Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0588
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0588, 932 aa
1>>>pF1KSDA0588 932 - 932 aa - 932 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5583+/-0.00111; mu= 14.6223+/- 0.067
mean_var=86.5379+/-17.834, 0's: 0 Z-trim(104.6): 196 B-trim: 156 in 1/48
Lambda= 0.137870
statistics sampled from 7793 (7993) to 7793 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.246), width: 16
Scan time: 4.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 932) 6061 1216.3 0
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 820) 5219 1048.8 0
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 936) 4691 943.8 0
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 4624 930.5 0
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 932) 4551 916.0 0
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 932) 4526 911.0 0
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 4523 910.4 0
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 962) 4509 907.6 0
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 931) 4497 905.2 0
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 932) 4496 905.0 0
CCDS54922.1 PCDHGA1 gene_id:56114|Hs108|chr5 ( 931) 4474 900.7 0
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 932) 4471 900.1 0
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5 ( 932) 4401 886.1 0
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 3850 776.5 0
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 3797 766.0 0
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 829) 3709 748.5 1.2e-215
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 3689 744.5 1.9e-214
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 818) 3689 744.5 1.9e-214
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 851) 3677 742.1 1e-213
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 3668 740.3 3.4e-213
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 813) 3661 738.9 8.9e-213
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 828) 3630 732.8 6.5e-211
CCDS47293.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 929) 3189 645.1 1.8e-184
CCDS54924.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 931) 3135 634.3 3.2e-181
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 929) 3095 626.4 7.8e-179
CCDS54929.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 930) 3091 625.6 1.4e-178
CCDS75339.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5 ( 923) 3088 625.0 2e-178
CCDS54928.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 923) 3086 624.6 2.7e-178
CCDS54923.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 927) 3086 624.6 2.7e-178
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 934) 2859 579.4 1.1e-164
CCDS54930.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 750) 2848 577.2 4e-164
CCDS4262.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5 ( 938) 2690 545.8 1.4e-154
CCDS75344.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 808) 2374 482.9 1e-135
CCDS75332.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 811) 2303 468.8 1.8e-131
CCDS75337.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 803) 2294 467.0 6.3e-131
CCDS75340.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5 ( 818) 2283 464.8 2.9e-130
CCDS75342.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 820) 2281 464.4 3.8e-130
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 814) 2273 462.9 1.1e-129
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 810) 2265 461.3 3.4e-129
CCDS75328.1 PCDHB9 gene_id:56127|Hs108|chr5 ( 797) 2174 443.2 9.5e-124
CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5 ( 787) 2168 442.0 2.2e-123
CCDS4247.1 PCDHB5 gene_id:26167|Hs108|chr5 ( 795) 2161 440.6 5.7e-123
CCDS4252.1 PCDHB10 gene_id:56126|Hs108|chr5 ( 800) 2156 439.6 1.1e-122
CCDS4242.1 PCDHAC2 gene_id:56134|Hs108|chr5 (1007) 2140 436.4 1.3e-121
CCDS4250.1 PCDHB8 gene_id:56128|Hs108|chr5 ( 801) 2119 432.2 1.9e-120
CCDS4251.1 PCDHB16 gene_id:57717|Hs108|chr5 ( 776) 2097 427.8 3.8e-119
CCDS4245.1 PCDHB3 gene_id:56132|Hs108|chr5 ( 796) 2085 425.5 2e-118
CCDS4248.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5 ( 794) 2080 424.5 4e-118
CCDS4244.1 PCDHB2 gene_id:56133|Hs108|chr5 ( 798) 2079 424.3 4.7e-118
CCDS4255.1 PCDHB13 gene_id:56123|Hs108|chr5 ( 798) 2078 424.1 5.4e-118
>>CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 (932 aa)
initn: 6061 init1: 6061 opt: 6061 Z-score: 6512.4 bits: 1216.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6061; 100.0% identity (100.0% similar) in 932 aa overlap (1-932:1-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 (820 aa)
initn: 5219 init1: 5219 opt: 5219 Z-score: 5608.2 bits: 1048.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5219; 100.0% identity (100.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-808)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEVSLYQIFFLFFF
790 800 810 820
>>CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 (936 aa)
initn: 4691 init1: 4691 opt: 4691 Z-score: 5039.7 bits: 943.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4691; 77.8% identity (89.7% similar) in 925 aa overlap (8-932:12-936)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEP
.: .::::: ...: ::.: :: ::.:::::::: ::.::.:::: :
CCDS47 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQISYSIPEELEKGSFVGNISKDLGLAP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD RELAERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKI
::::::::::. :::::::.::::::::.::::::::::: . .: ....::.::.::.
