Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0482
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0482, 1290 aa
1>>>pF1KSDA0482 1290 - 1290 aa - 1290 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0734+/-0.000422; mu= -11.3893+/- 0.026
mean_var=539.7792+/-114.253, 0's: 0 Z-trim(124.6): 101 B-trim: 2253 in 1/60
Lambda= 0.055203
statistics sampled from 46371 (46546) to 46371 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.8), E-opt: 0.2 (0.546), width: 16
Scan time: 19.160
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005256746 (OMIM: 602260) PREDICTED: period circ (1290) 8794 716.2 3.6e-205
NP_002607 (OMIM: 602260) period circadian protein (1290) 8794 716.2 3.6e-205
XP_005256747 (OMIM: 602260) PREDICTED: period circ (1230) 4773 395.9 8.8e-109
NP_073728 (OMIM: 603426,604348) period circadian p (1255) 1882 165.7 1.8e-39
XP_005246168 (OMIM: 603426,604348) PREDICTED: peri (1255) 1882 165.7 1.8e-39
XP_006712887 (OMIM: 603426,604348) PREDICTED: peri (1255) 1882 165.7 1.8e-39
NP_001276792 (OMIM: 603427,616882) period circadia (1184) 1823 161.0 4.5e-38
XP_011540692 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1202) 1823 161.0 4.6e-38
XP_016858214 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1203) 1818 160.6 6e-38
NP_058515 (OMIM: 603427,616882) period circadian p (1201) 1811 160.0 8.9e-38
XP_016858215 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1202) 1806 159.6 1.2e-37
NP_001276790 (OMIM: 603427,616882) period circadia (1191) 1776 157.2 6.1e-37
XP_011540687 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1209) 1776 157.2 6.2e-37
XP_005263581 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1203) 1771 156.8 8.1e-37
NP_001276791 (OMIM: 603427,616882) period circadia (1210) 1771 156.8 8.1e-37
XP_016858213 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1208) 1764 156.3 1.2e-36
XP_016858212 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1209) 1759 155.9 1.6e-36
XP_016858216 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1154) 1729 153.5 8e-36
XP_016858220 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1086) 1593 142.6 1.4e-32
XP_016858221 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1080) 1588 142.2 1.8e-32
XP_016858219 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1093) 1546 138.9 1.9e-31
XP_016858217 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1094) 1541 138.5 2.5e-31
XP_016858218 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1089) 1529 137.5 4.8e-31
XP_016858225 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1028) 1419 128.7 2e-28
XP_016858224 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1034) 1377 125.4 2e-27
XP_016858223 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1035) 1372 125.0 2.7e-27
XP_016858222 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1035) 1372 125.0 2.7e-27
NP_001276793 (OMIM: 603427,616882) period circadia ( 890) 866 84.6 3.2e-15
XP_016858227 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri ( 745) 387 46.4 0.00087
XP_016858226 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri ( 746) 384 46.2 0.001
>>XP_005256746 (OMIM: 602260) PREDICTED: period circadia (1290 aa)
initn: 8794 init1: 8794 opt: 8794 Z-score: 3804.4 bits: 716.2 E(85289): 3.6e-205
Smith-Waterman score: 8794; 99.9% identity (99.9% similar) in 1290 aa overlap (1-1290:1-1290)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
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790 800 810 820 830 840
pF1KSD AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
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910 920 930 940 950 960
pF1KSD APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD LPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LAPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290
pF1KSD SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
1270 1280 1290
>>NP_002607 (OMIM: 602260) period circadian protein homo (1290 aa)
initn: 8794 init1: 8794 opt: 8794 Z-score: 3804.4 bits: 716.2 E(85289): 3.6e-205
Smith-Waterman score: 8794; 99.9% identity (99.9% similar) in 1290 aa overlap (1-1290:1-1290)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
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190 200 210 220 230 240
pF1KSD YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
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430 440 450 460 470 480
pF1KSD DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
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pF1KSD SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
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pF1KSD PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
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610 620 630 640 650 660
pF1KSD SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
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670 680 690 700 710 720
pF1KSD SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
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910 920 930 940 950 960
pF1KSD APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD LPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LAPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290
pF1KSD SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
1270 1280 1290
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10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
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::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
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pF1KSD ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1270 1280 1290
pF1KSD SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
1210 1220 1230
>>NP_073728 (OMIM: 603426,604348) period circadian prote (1255 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS---LADDTDANSNGSSGNE
:::. : ..: : :: : .:.: .: ::::.:
NP_073 MNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDMSS-GSSGHE
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SNGHESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQ
.: . : : ....: ..: ::. ..: ... :::. ..::. :.::.
