Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0550
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0550, 1522 aa
1>>>pF1KSDA0550 1522 - 1522 aa - 1522 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8590+/-0.00142; mu= 22.0303+/- 0.085
mean_var=129.3103+/-25.625, 0's: 0 Z-trim(103.7): 152 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.112787
statistics sampled from 7367 (7540) to 7367 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16
Scan time: 5.300
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4968.1 ADGRB3 gene_id:577|Hs108|chr6 (1522) 10435 1711.5 0
CCDS64985.1 ADGRB1 gene_id:575|Hs108|chr8 (1584) 3511 584.8 7e-166
CCDS72746.1 ADGRB2 gene_id:576|Hs108|chr1 (1551) 2931 490.4 1.8e-137
CCDS72747.1 ADGRB2 gene_id:576|Hs108|chr1 (1584) 2248 379.3 5.1e-104
CCDS76174.1 ADGRL2 gene_id:23266|Hs108|chr1 (1123) 631 116.0 6.5e-25
CCDS72811.1 ADGRL2 gene_id:23266|Hs108|chr1 (1177) 631 116.1 6.7e-25
CCDS689.1 ADGRL2 gene_id:23266|Hs108|chr1 (1403) 631 116.2 7.5e-25
CCDS82926.1 ADGRL3 gene_id:23284|Hs108|chr4 (1240) 598 110.7 2.9e-23
CCDS54768.1 ADGRL3 gene_id:23284|Hs108|chr4 (1469) 598 110.8 3.2e-23
CCDS34574.1 THBS2 gene_id:7058|Hs108|chr6 (1172) 587 108.9 9.6e-23
CCDS32194.1 THBS1 gene_id:7057|Hs108|chr15 (1170) 568 105.8 8.2e-22
CCDS81345.1 ADGRL2 gene_id:23266|Hs108|chr1 (1416) 567 105.7 1e-21
CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1 (5635) 563 105.8 4e-21
CCDS12307.1 ADGRL1 gene_id:22859|Hs108|chr19 (1469) 552 103.3 5.8e-21
CCDS32928.1 ADGRL1 gene_id:22859|Hs108|chr19 (1474) 552 103.3 5.8e-21
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5 (1074) 535 100.4 3.2e-20
CCDS14076.1 CELSR1 gene_id:9620|Hs108|chr22 (3014) 526 99.4 1.7e-19
CCDS41352.1 ADGRL4 gene_id:64123|Hs108|chr1 ( 690) 504 95.1 7.8e-19
CCDS58645.1 ADGRE1 gene_id:2015|Hs108|chr19 ( 867) 486 92.3 6.9e-18
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1151) 482 91.8 1.3e-17
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1205) 482 91.8 1.4e-17
CCDS796.1 CELSR2 gene_id:1952|Hs108|chr1 (2923) 482 92.3 2.4e-17
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1057) 470 89.8 4.8e-17
CCDS2775.1 CELSR3 gene_id:1951|Hs108|chr3 (3312) 465 89.6 1.8e-16
CCDS12315.1 ADGRE3 gene_id:84658|Hs108|chr19 ( 652) 449 86.2 3.7e-16
CCDS74297.1 ADGRE3 gene_id:84658|Hs108|chr19 ( 600) 448 86.0 4e-16
CCDS74296.1 ADGRE3 gene_id:84658|Hs108|chr19 ( 526) 441 84.8 8e-16
CCDS32930.1 ADGRE5 gene_id:976|Hs108|chr19 ( 786) 441 85.0 1e-15
CCDS32931.1 ADGRE5 gene_id:976|Hs108|chr19 ( 742) 432 83.5 2.8e-15
CCDS32929.1 ADGRE5 gene_id:976|Hs108|chr19 ( 835) 432 83.5 3e-15
CCDS9272.1 ADGRD1 gene_id:283383|Hs108|chr12 ( 874) 429 83.0 4.3e-15
CCDS81753.1 ADGRD1 gene_id:283383|Hs108|chr12 ( 906) 429 83.1 4.4e-15
CCDS47491.1 ADGRG6 gene_id:57211|Hs108|chr6 (1193) 430 83.4 4.7e-15
CCDS47490.1 ADGRG6 gene_id:57211|Hs108|chr6 (1221) 430 83.4 4.8e-15
CCDS55064.1 ADGRG6 gene_id:57211|Hs108|chr6 (1222) 430 83.4 4.8e-15
CCDS47489.1 ADGRG6 gene_id:57211|Hs108|chr6 (1250) 430 83.4 4.9e-15
CCDS58643.1 ADGRE1 gene_id:2015|Hs108|chr19 ( 709) 417 81.0 1.5e-14
CCDS58646.1 ADGRE1 gene_id:2015|Hs108|chr19 ( 745) 417 81.0 1.5e-14
CCDS12175.1 ADGRE1 gene_id:2015|Hs108|chr19 ( 886) 417 81.1 1.7e-14
CCDS32935.1 ADGRE2 gene_id:30817|Hs108|chr19 ( 823) 412 80.3 2.8e-14
CCDS14282.1 CFP gene_id:5199|Hs108|chrX ( 469) 388 76.1 2.9e-13
CCDS66817.1 THSD4 gene_id:79875|Hs108|chr15 ( 658) 384 75.6 5.7e-13
CCDS35409.1 ADGRG4 gene_id:139378|Hs108|chrX (3080) 393 77.8 5.8e-13
CCDS7309.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 ( 945) 382 75.4 9.1e-13
