FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0557, 480 aa 1>>>pF1KSDA0557 480 - 480 aa - 480 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9373+/-0.000362; mu= 8.4305+/- 0.023 mean_var=257.5980+/-51.167, 0's: 0 Z-trim(123.1): 2063 B-trim: 0 in 0/57 Lambda= 0.079910 statistics sampled from 40185 (42463) to 40185 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.802), E-opt: 0.2 (0.498), width: 16 Scan time: 9.510 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001128127 (OMIM: 608387) zinc finger protein 21 ( 459) 1051 134.2 7.6e-31 NP_004211 (OMIM: 608387) zinc finger protein 213 [ ( 459) 1051 134.2 7.6e-31 XP_005249152 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 545) 1008 129.3 2.7e-29 NP_061983 (OMIM: 611643) zinc finger protein with ( 545) 1008 129.3 2.7e-29 NP_077819 (OMIM: 612791) zinc finger protein with ( 538) 1000 128.4 5e-29 XP_006715278 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 538) 1000 128.4 5e-29 NP_001229823 (OMIM: 612791) zinc finger protein wi ( 538) 1000 128.4 5e-29 NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN doma ( 491) 902 117.0 1.2e-25 XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 902 117.0 1.2e-25 NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN d ( 491) 902 117.0 1.2e-25 XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 902 117.0 1.2e-25 NP_003441 (OMIM: 603900) zinc finger protein 174 i ( 407) 819 107.4 8e-23 XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 701 93.8 1.1e-18 NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 701 93.8 1.1e-18 NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 701 93.8 1.1e-18 NP_064612 (OMIM: 609760) histone-lysine N-methyltr ( 894) 698 93.8 2.1e-18 NP_001297143 (OMIM: 609760) histone-lysine N-methy ( 894) 698 93.8 2.1e-18 NP_001252529 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 503) 674 90.8 9.8e-18 NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 675 91.0 1e-17 XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 675 91.0 1e-17 XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 675 91.0 1e-17 NP_001252528 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 555) 674 90.8 1e-17 NP_942152 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 564) 674 90.8 1.1e-17 NP_006376 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 577) 674 90.8 1.1e-17 XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 675 91.0 1.1e-17 NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 675 91.0 1.1e-17 XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 675 91.0 1.1e-17 XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 675 91.0 1.1e-17 XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 675 91.0 1.1e-17 NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 675 91.0 1.1e-17 NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 675 91.0 1.1e-17 NP_001252527 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 616) 674 90.9 1.1e-17 NP_001309235 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 627) 674 90.9 1.1e-17 NP_001252526 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 629) 674 90.9 1.1e-17 XP_016857730 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger ( 725) 673 90.8 1.3e-17 XP_016857728 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger ( 725) 673 90.8 1.3e-17 XP_016857729 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger ( 725) 673 90.8 1.3e-17 XP_011518659 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 671 90.5 1.4e-17 XP_005253186 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 671 90.5 1.4e-17 XP_016873758 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 671 90.5 1.4e-17 XP_006718372 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 671 90.5 1.4e-17 