CCDS47 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVEDRVKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YGVEVEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNT
.:.:.:: ::::::: :. .:..::.::.:. ::::::.: :::.: ::::::.::::
CCDS47 FGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HFSLIVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDAN
:::: ::. :.: :::::::...:::::.: :::::::::::::.:.::. . : :.:::
CCDS47 HFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVTVFDAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DNAPAFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDC
::::.:. ::::.:::::: .:::::.:.::: :::.:.:: :::: . : :.:.
CCDS47 DNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLKFQLNK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NSGTISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSV
.: :. .::.::.:::..:.:: :...: : ::::::: :::::.::...::: : :
CCDS47 YTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAYLATAKVLITVEDVNDNSPELTITSLFSPV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PENSPRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVP
:.:: ::..:::::.: :::.:::: : : . :::::::: .:: :: .::::::
CCDS47 TEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHRALDREQVS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD SYNITVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTA
:::::::::: :.::::::.:. :.::: :::::.: :.:: .:::::: ::.:. ::::
CCDS47 SYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARGASIFSVTA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD HDPDCEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARD
::: .::::: :::::.::::. ::::.:::::::::::: :::::::..::..: : :
CCDS47 LDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHELQMQVTASD
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD NGHPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
:::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD TVTLTVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRL
:::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::
CCDS47 TVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KSD RRWHKSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYA
::::::::::::::::::. .:::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS47 RRWHKSRLLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KSD DMLVSQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
: :.:::: ::..:: : :: : .. :. ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DTLISQESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KSD TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KSD IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 (935 aa)
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Smith-Waterman score: 4624; 76.1% identity (90.6% similar) in 932 aa overlap (5-932:4-935)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIPARLHRDYKG--LVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRE
::.: .. :.:: :.:::: ::::::::: :::: ::.::.::::::::
CCDS47 MANRLQRGDRSRLLLLLCIFLGTLRGFRARQIRYSVPEETEKGSFVGNISKDLGLEPRE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LAERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYG
::.:::::. ::.:::::.:::::::.::::::::::: . .: ::...:.:: .::::
CCDS47 LAKRGVRIVSRGKTQLFAVNPRSGSLITAGRIDREELCETVSSCFLNMELLVEDTLKIYG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD VEVEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHF
::::. ::::::: :.:.:.:::.::.: :: ::.: :::.: ::::::.::::..:
CCDS47 VEVEIIDINDNAPSFQEDEVEIKVSEHAIPGARFALPNARDPDVGVNSLQSYQLSPNNYF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SLIVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDN
:: ... .::.: :::::. .::::..::: :.::: :::::.: :.. :::.:::.::.
CCDS47 SLQLRGRTDGAKNPELVLEGSLDREKEAAHLLLLTALDGGDPIRKGAVPIRVVVLDVNDH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD APAFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNS
: :.: ::.:::::.. ::..:.:::::::::.:.:: :::: ...::...:.:: ..