CCDS58083.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 ( 934) 377 74.6 1.6e-12
CCDS3643.1 UNC5C gene_id:8633|Hs108|chr4 ( 931) 376 74.5 1.8e-12
CCDS83279.1 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 ( 948) 355 71.0 1.9e-11
CCDS6093.2 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 ( 953) 355 71.1 1.9e-11
CCDS82801.1 ADAMTS9 gene_id:56999|Hs108|chr3 (1907) 356 71.6 2.7e-11
CCDS2903.1 ADAMTS9 gene_id:56999|Hs108|chr3 (1935) 356 71.6 2.8e-11
>>CCDS4968.1 ADGRB3 gene_id:577|Hs108|chr6 (1522 aa)
initn: 10435 init1: 10435 opt: 10435 Z-score: 9180.8 bits: 1711.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10435; 99.9% identity (100.0% similar) in 1522 aa overlap (1-1522:1-1522)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKAVRNLLIYIFSTYLLVMFGFNAAQDFWCSTLVKGVIYGSYSVSEMFPKNFTNCTWTLE
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CCDS49 MKAVRNLLIYIFSTYLLVMFGFNAAQDFWCSTLVKGVIYGSYSVSEMFPKNFTNCTWTLE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NPDPTKYSIYLKFSKKDLSCSNFSLLAYQFDHFSHEKIKDLLRKNHSIMQLCNSKNAFVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 NPDPTKYSIYLKFSKKDLSCSNFSLLAYQFDHFSHEKIKDLLRKNHSIMQLCNSKNAFVF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LQYDKNFIQIRRVFPTNFPGLQKKGEEDQKSFFEFLVLNKVSPSQFGCHVLCTWLESCLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LQYDKNFIQIRRVFPTNFPGLQKKGEEDQKSFFEFLVLNKVSPSQFGCHVLCTWLESCLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SENGRTESCGIMYTKCTCPQHLGEWGIDDQSLILLNNVVLPLNEQTEGCLTQELQTTQVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 SENGRTESCGIMYTKCTCPQHLGEWGIDDQSLILLNNVVLPLNEQTEGCLTQELQTTQVC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD NLTREAKRPPKEEFGMMGDHTIKSQRPRSVHEKRVPQEQADAAKFMAQTGESGVEEWSQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 NLTREAKRPPKEEFGMMGDHTIKSQRPRSVHEKRVPQEQADAAKFMAQTGESGVEEWSQW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD STCSVTCGQGSQVRTRTCVSPYGTHCSGPLRESRVCNNTALCPVHGVWEEWSPWSLCSFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 STCSVTCGQGSQVRTRTCVSPYGTHCSGPLRESRVCNNTALCPVHGVWEEWSPWSLCSFT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CGRGQRTRTRSCTPPQYGGRPCEGPETHHKPCNIALCPVDGQWQEWSSWSQCSVTCSNGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 CGRGQRTRTRSCTPPQYGGRPCEGPETHHKPCNIALCPVDGQWQEWSSWSQCSVTCSNGT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QQRSRQCTAAAHGGSECRGPWAESRECYNPECTANGQWNQWGHWSGCSKSCDGGWERRIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 QQRSRQCTAAAHGGSECRGPWAESRECYNPECTANGQWNQWGHWSGCSKSCDGGWERRIR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD TCQGAVITGQQCEGTGEEVRRCSEQRCPAPYEICPEDYLMSMVWKRTPAGDLAFNQCPLN
::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 TCQGAVITGQQCEGTGEEVRRCNEQRCPAPYEICPEDYLMSMVWKRTPAGDLAFNQCPLN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ATGTTSRRCSLSLHGVAFWEQPSFARCISNEYRHLQHSIKEHLAKGQRMLAGDGMSQVTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 ATGTTSRRCSLSLHGVAFWEQPSFARCISNEYRHLQHSIKEHLAKGQRMLAGDGMSQVTK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TLLDLTQRKNFYAGDLLMSVEILRNVTDTFKRASYIPASDGVQNFFQIVSNLLDEENKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 TLLDLTQRKNFYAGDLLMSVEILRNVTDTFKRASYIPASDGVQNFFQIVSNLLDEENKEK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD WEDAQQIYPGSIELMQVIEDFIHIVGMGMMDFQNSYLMTGNVVASIQKLPAASVLTDINF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 WEDAQQIYPGSIELMQVIEDFIHIVGMGMMDFQNSYLMTGNVVASIQKLPAASVLTDINF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD PMKGRKGMVDWARNSEDRVVIPKSIFTPVSSKELDESSVFVLGAVLYKNLDLILPTLRNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 PMKGRKGMVDWARNSEDRVVIPKSIFTPVSSKELDESSVFVLGAVLYKNLDLILPTLRNY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD TVINSKIIVVTIRPEPKTTDSFLEIELAHLANGTLNPYCVLWDDSKTNESLGTWSTQGCK