NP_073 TNENCSTGRDSQGSDCDDS--GKELGMLVEPPDAR----QSPD------TFSLMMAKSEH
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pF1KSD DNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQ
:::::::::.::... :.:::. .:.:::..:: ....::...:::::.::: ::::.
NP_073 -NPSTSGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVK
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pF1KSD ANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISE
::.:::: ::.::. :. .::.::.: .:::. ..: : :.::::...:.:.:::.
NP_073 ANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISD
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pF1KSD QAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKS
:.: ...::::.: ..: :.:::.:::::.. :.: .:: :. ..: : .. .:::
NP_073 QVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPHDVGVFHSFTSPYKLPLWSMCSGADSFTQECMEEKS
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pF1KSD VFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPD
:::. ... ::.:::.:::..:.: ..:: .: ::::.:::.:::::::::::.
NP_073 FFCRVSVRKSHENEIRYHPFRMTPYLVKVRDQQGAESQLCCLLLAERVHSGYEAPRIPPE
270 280 290 300 310 320
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pF1KSD KRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLA
:::::: :::.::::::::::.::::::::::. .:::. ::: :::::::::::::: .
NP_073 KRIFTTTHTPNCLFQDVDERAVPLLGYLPQDLIETPVLVQLHPSDRPLMLAIHKKILQSG
330 340 350 360 370 380
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pF1KSD GQPFDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAP
:::::.::::: ::::::.:.::::..:..:::::..:..::::::..:::::::.
NP_073 GQPFDYSPIRFRARNGEYITLDTSWSSFINPWSRKISFIIGRHKVRVGPLNEDVFAAHPC
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pF1KSD SPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAE
. .: .::::.::::::::::: . .: ..:. : : : ::::::: .
NP_073 TEEKALHPSIQELTEQIHRLLLQPVPHSGSSGYGSLGSNGSHEHLMSQTSSSDSNGHE--
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pF1KSD GPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPE
. .:::. . .:.... .. . .: .. .. . ::. :
NP_073 ----DSRRRRAEICKNGNKTKNRSHYSHESGEQKKKSVTEMQTNPPAEKKAV------PA
510 520 530 540 550
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pF1KSD LEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSS
.: : :. ::: :. .::::::.::::..::::::: .: :::: ..
NP_073 MEKDSLGVS-----FPEELACKNQPTCSYQQISCLDSVIRYLESCNEAATLKRKCEFPAN
560 570 580 590 600 610
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pF1KSD YTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVV
. .:: . ..: . . .::: . : : :: :. ::: .:::::.
NP_073 VPALRSSDKRKATVSPGPHAGEAEPPSRVNSRTG--------VGTHLTSLALPGKAESVA
620 630 640 650 660
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pF1KSD SVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAP-----SPAPSPTVAPDPAPD
:.:::::.:::::::::::: . .. :.:: : :: .:: . .. . :
NP_073 SLTSQCSYSSTIVHVGDKKP-QPELEMVEDA---ASGPESLDCLAGPALACGLSQEKEP-
670 680 690 700 710
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pF1KSD AYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRL---------------RGLDSSSTAPSA
.. .:::: ::. :::::::.::..:... .: .: : :::.
