FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0587, 1134 aa 1>>>pF1KSDA0587 1134 - 1134 aa - 1134 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7372+/-0.00134; mu= 19.6450+/- 0.081 mean_var=62.3919+/-12.467, 0's: 0 Z-trim(98.6): 32 B-trim: 126 in 2/49 Lambda= 0.162372 statistics sampled from 5428 (5434) to 5428 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.506), E-opt: 0.2 (0.167), width: 16 Scan time: 3.980 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2288.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2 (1134) 7370 1736.1 0 CCDS2287.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2 (1128) 7300 1719.7 0 CCDS31813.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12 (1127) 4570 1080.2 0 CCDS53799.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12 (1077) 4379 1035.4 0 >>CCDS2288.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2 (1134 aa) initn: 7370 init1: 7370 opt: 7370 Z-score: 9318.5 bits: 1736.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 7370; 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58.9% identity (86.1% similar) in 1127 aa overlap (4-1127:2-1122) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE :. . :.::::::::::::: :.: :.::::: .:.:::.:: .:..:..: CCDS31 MSLTSAYQHKLAEKLTILNDRGQGVLIRMYNIKK------TCSDPKSKPPFLLEKSME 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI ..:.: .::: ...::..:.:. ...::.::.. :. :: .:::::::.::: :::::: CCDS31 PSLKYINKKFPNIDVRNSTQHLGPVHREKAEIIRFLTNYYQSFVDVMEFRDHVYELLNTI 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KSD DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE :.:: :::..:::.:..:::::.:::....::::::.:. .::.:: :::: :: .: CCDS31 DACQCHFDINLNFDFTRSYLDLIVTYTSVILLLSRIEDRRILIGMYNCAHEMLHGHGDPS 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KSD YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS . :::::...:..::::. ::: ::.:..: ::.::.... ::: .:.:::.:::::::: CCDS31 FARLGQMVLEYDHPLKKLTEEFGPHTKAVSGALLSLHFLFVRRNQGAEQWRSAQLLSLIS 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KSD APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS : .:.:::.:::: :::::...::.:::.::.:::: ::... .:::: ::.: .. 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CCDS31 VETSDLSTFCFHLRIFEKMFAMTLEESAMLRYAIAFPLICAHFVHCTHEMCPEEYPHLKN 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KSD RSLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQ--TGK ..: :: ::.:.:::. : . .::.:: .::.:::::::: :::.: :::..:: : . 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