CCDS47 IPMFTQSVYRVSVPENISSGTRVLMVNATDPDEGINGEVMYSFRNMESKASEIFQLDSQT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD GTISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPE
: ... : :: :. ::.::.:..:..: . . .::::.::::::::...:: .:. :
CCDS47 GEVQVRGSLDFEKYRFYEMEIQGQDGGGLFTTTTMLITVVDVNDNAPEITITSSINSILE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NSPRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSY
::: ::.::::::.:::: ::::: ::: ..:::::::.:::::.:.:. ::::: : ::
CCDS47 NSPPGTVIALLNVQDQDSGENGQVSCFIPNHLPFKLEKTYGNYYKLITSRVLDRELVQSY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD NITVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHD
:::.::::.:.::::.:::. ::::: ::::::::..:::::::::::::.:. :::: :
CCDS47 NITLTATDQGSPPLSAETHVWLNVADDNDNPPVFPHSSYSAYIPENNPRGASIFSVTALD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD PDCEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNG
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CCDS47 PDSKQNALVTYSLTDDTVQGVPLSSYVSINSNTGVLYALQSFDYEQFRDLELRVIARDSG
480 490 500 510 520 530
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pF1KSD HPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS47 DPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDS
540 550 560 570 580 590
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pF1KSD GQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATV
:::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATV
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KSD TLTVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRR
:::::::::::.:::::::::: ::::::::.::::::::::::.::.:::.:::::: :
CCDS47 TLTVAVADSIPEVLADLGSLESLANSETSDLSLYLVVAVAAVSCIFLVFVIVLLALRLWR
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KSD WHKSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADM
:::::::::: :::.: :.:::::::::::::::::::::: .::.:::::::::::.:
CCDS47 WHKSRLLQASEGGLAGMPTSHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLIADSQKSHLIFPQPNYGDT
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KSD LVSQESFEKSEPLLLSGDS--VFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
:.:::: :::::::.. :: ...: . .::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LISQESCEKSEPLLIAEDSAIILGKCDPTSNQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KSD TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930
pF1KSD IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 (932 aa)
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Smith-Waterman score: 4551; 75.4% identity (89.4% similar) in 925 aa overlap (8-932:8-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
:. .::.:: ::::: ::: :::::: :::.::: ::.:. ::::::::::
CCDS47 MTNCLSFRNGRGLALLCALLGTLCETGSGQIRYSVSEELDKGSFVGNIANDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::. :::::::.:::.::::::: :::::::: : ....::.:::.::. ::
CCDS47 ERGVRIVSRGRTQLFSLNPQSGSLVTAERIDREELCAQIPLCLVKINILVEDKLKIFEVE
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
.:..::::::: : ::::::.: .. :::. :.:::.: ::::.:.:::: .:::
CCDS47 IEIKDINDNAPNFPTEELEIKIGELTVPGTRFPIKTAFDPDVGINSLQNYKLSPNDYFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
:.. ..:.:::::::.::::::.: :.:::.::::::::..:. .:.:.::::::: :
CCDS47 AVNSVSEGAKYPELVLERALDREKKEIHQLVLVASDGGDPVHSGNLHIQVIVLDANDNPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
:.:::::.:: ::. .::.::.::::::::: ::.: : . . : :..:.:. ::
CCDS47 MFTQPEYRVSVWENVPVGTRLLTVNATDPDEGFNAQVSYILDKMPGKIAEIFHLNSVSGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
.: . ::.:.. ::.....:.:. : .:::.:.:::::::::::...:::.:::::..
CCDS47 VSILKSLDYEDAMFYEIKIEAQDGPGLLSRAKILVTVLDVNDNAPEITITSLTSSVPEEG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
: :::..:.:.:: .:::: :. :::::::::: .:: ::: :::::. :::
CCDS47 TVGREIALIDVHDRDSGQNGQVEVFVLGNLPFKLEKSIDQYYRLVTATSLDREQISEYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
.. :.: :.:::::::::.:.: : :::::.::. :::::::::::::.:. ::::.:::
CCDS47 SLRASDGGSPPLSTETHITLHVIDINDNPPTFPHLSYSAYIPENNPRGASIFSVTAQDPD
430 440 450 460 470 480
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pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
..::.:::.:.:.:.::: :::.:::::.::::::: ::::::::::.. : : :.:.:
CCDS47 SNNNARITYALTEDTLQGAPLSSFVSINSNTGVLYALRSFDYEQFRDLKLLVTASDSGNP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PLSSNVSLNLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
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pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
:::::: ::..:::::::: :. . :::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS47 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::::::::...:.:::::.:::.:::::::::::::.:::::::::::::::: :.
