Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0557
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0557, 480 aa
1>>>pF1KSDA0557 480 - 480 aa - 480 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9373+/-0.000362; mu= 8.4305+/- 0.023
mean_var=257.5980+/-51.167, 0's: 0 Z-trim(123.1): 2063 B-trim: 0 in 0/57
Lambda= 0.079910
statistics sampled from 40185 (42463) to 40185 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.802), E-opt: 0.2 (0.498), width: 16
Scan time: 9.510
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001128127 (OMIM: 608387) zinc finger protein 21 ( 459) 1051 134.2 7.6e-31
NP_004211 (OMIM: 608387) zinc finger protein 213 [ ( 459) 1051 134.2 7.6e-31
XP_005249152 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 545) 1008 129.3 2.7e-29
NP_061983 (OMIM: 611643) zinc finger protein with ( 545) 1008 129.3 2.7e-29
NP_077819 (OMIM: 612791) zinc finger protein with ( 538) 1000 128.4 5e-29
XP_006715278 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 538) 1000 128.4 5e-29
NP_001229823 (OMIM: 612791) zinc finger protein wi ( 538) 1000 128.4 5e-29
NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN doma ( 491) 902 117.0 1.2e-25
XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 902 117.0 1.2e-25
NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN d ( 491) 902 117.0 1.2e-25
XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 902 117.0 1.2e-25
NP_003441 (OMIM: 603900) zinc finger protein 174 i ( 407) 819 107.4 8e-23
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 701 93.8 1.1e-18
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 701 93.8 1.1e-18
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 701 93.8 1.1e-18
NP_064612 (OMIM: 609760) histone-lysine N-methyltr ( 894) 698 93.8 2.1e-18
NP_001297143 (OMIM: 609760) histone-lysine N-methy ( 894) 698 93.8 2.1e-18
NP_001252529 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 503) 674 90.8 9.8e-18
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 675 91.0 1e-17
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 675 91.0 1e-17
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 675 91.0 1e-17
NP_001252528 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 555) 674 90.8 1e-17
NP_942152 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 564) 674 90.8 1.1e-17
NP_006376 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 577) 674 90.8 1.1e-17
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 675 91.0 1.1e-17
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 675 91.0 1.1e-17
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 675 91.0 1.1e-17
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 675 91.0 1.1e-17
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 675 91.0 1.1e-17
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 675 91.0 1.1e-17
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 675 91.0 1.1e-17
NP_001252527 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 616) 674 90.9 1.1e-17
NP_001309235 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 627) 674 90.9 1.1e-17
NP_001252526 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 629) 674 90.9 1.1e-17
XP_016857730 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger ( 725) 673 90.8 1.3e-17
XP_016857728 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger ( 725) 673 90.8 1.3e-17
XP_016857729 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger ( 725) 673 90.8 1.3e-17
XP_011518659 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 671 90.5 1.4e-17
XP_005253186 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 671 90.5 1.4e-17
XP_016873758 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 671 90.5 1.4e-17
XP_006718372 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 671 90.5 1.4e-17
XP_005253185 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 606) 671 90.5 1.4e-17
XP_006718371 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 606) 671 90.5 1.4e-17
NP_037381 (OMIM: 605015) zinc finger protein 214 [ ( 606) 671 90.5 1.4e-17
