith-Waterman score: 2575; 50.8% identity (75.4% similar) in 842 aa overlap (23-844:63-885)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNV
..:..::.::.:::.:::::::::::::::
XP_005 REGTGTTRLNSEPVPLLCLPLLNCSRKNCIENLMDEDEKDRAKRASRNKSEKKRRDQFNV
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LIKELGSMLPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQ
:::::.::::::.:::::.:::.: : ::.::.:..::.. .:.:::::.:::::::::
XP_005 LIKELSSMLPGNTRKMDKTTVLEKVIGFLQKHNEVSAQTEICDIQQDWKPSFLSNEEFTQ
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILST
:::::::::..:. :::::::::.:.: :: :::::..::...::.:: ::::::::::.
XP_005 LMLEALDGFIIAVTTDGSIIYVSDSITPLLGHLPSDVMDQNLLNFLPEQEHSEVYKILSS
160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HLLESDSLTPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNG
:.: .:: .:::::: ..::: ::.:::...::: ::::.::.:::.: :.: : . ::
XP_005 HMLVTDSPSPEYLKSDSDLEFYCHLLRGSLNPKEFPTYEYIKFVGNFRSYNNVPSPSCNG
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KSD FEGTIQRTHRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHR
:..:..: : .:::.::::::::::.:::: :.:: :::::::::::::::::::
XP_005 FDNTLSRPCRVPLGKEVCFIATVRLATPQFLKEMCIVDEPLEEFTSRHSLEWKFLFLDHR
280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KSD APPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQ
::::::::::::::::::::::.:::: ::.::.::::.:::::: ::::::::::::::
XP_005 APPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHIDDLELLARCHQHLMQFGKGKSCCYRFLTKGQQWIWLQ
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400
pF1KSD THYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKS--QDSGS--
::::::::::::.::::::::.:::::.::.:::.::..:. : : .: .:.::
XP_005 THYYITYHQWNSKPEFIVCTHSVVSYADVRVERRQELALEDP-PSEALHSSALKDKGSSL
400 410 420 430 440 450
410 420 430 440 450 460
pF1KSD DNRINTVSLKEALERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTP--PRQH
. : . .: . .. : .::::::::.::::::.:.:.:::::. ...::: ::.
XP_005 EPRQHFNTLDVGASGLNTSHSPSASSRSSHKSSHTAMSEPTSTPTKLMAEASTPALPRSA
460 470 480 490 500 510
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LPAHEKMVQRRSSFSSQSINSQSVGS-SLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQH
.: : :. ... : .: .::: .. :.. : :.: ::::.. .:
XP_005 TLPQELPVPGLSQAATMPAPLPSPSSCDLTQQLLPQTVLQSTPAPMAQ--FSAQFSMFQT
520 530 540 550 560
530 540 550 560 570 580
pF1KSD LKDQLEQRTRMIEANIHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGN
.:::::::::...:::. :::::.:::::: .:. ...:::::: .:.:.:.: ..
XP_005 IKDQLEQRTRILQANIRWQQEELHKIQEQLCLVQDSNVQMFLQQPAVSLSFSSTQRPEAQ
570 580 590 600 610 620
590 600 610 620 630 640
pF1KSD SSNIQQLAPINMQGQVVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQ
.. .:: . : :. :. . ...... :.::....... :::. . . :.. .
XP_005 QQ-LQQRSAAVTQPQLGAGPQLPGQISSAQV-TSQHLLRESSV--ISTQGPKPMRSSQLM
630 640 650 660 670 680
650 660 670 680 690 700
pF1KSD QTSLPSQTQSTLTAPLYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQ
:.: ... :.:..: ... . . : . ... :.: :...: :..:::.:.
XP_005 QSS--GRSGSSLVSP-FSSATAALPPSLNLTT-PASTSQDASQCQPSPDFSHDRQLRLLL
690 700 710 720 730 740
710 720 730 740 750
pF1KSD GQQLVTKLVTAPVACGAVMVPSTM---------LMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQ
.: . . : .: : . :: . ..:.: : ...: . : .
