Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0359
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0359, 747 aa
1>>>pF1KSDA0359 747 - 747 aa - 747 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7538+/-0.000617; mu= -9.0619+/- 0.038
mean_var=415.2148+/-89.274, 0's: 0 Z-trim(118.7): 270 B-trim: 2365 in 3/53
Lambda= 0.062942
statistics sampled from 31652 (31947) to 31652 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16
Scan time: 12.940
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004789 (OMIM: 603754) kinesin-like protein KIF3 ( 747) 4778 449.0 3.3e-125
NP_008985 (OMIM: 604683) kinesin-like protein KIF3 ( 699) 2192 214.1 1.6e-54
NP_001287721 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 702) 2191 214.0 1.7e-54
XP_016864485 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 697) 2188 213.8 2e-54
XP_016864484 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 700) 2187 213.7 2.1e-54
XP_006714589 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 724) 1736 172.7 4.7e-42
NP_001287720 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 726) 1736 172.7 4.7e-42
XP_005246008 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 984) 1507 152.0 1.1e-35
XP_005246007 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 985) 1507 152.0 1.1e-35
XP_011540147 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 992) 1507 152.1 1.1e-35
XP_011540146 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 997) 1507 152.1 1.1e-35
XP_011540145 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1017) 1507 152.1 1.1e-35
NP_001116291 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K (1028) 1507 152.1 1.1e-35
NP_065867 (OMIM: 605037) kinesin-like protein KIF1 (1029) 1507 152.1 1.1e-35
XP_011540144 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1031) 1507 152.1 1.1e-35
XP_011540143 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1038) 1507 152.1 1.1e-35
XP_011540142 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1042) 1507 152.1 1.1e-35
XP_011540141 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1043) 1507 152.1 1.1e-35
XP_011540140 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1062) 1507 152.1 1.1e-35
XP_011540139 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1063) 1507 152.1 1.1e-35
XP_005264356 (OMIM: 602845) PREDICTED: kinesin-lik ( 792) 1315 134.5 1.6e-30
NP_002245 (OMIM: 602845) kinesin-like protein KIF3 ( 793) 1315 134.5 1.6e-30
NP_001274141 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K ( 929) 1173 121.7 1.4e-26
XP_011540148 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 963) 1173 121.7 1.4e-26
NP_004975 (OMIM: 602821,604187) kinesin heavy chai (1032) 955 101.9 1.4e-20
NP_036442 (OMIM: 300521,300923) chromosome-associa (1232) 948 101.4 2.4e-20
NP_001092763 (OMIM: 609184) chromosome-associated (1234) 944 101.0 3.1e-20
NP_004512 (OMIM: 602809) kinesin-1 heavy chain [Ho ( 963) 934 100.0 4.8e-20
NP_001273663 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2580) 927 99.7 1.5e-19
XP_005256481 (OMIM: 603060,611302) PREDICTED: kine (1103) 917 98.5 1.6e-19
NP_006603 (OMIM: 603060,611302) kinesin-like prote (1103) 917 98.5 1.6e-19
XP_011529846 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2676) 927 99.8 1.6e-19
XP_016863148 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2551) 909 98.1 4.8e-19
XP_011529851 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2553) 909 98.1 4.8e-19
XP_011529850 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2604) 909 98.1 4.8e-19
XP_011529849 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2605) 909 98.1 4.8e-19