XP_011518657 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 617) 671 90.5 1.4e-17
XP_006710939 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger ( 989) 673 91.0 1.6e-17
XP_005271228 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger (1042) 673 91.0 1.7e-17
XP_016857727 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger (1042) 673 91.0 1.7e-17
XP_016857726 (OMIM: 611315) PREDICTED: zinc finger (1043) 673 91.0 1.7e-17
NP_660281 (OMIM: 611315) zinc finger and SCAN doma (1043) 673 91.0 1.7e-17
>>NP_001128127 (OMIM: 608387) zinc finger protein 213 [H (459 aa)
initn: 1749 init1: 549 opt: 1051 Z-score: 674.7 bits: 134.2 E(85289): 7.6e-31
Smith-Waterman score: 1129; 43.8% identity (63.6% similar) in 470 aa overlap (9-459:4-451)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQ-DLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSPETFRQLFRLFCYQ
:: . .: : : .:::::: : :.: . . . . :. :: :: :::
NP_001 MAAPLEAQDQAPGEGEGLLIVKVE-DSSWEQESAQHEDGRDSEACRQRFRQFCYG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPESGE
.: ::.::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::.: :::
NP_001 DVHGPHEAFSQLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQGWVREQHPGSGE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD EAVVLVEGLQRKPRKH-RQRGSELLSDDEVPLGIG-GQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFS
:::.::: ::..: : :: .. :.. : . : :. :: . : .. ::
NP_001 EAVALVEDLQKQPVKAWRQ---DVPSEEAEPEAAGRGS----QATGPPPTVG----ARRR
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SQQPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAVYLSGEE
. : : :: : :: ..: :. .. . :.:. . :: : :. :.: ::
NP_001 PSVPQEQHSHSAQPPALL--KEGRPGE-----TTDTCFVSG-VHGPVALGDIPFYFSREE
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD PRCMDPAQRDA--PLENEGP-GIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLPGQR
.:::::: .. :. . : : :. . : .: :. . : . .
NP_001 WGTLDPAQRDLFWDIKRENSRNTTLGFGLKGQSEKSLLQEMVPVVPG--QTGSDVTVSWS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KSD PAPVRGLVRPDQPRG--GP--------PPGRRASH---GADKPYTCPECGKGFSKTSHLT
: ... ..::. :: :: :: . .:.::..: .::: : : :.
NP_001 PEEAEAWESENRPRAALGPVVGARRGRPPTRRRQFRDLAAEKPHSCGQCGKRFRWGSDLA
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KSD KHQRTHTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRR
.::::::::.:.:: : :.: . :.. :: :::::::. : :::: ::.:. :. :.:
NP_001 RHQRTHTGEKPHKCPECDKSFRSSSDLVRHQGVHTGEKPFSCSECGKSFSRSAYLADHQR
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KSD THSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMG
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NP_001 IHTGEKPFGCSDCGKSFSLRSYLLDHRRVHTGERPFGCGECDKSFKQRAHLIAHQSLHAK
400 410 420 430 440 450
470 480
pF1KSD AGSLPTLQPVAPGGPGAKA
NP_001 MAQPVG
>>NP_004211 (OMIM: 608387) zinc finger protein 213 [Homo (459 aa)
initn: 1749 init1: 549 opt: 1051 Z-score: 674.7 bits: 134.2 E(85289): 7.6e-31
Smith-Waterman score: 1129; 43.8% identity (63.6% similar) in 470 aa overlap (9-459:4-451)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQ-DLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSPETFRQLFRLFCYQ
:: . .: : : .:::::: : :.: . . . . :. :: :: :::
NP_004 MAAPLEAQDQAPGEGEGLLIVKVE-DSSWEQESAQHEDGRDSEACRQRFRQFCYG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPESGE
.: ::.::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::.: :::
NP_004 DVHGPHEAFSQLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQGWVREQHPGSGE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD EAVVLVEGLQRKPRKH-RQRGSELLSDDEVPLGIG-GQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFS
:::.::: ::..: : :: .. :.. : . : :. :: . : .. ::
NP_004 EAVALVEDLQKQPVKAWRQ---DVPSEEAEPEAAGRGS----QATGPPPTVG----ARRR
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SQQPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAVYLSGEE
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NP_004 PSVPQEQHSHSAQPPALL--KEGRPGE-----TTDTCFVSG-VHGPVALGDIPFYFSREE
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD PRCMDPAQRDA--PLENEGP-GIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLPGQR
.:::::: .. :. . : : :. . : .: :. . : . .
