Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0554
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0554, 617 aa
1>>>pF1KSDA0554 617 - 617 aa - 617 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2559+/-0.000921; mu= 4.5479+/- 0.056
mean_var=227.9777+/-46.881, 0's: 0 Z-trim(114.0): 21 B-trim: 420 in 1/53
Lambda= 0.084943
statistics sampled from 14612 (14626) to 14612 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.746), E-opt: 0.2 (0.449), width: 16
Scan time: 3.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS48040.1 FNBP1 gene_id:23048|Hs108|chr9 ( 617) 4142 520.3 3e-147
CCDS53343.1 FNBP1L gene_id:54874|Hs108|chr1 ( 605) 1949 251.5 2.3e-66
CCDS74271.1 TRIP10 gene_id:9322|Hs108|chr19 ( 601) 1501 196.6 7.8e-50
CCDS60192.1 FNBP1L gene_id:54874|Hs108|chr1 ( 547) 1386 182.5 1.3e-45
CCDS53344.1 FNBP1L gene_id:54874|Hs108|chr1 ( 551) 1386 182.5 1.3e-45
CCDS12172.1 TRIP10 gene_id:9322|Hs108|chr19 ( 545) 1322 174.6 2.9e-43
CCDS74272.1 TRIP10 gene_id:9322|Hs108|chr19 ( 593) 1322 174.7 3.1e-43
>>CCDS48040.1 FNBP1 gene_id:23048|Hs108|chr9 (617 aa)
initn: 4142 init1: 4142 opt: 4142 Z-score: 2757.1 bits: 520.3 E(32554): 3e-147
Smith-Waterman score: 4142; 100.0% identity (100.0% similar) in 617 aa overlap (1-617:1-617)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSWGTELWDQFDNLEKHTQWGIDILEKYIKFVKERTEIELSYAKQLRNLSKKYQPKKNSK
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CCDS48 MSWGTELWDQFDNLEKHTQWGIDILEKYIKFVKERTEIELSYAKQLRNLSKKYQPKKNSK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EEEEYKYTSCKAFISNLNEMNDYAGQHEVISENMASQIIVDLARYVQELKQERKSNFHDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 EEEEYKYTSCKAFISNLNEMNDYAGQHEVISENMASQIIVDLARYVQELKQERKSNFHDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RKAQQHIETCWKQLESSKRRFERDCKEADRAQQYFEKMDADINVTKADVEKARQQAQIRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 RKAQQHIETCWKQLESSKRRFERDCKEADRAQQYFEKMDADINVTKADVEKARQQAQIRH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QMAEDSKADYSSILQKFNHEQHEYYHTHIPNIFQKIQEMEERRIVRMGESMKTYAEVDRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 QMAEDSKADYSSILQKFNHEQHEYYHTHIPNIFQKIQEMEERRIVRMGESMKTYAEVDRQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VIPIIGKCLDGIVKAAESIDQKNDSQLVIEAYKSGFEPPGDIEFEDYTQPMKRTVSDNSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 VIPIIGKCLDGIVKAAESIDQKNDSQLVIEAYKSGFEPPGDIEFEDYTQPMKRTVSDNSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SNSRGEGKPDLKFGGKSKGKLWPFIKKNKLMSLLTSPHQPPPPPPASASPSAVPNGPQSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 SNSRGEGKPDLKFGGKSKGKLWPFIKKNKLMSLLTSPHQPPPPPPASASPSAVPNGPQSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KQQKEPLSHRFNEFMTSKPKIHCFRSLKRGLSLKLGATPEDFSNLPPEQRRKKLQQKVDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 