CCDS47 KSRLLQASGGGLASTPGSHFVGADGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:::: :::::::.. : . : . .:..::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SQESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 (932 aa)
initn: 4512 init1: 4512 opt: 4526 Z-score: 4862.3 bits: 911.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4526; 74.9% identity (88.8% similar) in 932 aa overlap (1-932:1-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
: : . : . . ::: :::::: .. .:::::.:::::::: ::.: .::::::.:::
CCDS54 MAPPQRHPQRSEQVLLLTLLGTLWGAAAAQIRYSIPEELEKGSFVGNIVKDLGLEPQELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
:.::::. ::: :::.::::.::::::::::::::: . .: ....::.:::...: ::
CCDS54 EHGVRIVSRGRMQLFSLNPRNGSLVTAGRIDREELCAQSPRCLVSFNILVEDKLNLYPVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::. :::::.: : . :::.:: :::: :::: ...:::.: ::::...:: :.:::.
CCDS54 VEIVDINDNTPRFLKEELEVKILENAAPSSRFPLMEVYDPDVGMNSLQGFKLSGNSHFSV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
::. : : :::::::. .:::: .:...::::: :::::::...:.: : :::.:::.:
CCDS54 DVQSEAHGPKYPELVLEGTLDREGEAVYRLVLTAMDGGDPVRSSVAQILVTVLDVNDNTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
:.:: ::.:::::: .:: .:.:.::: ::::..:: ::: . .: .:.: :. .:
CCDS54 MFTQPVYRVSVPENLPVGTPVLAVTATDQDEGVHGEVTYSFVKITEKISQIFCLNVLTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
::: ..::.:.:.::.. :.: :. : :::::::.::::::.::::.:: . .. :..
CCDS54 ISTSANLDYEDSSFYELGVEARDGPGLRDRAKVLITILDVNDNVPEVVVTSGSRTIAESA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
: ::.:::..: :.:: :: : : : .:::.:::: :::: :::. .::::.: :::
CCDS54 PPGTVIALFQVFDRDSGLNGLVTCSIPRSLPFELEKSVGNYYRLVTNAALDREEVFLYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
::::::.::::::::: :::::::::::::.::..:::.:. ::::::.:. ::.: :::
CCDS54 TVTATDKGTPPLSTETIISLNVADTNDNPPTFPHSSYSVYVLENNPRGASIFSVNALDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
..:::..:::::.:.::: ::::::::::::.:::: ::::::.::::. : : :.: :
CCDS54 VDQNAQVSYSLAEDTLQGAPLSSYVSINSDTGILYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
:::::: ::..:::::::: :. . :::::::::::::::::::::::.::::::.:::
CCDS54 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLQRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::::::::.. :.::::::.::.:::::::::::::.:::::::::::::::: :.
CCDS54 KSRLLQASGGGLASMPGSHFVGVEGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
.:::.:::::::.. : . .: ..::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
::.:. ::.::::: ::. .: ::: :: .::: ::::..::::::::::
CCDS54 MAAQPRGGDYRGFFLLSILLGTPWEAWAGRILYSVSEETDKGSFVGDIAKDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::: :::::::::: :::::::::::::::.: . .: .:..::::::...: ..
CCDS54 ERGVRIISRGRTQLFALNQRSGSLVTAGRIDREEICAQSARCLVNFNILMEDKMNLYPID
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::. :::::.: : :...:: ::.: .:::: .: :::.: ::::::.:::: ::::
CCDS54 VEIIDINDNVPRFLTEEINVKIMENTAPGVRFPLSEAGDPDVGTNSLQSYQLSPNRHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
::.: : .:::::::.:.:::::. .::::::::::::: :..::.:.: :.:.::..:
CCDS54 AVQSGDDETKYPELVLERVLDREEERVHHLVLTASDGGDPPRSSTAHIQVTVVDVNDHTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
.:. :.:...::::. .::.::.:.: : :::::.:: :::: . : ..:.:. .:
CCDS54 VFSLPQYQVTVPENVPVGTRLLTVHAIDLDEGVNGEVTYSFRKITPKLPKMFHLNSLTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
:::. ::.::..::.:::::.:. : ..:::::::::::::::::..:::.::.::..
