FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0517, 771 aa 1>>>pF1KSDA0517 771 - 771 aa - 771 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8516+/-0.00134; mu= 13.5907+/- 0.079 mean_var=189.6534+/-41.039, 0's: 0 Z-trim(104.7): 148 B-trim: 4 in 1/51 Lambda= 0.093131 statistics sampled from 7875 (8024) to 7875 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.246), width: 16 Scan time: 3.000 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3781.2 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 ( 771) 5132 703.6 3e-202 CCDS47147.1 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 ( 744) 4930 676.5 4.3e-194 CCDS7764.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 ( 744) 3470 480.3 4.9e-135 CCDS58115.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 ( 625) 2894 402.8 8.6e-112 CCDS893.1 TRIM45 gene_id:80263|Hs108|chr1 ( 580) 498 80.9 6.7e-15 CCDS43060.1 TRIM71 gene_id:131405|Hs108|chr3 ( 868) 444 73.8 1.3e-12 >>CCDS3781.2 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 (771 aa) initn: 5132 init1: 5132 opt: 5132 Z-score: 3744.5 bits: 703.6 E(32554): 3e-202 Smith-Waterman score: 5132; 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CCDS77 LHTFCERCLQNYIPAQSLTLSCPVCRQTSILPEQGVSALQNNFFISSLMEAMQQAPDGAH 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KSD AEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVPLKDV :. .:.::.:::::::.:..:::::..:::::: :: ::: :: :: :.:: CCDS77 DPEDP---HPLSVVAGRPLSCPNHEGKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVLLRDV 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KSD VEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQKTLNV ::::::.:: ::.:: :::....:. ... : .:: ..:: . .: ..:..:...:. CCDS77 VEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQALQQ 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KSD RKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLVKKQM ::..:. .::. : :.:::::::::: :::: : : .:. ::: :. :::::.:.: CCDS77 RKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLVRKHM 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KSD SEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGEGLRQ :.: :: : :: .:.:: ::....:..::..:. :::..:::.:.: ::::::::::: CCDS77 RERLAALAAQAFPERPHENAQLELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGLRQ 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KSD TIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLYTVQK ...::: :.:.:::::::.: .::.: : ::.. :::. ..:.::::::..::.. CCDS77 ALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTART 340 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 pF1KSD EGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGS--GHVKQKAVKRPA ::.. ::. :: : .:::::.....: .:. :. . :::::::::. .::.::::.::. 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CCDS58 RQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTA 220 230 240 250 260 270 430 440 450 460 470 480 pF1KSD QKEGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGS--GHVKQKAVKR . ::.. ::. :: : .:::::.....: .:. :. . :::::::::. .::.::::.: CCDS58 RTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRR 280 290 300 310 320 330 490 500 510 520 530 pF1KSD PASMYSTG-KRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQI :.:::::: :::.:::::.:.::::..::.::::::::::.:...:.:..:::::::.:. CCDS58 PSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQV 340 350 360 370 380 390 540 550 560 570 580 590 pF1KSD FSNDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGS :::.:::: :::.:::::::::::::::: .::::.:::::.:::::: .::::::::. CCDS58 FSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGA 400 410 420 430 440 450 600 610 620 630 640 650 pF1KSD GKLMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNS :.:::::::.:::::::::::::.:::: ::::::.: :::.:: ::.::::::.:::. 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