Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0438
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0438, 708 aa
1>>>pF1KSDA0438 708 - 708 aa - 708 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0182+/-0.000384; mu= 13.6650+/- 0.024
mean_var=162.3985+/-33.334, 0's: 0 Z-trim(118.1): 117 B-trim: 101 in 1/51
Lambda= 0.100643
statistics sampled from 30660 (30814) to 30660 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16
Scan time: 13.210
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001027568 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein l ( 588) 1210 188.2 8e-47
XP_005262349 (OMIM: 300420) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 588) 1210 188.2 8e-47
XP_011529313 (OMIM: 300420) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 643) 1210 188.2 8.5e-47
NP_660095 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein liga ( 643) 1210 188.2 8.5e-47
NP_071763 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein liga ( 455) 1160 180.8 1e-44
XP_005259651 (OMIM: 615177) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 284) 277 52.4 2.9e-06
NP_919442 (OMIM: 615177) E3 ubiquitin-protein liga ( 311) 277 52.4 3.1e-06
NP_057578 (OMIM: 612490) E3 ubiquitin-protein liga ( 153) 260 49.7 1e-05
>>NP_001027568 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein ligas (588 aa)
initn: 1353 init1: 1090 opt: 1210 Z-score: 961.6 bits: 188.2 E(85289): 8e-47
Smith-Waterman score: 1624; 46.9% identity (67.9% similar) in 605 aa overlap (107-680:4-586)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD SGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-FVAVHHSEEGRDTLGSS
:: .:::. :.: : ....: . .. :..
NP_001 MHRSAPSQTTKRSRSPFSTTRRSWDDSESSGTN
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KSD TNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDNDHLQLSAEVVEGSRYQE
:. :.. ..: : ::. . :.: : ::: : .. : .. . .....
NP_001 LNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAGPVERPPVRGKTGKFKD
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KSD SLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLVKSSAGDTEFVHQNSQE
. ... : . :.. .: : ::. .::.: ..:: :: .. ::. ..:. :.:
NP_001 ---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAARCSASRADFLPQSSVA
100 110 120 130 140
260 270 280 290 300 310
pF1KSD IQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNTNDREKNHGSSPEQVVR
: ::. .... . ... .::. .. : . .: ::. :.. :. : :::
NP_001 SQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG-----GGENTSKSAEEPVVR
150 160 170 180 190 200
320 330 340 350 360 370
pF1KSD PKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGSDDLLIKCEEYDGEHDC
::.:.: : . : . :. . . .:..:::.. . .:. :: : .. :: .
NP_001 PKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHSDGL---ARRGRGESSS
210 220 230 240 250
380 390 400 410 420 430
pF1KSD MFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGDYYQLYDKDEDSSECSD
. .: : . .::....:. :. : .: ::. :::. :.: :: :
NP_001 GYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDDYYKYCDEDSDS----D
260 270 280 290 300 310
440 450 460 470
pF1KSD GEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS------DSSGPE--------
:: :.: ... . :. ::: :::::::::.: :: . : ::
NP_001 KEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSASTGTSPGPGASASAGAG
320 330 340 350 360 370
480 490 500 510 520
pF1KSD -------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNESSSDEGNEPANEFAQP
:: .: :::: ::.::::::::::::.: :.:::. :. ..:. ::
NP_001 AGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-NDSSSEGDNDSGHELMQP
380 390 400 410 420 430
530 540 550 560 570 580
pF1KSD A-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
440 450 460 470 480 490
590 600 610 620 630 640
pF1KSD AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDD
:::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:::.:::::::::.: .
NP_001 AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVGQEMCCPICCSEYVKGE
500 510 520 530 540 550
650 660 670 680 690 700
pF1KSD IATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIA
.::::::::.:::::::::::::::::::: :::
NP_001 VATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL
560 570 580
pF1KSD EAP
>>XP_005262349 (OMIM: 300420) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (588 aa)
initn: 1353 init1: 1090 opt: 1210 Z-score: 961.6 bits: 188.2 E(85289): 8e-47
Smith-Waterman score: 1624; 46.9% identity (67.9% similar) in 605 aa overlap (107-680:4-586)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD SGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-FVAVHHSEEGRDTLGSS
:: .:::. :.: : ....: . .. :..
XP_005 MHRSAPSQTTKRSRSPFSTTRRSWDDSESSGTN
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KSD TNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDNDHLQLSAEVVEGSRYQE
:. :.. ..: : ::. . :.: : ::: : .. : .. . .....