XP_005253185 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 606) 671 90.5 1.4e-17 XP_006718371 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 606) 671 90.5 1.4e-17 NP_037381 (OMIM: 605015) zinc finger protein 214 [ ( 606) 671 90.5 1.4e-17 XP_011518657 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 617) 671 90.5 1.4e-17 XP_006710939 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger ( 989) 673 91.0 1.6e-17 XP_005271228 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger (1042) 673 91.0 1.7e-17 XP_016857727 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger (1042) 673 91.0 1.7e-17 XP_016857726 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger (1043) 673 91.0 1.7e-17 NP_660281 (OMIM: 611315) zinc finger and SCAN doma (1043) 673 91.0 1.7e-17 >>NP_001128127 (OMIM: 608387) zinc finger protein 213 [H (459 aa) initn: 1749 init1: 549 opt: 1051 Z-score: 674.7 bits: 134.2 E(85289): 7.6e-31 Smith-Waterman score: 1129; 43.8% identity (63.6% similar) in 470 aa overlap (9-459:4-451) 10 20 30 40 50 pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQ-DLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSPETFRQLFRLFCYQ :: . .: : : .:::::: : :.: . . . . :. :: :: ::: NP_001 MAAPLEAQDQAPGEGEGLLIVKVE-DSSWEQESAQHEDGRDSEACRQRFRQFCYG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD EVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPESGE .: ::.::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::.: ::: NP_001 DVHGPHEAFSQLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQGWVREQHPGSGE 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD EAVVLVEGLQRKPRKH-RQRGSELLSDDEVPLGIG-GQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFS :::.::: ::..: : :: .. :.. : . : :. :: . : .. :: NP_001 EAVALVEDLQKQPVKAWRQ---DVPSEEAEPEAAGRGS----QATGPPPTVG----ARRR 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KSD SQQPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAVYLSGEE . : : :: : :: ..: :. .. . :.:. . :: : :. :.: :: NP_001 PSVPQEQHSHSAQPPALL--KEGRPGE-----TTDTCFVSG-VHGPVALGDIPFYFSREE 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KSD PRCMDPAQRDA--PLENEGP-GIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLPGQR .:::::: .. :. . : : :. . : .: :. . : . . NP_001 WGTLDPAQRDLFWDIKRENSRNTTLGFGLKGQSEKSLLQEMVPVVPG--QTGSDVTVSWS 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 pF1KSD PAPVRGLVRPDQPRG--GP--------PPGRRASH---GADKPYTCPECGKGFSKTSHLT : ... ..::. :: :: :: . .:.::..: .::: : : :. NP_001 PEEAEAWESENRPRAALGPVVGARRGRPPTRRRQFRDLAAEKPHSCGQCGKRFRWGSDLA 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KSD KHQRTHTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRR .::::::::.:.:: : :.: . :.. :: :::::::. : :::: ::.:. :. :.: NP_001 RHQRTHTGEKPHKCPECDKSFRSSSDLVRHQGVHTGEKPFSCSECGKSFSRSAYLADHQR 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KSD THSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMG :.::.:..:..::: :. :.. :::.::::.:. : : ..:.. . : :: : NP_001 IHTGEKPFGCSDCGKSFSLRSYLLDHRRVHTGERPFGCGECDKSFKQRAHLIAHQSLHAK 400 410 420 430 440 450 470 480 pF1KSD AGSLPTLQPVAPGGPGAKA NP_001 MAQPVG >>NP_004211 (OMIM: 608387) zinc finger protein 213 [Homo (459 aa) initn: 1749 init1: 549 opt: 1051 Z-score: 674.7 bits: 134.2 E(85289): 7.6e-31 Smith-Waterman score: 1129; 43.8% identity (63.6% similar) in 470 aa overlap (9-459:4-451) 10 20 30 40 50 pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQ-DLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSPETFRQLFRLFCYQ :: . .: : : .:::::: : :.: . . . . :. :: :: ::: NP_004 MAAPLEAQDQAPGEGEGLLIVKVE-DSSWEQESAQHEDGRDSEACRQRFRQFCYG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD EVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPESGE .: ::.::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::.: ::: NP_004 DVHGPHEAFSQLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQGWVREQHPGSGE 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD EAVVLVEGLQRKPRKH-RQRGSELLSDDEVPLGIG-GQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFS :::.::: ::..: : :: .. :.. : . : :. :: . : .. :: NP_004 EAVALVEDLQKQPVKAWRQ---DVPSEEAEPEAAGRGS----QATGPPPTVG----ARRR 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KSD SQQPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAVYLSGEE . : : :: : :: ..: :. .. . :.:. . :: : :. :.: :: NP_004 PSVPQEQHSHSAQPPALL--KEGRPGE-----TTDTCFVSG-VHGPVALGDIPFYFSREE 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KSD PRCMDPAQRDA--PLENEGP-GIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLPGQR .:::::: .. :. . : : :. . : .: :. . : . . NP_004 WGTLDPAQRDLFWDIKRENSRNTTLGFGLKGQSEKSLLQEMVPVVPG--QTGSDVTVSWS 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 pF1KSD PAPVRGLVRPDQPRG--GP--------PPGRRASH---GADKPYTCPECGKGFSKTSHLT : ... ..::. :: :: :: . .:.::..: .::: : : :. NP_004 PEEAEAWESENRPRAALGPVVGARRGRPPTRRRQFRDLAAEKPHSCGQCGKRFRWGSDLA 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KSD KHQRTHTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRR .::::::::.:.:: : :.: . :.. :: :::::::. : :::: ::.:. :. :.: NP_004 RHQRTHTGEKPHKCPECDKSFRSSSDLVRHQGVHTGEKPFSCSECGKSFSRSAYLADHQR 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KSD THSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMG :.::.:..:..::: :. :.. :::.::::.:. : : ..:.. . : :: : NP_004 IHTGEKPFGCSDCGKSFSLRSYLLDHRRVHTGERPFGCGECDKSFKQRAHLIAHQSLHAK 400 410 420 430 440 450 470 480 pF1KSD AGSLPTLQPVAPGGPGAKA NP_004 MAQPVG >>XP_005249152 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger pro (545 aa) initn: 1924 init1: 598 opt: 1008 Z-score: 647.1 bits: 129.3 E(85289): 2.7e-29 Smith-Waterman score: 1011; 41.7% identity (61.9% similar) in 465 aa overlap (18-459:18-454) 10 20 30 40 50 pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETE-DPS--PETFRQLFRLFC .: .: ::::.. :.. .:. :: :: :: : XP_005 MAREPRKNAALDAQSAEDQTGLLTVKVEKEEASALTAEVRAPCSPARGPERSRQRFRGFR 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KSD YQEVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPES : :.:::::::::: ::: .::.::...:::::::::::::::.:::..:. ::::.::: XP_005 YPEAAGPREALSRLRELCGQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILPGNLQSWVREQHPES 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KSD GEEAVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFS :::.:::.: :.:. . .::.: :: : : : . .. : XP_005 GEEVVVLLEYLERQLDE---------PAPQVPVGDQGQELLCCKMA----LLTQTQGSQS 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KSD SQ-QPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRH------QEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVA :: :: : .. . : .: .: .: : .. :. :: ...:::: XP_005 SQCQPMKALFKHESLGSQPLHDRVLQVPGLAQGGCCREDAMVASRLTPGSQGLLKMEDVA 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 pF1KSD VYLSGEEPRCMDPAQ----RDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGP . :. . .: .: :: ::.. ..: ::. . ..: : XP_005 LTLTPGWTQ-LDSSQVNLYRDEKQENHSSLVSL--GGEIQT------------KSRDLPP 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 pF1KSD GHPLPGQRPAPVRGLVR-----PDQPRGGPPPGR--RASHGA--DKPYTCPECGKGFSKT . :: .. . . : . : . ..: :: : ...: .. . : ::::.:... XP_005 VKKLPEKEHGKICHLREDIAQIPTHAEAGEQEGRLQRKQKNAIGSRRHYCHECGKSFAQS 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KSD SHLTKHQRTHTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLV : ::::.: ::::.::.: ::: : : . ::::::::::: : :::: ::.::.:. XP_005 SGLTKHRRIHTGEKPYECEDCGKTFIGSSALVIHQRVHTGEKPYECEECGKVFSHSSNLI 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KSD IHRRTHSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQR :.:::.::.:: : .::: :..: . :.. ::::::: : ::..:::.. : .::: XP_005 KHQRTHTGEKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHKIHTGEKPYQCNMCGKAFRRNSHLLRHQR 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KSD THMGAGSLPTLQPVAPGGPGAKA : XP_005 IHGDKNVQNPEHGESWESQGRTESQWENTEAPVSYKCNECERSFTRNRSLIEHQKIHTGE 460 470 480 490 500 510 >>NP_061983 (OMIM: 611643) zinc finger protein with KRAB (545 aa) initn: 1924 init1: 598 opt: 1008 Z-score: 647.1 bits: 129.3 E(85289): 2.7e-29 Smith-Waterman score: 1011; 41.7% identity (61.9% similar) in 465 aa overlap (18-459:18-454) 10 20 30 40 50 pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETE-DPS--PETFRQLFRLFC .: .: ::::.. :.. .:. :: :: :: : NP_061 MAREPRKNAALDAQSAEDQTGLLTVKVEKEEASALTAEVRAPCSPARGPERSRQRFRGFR 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KSD YQEVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPES : :.:::::::::: ::: .::.::...:::::::::::::::.:::..:. ::::.::: NP_061 YPEAAGPREALSRLRELCGQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILPGNLQSWVREQHPES 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KSD GEEAVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFS :::.:::.: :.:. . .::.: :: : : : . .. : NP_061 GEEVVVLLEYLERQLDE---------PAPQVPVGDQGQELLCCKMA----LLTQTQGSQS 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KSD SQ-QPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRH------QEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVA :: :: : .. . : .: .: .: : .. :. :: ...:::: NP_061 SQCQPMKALFKHESLGSQPLHDRVLQVPGLAQGGCCREDAMVASRLTPGSQGLLKMEDVA 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 pF1KSD VYLSGEEPRCMDPAQ----RDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGP . :. . .: .: :: ::.. ..: ::. . ..: : NP_061 LTLTPGWTQ-LDSSQVNLYRDEKQENHSSLVSL--GGEIQT------------KSRDLPP 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 pF1KSD GHPLPGQRPAPVRGLVR-----PDQPRGGPPPGR--RASHGA--DKPYTCPECGKGFSKT . :: .. . . : . : . ..: :: : ...: .. . : ::::.:... NP_061 VKKLPEKEHGKICHLREDIAQIPTHAEAGEQEGRLQRKQKNAIGSRRHYCHECGKSFAQS 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KSD SHLTKHQRTHTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLV : ::::.: ::::.::.: ::: : : . ::::::::::: : :::: ::.::.:. NP_061 SGLTKHRRIHTGEKPYECEDCGKTFIGSSALVIHQRVHTGEKPYECEECGKVFSHSSNLI 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KSD IHRRTHSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQR :.:::.::.:: : .::: :..: . :.. ::::::: : ::..:::.. : .::: NP_061 KHQRTHTGEKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHKIHTGEKPYQCNMCGKAFRRNSHLLRHQR 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KSD THMGAGSLPTLQPVAPGGPGAKA : NP_061 IHGDKNVQNPEHGESWESQGRTESQWENTEAPVSYKCNECERSFTRNRSLIEHQKIHTGE 460 470 480 490 500 510 >>NP_077819 (OMIM: 612791) zinc finger protein with KRAB (538 aa) initn: 1989 init1: 610 opt: 1000 Z-score: 642.1 bits: 128.4 E(85289): 5e-29 Smith-Waterman score: 1040; 42.0% identity (64.3% similar) in 459 aa overlap (18-461:18-450) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSPETFRQLFRLFCYQE .: :.:..:::: :: . : . : :. :: : : : NP_077 MARELSESTALDAQSTEDQMELLVIKVEE----EEAGFPSSPDLGSEGSRERFRGFRYPE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KSD VAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPESGEE .:::::::::: ::: .::.::...:::::::::::::::.:::..:. ::::.:::::: NP_077 AAGPREALSRLRELCRQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILPGNLQSWVREQHPESGEE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KSD AVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFSSQQ .:::.: :.:. . . : . . .:. : .: .: ...: . : .. .. NP_077 VVVLLEYLERQLDEPAPQVSGVDQGQEL-LCCKMALLTPAPGSQSSQFQLMK-ALLKHES 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KSD PPAQ-LSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAVYLSGEEPR .: :. : . :.: .: . . .:: :. :: ...::::. :. : . NP_077 VGSQPLQDRVLQVPVL--AHGGCCREDKVVASR---LTPESQGLLKVEDVALTLTPEWTQ 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KSD CMDPAQ----RDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLPGQRP .: .: :: ::.: ..: :: .. ..: :.. :: .. NP_077 -QDSSQGNLCRDEKQENHGSLVSL---GDEKQT-----------KSRDLPPAEELPEKEH 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 pF1KSD APVRGLVR------PDQPRGGPPPGR--RASHGAD--KPYTCPECGKGFSKTSHLTKHQR . . .: : ..: :: : ...: . . : ::::.:...: :.::.: NP_077 GKISCHLREDIAQIPTCAEAGEQEGRLQRKQKNATGGRRHICHECGKSFAQSSGLSKHRR 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KSD THTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRRTHSG ::::.::.: :::.: : . ::::::::::: : :::: ::.::.:. :.:::.: NP_077 IHTGEKPYECEECGKAFIGSSALVIHQRVHTGEKPYECEECGKAFSHSSDLIKHQRTHTG 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KSD ERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMGAGSL :.:: : .::: :..: . :.: ::::::: : ::..:::.. : .::: : : NP_077 EKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHRIHTGEKPYQCSMCGKAFRRSSHLLRHQRIHTGDKNV 400 410 420 430 440 450 470 480 pF1KSD PTLQPVAPGGPGAKA NP_077 QEPEQGEAWKSRMESQLENVETPMSYKCNECERSFTQNTGLIEHQKIHTGEKPYQCNACG 460 470 480 490 500 510 >>XP_006715278 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger pro (538 aa) initn: 1989 init1: 610 opt: 1000 Z-score: 642.1 bits: 128.4 E(85289): 5e-29 Smith-Waterman score: 1040; 42.0% identity (64.3% similar) in 459 aa overlap (18-461:18-450) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSPETFRQLFRLFCYQE .: :.:..:::: :: . : . : :. :: : : : XP_006 MARELSESTALDAQSTEDQMELLVIKVEE----EEAGFPSSPDLGSEGSRERFRGFRYPE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KSD VAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPESGEE .:::::::::: ::: .::.::...:::::::::::::::.:::..:. ::::.:::::: XP_006 AAGPREALSRLRELCRQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILPGNLQSWVREQHPESGEE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KSD AVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFSSQQ .:::.: :.:. . . : . . .:. : .: .: ...: . : .. .. XP_006 VVVLLEYLERQLDEPAPQVSGVDQGQEL-LCCKMALLTPAPGSQSSQFQLMK-ALLKHES 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KSD PPAQ-LSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAVYLSGEEPR .: :. : . :.: .: . . .:: :. :: ...::::. :. : . XP_006 VGSQPLQDRVLQVPVL--AHGGCCREDKVVASR---LTPESQGLLKVEDVALTLTPEWTQ 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KSD CMDPAQ----RDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLPGQRP .: .: :: ::.: ..: :: .. ..: :.. :: .. XP_006 -QDSSQGNLCRDEKQENHGSLVSL---GDEKQT-----------KSRDLPPAEELPEKEH 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 pF1KSD APVRGLVR------PDQPRGGPPPGR--RASHGAD--KPYTCPECGKGFSKTSHLTKHQR . . .: : ..: :: : ...: . . : ::::.:...: :.::.: XP_006 GKISCHLREDIAQIPTCAEAGEQEGRLQRKQKNATGGRRHICHECGKSFAQSSGLSKHRR 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KSD THTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRRTHSG ::::.::.: :::.: : . ::::::::::: : :::: ::.::.:. :.:::.: XP_006 IHTGEKPYECEECGKAFIGSSALVIHQRVHTGEKPYECEECGKAFSHSSDLIKHQRTHTG 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KSD ERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMGAGSL :.:: : .::: :..: . :.: ::::::: : ::..:::.. : .::: : : XP_006 EKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHRIHTGEKPYQCSMCGKAFRRSSHLLRHQRIHTGDKNV 400 410 420 430 440 450 470 480 pF1KSD PTLQPVAPGGPGAKA XP_006 QEPEQGEAWKSRMESQLENVETPMSYKCNECERSFTQNTGLIEHQKIHTGEKPYQCNACG 460 470 480 490 500 510 >>NP_001229823 (OMIM: 612791) zinc finger protein with K (538 aa) initn: 1989 init1: 610 opt: 1000 Z-score: 642.1 bits: 128.4 E(85289): 5e-29 Smith-Waterman