XP_011529848 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2633) 909 98.1 4.9e-19
XP_011529847 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2648) 909 98.1 4.9e-19
NP_001804 (OMIM: 117143,616051) centromere-associa (2701) 909 98.1 5e-19
XP_016859551 (OMIM: 604593,615282) PREDICTED: kine ( 957) 893 96.3 6.3e-19
NP_004513 (OMIM: 604593,615282) kinesin heavy chai ( 957) 893 96.3 6.3e-19
NP_904325 (OMIM: 118210,171300,256700,605995) kine (1153) 873 94.5 2.6e-18
NP_055889 (OMIM: 118210,171300,256700,605995) kine (1770) 873 94.7 3.5e-18
XP_016868746 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1490) 858 93.3 7.9e-18
XP_011542762 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 858 93.3 9.1e-18
XP_011542761 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 858 93.3 9.1e-18
XP_011542763 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 858 93.3 9.1e-18
XP_005273515 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1805) 858 93.3 9.2e-18
XP_011542760 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1826) 858 93.3 9.2e-18
NP_056069 (OMIM: 607350) kinesin-like protein KIF1 (1826) 858 93.3 9.2e-18
>>NP_004789 (OMIM: 603754) kinesin-like protein KIF3B [H (747 aa)
initn: 4778 init1: 4778 opt: 4778 Z-score: 2368.8 bits: 449.0 E(85289): 3.3e-125
Smith-Waterman score: 4778; 100.0% identity (100.0% similar) in 747 aa overlap (1-747:1-747)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSKLKSSESVRVVVRCRPMNGKEKAASYDKVVDVDVKLGQVSVKNPKGTAHEMPKTFTFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MSKLKSSESVRVVVRCRPMNGKEKAASYDKVVDVDVKLGQVSVKNPKGTAHEMPKTFTFD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AVYDWNAKQFELYDETFRPLVDSVLQGFNGTIFAYGQTGTGKTYTMEGIRGDPEKRGVIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AVYDWNAKQFELYDETFRPLVDSVLQGFNGTIFAYGQTGTGKTYTMEGIRGDPEKRGVIP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NSFDHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKDQTKRLELKERPDTGVYVKDLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NSFDHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKDQTKRLELKERPDTGVYVKDLS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SFVTKSVKEIEHVMNVGNQNRSVGATNMNEHSSRSHAIFVITIECSEVGLDGENHIRVGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SFVTKSVKEIEHVMNVGNQNRSVGATNMNEHSSRSHAIFVITIECSEVGLDGENHIRVGK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LNLVDLAGSERQAKTGAQGERLKEATKINLSLSALGNVISALVDGKSTHIPYRDSKLTRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LNLVDLAGSERQAKTGAQGERLKEATKINLSLSALGNVISALVDGKSTHIPYRDSKLTRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LQDSLGGNAKTVMVANVGPASYNVEETLTTLRYANRAKNIKNKPRVNEDPKDALLREFQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LQDSLGGNAKTVMVANVGPASYNVEETLTTLRYANRAKNIKNKPRVNEDPKDALLREFQE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EIARLKAQLEKRSIGRRKRREKRREGGGSGGGGEEEEEEGEEGEEEGDDKDDYWREQQEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EIARLKAQLEKRSIGRRKRREKRREGGGSGGGGEEEEEEGEEGEEEGDDKDDYWREQQEK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LEIEKRAIVEDHSLVAEEKMRLLKEKEKKMEDLRREKDAAEMLGAKIKAMESKLLVGGKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LEIEKRAIVEDHSLVAEEKMRLLKEKEKKMEDLRREKDAAEMLGAKIKAMESKLLVGGKN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IVDHTNEQQKILEQKRQEIAEQKRREREIQQQMESRDEETLELKETYSSLQQEVDIKTKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 