CCDS54 ISTLEGLDYEETAFYEMEVQAQDGPGSLTKAKVLITVLDVNDNAPEVTMTSLSSSIPEDT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
: ::.:::. ..:.:: .::.: : : ::::::::: ::: ::: :::: . :::
CCDS54 PLGTVIALFYLQDRDSGKNGEVTCTIPENLPFKLEKSIDNYYRLVTTKNLDRETLSLYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
:. ::: :::::: :::: ..:::::::::.::..:::.:: ::::::.:. :::.: :
CCDS54 TLKATDGGTPPLSRETHIFMQVADTNDNPPTFPHSSYSVYIAENNPRGASIFLVTAQDHD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
:.::::::::::.::::: .::::::::::::::::.::::::.:.::..: :.:.: :
CCDS54 SEDNAQITYSLAEDTIQGAPVSSYVSINSDTGVLYALQSFDYEQLRELQLRVTAHDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.:::::::::::: :::::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::
CCDS54 PLSSNMSLSLFVLDQNDNPPEILYPALPTDGSTGMELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
:::::: ::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NAWLSYLLLKASEPGLFAVGLYTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
:::::::::.::::::::: . . :::::::::::.:::::::::..::::::::::
CCDS54 TVAVADSIPEVLADLGSLEPSDGPYNYDLTLYLVVAVATVSCVFLAFVLVLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
:::::::: :::...:.:::::.:::::::::::::::::.::::::::::::::.:::.
CCDS54 KSRLLQASEGGLANVPTSHFVGMDGVQAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYVDMLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:::: ::.. :: : : :.. :.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SQESCEKNDSLLTSVDFQECKENLPSIQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
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10 20 30
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIR
::: :. :. . .:::.: : ::
CCDS58 DPEDPGAPQASTEGKPKHRRLRGGVVMAAPPAR--PDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQIL
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD YSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELAERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDR
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CCDS58 YSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDR
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD EELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVEVEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRF
:::: . .: ::.::.:: ::: ::::. :.::: : : . :::..:: ::
CCDS58 EELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARF
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSLIVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVL
:::.:.:::.: ::::.:.:. : .::: ::.:::: :::::::.:::::::.:.:::::
CCDS58 PLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KSD TASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAPAFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEG
:: :::::::.::::: ....:.:::::.:.::::..:: ::. .::.::.:.:::::::
CCDS58 TAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEG
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGTISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAK
.:..: :::: : :: .:.:.:. :: :. .: ::.:.::::...:.: :. : ::.:
CCDS58 ANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSK
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KSD VLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENSPRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPF
::.:::: :::::::..:::.::: :.: ::.:::.::.:.:: :: : : : ::::
CCDS58 VLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPF
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD KLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNITVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVF
:::.::::: :.: .::::.: :::::::::.:::::::::::::.: : :::::.:
CCDS58 TLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTF
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD PQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPDCEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTG
:.::::::::::::::.:..:.::.::: .::.:::::::.:.::: :::::::::.::
CCDS58 PHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTG
490 500 510 520 530 540
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pF1KSD VLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGS
.:::: :::::::::::. . : :.: :::::::::::::::::::.::::::..:::::
CCDS58 ILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGS
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KSD TGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARAL
::::::::::. :::::::::::::::::::::: :::.::::::.::::::::::::::
CCDS58 TGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARAL
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KSD LDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLY
:::::::: :::.::::::::::::::::::::::::.::::::::. :. . : ::::
CCDS58 LDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLY
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KSD LVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWHKSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQT
:::::::::::::::: .::::.::::::::::.: :. :.:.:::::::::::.:::::
CCDS58 LVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQT
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KSD YSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLVSQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPP
::::::::.::::::::: ::.::: :.:.:: :::::::.. : . .: . .: .::::
CCDS58 YSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPP
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KSD NTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGT
850 860 870 880 890 900
880 890 900 910 920 930
pF1KSD MGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930 940 950 960
>>CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 (931 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIPARLHRDYKGLVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPRELA
:.: .::::: : : :::::.::::.::: ::.:..::::::.:::
CCDS54 MASPPRGWGCGELLLPFMLLGTLCEPGSGQIRYSMPEELDKGSFVGNIAKDLGLEPQELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ERGVRIIPRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCMGAIKCQLNLDILMEDKVKIYGVE
::::::. :::::::::::::::::::::::::::: . : .:..::.:.:.::::::
CCDS54 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCAQSPLCVVNFNILVENKMKIYGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VEVRDINDNAPYFRESELEIKISENAATEMRFPLPHAWDPDIGKNSLQSYELSPNTHFSL
::. ::::: : ::. ::..:..::::. :. :: : : :.: :::.::.:: : ::::
CCDS54 VEIIDINDNFPRFRDEELKVKVNENAAAGTRLVLPFARDADVGVNSLRSYQLSSNLHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IVQNGADGSKYPELVLKRALDREEKAAHHLVLTASDGGDPVRTGTARIRVMVLDANDNAP
: .:.::.:::::::.. ::::....: :.::: :::::: .::..::: :::::::::
CCDS54 DVVSGTDGQKYPELVLEQPLDREKETVHDLLLTALDGGDPVLSGTTHIRVTVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AFAQPEYRASVPENLALGTQLLVVNATDPDEGVNAEVRYSFRYVDDKAAQVFKLDCNSGT
:. :: .:::::. .::.::...:::::::.:... :::: ..: ...:.:: : :
CCDS54 LFTPSEYSVSVPENIPVGTRLLMLTATDPDEGINGKLTYSFRNEEEKISETFQLDSNLGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ISTIGELDHEESGFYQMEVQAMDNAGYSARAKVLITVLDVNDNAPEVVLTSLASSVPENS
:::. ::.::: :: ::: :.:... : :::..:: :::::::::.::::.::. :.
CCDS54 ISTLQSLDYEESRFYLMEVVAQDGGALVASAKVVVTVQDVNDNAPEVILTSLTSSISEDC
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD PRGTLIALLNVNDQDSEENGQVICFIQGNLPFKLEKSYGNYYSLVTDIVLDREQVPSYNI
::.:::..:.: :: :::.. : : ::::::::: ::: :.: ::::.. .:::
CCDS54 LPGTVIALFSVHDGDSGENGEIACSIPRNLPFKLEKSVDNYYHLLTTRDLDREETSDYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KSD TVTATDRGTPPLSTETHISLNVADTNDNPPVFPQASYSAYIPENNPRGVSLVSVTAHDPD
:.:. :.::::::::.:: :.:::.::::: :::::::. . ::::::::. ::::::::
CCDS54 TLTVMDHGTPPLSTESHIPLKVADVNDNPPNFPQASYSTSVTENNPRGVSIFSVTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CEENAQITYSLAENTIQGASLSSYVSINSDTGVLYALSSFDYEQFRDLQVKVMARDNGHP
.::..::::::.:.::: ::::::::::::::::: ::::::.::::. : : :.:.:
CCDS54 SGDNARVTYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSDTGVLYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGNP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS54 PLSSNVSLSLFVLDQNDNTPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::: :.
CCDS54 NAWLSYRLLKASEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVEDHGQPPLSATFTV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TVAVADSIPQVLADLGSLESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVILLLALRLRRWH
:::::: ::..::::::...: . : ::::::::::::::::::::::.::.:::::::
CCDS54 TVAVADRIPDILADLGSIKTPIDPEDLDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLVLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSRLLQASGGGLTGAPASHFVGVDGVQAFLQTYSHEVSLTTDSRKSHLIFPQPNYADMLV
::::::: :. :.:.:::::::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::: :.
CCDS54 KSRLLQAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SQESFEKSEPLLLSGDSVFSKDSHGLIEQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.:: :::::::.: :.: .. . ..::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SEESCEKSEPLLMS-DKVDANKEERRVQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KSD NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
840 850 860 870 880 890
910 920 930
pF1KSD NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 (932 aa)
initn: 4491 init1: 4491 opt: 4496 Z-score: 4830.1 bits: 905.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4496; 75.0% identity (88.6% similar) in 928 aa overlap (8-932:7-932)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIPARLHRDYKG-LVLLGILLGTLWETGCTQIRYSVPEELEKGSRVGDISRDLGLEPREL
: .: :.:: ::::::: : ::::::::: .::: ::.::.::::.::.:
CCDS47 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]