KQQKEPLSHRFNEFMTSKPKIHCFRSLKRGLSLKLGATPEDFSNLPPEQRRKKLQQKVDE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LNKEIQKEMDQRDAITKMKDVYLKNPQMGDPASLDHKLAEVSQNIEKLRVETQKFEAWLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LNKEIQKEMDQRDAITKMKDVYLKNPQMGDPASLDHKLAEVSQNIEKLRVETQKFEAWLA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD EVEGRLPARSEQARRQSGLYDSQNPPTVNNCAQDRESPDGSYTEEQSQESEMKVLATDFD
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CCDS48 EVEGRLPARSEQARRQSGLYDSQNPPTVNNCAQDRESPDGSYTEEQSQESEMKVLATDFD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD DEFDDEEPLPAIGTCKALYTFEGQNEGTISVVEGETLYVIEEDKGDGWTRIRRNEDEEGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 DEFDDEEPLPAIGTCKALYTFEGQNEGTISVVEGETLYVIEEDKGDGWTRIRRNEDEEGY
550 560 570 580 590 600
610
pF1KSD VPTSYVEVCLDKNAKDS
:::::::::::::::::
CCDS48 VPTSYVEVCLDKNAKDS
610
>>CCDS53343.1 FNBP1L gene_id:54874|Hs108|chr1 (605 aa)
initn: 2049 init1: 983 opt: 1949 Z-score: 1304.8 bits: 251.5 E(32554): 2.3e-66
Smith-Waterman score: 2381; 56.2% identity (82.2% similar) in 624 aa overlap (1-617:1-605)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSWGTELWDQFDNLEKHTQWGIDILEKYIKFVKERTEIELSYAKQLRNLSKKYQPKKNSK
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CCDS53 MSWGTELWDQFDSLDKHTQWGIDFLERYAKFVKERIEIEQNYAKQLRNLVKKYCPKRSSK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EEEEYKYTSCKAFISNLNEMNDYAGQHEVISENMASQIIVDLARYVQELKQERKSNFHDG
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CCDS53 DEEP-RFTSCVAFFNILNELNDYAGQREVVAEEMAHRVYGELMRYAHDLKTERKMHLQEG
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RKAQQHIETCWKQLESSKRRFERDCKEADRAQQYFEKMDADINVTKADVEKARQQAQIRH
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CCDS53 RKAQQYLDMCWKQMDNSKKKFERECREAEKAQQSYERLDNDTNATKADVEKAKQQLNLRT
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QMAEDSKADYSSILQKFNHEQHEYYHTHIPNIFQKIQEMEERRIVRMGESMKTYAEVDRQ
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CCDS53 HMADENKNEYAAQLQNFNGEQHKHFYVVIPQIYKQLQEMDERRTIKLSECYRGFADSERK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VIPIIGKCLDGIVKAAESIDQKNDSQLVIEAYKSGFEPPGDIEFEDYTQPMKRTVSDNSL
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CCDS53 VIPIISKCLEGMILAAKSVDERRDSQMVVDSFKSGFEPPGDFPFEDYSQHIYRTISDGTI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KSD SNSRGE-GKPDLKFG-GKSKGKLWPFIKKNKLMSLLTSPHQPPPPPPASASPSAVPNGPQ
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CCDS53 SASKQESGKMDAKTTVGKAKGKLWLFGKKPK-------P-QSPPLTPTSLFTSSTPNGSQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SPKQQKEPLSHRFNEFMTSKPKIHCFRSLKRGLSLKLGATPEDFSNLPPEQRRKKLQQKV