NP_004 WGTLDPAQRDLFWDIKRENSRNTTLGFGLKGQSEKSLLQEMVPVVPG--QTGSDVTVSWS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KSD PAPVRGLVRPDQPRG--GP--------PPGRRASH---GADKPYTCPECGKGFSKTSHLT
: ... ..::. :: :: :: . .:.::..: .::: : : :.
NP_004 PEEAEAWESENRPRAALGPVVGARRGRPPTRRRQFRDLAAEKPHSCGQCGKRFRWGSDLA
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KSD KHQRTHTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRR
.::::::::.:.:: : :.: . :.. :: :::::::. : :::: ::.:. :. :.:
NP_004 RHQRTHTGEKPHKCPECDKSFRSSSDLVRHQGVHTGEKPFSCSECGKSFSRSAYLADHQR
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KSD THSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMG
:.::.:..:..::: :. :.. :::.::::.:. : : ..:.. . : :: :
NP_004 IHTGEKPFGCSDCGKSFSLRSYLLDHRRVHTGERPFGCGECDKSFKQRAHLIAHQSLHAK
400 410 420 430 440 450
470 480
pF1KSD AGSLPTLQPVAPGGPGAKA
NP_004 MAQPVG
>>XP_005249152 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger pro (545 aa)
initn: 1924 init1: 598 opt: 1008 Z-score: 647.1 bits: 129.3 E(85289): 2.7e-29
Smith-Waterman score: 1011; 41.7% identity (61.9% similar) in 465 aa overlap (18-459:18-454)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETE-DPS--PETFRQLFRLFC
.: .: ::::.. :.. .:. :: :: :: :
XP_005 MAREPRKNAALDAQSAEDQTGLLTVKVEKEEASALTAEVRAPCSPARGPERSRQRFRGFR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD YQEVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPES
: :.:::::::::: ::: .::.::...:::::::::::::::.:::..:. ::::.:::
XP_005 YPEAAGPREALSRLRELCGQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILPGNLQSWVREQHPES
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GEEAVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFS
:::.:::.: :.:. . .::.: :: : : : . .. :
XP_005 GEEVVVLLEYLERQLDE---------PAPQVPVGDQGQELLCCKMA----LLTQTQGSQS
130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SQ-QPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRH------QEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVA
:: :: : .. . : .: .: .: : .. :. :: ...::::
XP_005 SQCQPMKALFKHESLGSQPLHDRVLQVPGLAQGGCCREDAMVASRLTPGSQGLLKMEDVA
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KSD VYLSGEEPRCMDPAQ----RDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGP
. :. . .: .: :: ::.. ..: ::. . ..: :
XP_005 LTLTPGWTQ-LDSSQVNLYRDEKQENHSSLVSL--GGEIQT------------KSRDLPP
230 240 250 260 270
290 300 310 320 330
pF1KSD GHPLPGQRPAPVRGLVR-----PDQPRGGPPPGR--RASHGA--DKPYTCPECGKGFSKT
. :: .. . . : . : . ..: :: : ...: .. . : ::::.:...
XP_005 VKKLPEKEHGKICHLREDIAQIPTHAEAGEQEGRLQRKQKNAIGSRRHYCHECGKSFAQS
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KSD SHLTKHQRTHTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLV
: ::::.: ::::.::.: ::: : : . ::::::::::: : :::: ::.::.:.