XP_005 LNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAGPVERPPVRGKTGKFKD
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KSD SLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLVKSSAGDTEFVHQNSQE
. ... : . :.. .: : ::. .::.: ..:: :: .. ::. ..:. :.:
XP_005 ---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAARCSASRADFLPQSSVA
100 110 120 130 140
260 270 280 290 300 310
pF1KSD IQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNTNDREKNHGSSPEQVVR
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XP_005 SQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG-----GGENTSKSAEEPVVR
150 160 170 180 190 200
320 330 340 350 360 370
pF1KSD PKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGSDDLLIKCEEYDGEHDC
::.:.: : . : . :. . . .:..:::.. . .:. :: : .. :: .
XP_005 PKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHSDGL---ARRGRGESSS
210 220 230 240 250
380 390 400 410 420 430
pF1KSD MFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGDYYQLYDKDEDSSECSD
. .: : . .::....:. :. : .: ::. :::. :.: :: :
XP_005 GYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDDYYKYCDEDSDS----D
260 270 280 290 300 310
440 450 460 470
pF1KSD GEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS------DSSGPE--------
:: :.: ... . :. ::: :::::::::.: :: . : ::
XP_005 KEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSASTGTSPGPGASASAGAG
320 330 340 350 360 370
480 490 500 510 520
pF1KSD -------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNESSSDEGNEPANEFAQP
:: .: :::: ::.::::::::::::.: :.:::. :. ..:. ::
XP_005 AGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-NDSSSEGDNDSGHELMQP
380 390 400 410 420 430
530 540 550 560 570 580
pF1KSD A-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
440 450 460 470 480 490
590 600 610 620 630 640
pF1KSD AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDD
:::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:::.:::::::::.: .
XP_005 AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVGQEMCCPICCSEYVKGE
500 510 520 530 540 550
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pF1KSD IATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIA
.::::::::.:::::::::::::::::::: :::
XP_005 VATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL
560 570 580
pF1KSD EAP
>>XP_011529313 (OMIM: 300420) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (643 aa)
initn: 1567 init1: 1090 opt: 1210 Z-score: 961.1 bits: 188.2 E(85289): 8.5e-47
Smith-Waterman score: 1782; 45.4% identity (65.7% similar) in 700 aa overlap (12-680:1-641)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSQYTEKEPAAMDQESGKAVWPKPAGGYQTITGRRYGRRHAYVSFKPCMTRHERSLGRAG
: :::.: :::.:.::::. ::::::::::::::.: ...::
XP_011 MGQESSKPVWPNPTGGYQSNTGRRYGRRHAYVSFRPPTSQRER------
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KSD DDYEVLELDDVPKENSSGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-F
. :. .:...:.: :: .:::. :.: :
XP_011 ----------------------------IASQ---RKTNSEVPMHRSAPSQTTKRSRSPF
50 60 70
120 130 140 150 160 170
pF1KSD VAVHHSEEGRDTLGSSTNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDND
....: . .. :.. :. :.. ..: : ::. . :.: : ::: : .. :
XP_011 STTRRSWDDSESSGTNLNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAG
80 90 100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HLQLSAEVVEGSRYQESLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLV
.. . ..... . ... : . :.. .: : ::. .::.: ..:: :: .
XP_011 PVERPPVRGKTGKFKD---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAA
140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KSSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNT
. ::. ..:. :.: : ::. .... . ... .::. .. : . .: ::.
XP_011 RCSASRADFLPQSSVASQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG----
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NDREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGS
:.. :. : :::::.:.: : . : . :. . . .:..:::.. . .:. :
XP_011 -GGENTSKSAEEPVVRPKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHS
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DDLLIKCEEYDGEHDCMFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGD
: : . . :: . . .: : . .::....:. :. : .: ::. :
XP_011 DGLARRGR---GESSSGYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDD
310 320 330 340 350
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pF1KSD YYQLYDKDEDSSECSDGEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS----
::. :.: :: : :: :.: ... . :. ::: :::::::::.: :: .
XP_011 YYKYCDEDSDS----DKEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSAS
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480 490 500 510
pF1KSD --DSSGPE---------------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNE
: :: :: .: :::: ::.::::::::::::.: :.
XP_011 TGTSPGPGASASAGAGAGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-ND
420 430 440 450 460 470
520 530 540 550 560
pF1KSD SSSDEGNEPANEFAQPA-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYV
:::. :. ..:. ::. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
XP_011 SSSEGDNDSGHELMQPGVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYV
480 490 500 510 520 530
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pF1KSD DPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:
XP_011 DPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVG
540 550 560 570 580 590
630 640 650 660 670 680
pF1KSD QEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAP
::.:::::::::.: ..::::::::.:::::::::::::::::::: :::
XP_011 QEMCCPICCSEYVKGEVATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL
600 610 620 630 640
690 700
pF1KSD SSEPDPDAPPSNDSIAEAP
>>NP_660095 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein ligase P (643 aa)
initn: 1567 init1: 1090 opt: 1210 Z-score: 961.1 bits: 188.2 E(85289): 8.5e-47
Smith-Waterman score: 1782; 45.4% identity (65.7% similar) in 700 aa overlap (12-680:1-641)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSQYTEKEPAAMDQESGKAVWPKPAGGYQTITGRRYGRRHAYVSFKPCMTRHERSLGRAG
: :::.: :::.:.::::. ::::::::::::::.: ...::
NP_660 MGQESSKPVWPNPTGGYQSNTGRRYGRRHAYVSFRPPTSQRER------
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KSD DDYEVLELDDVPKENSSGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-F
. :. .:...:.: :: .:::. :.: :
NP_660 ----------------------------IASQ---RKTNSEVPMHRSAPSQTTKRSRSPF
50 60 70
120 130 140 150 160 170
pF1KSD VAVHHSEEGRDTLGSSTNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDND
....: . .. :.. :. :.. ..: : ::. . :.: : ::: : .. :
NP_660 STTRRSWDDSESSGTNLNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAG
80 90 100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HLQLSAEVVEGSRYQESLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLV
.. . ..... . ... : . :.. .: : ::. .::.: ..:: :: .
NP_660 PVERPPVRGKTGKFKD---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAA
140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KSSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNT
. ::. ..:. :.: : ::. .... . ... .::. .. : . .: ::.
NP_660 RCSASRADFLPQSSVASQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG----
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NDREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGS
:.. :. : :::::.:.: : . : . :. . . .:..:::.. . .:. :
NP_660 -GGENTSKSAEEPVVRPKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHS
250 260 270 280 290 300
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pF1KSD DDLLIKCEEYDGEHDCMFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGD
: : . . :: . . .: : . .::....:. :. : .: ::. :
NP_660 DGLARRGR---GESSSGYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDD
310 320 330 340 350
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pF1KSD YYQLYDKDEDSSECSDGEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS----
::. :.: :: : :: :.: ... . :. ::: :::::::::.: :: .
NP_660 YYKYCDEDSDS----DKEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSAS
360 370 380 390 400 410
480 490 500 510
pF1KSD --DSSGPE---------------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNE
: :: :: .: :::: ::.::::::::::::.: :.
NP_660 TGTSPGPGASASAGAGAGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-ND
420 430 440 450 460 470
520 530 540 550 560
pF1KSD SSSDEGNEPANEFAQPA-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYV
:::. :. ..:. ::. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
NP_660 SSSEGDNDSGHELMQPGVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYV
480 490 500 510 520 530
570 580 590 600 610 620
pF1KSD DPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:
NP_660 DPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVG
540 550 560 570 580 590
630 640 650 660 670 680
pF1KSD QEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAP
::.:::::::::.: ..::::::::.:::::::::::::::::::: :::
NP_660 QEMCCPICCSEYVKGEVATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL
600 610 620 630 640
690 700
pF1KSD SSEPDPDAPPSNDSIAEAP
>>NP_071763 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein ligase P (455 aa)
initn: 1472 init1: 1090 opt: 1160 Z-score: 923.8 bits: 180.8 E(85289): 1e-44
Smith-Waterman score: 1393; 53.6% identity (70.5% similar) in 448 aa overlap (270-680:18-453)
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KSSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEH---SPEDAACGPGHICSE
:.::... .: : . . .: :.
NP_071 MGQESSKPVWPNPTGGYQSNTGRRYGRRHAYVSFRPPTSQRERIASQ
10 20 30 40
300 310 320 330 340 350
pF1KSD RNTNDREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQV---DQE---TGFNRHEAKQRSVQRWREAL
:.::.. : :.: :... . :. .:... :.: :..: . :..:::..
