Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0608
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0608, 769 aa
1>>>pF1KSDA0608 769 - 769 aa - 769 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0504+/-0.000833; mu= 9.5862+/- 0.050
mean_var=183.3916+/-36.983, 0's: 0 Z-trim(114.1): 72 B-trim: 170 in 1/49
Lambda= 0.094708
statistics sampled from 14617 (14689) to 14617 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.451), width: 16
Scan time: 4.300
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41553.1 TBC1D12 gene_id:23232|Hs108|chr10 ( 775) 5204 723.6 2.9e-208
CCDS3394.2 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4 ( 693) 2225 316.5 9.1e-86
CCDS82909.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4 ( 465) 2199 312.8 7.9e-85
CCDS47006.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4 ( 413) 2069 295.0 1.6e-79
CCDS75104.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4 ( 353) 1800 258.2 1.6e-68
>>CCDS41553.1 TBC1D12 gene_id:23232|Hs108|chr10 (775 aa)
initn: 4875 init1: 4875 opt: 5204 Z-score: 3852.4 bits: 723.6 E(32554): 2.9e-208
Smith-Waterman score: 5204; 99.2% identity (99.2% similar) in 775 aa overlap (1-769:1-775)
10 20 30 40 50
pF1KSD MVGPEDAGACSGRNPKLLPVPAPDPVGQDRKVIRATGGFGGGVGAVEPPEEADEEEE---
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MVGPEDAGACSGRNPKLLPVPAPDPVGQDRKVIRATGGFGGGVGAVEPPEEADEEEEADE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD ---TPPRQLLQRYLAAAGEQLEPGLCYCPLPAGQAGAPPPSAAPRSDACLLGSGSKHRGA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EEETPPRQLLQRYLAAAGEQLEPGLCYCPLPAGQAGAPPPSAAPRSDACLLGSGSKHRGA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD EVADGRAPRHEGMTNGDSGFLPGRDCRDLEEARGLARAGGRESRRRRPYGRLRLEGPGDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EVADGRAPRHEGMTNGDSGFLPGRDCRDLEEARGLARAGGRESRRRRPYGRLRLEGPGDE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD DADGAGSPSDWASPLEDPLRSCCLVAADAQEPEGAGSDSGDSPASSCSSSEDSEQRGVGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DADGAGSPSDWASPLEDPLRSCCLVAADAQEPEGAGSDSGDSPASSCSSSEDSEQRGVGA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GGPEEGAPPATSAERTNGGAEPRLGFSDIHFNSRNTFQVSRGQSARDHLPPAGPPVPLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GGPEEGAPPATSAERTNGGAEPRLGFSDIHFNSRNTFQVSRGQSARDHLPPAGPPVPLPA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWKLFGKVPPRENLQKTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWKLFGKVPPRENLQKTS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD KIIQQEYEARTGRTCKPPPQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KIIQQEYEARTGRTCKPPPQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQE
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD YDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVREL
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD WWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFSETSSENDTEGVSVADR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 WWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFSETSSENDTEGVSVADR
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD EASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLHSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLHSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLIL
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD NLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMMLKYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMMLKYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTP
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD DIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDGEEFLFRTGLGILRLYEDILLQMDFIHIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDGEEFLFRTGLGILRLYEDILLQMDFIHIA
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760
pF1KSD QFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWTQVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWTQVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS
730 740 750 760 770
>>CCDS3394.2 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4 (693 aa)
initn: 2193 init1: 1314 opt: 2225 Z-score: 1653.3 bits: 316.5 E(32554): 9.1e-86
Smith-Waterman score: 2225; 70.6% identity (89.0% similar) in 462 aa overlap (310-768:233-692)
280 290 300 310 320 330
pF1KSD RDHLPPAGPPVPLPAAEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWK
: :..::.:::. : . . :. :::
CCDS33 VTLSSIKETRGLHQQDCVHEAEEGSKLKILGPFSNFFARNLLA-RKQSARLDKHNDLGWK
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LFGKVPPRENLQKTSKIIQQEYEARTGRTCKPP-PQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPS
::::.: ::: :: :: ::.::: ..:: ::: :... :::..:::::::::::::::.