NP_073 -FKKLGLTKEVLAAHTQKEEQSFLQKFKEIRKLSIFQSHCHYYLQERSKGQPSERTAPGL
720 730 740 750 760 770
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pF1KSD LGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAKRSRHHQN------PRAEAPCYVSHPSPV--PPSTPW
. : .. .. .:: . : .. : . : :. . . : .:
NP_073 RNTSGIDSPWKKTGKNRKLKSKRVKPRDSSESTGSGGPVSARPPLVGLNATAWSPSDTSQ
780 790 800 810 820 830
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pF1KSD PTPPATTPFPAVVQP-YPLPVFSPRGGPQPLPPAPT----SVP-------------PAAF
. ::. :::: : : :::: : : :::: .:: : :
NP_073 SSCPAV-PFPAPVPAAYSLPVF-PAPGTVAAPPAPPHASFTVPAVPVDLQHQFAVQPPPF
840 850 860 870 880 890
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pF1KSD PAPLVTPMVALVLPNYLFPTPS-SYPYGALQTPAEGPPTP------ASHS----PS----
::::. :..:..::.: ::. . . : . . . . : : :: : ::
NP_073 PAPLA-PVMAFMLPSYSFPSGTPNLPQAFFPSQPQFPSHPTLTSEMASASQPEFPSRTSI
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pF1KSD PSLP-------ALPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSS-
: : : ::: : . :::.:: ::::::::::::: :.. :... : :..
NP_073 PRQPCACPATRATPPSAMGRASPPLFQSRSSSPLQLNLLQLEEAPEG-GTGAMGTTGATE
960 970 980 990 1000 1010
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pF1KSD -----AGPPPPSAEAAEPEARLA--EVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAAS
: : ... .:.: :. : ....:.:::: :: ::.:::.:: :..:::::
NP_073 TAAVGADCKPGTSRDQQPKAPLTRDEPSDTQNSDALSTSSGLLNLLLNEDLCSASGSAAS
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::::: . ..: : : ::..:::::::::::::: . : . : : ..
NP_073 ESLGSGSLGCDASPSGAG---------SSDTSHTSKYFGSIDSSENNHKAKMNTGMEESE
1080 1090 1100 1110 1120
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pF1KSD QVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRR
. :: :::::::::::.::. ::::::.:::.. .:::.:::.:. .:: ::::.:.:..
NP_073 HFIKCVLQDPIWLLMADADSSVMMTYQLPSRNLEAVLKEDREKLKLLQKLQPRFTESQKQ
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1180 1190 1200 1210 1220 1230
pF1KSD ELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGL-EPMEEGGGEQ
:: ::.:.. : :: :.:: :: : ... :. : .. .::: : . :.
NP_073 ELREVHQWMQTGGLPAAIDVAECVYC--ENKEKGNICIPYEEDIPSLGLSEVSDTKEDEN
1190 1200 1210 1220 1230 1240
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pF1KSD GSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKASSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
::
NP_073 GSPLNHRIEEQT
1250
>>XP_005246168 (OMIM: 603426,604348) PREDICTED: period c (1255 aa)
initn: 2832 init1: 1712 opt: 1882 Z-score: 829.5 bits: 165.7 E(85289): 1.8e-39
Smith-Waterman score: 3152; 44.5% identity (66.4% similar) in 1297 aa overlap (26-1240:9-1245)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS---LADDTDANSNGSSGNE
:::. : ..: : :: : .:.: .: ::::.:
XP_005 MNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDMSS-GSSGHE
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SNGHESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQ
.: . : : ....: ..: ::. ..: ... :::. ..::. :.::.
XP_005 TNENCSTGRDSQGSDCDDS--GKELGMLVEPPDAR----QSPD------TFSLMMAKSEH
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KSD DNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQ
:::::::::.::... :.:::. .:.:::..:: ....::...:::::.::: ::::.
XP_005 -NPSTSGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVK
100 110 120 130 140
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pF1KSD ANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISE
::.:::: ::.::. :. .::.::.: .:::. ..: : :.::::...:.:.:::.
XP_005 ANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISD
150 160 170 180 190 200
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pF1KSD QAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKS
:.: ...::::.: ..: :.:::.:::::.. :.: .:: :. ..: : .. .:::
XP_005 QVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPHDVGVFHSFTSPYKLPLWSMCSGADSFTQECMEEKS
210 220 230 240 250 260
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pF1KSD VFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPD
:::. ... ::.:::.:::..:.: ..:: .: ::::.:::.:::::::::::.