NP_071 RKTNSEVPMHRSAPSQTTK-RSRSPFSTTRRSWDDSESSGTNLNIDNEDYSSTSRWRDTA
50 60 70 80 90 100
360 370 380 390 400 410
pF1KSD EVEESGSDDLLIKCEEYDGEHDCMFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNT
. .:. :: : .. :: . . .: : . .::....:. :. : .:
NP_071 NDNEGHSDGL---ARRGRGESSSGYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPD
110 120 130 140 150 160
420 430 440 450 460 470
pF1KSD FWNGCGDYYQLYDKDEDSSECSDGEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPE
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NP_071 FWTHSDDYYKYCDEDSDS----DKEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPP
170 180 190 200 210
480 490 500
pF1KSD LQS------DSSGPE---------------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWL
. : :: :: .: :::: ::.::::::::::
NP_071 QAKVSASTGTSPGPGASASAGAGAGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWL
220 230 240 250 260 270
510 520 530 540 550 560
pF1KSD QYNEVNESSSDEGNEPANEFAQPA-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGV
::.: :.:::. :. ..:. ::. :::::::::::::::::::.:::::::::::::::
NP_071 QYHE-NDSSSEGDNDSGHELMQPGVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGV
280 290 300 310 320 330
570 580 590 600 610 620
pF1KSD AEAISYVDPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::
NP_071 AEAISYVDPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVT
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pF1KSD EDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAV
::: :.:::.:::::::::.: ..::::::::.:::::::::::::::::::: :::
NP_071 EDHGAVGQEMCCPICCSEYVKGEVATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL
400 410 420 430 440 450
690 700
pF1KSD IEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIAEAP
>>XP_005259651 (OMIM: 615177) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (284 aa)
initn: 294 init1: 183 opt: 277 Z-score: 233.5 bits: 52.4 E(85289): 2.9e-06
Smith-Waterman score: 277; 36.8% identity (66.0% similar) in 106 aa overlap (606-703:176-279)
580 590 600 610 620 630
pF1KSD YMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCP
:::.::.:..:: . : :.:.. : : ::
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pF1KSD ICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHF--------PPAVIEASA
.: ..: . . .:::.:.:: :. ::.. .:::::. . ::.. .:
XP_005 VCKDDYALGERVRQLPCNHLFHDGCIVPWLEQHDSCPVCRKSLTGQNTATNPPGLTGVSF
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pF1KSD APSSEPDPDAPPSNDSIAEAP
. :: . .. :::..
XP_005 SSSSSSSSSSSPSNENATSNS
270 280
>>NP_919442 (OMIM: 615177) E3 ubiquitin-protein ligase R (311 aa)
initn: 294 init1: 183 opt: 277 Z-score: 233.0 bits: 52.4 E(85289): 3.1e-06
Smith-Waterman score: 277; 36.8% identity (66.0% similar) in 106 aa overlap (606-703:203-306)
580 590 600 610 620 630
pF1KSD YMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCP
:::.::.:..:: . : :.:.. : : ::
NP_919 HSNPMDYAWGANGLDAIITQLLNQFENTGPPPADKEKIQALPTVPVTEEHVGSGLE--CP
180 190 200 210 220 230
640 650 660 670 680
pF1KSD ICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHF--------PPAVIEASA
.: ..: . . .:::.:.:: :. ::.. .:::::. . ::.. .:
NP_919 VCKDDYALGERVRQLPCNHLFHDGCIVPWLEQHDSCPVCRKSLTGQNTATNPPGLTGVSF
240 250 260 270 280 290
690 700
pF1KSD APSSEPDPDAPPSNDSIAEAP
. :: . .. :::..
NP_919 SSSSSSSSSSSPSNENATSNS
300 310
>>NP_057578 (OMIM: 612490) E3 ubiquitin-protein ligase R (153 aa)
initn: 319 init1: 214 opt: 260 Z-score: 223.5 bits: 49.7 E(85289): 1e-05
Smith-Waterman score: 260; 32.7% identity (68.1% similar) in 113 aa overlap (570-679:14-121)
540 550 560 570 580 590
pF1KSD SSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAV
::. : . .::... . . .:.:..
NP_057 MASYFDEHDCEPSDPEQETRTNMLLELARSLFNRM-DFEDLGL
10 20 30 40
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pF1KSD DVEVAN---PPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFF
:. . :::.: ...::.:.. ... : ::.: :. ... : :.::::.:
NP_057 VVDWDHHLPPPAAKTVVENLPRTVIRGSQA----ELKCPVCLLEFEEEETAIEMPCHHLF
50 60 70 80 90
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pF1KSD HKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIAEAP
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NP_057 HSSCILPWLSKTNSCPLCRYELPTDDDTYEEHRRDKARKQQQQHRLENLHGAMYT
100 110 120 130 140 150
708 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 18:32:30 2016 done: Thu Nov 3 18:32:32 2016
Total Scan time: 13.210 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]