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CCDS49 TVINSKIIVVTIRPEPKTTDSFLEIELAHLANGTLNPYCVLWDDSKTNESLGTWSTQGCK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD TVLTDASHTKCLCDRLSTFAILAQQPREIIMESSGTPSVTLIVGSGLSCLALITLAVVYA
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CCDS49 TVLTDASHTKCLCDRLSTFAILAQQPREIIMESSGTPSVTLIVGSGLSCLALITLAVVYA
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD ALWRYIRSERSIILINFCLSIISSNILILVGQTQTHNKSICTTTTAFLHFFFLASFCWVL
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CCDS49 ALWRYIRSERSIILINFCLSIISSNILILVGQTQTHNKSICTTTTAFLHFFFLASFCWVL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD TEAWQSYMAVTGKIRTRLIRKRFLCLGWGLPALVVATSVGFTRTKGYGTDHYCWLSLEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 TEAWQSYMAVTGKIRTRLIRKRFLCLGWGLPALVVATSVGFTRTKGYGTDHYCWLSLEGG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD LLYAFVGPAAAVVLVNMVIGILVFNKLVSRDGILDKKLKHRAGQMSEPHSGLTLKCAKCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LLYAFVGPAAAVVLVNMVIGILVFNKLVSRDGILDKKLKHRAGQMSEPHSGLTLKCAKCG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD VVSTTALSATTASNAMASLWSSCVVLPLLALTWMSAVLAMTDKRSILFQILFAVFDSLQG
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CCDS49 VVSTTALSATTASNAMASLWSSCVVLPLLALTWMSAVLAMTDKRSILFQILFAVFDSLQG
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD FVIVMVHCILRREVQDAFRCRLRNCQDPINADSSSSFPNGHAQIMTDFEKDVDIACRSVL
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CCDS49 FVIVMVHCILRREVQDAFRCRLRNCQDPINADSSSSFPNGHAQIMTDFEKDVDIACRSVL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD HKDIGPCRAATITGTLSRISLNDDEEEKGTNPEGLSYSTLPGNVISKVIIQQPTGLHMPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 HKDIGPCRAATITGTLSRISLNDDEEEKGTNPEGLSYSTLPGNVISKVIIQQPTGLHMPM
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD SMNELSNPCLKKENSELRRTVYLCTDDNLRGADMDIVHPQERMMESDYIVMPRSSVNNQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 SMNELSNPCLKKENSELRRTVYLCTDDNLRGADMDIVHPQERMMESDYIVMPRSSVNNQP
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD SMKEESKMNIGMETLPHERLLHYKVNPEFNMNPPVMDQFNMNLEQHLAPQEHMQNLPFEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 SMKEESKMNIGMETLPHERLLHYKVNPEFNMNPPVMDQFNMNLEQHLAPQEHMQNLPFEP
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD RTAVKNFMASELDDNAGLSRSETGSTISMSSLERRKSRYSDLDFEKVMHTRKRHMELFQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 RTAVKNFMASELDDNAGLSRSETGSTISMSSLERRKSRYSDLDFEKVMHTRKRHMELFQE
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD LNQKFQTLDRFRDIPNTSSMENPAPNKNPWDTFKNPSEYPHYTTINVLDTEAKDALELRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LNQKFQTLDRFRDIPNTSSMENPAPNKNPWDTFKNPSEYPHYTTINVLDTEAKDALELRP
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520
pF1KSD AEWEKCLNLPLDVQEGDFQTEV
::::::::::::::::::::::
CCDS49 AEWEKCLNLPLDVQEGDFQTEV
1510 1520
>>CCDS64985.1 ADGRB1 gene_id:575|Hs108|chr8 (1584 aa)
initn: 3556 init1: 1230 opt: 3511 Z-score: 3091.6 bits: 584.8 E(32554): 7e-166
Smith-Waterman score: 4863; 47.7% identity (71.8% similar) in 1588 aa overlap (30-1522:43-1584)
10 20 30 40 50
pF1KSD MKAVRNLLIYIFSTYLLVMFGFNAAQDFWCSTLVKGVIYGSYSVSEMFPKNFTNCTWTL
:.:::.: ..: .:.. .:: : . :.:::
CCDS64 ILAPLLLLLLLLGRRARAAAGADAGPGPEPCATLVQGKFFGYFSAAAVFPANASRCSWTL
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KSD ENPDPTKYSIYLKFSKKDLSCSNFSLL-AYQFDHFSHEKIKDLL--RKNHSIMQLCNSKN
.:::: .:..:.: .: . ::. . . .:::: : :. . : .. ...::. .