IVDHTNEQQKILEQKRQEIAEQKRREREIQQQMESRDEETLELKETYSSLQQEVDIKTKK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LKKLFSKLQAVKAEIHDLQEEHIKERQELEQTQNELTRELKLKHLIIENFIPLEEKSKIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LKKLFSKLQAVKAEIHDLQEEHIKERQELEQTQNELTRELKLKHLIIENFIPLEEKSKIM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NRAFFDEEEDHWKLHPITRLENQQMMKRPVSAVGYKRPLSQHARMSMMIRPEARYRAENI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NRAFFDEEEDHWKLHPITRLENQQMMKRPVSAVGYKRPLSQHARMSMMIRPEARYRAENI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VLLELDMPSRTTRDYEGPAIAPKVQAALDAALQDEDEIQVDASSFESTANKKSKARPKSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VLLELDMPSRTTRDYEGPAIAPKVQAALDAALQDEDEIQVDASSFESTANKKSKARPKSG
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KSD RKSGSSSSSSGTPASQLYPQSRGLVPK
:::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RKSGSSSSSSGTPASQLYPQSRGLVPK
730 740
>>NP_008985 (OMIM: 604683) kinesin-like protein KIF3A is (699 aa)
initn: 2070 init1: 1650 opt: 2192 Z-score: 1100.1 bits: 214.1 E(85289): 1.6e-54
Smith-Waterman score: 2195; 50.0% identity (77.6% similar) in 706 aa overlap (3-693:8-699)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSKLKSSESVRVVVRCRPMNGKEKAASYDKVVDVDVKLGQVSVKNPKGTAHEMPK
: .: ..:.:::::::.: .::. : ..:.:: : ..:.. ...: ::
NP_008 MPINKSEKPESCDNVKVVVRCRPLNEREKSMCYKQAVSVDEMRGTITVHKTD-SSNEPPK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD TFTFDAVYDWNAKQFELYDETFRPLVDSVLQGFNGTIFAYGQTGTGKTYTMEGIRGDPEK
:::::.:. ..::...:. : ::..::::.:.:::::::::::::::.::::.:. ::
NP_008 TFTFDTVFGPESKQLDVYNLTARPIIDSVLEGYNGTIFAYGQTGTGKTFTMEGVRAIPEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RGVIPNSFDHIFTHISRSQ-NQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKDQTKRLELKERPDTGV
::.::::: ::: ::.... . ..:::.::::::.::.::::.::::.:::.:::::.::
NP_008 RGIIPNSFAHIFGHIAKAEGDTRFLVRVSYLEIYNEEVRDLLGKDQTQRLEVKERPDVGV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD YVKDLSSFVTKSVKEIEHVMNVGNQNRSVGATNMNEHSSRSHAIFVITIECSEVGLDGEN
:.::::..:.... .....:..:..::::::::::::::::::::.::::::: :.::.
NP_008 YIKDLSAYVVNNADDMDRIMTLGHKNRSVGATNMNEHSSRSHAIFTITIECSEKGIDGNM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD HIRVGKLNLVDLAGSERQAKTGAQGERLKEATKINLSLSALGNVISALVDGKSTHIPYRD
:.:.:::.::::::::::::::: :.:::::::::::::.:::::::::::::::.:::.
NP_008 HVRMGKLHLVDLAGSERQAKTGATGQRLKEATKINLSLSTLGNVISALVDGKSTHVPYRN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SKLTRLLQDSLGGNAKTVMVANVGPASYNVEETLTTLRYANRAKNIKNKPRVNEDPKDAL
::::::::::::::.::.: ::.:::.:: .::..:::::::::::::: :.::::::::
NP_008 SKLTRLLQDSLGGNSKTMMCANIGPADYNYDETISTLRYANRAKNIKNKARINEDPKDAL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD LREFQEEIARLKAQLEKRSIGRRKRREKRREGGGSGGGGEEEEEEGEEGEE-------EG
::.::.:: .:: .::. :.. :. .:. :...:::: ::. .:
NP_008 LRQFQKEIEELKKKLEE---GEEIS------GSDISGSEEDDDEEGEVGEDGEKRKKRRG
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD DDK--DDYWREQQEKLEIEKRAIVEDHSLVAEEKMRLLKEKEKKMEDLRREKDAAEMLGA
: : :.: :.. :..:. .. ::. . : ::. .:: . .. . :
NP_008 KKKVSPDKMIEMQAKIDEERKALETKLDMEEEERNKARAELEKREKDLLKAQQEHQSLLE
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KSD KIKAMESKLLVGGKNIVDHTNEQQKILEQKRQEIAEQKRREREIQQQMESRDEETLELKE
:..:.:.:..::: ... ...::.:.::.. .:. :...: .......: ...: :...:
NP_008 KLSALEKKVIVGGVDLLAKAEEQEKLLEESNMELEERRKRAEQLRRELEEKEQERLDIEE
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KSD TYSSLQQEVDIKTKKLKKLFSKLQAVKAEIHDLQEEHIKERQELEQTQNELTRELKLKHL
:.:::.:.. :::::::... :.:.:.:. :::.:: .: . : .. .:.:::.:. :
NP_008 KYTSLQEEAQGKTKKLKKVWTMLMAAKSEMADLQQEHQREIEGLLENIRQLSRELRLQML
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KSD IIENFIPLEEKSKIMNRAFFDEEEDHWKLHPITRLENQQMMKRPVSAVGYKRPLSQHARM
::.:::: . . : : . ..:. .:.:. .. :.. . :: : :.