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CCDS53 FLTFSIEPVHYCMNEIKTGKPRIPSFRSLKRGWSVKMGPALEDFSHLPPEQRRKKLQQRI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DELNKEIQKEMDQRDAITKMKDVYLKNPQMGDPASLDHKLAEVSQNIEKLRVETQKFEAW
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CCDS53 DELNRELQKESDQKDALNKMKDVYEKNPQMGDPGSLQPKLAETMNNIDRLRMEIHKNEAW
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LAEVEGRLPARSEQARRQSGLYDSQNPPTVNN-CAQDRESPDGSYTEEQSQE----SEMK
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CCDS53 LSEVEGKTGGRGD--RRHSS--------DINHLVTQGRESPEGSYTDDANQEVRGPPQQH
480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KSD VLATDFDDEFDDEEPLPAIGTCKALYTFEGQNEGTISVVEGETLYVIEEDKGDGWTRIRR
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CCDS53 GHHNEFDDEFEDDDPLPAIGHCKAIYPFDGHNEGTLAMKEGEVLYIIEEDKGDGWTRARR
530 540 550 560 570 580
600 610
pF1KSD NEDEEGYVPTSYVEVCLDKNAKDS
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CCDS53 QNGEEGYVPTSYIDVTLEKNSKGS
590 600
>>CCDS74271.1 TRIP10 gene_id:9322|Hs108|chr19 (601 aa)
initn: 2023 init1: 1217 opt: 1501 Z-score: 1008.1 bits: 196.6 E(32554): 7.8e-50
Smith-Waterman score: 2148; 51.4% identity (81.6% similar) in 615 aa overlap (1-611:1-601)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSWGTELWDQFDNLEKHTQWGIDILEKYIKFVKERTEIELSYAKQLRNLSKKYQPKKNSK
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CCDS74 MDWGTELWDQFEVLERHTQWGLDLLDRYVKFVKERTEVEQAYAKQLRSLVKKYLPKRPAK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EEEEYKYTSCKAFISNLNEMNDYAGQHEVISENMASQIIVDLARYVQELKQERKSNFHDG
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CCDS74 DDPESKFSQQQSFVQILQEVNDFAGQRELVAENLSVRVCLELTKYSQEMKQERKMHFQEG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RKAQQHIETCWKQLESSKRRFERDCKEADRAQQYFEKMDADINVTKADVEKARQQAQIRH
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CCDS74 RRAQQQLENGFKQLENSKRKFERDCREAEKAAQTAERLDQDINATKADVEKAKQQAHLRS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QMAEDSKADYSSILQKFNHEQHEYYHTHIPNIFQKIQEMEERRIVRMGESMKTYAEVDRQ
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CCDS74 HMAEESKNEYAAQLQRFNRDQAHFYFSQMPQIFDKLQDMDERRATRLGAGYGLLSEAELE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VIPIIGKCLDGIVKAAESIDQKNDSQLVIEAYKSGFEPPGDIEFEDYTQPMKRTVSDNSL
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CCDS74 VVPIIAKCLEGMKVAANAVDPKNDSHVLIELHKSGFARPGDVEFEDFSQPMNRAPSDSSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SNSRGEGKPDLKFGGKSKGKLWPFIKKNKLMSLLTSPHQPPPPPPASASPSAVPNGPQSP
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CCDS74 G-TPSDGRPELRGPGRSRTKRWPFGKKNK-------PRPPPLSPLGGPVPSALPNGPPSP
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KSD KQQKEPLSHRFNEFMTS-KPKIHCFRSLKRGLSLKLGATPEDFSNLPPEQRRKKLQQKVD