CCDS64 RNPDPRRYTLYMKVAKAPVPCSGPGRVRTYQFDSFL-ESTRTYLGVESFDEVLRLCDPSA
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AFVFLQYDKNFIQIRRVFPTNFPGLQKK----GEEDQKSFFEFLVLNKVSPSQFGCHVLC
..::: .:.:.:.:: : . ::. . : :. : :.::... .::. .:..::
CCDS64 PLAFLQASKQFLQMRRQQPPQHDGLRPRAGPPGPTDDFSV-EYLVVGNRNPSRAACQMLC
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220
pF1KSD TWLESCLKSENGRTESCGIMYTKCTCPQHLGEWG------IDDQSLILLNNVVLPLNEQT
::..:: . . .. :::: : :.: :: : . .. . : ..: :.
CCDS64 RWLDACLAGSRS-SHPCGIMQTPCACLG--GEAGGPAAGPLAPRGDVCLRDAVAGGPENC
200 210 220 230 240
230 240
pF1KSD EGCLTQE--------------------------LQT-TQVC------------NLTREAK
:::. ::: :..: .. .:..
CCDS64 LTSLTQDRGGHGATGGWKLWSLWGECTRDCGGGLQTRTRTCLPAPGVEGGGCEGVLEEGR
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RPPKEEFGMMGDHTIKSQRPRSVHEKRVPQEQADAAKF---MAQTGESGVEEWSQWSTCS
. .: : : . .:: ::. .: . . .: :::. ..:::: ::.::
CCDS64 QCNREACGPAGRTSSRSQSLRSTDARRREELGDELQQFGFPAPQTGDPAAEEWSPWSVCS
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VTCGQGSQVRTRTCVSP-YGTHCSGPLRESRVCNNTALCPVHGVWEEWSPWSLCSFTCGR
:::.: :.::: ::: :.:.:::::::.:.:::.:.:::::.:.::::::::: ::::
CCDS64 STCGEGWQTRTRFCVSSSYSTQCSGPLREQRLCNNSAVCPVHGAWDEWSPWSLCSSTCGR
370 380 390 400 410 420
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GQRTRTRSCTPPQYGGRPCEGPETHHKPCNIALCP---VDGQWQEWSSWSQCSVTCSNGT
: : :::.: :::.:: :::::: . : ::::::: :::.:.:::::: ::..::.:
CCDS64 GFRDRTRTCRPPQFGGNPCEGPEKQTKFCNIALCPGRAVDGNWNEWSSWSACSASCSQGR
430 440 450 460 470 480
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QQRSRQCTAAAHGGSECRGPWAESRECYNPECTANGQWNQWGHWSGCSKSCDGGWERRIR
:::.:.:.. ..::.::.: :.:.:.:. .: ..:.:. :. :..:: .: .: .:: :
CCDS64 QQRTRECNGPSYGGAECQGHWVETRDCFLQQCPVDGKWQAWASWGSCSVTCGAGSQRRER
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...:...:::::::::.::::::::::::: :::.:::::.:: .:: ..::::::::.:
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:::::::::::::::::..:.:::::::::::::::::::: :::::..:::.: .::::
CCDS64 FCWVLTEAWQSYMAVTGHLRNRLIRKRFLCLGWGLPALVVAISVGFTKAKGYSTMNYCWL
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CCDS64 SLEGGLLYAFVGPAAAVVLVNMVIGILVFNKLVSKDGITDKKLKERAG------------
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CCDS64 CRSVLNKDIAACRTATITGTLKRPSLPEEEKLKLAHAKGPPTNFNSLPANV-SKLHLHGS
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.... .:. ::: :..: .. .:. ::.: .. :: .. .:: . . .
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CCDS72 ENPDPTKYSLYLRFNRQEQVCAHFAPRLLPLDHYLVNFTCLRPSPEEAVAQAESEVGRPE
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