XP_005 SQPIQPMM---PGSCDARQ-PSEVSRTGRQVKYAQSQTVFQNPDAHPANSSSAPMPVLLM
750 760 770 780 790
760 770 780 790 800 810
pF1KSD QQQ--QSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQPPQQFLQTS--RLLHGNPSTQLILSAAFPLQQST
: . : . : ::.::. ::::..::.. ::.. . .:.::. . : .:
XP_005 GQAVLHPSFPASQPSPLQPAQAR-QQPPQHYLQVQAPTSLHSEQQDSLLLST-YSQQPGT
800 810 820 830 840 850
820 830 840
pF1KSD FPQSHHQQHQSQQQQQLSRHRTDSLPDPSKVQPQ
. .. : .: : .:..:: . : .:
XP_005 L--GYPQPPPAQPQPLRPPRRVSSLSESSGLQQPPR
860 870 880
>>NP_002509 (OMIM: 603347) neuronal PAS domain-containin (824 aa)
initn: 2378 init1: 1955 opt: 2568 Z-score: 1482.5 bits: 285.3 E(85289): 7.8e-76
Smith-Waterman score: 2568; 50.9% identity (75.3% similar) in 839 aa overlap (26-844:1-820)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSM
..::.::.:::.::::::::::::::::::::.::
NP_002 MDEDEKDRAKRASRNKSEKKRRDQFNVLIKELSSM
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LPGNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASEIRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDG
::::.:::::.:::.: : ::.::.:..::.. .:.:::::.:::::::::::::::::
NP_002 LPGNTRKMDKTTVLEKVIGFLQKHNEVSAQTEICDIQQDWKPSFLSNEEFTQLMLEALDG
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILSTHLLESDSL
:..:. :::::::::.:.: :: :::::..::...::.:: ::::::::::.:.: .::
NP_002 FIIAVTTDGSIIYVSDSITPLLGHLPSDVMDQNLLNFLPEQEHSEVYKILSSHMLVTDSP
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TPEYLKSKNQLEFCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSLNSVSSSAHNGFEGTIQRT
.:::::: ..::: ::.:::...::: ::::.::.:::.: :.: : . :::..:..:
NP_002 SPEYLKSDSDLEFYCHLLRGSLNPKEFPTYEYIKFVGNFRSYNNVPSPSCNGFDNTLSRP
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRPSYEDRVCFVATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
: .:::.::::::::::.:::: :.:: :::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CRVPLGKEVCFIATVRLATPQFLKEMCIVDEPLEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
::::::::::::::.:::: ::.::.::::.:::::: ::::::::::::::::::::::
NP_002 PFEVLGTSGYDYYHIDDLELLARCHQHLMQFGKGKSCCYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYH
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KSD QWNSRPEFIVCTHTVVSYAEVRAERRRELGIEESLPETAADKS--QDSGS--DNRINTVS
::::.::::::::.:::::.::.:::.::..:. : : .: .:.:: . : . .
NP_002 QWNSKPEFIVCTHSVVSYADVRVERRQELALEDP-PSEALHSSALKDKGSSLEPRQHFNT
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LKEALERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPSSTPTKIPTDTSTP--PRQHLPAHEKMV
: . .. : .::::::::.::::::.:.:.:::::. ...::: ::. .: :
NP_002 LDVGASGLNTSHSPSASSRSSHKSSHTAMSEPTSTPTKLMAEASTPALPRSATLPQELPV
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KSD QRRSSFSSQSINSQSVGS-SLTQPVMSQATNLPIPQGMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLEQR
:. ... : .: .::: .. :.. : :.:: :::.. .: .:::::::
NP_002 PGLSQAATMPAPLPSPSSCDLTQQLLPQTVLQSTPAPMAQF--SAQFSMFQTIKDQLEQR
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TRMIEANIHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLA
::...:::. :::::.:::::: .:. ...:::::: .:.:.:.: .... .:: .
NP_002 TRILQANIRWQQEELHKIQEQLCLVQDSNVQMFLQQPAVSLSFSSTQRPEAQQQ-LQQRS
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KSD PINMQGQVVPTNQIQSGMNTGHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQT
: :. :. . ...... :.::....... :::. . . :.. .:.: ...
NP_002 AAVTQPQLGAGPQLPGQISSAQV-TSQHLLRESSV--ISTQGPKPMRSSQLMQSS--GRS
580 590 600 610 620
660 670 680 690 700 710
pF1KSD QSTLTAPLYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKL
:.:..: ... . . : . ... :.: :...: :..:::.:. .: . .
NP_002 GSSLVSP-FSSATAALPPSLNLTT-PASTSQDASQCQPSPDFSHDRQLRLLLSQPIQPMM
630 640 650 660 670 680
720 730 740 750 760
pF1KSD VTAPVACGAVMVPSTM---------LMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQ--QSS
: .: : . :: . ..:.: : ...: . : . : . :
NP_002 ---PGSCDARQ-PSEVSRTGRQVKYAQSQTVFQNPDAHPANSSSAPMPVLLMGQAVLHPS
690 700 710 720 730 740
770 780 790 800 810 820
pF1KSD QEQQLTSVQQPSQAQLTQPPQQFLQTS--RLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQ
. : ::.::. ::::..::.. ::.. . .:.::. . : .:. .. :
NP_002 FPASQPSPLQPAQAR-QQPPQHYLQVQAPTSLHSEQQDSLLLST-YSQQPGTL--GYPQP
750 760 770 780 790
830 840
pF1KSD HQSQQQQQLSRHRTDSLPDPSKVQPQ
.: : .:..:: . : .:
NP_002 PPAQPQPLRPPRRVSSLSESSGLQQPPR
800 810 820
846 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 01:19:36 2016 done: Thu Nov 3 01:19:38 2016
Total Scan time: 14.300 Total Display time: 0.340
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]