XP_005 SGLTKHRRIHTGEKPYECEDCGKTFIGSSALVIHQRVHTGEKPYECEECGKVFSHSSNLI
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KSD IHRRTHSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQR
:.:::.::.:: : .::: :..: . :.. ::::::: : ::..:::.. : .:::
XP_005 KHQRTHTGEKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHKIHTGEKPYQCNMCGKAFRRNSHLLRHQR
400 410 420 430 440 450
460 470 480
pF1KSD THMGAGSLPTLQPVAPGGPGAKA
:
XP_005 IHGDKNVQNPEHGESWESQGRTESQWENTEAPVSYKCNECERSFTRNRSLIEHQKIHTGE
460 470 480 490 500 510
>>NP_061983 (OMIM: 611643) zinc finger protein with KRAB (545 aa)
initn: 1924 init1: 598 opt: 1008 Z-score: 647.1 bits: 129.3 E(85289): 2.7e-29
Smith-Waterman score: 1011; 41.7% identity (61.9% similar) in 465 aa overlap (18-459:18-454)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETE-DPS--PETFRQLFRLFC
.: .: ::::.. :.. .:. :: :: :: :
NP_061 MAREPRKNAALDAQSAEDQTGLLTVKVEKEEASALTAEVRAPCSPARGPERSRQRFRGFR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD YQEVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPES
: :.:::::::::: ::: .::.::...:::::::::::::::.:::..:. ::::.:::
NP_061 YPEAAGPREALSRLRELCGQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILPGNLQSWVREQHPES
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GEEAVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFS
:::.:::.: :.:. . .::.: :: : : : . .. :
NP_061 GEEVVVLLEYLERQLDE---------PAPQVPVGDQGQELLCCKMA----LLTQTQGSQS
130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SQ-QPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRH------QEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVA
:: :: : .. . : .: .: .: : .. :. :: ...::::
NP_061 SQCQPMKALFKHESLGSQPLHDRVLQVPGLAQGGCCREDAMVASRLTPGSQGLLKMEDVA
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KSD VYLSGEEPRCMDPAQ----RDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGP
. :. . .: .: :: ::.. ..: ::. . ..: :
NP_061 LTLTPGWTQ-LDSSQVNLYRDEKQENHSSLVSL--GGEIQT------------KSRDLPP
230 240 250 260 270
290 300 310 320 330
pF1KSD GHPLPGQRPAPVRGLVR-----PDQPRGGPPPGR--RASHGA--DKPYTCPECGKGFSKT
. :: .. . . : . : . ..: :: : ...: .. . : ::::.:...
NP_061 VKKLPEKEHGKICHLREDIAQIPTHAEAGEQEGRLQRKQKNAIGSRRHYCHECGKSFAQS
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KSD SHLTKHQRTHTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLV
: ::::.: ::::.::.: ::: : : . ::::::::::: : :::: ::.::.:.
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340 350 360 370 380 390
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pF1KSD IHRRTHSGERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQR
:.:::.::.:: : .::: :..: . :.. ::::::: : ::..:::.. : .:::
NP_061 KHQRTHTGEKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHKIHTGEKPYQCNMCGKAFRRNSHLLRHQR
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460 470 480
pF1KSD THMGAGSLPTLQPVAPGGPGAKA
:
NP_061 IHGDKNVQNPEHGESWESQGRTESQWENTEAPVSYKCNECERSFTRNRSLIEHQKIHTGE
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.:::::::::: ::: .::.::...:::::::::::::::.:::..:. ::::.::::::
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.:::.: :.:. . . : . . .:. : .: .: ...: . : .. ..
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.: :. : . :.: .: . . .:: :. :: ...::::. :. : .
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.: .: :: ::.: ..: :: .. ..: :.. :: ..
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. . .: : ..: :: : ...: . . : ::::.:...: :.::.:
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::::.::.: :::.: : . ::::::::::: : :::: ::.::.:. :.:::.:
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.:::.: :.:. . . : . . .:. : .: .: ...: . : .. ..
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.: .: :: ::.: ..: :: .. ..: :.. :: ..