XP_005 FFCRVSVRKSHENEIRYHPFRMTPYLVKVRDQQGAESQLCCLLLAERVHSGYEAPRIPPE
270 280 290 300 310 320
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pF1KSD KRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLA
:::::: :::.::::::::::.::::::::::. .:::. ::: :::::::::::::: .
XP_005 KRIFTTTHTPNCLFQDVDERAVPLLGYLPQDLIETPVLVQLHPSDRPLMLAIHKKILQSG
330 340 350 360 370 380
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pF1KSD GQPFDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAP
:::::.::::: ::::::.:.::::..:..:::::..:..::::::..:::::::.
XP_005 GQPFDYSPIRFRARNGEYITLDTSWSSFINPWSRKISFIIGRHKVRVGPLNEDVFAAHPC
390 400 410 420 430 440
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. .: .::::.::::::::::: . .: ..:. : : : ::::::: .
XP_005 TEEKALHPSIQELTEQIHRLLLQPVPHSGSSGYGSLGSNGSHEHLMSQTSSSDSNGHE--
450 460 470 480 490 500
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pF1KSD GPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPE
. .:::. . .:.... .. . .: .. .. . ::. :
XP_005 ----DSRRRRAEICKNGNKTKNRSHYSHESGEQKKKSVTEMQTNPPAEKKAV------PA
510 520 530 540 550
600 610 620 630 640 650
pF1KSD LEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSS
.: : :. ::: :. .::::::.::::..::::::: .: :::: ..
XP_005 MEKDSLGVS-----FPEELACKNQPTCSYQQISCLDSVIRYLESCNEAATLKRKCEFPAN
560 570 580 590 600 610
660 670 680 690 700 710
pF1KSD YTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVV
. .:: . ..: . . .::: . : : :: :. ::: .:::::.
XP_005 VPALRSSDKRKATVSPGPHAGEAEPPSRVNSRTG--------VGTHLTSLALPGKAESVA
620 630 640 650 660
720 730 740 750 760 770
pF1KSD SVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAP-----SPAPSPTVAPDPAPD
:.:::::.:::::::::::: . .. :.:: : :: .:: . .. . :
XP_005 SLTSQCSYSSTIVHVGDKKP-QPELEMVEDA---ASGPESLDCLAGPALACGLSQEKEP-
670 680 690 700 710
780 790 800 810
pF1KSD AYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRL---------------RGLDSSSTAPSA
.. .:::: ::. :::::::.::..:... .: .: : :::.
XP_005 -FKKLGLTKEVLAAHTQKEEQSFLQKFKEIRKLSIFQSHCHYYLQERSKGQPSERTAPGL
720 730 740 750 760 770
820 830 840 850 860
pF1KSD LGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAKRSRHHQN------PRAEAPCYVSHPSPV--PPSTPW
. : .. .. .:: . : .. : . : :. . . : .:
XP_005 RNTSGIDSPWKKTGKNRKLKSKRVKPRDSSESTGSGGPVSARPPLVGLNATAWSPSDTSQ
780 790 800 810 820 830
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. ::. :::: : : :::: : : :::: .:: : :
XP_005 SSCPAV-PFPAPVPAAYSLPVF-PAPGTVAAPPAPPHASFTVPAVPVDLQHQFAVQPPPF
840 850 860 870 880 890
920 930 940 950
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::::. :..:..::.: ::. . . : . . . . : : :: : ::
XP_005 PAPLA-PVMAFMLPSYSFPSGTPNLPQAFFPSQPQFPSHPTLTSEMASASQPEFPSRTSI
900 910 920 930 940 950
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pF1KSD PSLP-------ALPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSS-
: : : ::: : . :::.:: ::::::::::::: :.. :... : :..
XP_005 PRQPCACPATRATPPSAMGRASPPLFQSRSSSPLQLNLLQLEEAPEG-GTGAMGTTGATE
960 970 980 990 1000 1010
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KSD -----AGPPPPSAEAAEPEARLA--EVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAAS
: : ... .:.: :. : ....:.:::: :: ::.:::.:: :..:::::
XP_005 TAAVGADCKPGTSRDQQPKAPLTRDEPSDTQNSDALSTSSGLLNLLLNEDLCSASGSAAS
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1070 1080 1090 1100 1110
pF1KSD GSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARG-GAEPGD
::::: . ..: : : ::..:::::::::::::: . : . : : ..