NP_008 IIDNFIPRDYQEMIENYVHWNEDIGEWQLKCVAYTGNNMRKQTPVPDKKEKDPFEVDLSH
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KSD SMMIRPEARYRAENIVLLELDMPSRTTRDYEGPAI-----APKVQAALDAALQDEDEIQV
.. : : :..:. : ::.. : . : ....:. ::
NP_008 VYLAYTEESLRQS---LMKLERP-RTSKGKARPKTGRRKRSAKPETVIDSLLQ
660 670 680 690
710 720 730 740
pF1KSD DASSFESTANKKSKARPKSGRKSGSSSSSSGTPASQLYPQSRGLVPK
>>NP_001287721 (OMIM: 604683) kinesin-like protein KIF3A (702 aa)
initn: 2093 init1: 1194 opt: 2191 Z-score: 1099.5 bits: 214.0 E(85289): 1.7e-54
Smith-Waterman score: 2192; 49.6% identity (77.5% similar) in 710 aa overlap (3-693:8-702)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSKLKSSESVRVVVRCRPMNGKEKAASYDKVVDVDVKLGQVSVKNPKGTAHEMPK
: .: ..:.:::::::.: .::. : ..:.:: : ..:.. ...: ::
NP_001 MPINKSEKPESCDNVKVVVRCRPLNEREKSMCYKQAVSVDEMRGTITVHKTD-SSNEPPK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD TFTFDAVYDWNAKQFELYDETFRPLVDSVLQGFNGTIFAYGQTGTGKTYTMEGIRGDPEK
:::::.:. ..::...:. : ::..::::.:.:::::::::::::::.::::.:. ::
NP_001 TFTFDTVFGPESKQLDVYNLTARPIIDSVLEGYNGTIFAYGQTGTGKTFTMEGVRAIPEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RGVIPNSFDHIFTHISRSQ-NQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKDQTKRLELKERPDTGV
::.::::: ::: ::.... . ..:::.::::::.::.::::.::::.:::.:::::.::
NP_001 RGIIPNSFAHIFGHIAKAEGDTRFLVRVSYLEIYNEEVRDLLGKDQTQRLEVKERPDVGV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD YVKDLSSFVTKSVKEIEHVMNVGNQNRSVGATNMNEHSSRSHAIFVITIECSEVGLDGEN
:.::::..:.... .....:..:..::::::::::::::::::::.::::::: :.::.
NP_001 YIKDLSAYVVNNADDMDRIMTLGHKNRSVGATNMNEHSSRSHAIFTITIECSEKGIDGNM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD HIRVGKLNLVDLAGSERQAKTGAQGERLKEATKINLSLSALGNVISALVDGKSTHIPYRD
:.:.:::.::::::::::::::: :.:::::::::::::.:::::::::::::::.:::.
NP_001 HVRMGKLHLVDLAGSERQAKTGATGQRLKEATKINLSLSTLGNVISALVDGKSTHVPYRN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SKLTRLLQDSLGGNAKTVMVANVGPASYNVEETLTTLRYANRAKNIKNKPRVNEDPKDAL
::::::::::::::.::.: ::.:::.:: .::..:::::::::::::: :.::::::::
NP_001 SKLTRLLQDSLGGNSKTMMCANIGPADYNYDETISTLRYANRAKNIKNKARINEDPKDAL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD LREFQEEIARLKAQLEKRSIGRRKRREKRREGGGSGGGGEEEEEE----GEEGEEEGDDK
::.::.:: .:: .:: : .. .:.. .:.::...: ::.::.. .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]