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CCDS74 RSGRDPLAI-LSEISKSVKPRLASFRSL-RG--SRGTVVTEDFSHLPPEQQRKRLQQQLE
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD ELNKEIQKEMDQRDAITKMKDVYLKNPQMGDPASLDHKLAEVSQNIEKLRVETQKFEAWL
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CCDS74 ERSRELQKEVDQREALKKMKDVYEKTPQMGDPASLEPQIAETLSNIERLKLEVQKYEAWL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD AEVEGR-LPARSEQARRQSGLYD--SQNPPTVNNCAQDRESPDGSYTEEQSQESEMKVLA
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CCDS74 AEAESRVLSNRGDSLSRHARPPDPPASAPPDSSSNSASQDTKESS-EEPPSEESQDTPIY
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TDFDDEFDDEEPLPAIGTCKALYTFEGQNEGTISVVEGETLYVIEEDKGDGWTRIRRNED
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CCDS74 TEFDEDFE-EEPTSPIGHCVAIYHFEGSSEGTISMAEGEDLSLMEEDKGDGWTRVRRKEG
530 540 550 560 570 580
600 610
pF1KSD EEGYVPTSYVEVCLDKNAKDS
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CCDS74 GEGYVPTSYLRVTLN
590 600
>>CCDS60192.1 FNBP1L gene_id:54874|Hs108|chr1 (547 aa)
initn: 1884 init1: 983 opt: 1386 Z-score: 932.5 bits: 182.5 E(32554): 1.3e-45
Smith-Waterman score: 2110; 52.1% identity (76.3% similar) in 624 aa overlap (1-617:1-547)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSWGTELWDQFDNLEKHTQWGIDILEKYIKFVKERTEIELSYAKQLRNLSKKYQPKKNSK
::::::::::::.:.::::::::.::.: :::::: ::: .:::::::: ::: ::..::
CCDS60 MSWGTELWDQFDSLDKHTQWGIDFLERYAKFVKERIEIEQNYAKQLRNLVKKYCPKRSSK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EEEEYKYTSCKAFISNLNEMNDYAGQHEVISENMASQIIVDLARYVQELKQERKSNFHDG
.:: ..::: ::.. :::.::::::.::..:.:: .. .: ::...:: ::: ....:
CCDS60 DEEP-RFTSCVAFFNILNELNDYAGQREVVAEEMAHRVYGELMRYAHDLKTERKMHLQEG
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RKAQQHIETCWKQLESSKRRFERDCKEADRAQQYFEKMDADINVTKADVEKARQQAQIRH
:::::... ::::...::..:::.:.::..::: .:..: : :.::::::::.:: ..:
CCDS60 RKAQQYLDMCWKQMDNSKKKFERECREAEKAQQSYERLDNDTNATKADVEKAKQQLNLRT
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QMAEDSKADYSSILQKFNHEQHEYYHTHIPNIFQKIQEMEERRIVRMGESMKTYAEVDRQ
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CCDS60 HMADENKNEYAAQLQNFNGEQHKHFYVVIPQIYKQLQEMDERRTIKLSECYRGFADSERK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VIPIIGKCLDGIVKAAESIDQKNDSQLVIEAYKSGFEPPGDIEFEDYTQPMKRTVSDNSL
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CCDS60 VIPIISKCLEGMILAAKSVDERRDSQMVVDSFKSGFEPPGDFPFEDYSQHIYRTISDGTI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KSD SNSRGE-GKPDLKFG-GKSKGKLWPFIKKNKLMSLLTSPHQPPPPPPASASPSAVPNGPQ
: :. : :: : : ::.::::: : :: :.::
CCDS60 SASKQESGKMDAKTTVGKAKGKLWLFGKK--------------------------PKGP-
300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SPKQQKEPLSHRFNEFMTSKPKIHCFRSLKRGLSLKLGATPEDFSNLPPEQRRKKLQQKV
.: ::::.::::::::::::..