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. . .: : ..: :: : ...: . . : ::::.:...: :.::.:
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::::.::.: :::.: : . ::::::::::: : :::: ::.::.:. :.:::.:
XP_006 IHTGEKPYECEECGKAFIGSSALVIHQRVHTGEKPYECEECGKAFSHSSDLIKHQRTHTG
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pF1KSD ERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMGAGSL
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XP_006 EKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHRIHTGEKPYQCSMCGKAFRRSSHLLRHQRIHTGDKNV
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pF1KSD PTLQPVAPGGPGAKA
XP_006 QEPEQGEAWKSRMESQLENVETPMSYKCNECERSFTQNTGLIEHQKIHTGEKPYQCNACG
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>>NP_001229823 (OMIM: 612791) zinc finger protein with K (538 aa)
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Smith-Waterman score: 1040; 42.0% identity (64.3% similar) in 459 aa overlap (18-461:18-450)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSPETFRQLFRLFCYQE
.: :.:..:::: :: . : . : :. :: : : :
NP_001 MARELSESTALDAQSTEDQMELLVIKVEE----EEAGFPSSPDLGSEGSRERFRGFRYPE
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pF1KSD VAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVREQQPESGEE
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NP_001 AAGPREALSRLRELCRQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILPGNLQSWVREQHPESGEE
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pF1KSD AVVLVEGLQRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLEEEARFSSQQ
.:::.: :.:. . . : . . .:. : .: .: ...: . : .. ..
NP_001 VVVLLEYLERQLDEPAPQVSGVDQGQEL-LCCKMALLTPAPGSQSSQFQLMK-ALLKHES
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KSD PPAQ-LSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAVYLSGEEPR
.: :. : . :.: .: . . .:: :. :: ...::::. :. : .
NP_001 VGSQPLQDRVLQVPVL--AHGGCCREDKVVASR---LTPESQGLLKVEDVALTLTPEWTQ
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD CMDPAQ----RDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLPGQRP
.: .: :: ::.: ..: :: .. ..: :.. :: ..
NP_001 -QDSSQGNLCRDEKQENHGSLVSL---GDEKQT-----------KSRDLPPAEELPEKEH
230 240 250 260 270
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pF1KSD APVRGLVR------PDQPRGGPPPGR--RASHGAD--KPYTCPECGKGFSKTSHLTKHQR
. . .: : ..: :: : ...: . . : ::::.:...: :.::.:
NP_001 GKISCHLREDIAQIPTCAEAGEQEGRLQRKQKNATGGRRHICHECGKSFAQSSGLSKHRR
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pF1KSD THTGERPYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRRTHSG
::::.::.: :::.: : . ::::::::::: : :::: ::.::.:. :.:::.:
NP_001 IHTGEKPYECEECGKAFIGSSALVIHQRVHTGEKPYECEECGKAFSHSSDLIKHQRTHTG
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pF1KSD ERPYACTQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMGAGSL
:.:: : .::: :..: . :.: ::::::: : ::..:::.. : .::: : :
NP_001 EKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHRIHTGEKPYQCSMCGKAFRRSSHLLRHQRIHTGDKNV
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pF1KSD PTLQPVAPGGPGAKA
NP_001 QEPEQGEAWKSRMESQLENVETPMSYKCNECERSFTQNTGLIEHQKIHTGEKPYQCNACG
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>>NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN domain-c (491 aa)
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pF1KSD EEARFSSQQPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAV
: . : :.: . .: . . .. ...:. .:: .
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:.: . :.:.. . :.. .. : . . ...: : .
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pF1KSD GQRPAPVRGLVRPDQPRGGPPPGRRASHGADKPYTCPECGKGFSKTSHLTKHQRTHTGER
:.: . : . : .. ... .:. ::.: ::::.::...::..:: .::: .
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pF1KSD PYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRRTHSGERPYAC
:..: :::.:: .... :::.::::::: : :::: ::.:. :. :.:.:.::::: :
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::: :..:.:.. :.: ::::::: : ::::.: . : .: : : .: : :
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pF1KSD APGGPGAKA
:
NP_862 CPKAFAQSSSLIEHQRIHTGEKPYKCSDCGKAFSRSSALMVHLRIHITVLQ
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:: : :.:..::.:::..: :::.::.:: ..:::::::::::::: .:: :::: :
XP_011 FRHFRYEEASGPHEALAHLRALCCQWLQPEAHSKEQILELLVLEQFLGALPPEIQAWVGA
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pF1KSD QQPESGEEAVVLVEGL-QRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLE
:.:.:::::.:::: : : .. . :.: . .: . .. .:. .::
XP_011 QSPKSGEEAAVLVEDLTQVLDKRGWDPGAEPTEASCKQSDLGESEPSNVTETLMGGVSLG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EEARFSSQQPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAV
: . : :.: . .: . . .. ...:. .:: .