XP_005 ESLGSGSLGCDASPSGAG---------SSDTSHTSKYFGSIDSSENNHKAKMNTGMEESE
1080 1090 1100 1110 1120
1120 1130 1140 1150 1160 1170
pF1KSD QVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRR
. :: :::::::::::.::. ::::::.:::.. .:::.:::.:. .:: ::::.:.:..
XP_005 HFIKCVLQDPIWLLMADADSSVMMTYQLPSRNLEAVLKEDREKLKLLQKLQPRFTESQKQ
1130 1140 1150 1160 1170 1180
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pF1KSD ELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGL-EPMEEGGGEQ
:: ::.:.. : :: :.:: :: : ... :. : .. .::: : . :.
XP_005 ELREVHQWMQTGGLPAAIDVAECVYC--ENKEKGNICIPYEEDIPSLGLSEVSDTKEDEN
1190 1200 1210 1220 1230 1240
1240 1250 1260 1270 1280 1290
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::
XP_005 GSPLNHRIEEQT
1250
>>XP_006712887 (OMIM: 603426,604348) PREDICTED: period c (1255 aa)
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pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS---LADDTDANSNGSSGNE
:::. : ..: : :: : .:.: .: ::::.:
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10 20 30 40
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.: . : : ....: ..: ::. ..: ... :::. ..::. :.::.
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pF1KSD DNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQ
:::::::::.::... :.:::. .:.:::..:: ....::...:::::.::: ::::.
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pF1KSD ANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISE
::.:::: ::.::. :. .::.::.: .:::. ..: : :.::::...:.:.:::.
XP_006 ANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISD
150 160 170 180 190 200
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:.: ...::::.: ..: :.:::.:::::.. :.: .:: :. ..: : .. .:::
XP_006 QVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPHDVGVFHSFTSPYKLPLWSMCSGADSFTQECMEEKS
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:::. ... ::.:::.:::..:.: ..:: .: ::::.:::.:::::::::::.
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:::::: :::.::::::::::.::::::::::. .:::. ::: :::::::::::::: .
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:::::.::::: ::::::.:.::::..:..:::::..:..::::::..:::::::.
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. .: .::::.::::::::::: . .: ..:. : : : ::::::: .
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. .:: . ..: . . .::: . : : :: :. ::: .:::::.
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: : ... .:.: :. : ....:.:::: :: ::.:::.:: :..:::::
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::::: . ..: : : ::..:::::::::::::: . : . : : ..
XP_006 ESLGSGSLGCDASPSGAG---------SSDTSHTSKYFGSIDSSENNHKAKMNTGMEESE
1080 1090 1100 1110 1120
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pF1KSD QVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRR
. :: :::::::::::.::. ::::::.:::.. .:::.:::.:. .:: ::::.:.:..
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pF1KSD ELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGL-EPMEEGGGEQ
:: ::.:.. : :: :.:: :: : ... :. : .. .::: : . :.
XP_006 ELREVHQWMQTGGLPAAIDVAECVYC--ENKEKGNICIPYEEDIPSLGLSEVSDTKEDEN
1190 1200 1210 1220 1230 1240
1240 1250 1260 1270 1280 1290
pF1KSD GSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKASSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
::
XP_006 GSPLNHRIEEQT
1250
>>NP_001276792 (OMIM: 603427,616882) period circadian pr (1184 aa)
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100 110 120 130 140 150
pF1KSD QSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRG
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NP_001 GAKDEALGEESGERWSPEFHLQRKLADSSHSEQQDRNRVSEELIMVVQEMKKYFPSERRN
20 30 40 50 60 70
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pF1KSD KGRSGTLATLQYALACVKQVQANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQ
: .:: .:.::: ::..::::.:..: : ..: : . :.: :.:::: :.::.: .