score: 1040; 42.0% identity (64.3% similar) in 459 aa overlap (18-461:18-450) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSPETFRQLFRLFCYQE .: :.:..:::: :: . : . : :. :: : : : NP_001 MARELSESTALDAQSTEDQMELLVIKVEE----EEAGFPSSPDLGSEGSRERFRGFRYPE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KSD VAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPESGEE .:::::::::: ::: .::.::...:::::::::::::::.:::..:. ::::.:::::: NP_001 AAGPREALSRLRELCRQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILPGNLQSWVREQHPESGEE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KSD AVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFSSQQ .:::.: :.:. . . : . . .:. : .: .: ...: . : .. .. NP_001 VVVLLEYLERQLDEPAPQVSGVDQGQEL-LCCKMALLTPAPGSQSSQFQLMK-ALLKHES 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KSD PPAQ-LSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAVYLSGEEPR .: :. : . :.: .: . . .:: :. :: ...::::. :. : . NP_001 VGSQPLQDRVLQVPVL--AHGGCCREDKVVASR---LTPESQGLLKVEDVALTLTPEWTQ 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KSD CMDPAQ----RDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLPGQRP .: .: :: ::.: ..: :: .. ..: :.. :: .. NP_001 -QDSSQGNLCRDEKQENHGSLVSL---GDEKQT-----------KSRDLPPAEELPEKEH 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 pF1KSD APVRGLVR------PDQPRGGPPPGR--RASHGAD--KPYTCPECGKGFSKTSHLTKHQR . . .: : ..: :: : ...: . . : ::::.:...: :.::.: NP_001 GKISCHLREDIAQIPTCAEAGEQEGRLQRKQKNATGGRRHICHECGKSFAQSSGLSKHRR 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KSD THTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRRTHSG ::::.::.: :::.: : . ::::::::::: : :::: ::.::.:. :.:::.: NP_001 IHTGEKPYECEECGKAFIGSSALVIHQRVHTGEKPYECEECGKAFSHSSDLIKHQRTHTG 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KSD ERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMGAGSL :.:: : .::: :..: . :.: ::::::: : ::..:::.. : .::: : : NP_001 EKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHRIHTGEKPYQCSMCGKAFRRSSHLLRHQRIHTGDKNV 400 410 420 430 440 450 470 480 pF1KSD PTLQPVAPGGPGAKA NP_001 QEPEQGEAWKSRMESQLENVETPMSYKCNECERSFTQNTGLIEHQKIHTGEKPYQCNACG 460 470 480 490 500 510 >>NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN domain-c (491 aa) initn: 2618 init1: 803 opt: 902 Z-score: 581.5 bits: 117.0 E(85289): 1.2e-25 Smith-Waterman score: 933; 37.1% identity (59.4% similar) in 475 aa overlap (7-473:8-442) 10 20 30 40 50 pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSP-------ETFRQL :.:.: :.. .: ::::: ::: :. : :. : NP_862 MAIPKHSLSPVP-----WEEDSFLQVKVEE----EEEASLSQGGESSHDHIAHSEAARLR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD FRLFCYQEVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVRE :: : :.:..::.:::..: :::.::.:: ..:::::::::::::: .:: :::: : NP_862 FRHFRYEEASGPHEALAHLRALCCQWLQPEAHSKEQILELLVLEQFLGALPPEIQAWVGA 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD QQPESGEEAVVLVEGL-QRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLE :.:.:::::.:::: : : .. . :.: . .: . .. .:. .:: NP_862 QSPKSGEEAAVLVEDLTQVLDKRGWDPGAEPTEASCKQSDLGESEPSNVTETLMGGVSLG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD EEARFSSQQPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAV : . : :.: . .: . . .. ...:. .:: . NP_862 PA--FVKACEPEGSSERSGLSGEIWTKSVTQQIHFKK--TSGPY-----------KDVPT 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KSD YLSGEEPRCMDPAQRDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLP :.: . :.:.. . :.. .. : . . ...: : . NP_862 DQRGRE----SGASRNS--SSAWPNLT-------SQEKPPSEDKFDLVDAYGTEPPYTYS 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 pF1KSD GQRPAPVRGLVRPDQPRGGPPPGRRASHGADKPYTCPECGKGFSKTSHLTKHQRTHTGER :.: . : . : .. ... .:. ::.: ::::.::...::..:: .::: . 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