XP_011 PA--FVKACEPEGSSERSGLSGEIWTKSVTQQIHFKK--TSGPY-----------KDVPT
180 190 200 210
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pF1KSD YLSGEEPRCMDPAQRDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLP
:.: . :.:.. . :.. .. : . . ...: : .
XP_011 DQRGRE----SGASRNS--SSAWPNLT-------SQEKPPSEDKFDLVDAYGTEPPYTYS
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pF1KSD GQRPAPVRGLVRPDQPRGGPPPGRRASHGADKPYTCPECGKGFSKTSHLTKHQRTHTGER
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pF1KSD PYKCLVCGKGFSDRSNFSTHQRVHTGEKPYPCPECGKRFSQSSSLVIHRRTHSGERPYAC
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XP_011 PHECKECGKAFSRVTHLTQHQRIHTGEKPYKCGECGKTFSRSTHLTQHQRVHTGERPYEC
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pF1KSD TQCGKRFNNSSHFSAHRRTHTGEKPYTCPACGRGFRRGTDLHKHQRTHMGAGSLPTLQPV
::: :..:.:.. :.: ::::::: : ::::.: . : .: : : .: : :
XP_011 DACGKAFSQSTHLTQHQRIHTGEKPYKCDACGRAFSDCSALIRHLRIH--SGEKPYQCKV
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pF1KSD APGGPGAKA
:
XP_011 CPKAFAQSSSLIEHQRIHTGEKPYKCSDCGKAFSRSSALMVHLRIHITVLQ
450 460 470 480 490
>>NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN domai (491 aa)
initn: 2618 init1: 803 opt: 902 Z-score: 581.5 bits: 117.0 E(85289): 1.2e-25
Smith-Waterman score: 933; 37.1% identity (59.4% similar) in 475 aa overlap (7-473:8-442)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATVPGLQPLPTLEQDLEQEEILIVKVEEDFCLEEEPSVETEDPSP-------ETFRQL
:.:.: :.. .: ::::: ::: :. : :. :
NP_001 MAIPKHSLSPVP-----WEEDSFLQVKVEE----EEEASLSQGGESSHDHIAHSEAARLR
10 20 30 40 50
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pF1KSD FRLFCYQEVAGPREALSRLWELCCRWLRPELRTKEQILELLVLEQFLTVLPGEIQARVRE
:: : :.:..::.:::..: :::.::.:: ..:::::::::::::: .:: :::: :
NP_001 FRHFRYEEASGPHEALAHLRALCCQWLQPEAHSKEQILELLVLEQFLGALPPEIQAWVGA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD QQPESGEEAVVLVEGL-QRKPRKHRQRGSELLSDDEVPLGIGGQFLKHQAEAQPEDLSLE
:.:.:::::.:::: : : .. . :.: . .: . .. .:. .::
NP_001 QSPKSGEEAAVLVEDLTQVLDKRGWDPGAEPTEASCKQSDLGESEPSNVTETLMGGVSLG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EEARFSSQQPPAQLSHRPQRGPLLWPERGPPAPRHQEMASASPFLSAWSQVPVNLEDVAV
: . : :.: . .: . . .. ...:. .:: .
NP_001 PA--FVKACEPEGSSERSGLSGEIWTKSVTQQIHFKK--TSGPY-----------KDVPT
180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD YLSGEEPRCMDPAQRDAPLENEGPGIQLEDGGDGREDAPLRMEWYRVLSARCQGPGHPLP
:.: . :.:.. . :.. .. : . . ...: : .
NP_001 DQRGRE----SGASRNS--SSAWPNLT-------SQEKPPSEDKFDLVDAYGTEPPYTYS
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