NP_001 K--PSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQILS-QNGAP-QADVSMYSLEELATIASEHTSK
80 90 100 110 120
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pF1KSD NQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRL
: ::: .. :::.::.:.::::::..: :.::. ...: .::::::. :::. :: ..:
NP_001 NTDTFVAVFSFLSGRLVHISEQAALILNRKKDVLASSHFVDLLAPQDMRVFYAHTARAQL
130 140 150 160 170 180
280 290 300 310 320 330
pF1KSD PTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAP---
: :.. .. ... . . : ::::::: :: ..:::. ::. ... . :
NP_001 PFWNNWTQRAAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
190 200 210 220 230 240
340 350 360 370 380 390
pF1KSD AQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAP
..:::: ..:.::::::::::: .:::::: :::.:.: .:::.:.::::::::::.:.
NP_001 SEPCCLTVVEKIHSGYEAPRIPVNKRIFTTTHTPGCVFLEVDEKAVPLLGYLPQDLIGTS
250 260 270 280 290 300
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pF1KSD VLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQP-FDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRK
.: .:::::: ::.:::.:.:. ::.: :.:::::::..::.:. .:.::..::.:::::
NP_001 ILSYLHPEDRSLMVAIHQKVLKYAGHPPFEHSPIRFCTQNGDYIILDSSWSSFVNPWSRK
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD VAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCG
..:..:::::::.:::::::. . . : :: ::.:::..::::::: .: .
NP_001 ISFIIGRHKVRTSPLNEDVFATKIKKMNDN-DKDITELQEQIYKLLLQPVHVSVSSGYGS
370 380 390 400 410 420
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pF1KSD VGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARP
.:. : : : .:::...: .: .:.::. .:. .:. ::::.::: ..
NP_001 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS
430 440 450 460 470 480
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pF1KSD QSRPRLPATGTFKAKALPCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQI
. .: . .: : . :. : :. .:. .. : : :.. : :::::
NP_001 SFKP-VTGTRTEPNGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHSPSYQQI
490 500 510 520 530
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pF1KSD NCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSG
::.::..:::.: :.:. :::: : .. ::::.:..:.: . : : .: .:
NP_001 NCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDVQALQAG
540 550 560 570 580
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pF1KSD EG--ATPRKE-PVVG-----GTLSPLALANKAESVVSVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPES-
: :..: :. : : .: :.. :. : :::..::::::: :::.
NP_001 LQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV---PPPETA
590 600 610 620 630 640
740 750 760 770 780 790
pF1KSD -DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRF
: .. . : ::: . . .. :::: :::: ::::::: ....:
NP_001 RDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQNYVDKF
650 660 670 680 690
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pF1KSD RD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPPSRRHHC
:. . ..: ..:. . :: ..: :. : ::.
NP_001 REKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPPDSSSSN
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pF1KSD RSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHP---SPV-PPSTPWPT--P---PATTPFPAVVQP---
... : ::: . : .: : ::. ::.. :. : :: :.::...:
NP_001 TGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFPPAAMVPSQAPYLVPAF-PLPAATSPGRE
760 770 780 790 800 810
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pF1KSD YPLPVFSPRGGPQPLPPAPTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSYPYGALQ
: : .:.: . :: . : ::: : . .... ::. . : .:: : :
NP_001 YAAPGTAPEGL-HGLPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFLPCPFLG
820 830 840 850 860 870
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pF1KSD TPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQLNLLQL
. : . .:. : . ::.: : .: . :...:: ::::::::::
NP_001 ATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQLNLLQ-
880 890 900 910 920 930
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pF1KSD EELPRAEGAA--------------VAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTESSNQDA
::.:: . :.:. :: ..: .: .. : : . .:
NP_001 EEMPRPSESPDQMRRNTCPQTEYCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENPSHPTASA
940 950 960 970 980 990
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pF1KSD LS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRSSQSSHT
:: :: . . : . : : . . .. ..:: . : : . . .: :: .
NP_001 LSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGSPPSESPSRTGSAASGSSDS
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1100 1110 1120 1130 1140 1150
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: :. .:. ::. .. .. ... : ..::: .. .. .:..:::::: :
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:::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:... . . .:..::: : . . :
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NP_058 PFWNNW-TQRAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
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