CCDS60 ---------------------------AL------------EDFSHLPPEQRRKKLQQRI
340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DELNKEIQKEMDQRDAITKMKDVYLKNPQMGDPASLDHKLAEVSQNIEKLRVETQKFEAW
::::.:.::: ::.::..:::::: ::::::::.::. ::::. .::..::.: .: :::
CCDS60 DELNRELQKESDQKDALNKMKDVYEKNPQMGDPGSLQPKLAETMNNIDRLRMEIHKNEAW
360 370 380 390 400 410
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LAEVEGRLPARSEQARRQSGLYDSQNPPTVNN-CAQDRESPDGSYTEEQSQE----SEMK
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CCDS60 LSEVEGKTGGRGD--RRHSS--------DINHLVTQGRESPEGSYTDDANQEVRGPPQQH
420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KSD VLATDFDDEFDDEEPLPAIGTCKALYTFEGQNEGTISVVEGETLYVIEEDKGDGWTRIRR
..:::::.:..:::::: :::.: :.:.::::... :::.::.::::::::::: ::
CCDS60 GHHNEFDDEFEDDDPLPAIGHCKAIYPFDGHNEGTLAMKEGEVLYIIEEDKGDGWTRARR
470 480 490 500 510 520
600 610
pF1KSD NEDEEGYVPTSYVEVCLDKNAKDS
.. :::::::::..: :.::.: :
CCDS60 QNGEEGYVPTSYIDVTLEKNSKGS
530 540
>>CCDS53344.1 FNBP1L gene_id:54874|Hs108|chr1 (551 aa)
initn: 1880 init1: 983 opt: 1386 Z-score: 932.5 bits: 182.5 E(32554): 1.3e-45
Smith-Waterman score: 2106; 51.9% identity (76.0% similar) in 622 aa overlap (1-615:1-545)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSWGTELWDQFDNLEKHTQWGIDILEKYIKFVKERTEIELSYAKQLRNLSKKYQPKKNSK
::::::::::::.:.::::::::.::.: :::::: ::: .:::::::: ::: ::..::
CCDS53 MSWGTELWDQFDSLDKHTQWGIDFLERYAKFVKERIEIEQNYAKQLRNLVKKYCPKRSSK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EEEEYKYTSCKAFISNLNEMNDYAGQHEVISENMASQIIVDLARYVQELKQERKSNFHDG
.:: ..::: ::.. :::.::::::.::..:.:: .. .: ::...:: ::: ....:
CCDS53 DEEP-RFTSCVAFFNILNELNDYAGQREVVAEEMAHRVYGELMRYAHDLKTERKMHLQEG
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RKAQQHIETCWKQLESSKRRFERDCKEADRAQQYFEKMDADINVTKADVEKARQQAQIRH
:::::... ::::...::..:::.:.::..::: .:..: : :.::::::::.:: ..:
CCDS53 RKAQQYLDMCWKQMDNSKKKFERECREAEKAQQSYERLDNDTNATKADVEKAKQQLNLRT
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QMAEDSKADYSSILQKFNHEQHEYYHTHIPNIFQKIQEMEERRIVRMGESMKTYAEVDRQ
.::...: .:.. ::.:: :::..... ::.:....:::.::: ....: .. .:. .:.
CCDS53 HMADENKNEYAAQLQNFNGEQHKHFYVVIPQIYKQLQEMDERRTIKLSECYRGFADSERK
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD VIPIIGKCLDGIVKAAESIDQKNDSQLVIEAYKSGFEPPGDIEFEDYTQPMKRTVSDNSL
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: :. : :: : : ::.::::: : :: :.::
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CCDS53 L----------------------------------------EDFSHLPPEQRRKKLQQRI
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CCDS53 DELNRELQKESDQKDALNKMKDVYEKNPQMGDPGSLQPKLAETMNNIDRLRMEIHKNEAW
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CCDS53 LSEVEGKTGGRGD--RRHSS--------DINHLVTQGRESPEGSYTDDANQEVRGPPQQH
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CCDS53 QNGEEGYVPTSYIDVTLEKNSKGAVTYI
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:.:.: : :... :.. : .. :: .. . .... ..: : :.::. . :
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CCDS12 EFDEDFE-EEPTSPIGHCVAIYHFEGSSEGTISMAEGEDLSLMEEDKGDGWTRVRRKEGG
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pF1KSD EGYVPTSYVEVCLDKNAKDS
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CCDS12 EGYVPTSYLRVTLN
540
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CCDS74 RRAQQQLENGFKQLENSKRKFERDCREAEKAAQTAERLDQDINATKADVEKAKQQAHLRS
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CCDS74 HMAEESKNEYAAQLQRFNRDQAHFYFSQMPQIFDKLQDMDERRATRLGAGYGLLSEAELE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS74 VVPIIAKCLEGMKVAANAVDPKNDSHVLIELHKSGFARPGDVEFEDFSQPMNRAPSDSSL
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310 320 330
370 380 390 400 410 420
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CCDS74 EAESRVLSNRGDSLSRHARPPDPPASAPPDSSSNSASQDTKESS-EEPPSEESQDTPIYT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]