FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0587, 1134 aa
1>>>pF1KSDA0587 1134 - 1134 aa - 1134 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7372+/-0.00134; mu= 19.6450+/- 0.081
mean_var=62.3919+/-12.467, 0's: 0 Z-trim(98.6): 32 B-trim: 126 in 2/49
Lambda= 0.162372
statistics sampled from 5428 (5434) to 5428 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.506), E-opt: 0.2 (0.167), width: 16
Scan time: 3.980
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2288.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2 (1134) 7370 1736.1 0
CCDS2287.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2 (1128) 7300 1719.7 0
CCDS31813.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12 (1127) 4570 1080.2 0
CCDS53799.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12 (1077) 4379 1035.4 0
>>CCDS2288.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2 (1134 aa)
initn: 7370 init1: 7370 opt: 7370 Z-score: 9318.5 bits: 1736.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7370; 100.0% identity (100.0% similar) in 1134 aa overlap (1-1134:1-1134)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPKKSADDFIDKHIAELIFYMEE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVKQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 VEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEMLV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 ETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGDR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQTGKKGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQTGKKGE
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670 680 690 700 710 720
pF1KSD PEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSHLEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 PEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSHLEI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD RFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQQTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 RFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQQTQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD HLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYSDIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 HLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYSDIS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD EMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMAALF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 EMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMAALF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD KRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETDMKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETDMKV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD AMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLASNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 AMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLASNV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD MSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQETD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQETD
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD KTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
1090 1100 1110 1120 1130
>>CCDS2287.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2 (1128 aa)
initn: 7107 init1: 7107 opt: 7300 Z-score: 9229.9 bits: 1719.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7300; 99.5% identity (99.5% similar) in 1134 aa overlap (1-1134:1-1128)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS22 MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKK------ACGDPKAKPSYLIDKNLE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPKKSADDFIDKHIAELIFYMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPKKSADDFIDKHIAELIFYMEE
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVKQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEMLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 VEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEMLV
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 ETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGDR
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQTGKKGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQTGKKGE
600 610 620 630 640 650
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pF1KSD PEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSHLEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 PEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSHLEI
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KSD RFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQQTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 RFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQQTQ
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KSD HLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYSDIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 HLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYSDIS
780 790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KSD EMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMAALF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 EMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMAALF
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KSD KRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETDMKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETDMKV
900 910 920 930 940 950
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD AMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLASNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 AMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLASNV
960 970 980 990 1000 1010
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD MSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQETD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQETD
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD KTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
1080 1090 1100 1110 1120
>>CCDS31813.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12 (1127 aa)
initn: 4467 init1: 1936 opt: 4570 Z-score: 5773.7 bits: 1080.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4570; 58.9% identity (86.1% similar) in 1127 aa overlap (4-1127:2-1122)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE
:. . :.::::::::::::: :.: :.::::: .:.:::.:: .:..:..:
CCDS31 MSLTSAYQHKLAEKLTILNDRGQGVLIRMYNIKK------TCSDPKSKPPFLLEKSME
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
..:.: .::: ...::..:.:. ...::.::.. :. :: .:::::::.::: ::::::
CCDS31 PSLKYINKKFPNIDVRNSTQHLGPVHREKAEIIRFLTNYYQSFVDVMEFRDHVYELLNTI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
:.:: :::..:::.:..:::::.:::....::::::.:. .::.:: :::: :: .:
CCDS31 DACQCHFDINLNFDFTRSYLDLIVTYTSVILLLSRIEDRRILIGMYNCAHEMLHGHGDPS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
. :::::...:..::::. ::: ::.:..: ::.::.... ::: .:.:::.::::::::
CCDS31 FARLGQMVLEYDHPLKKLTEEFGPHTKAVSGALLSLHFLFVRRNQGAEQWRSAQLLSLIS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
: .:.:::.:::: :::::...::.:::.::.:::: ::... .:::: ::.: ..
CCDS31 NPPAMINPANSDTMACEYLSVEVMERWIIIGFLLCHGCLNSNSQCQKLWKLCLQGSLYIT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
:.:..:...::..:::: ...::.::. ::.: :: .....:..: .::.::: :.:::
CCDS31 LIREDVLQVHKVTEDLFSSLKGYGKRVADIKESKEHVIANSGQFHCQRRQFLRMAVKELE
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KSD TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPK-KSADDFIDKHIAELIFYME
:::.:.::::::::::.:::::: :::. ::.::..:. : :. .:. :. ::::.: .:
CCDS31 TVLADEPGLLGPKALFAFMALSFIRDEVTWLVRHTENVTKTKTPEDYADSSIAELLFLLE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD ELRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVK
.:. ::.. :.:.:..:::. :::.::....::::::::.:::::::::. ..::..:
CCDS31 GIRSLVRRHIKVIQQYHLQYLARFDALVLSDIIQNLSVCPEEESIIMSSFVSILSSLNLK
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD QVEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEML
::..:: :.: :.:::::::::::::.:: : : .. .:.:.:: :.::..:.::. ..:
CCDS31 QVDNGEKFEFSGLRLDWFRLQAYTSVAKAPLHLHENPDLAKVMNLIVFHSRMLDSVEKLL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD VETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGD
::::::: :::. : ::::: . :: .. ::.:::::.:.::. ::::.:::: :. .
CCDS31 VETSDLSTFCFHLRIFEKMFAMTLEESAMLRYAIAFPLICAHFVHCTHEMCPEEYPHLKN
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD RSLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQ--TGK
..: :: ::.:.:::. : . .::.:: .::.:::::::: :::.: :::..:: : .
CCDS31 HGLHHCNSFLEELAKQTSNCVLEICAEQRNLSEQLLPKHCATTISKAKNKKTRKQRQTPR
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KSD KGEPEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSH
::::::.:::.:: :::: .:::.:::: :.:: ...:.: .. :.:::. : :::.::
CCDS31 KGEPERDKPGAESHRKNRSIVTNMDKLHLNLTELALTMNHVYSFSVFEHTIFPSEYLSSH
660 670 680 690 700 710
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pF1KSD LEIRFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQ
:: :....:: .. :: .::::..:::::..:.::. .::. ... : .::. :.:::
CCDS31 LEARLNRAIVWLAGYNATTQEIVRPSELLAGVKAYIGFIQSLAQFLGADASRVIRNALLQ
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KSD QTQHLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYS
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CCDS31 QTQPLDSCGEQTITTLYTNWYLESLLRQASSGTIILSPAMQAFVSLPREGEQNFSAEEFS
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