CCDS33 LFGKAPLRENAQKDSKRIQKEYEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLSTTALILEDRPA
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430 440 450
pF1KSD NLPAKSVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEI
::::: .::: .:::.:.:::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:..:.. : :::
CCDS33 NLPAKPAEEAQKHRQQYEEMVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIGNAVLTWNNEI
330 340 350 360 370 380
460 470 480 490 500 510
pF1KSD LPNWEVMRSTRRVRELWWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFS
:::::.: .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :.::::::.:.:
CCDS33 LPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLARAKERWRSLS
390 400 410 420 430 440
520 530 540 550 560 570
pF1KSD ETSSE--NDTEGVSVADREASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLHSILGAYTCYR
.:: :. : :.:::::::::::::::::::.: :::.::::::.::::::::::::
CCDS33 TGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDMLHSILGAYTCYR
450 460 470 480 490 500
580 590 600 610 620 630
pF1KSD PDVGYVQGMSFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMMLKYFATFEVFF
::::::::::::::::::::. :::::::.::::::::.:::::::..:: :::.:::::
CCDS33 PDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLMLTYFAAFEVFF
510 520 530 540 550 560
640 650 660 670 680 690
pF1KSD EENLSKLFLHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDGEEFLFRTGLG
:::: ::: :::. .::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::
CCDS33 EENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEEFLFRTALG
570 580 590 600 610 620
700 710 720 730 740 750
pF1KSD ILRLYEDILLQMDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWTQVFASVMKDI
::.:.:::: .:::::.:::::.::::. .:.::. ::.::::. .:::.::.....::
CCDS33 ILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQVLTALQKDS
630 640 650 660 670 680
760
pF1KSD KEGDKNSSPALKS
.: .:.: :.:.
CCDS33 REMEKGS-PSLRH
690
>>CCDS82909.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4 (465 aa)
initn: 2174 init1: 1314 opt: 2199 Z-score: 1636.4 bits: 312.8 E(32554): 7.9e-85
Smith-Waterman score: 2199; 70.5% identity (89.1% similar) in 457 aa overlap (315-768:10-464)
290 300 310 320 330 340
pF1KSD PAGPPVPLPAAEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWKLFGKV
:. :::. .. . . :. :::::::.
CCDS82 MMAISPALLFMDRNLLARK-QSARLDKHNDLGWKLFGKA
10 20 30
350 360 370 380 390 400
pF1KSD PPRENLQKTSKIIQQEYEARTGRTCKPP-PQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPSNLPAK
: ::: :: :: ::.::: ..:: ::: :... :::..:::::::::::::::.:::::
CCDS82 PLRENAQKDSKRIQKEYEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLSTTALILEDRPANLPAK
40 50 60 70 80 90
410 420 430 440 450 460
pF1KSD SVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEILPNWE
.::: .:::.:.:::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:..:.. : ::::::::
CCDS82 PAEEAQKHRQQYEEMVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIGNAVLTWNNEILPNWE
100 110 120 130 140 150
470 480 490 500 510 520
pF1KSD VMRSTRRVRELWWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFSETSSE
.: .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :.::::::.:.: .::
CCDS82 TMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLARAKERWRSLSTGGSE
160 170 180 190 200 210
530 540 550 560 570 580
pF1KSD --NDTEGVSVADREASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLHSILGAYTCYRPDVGY
:. : :.:::::::::::::::::::.: :::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS82 VENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDMLHSILGAYTCYRPDVGY
220 230 240 250 260 270
590 600 610 620 630 640
pF1KSD VQGMSFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMMLKYFATFEVFFEENLS
:::::::::::::::. :::::::.::::::::.:::::::..:: :::.:::::::::
CCDS82 VQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLMLTYFAAFEVFFEENLP
280 290 300 310 320 330
650 660 670 680 690 700
pF1KSD KLFLHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDGEEFLFRTGLGILRLY
::: :::. .::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::::.:.
CCDS82 KLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEEFLFRTALGILKLF
340 350 360 370 380 390
710 720 730 740 750 760
pF1KSD EDILLQMDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWTQVFASVMKDIKEGDK
:::: .:::::.:::::.::::. .:.::. ::.::::. .:::.::.....:: .: .:
CCDS82 EDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQVLTALQKDSREMEK
400 410 420 430 440 450
pF1KSD NSSPALKS
.: :.:.
CCDS82 GS-PSLRH
460
>>CCDS47006.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4 (413 aa)
initn: 2061 init1: 1314 opt: 2069 Z-score: 1541.1 bits: 295.0 E(32554): 1.6e-79
Smith-Waterman score: 2069; 72.8% identity (91.3% similar) in 412 aa overlap (360-768:2-412)
330 340 350 360 370 380
pF1KSD SVVHSAPGWKLFGKVPPRENLQKTSKIIQQEYEARTGRTCKPP-PQSSRRKNFEFEPLST
::: ..:: ::: :... :::..::::::
CCDS47 MEYEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLST
10 20 30
390 400 410 420 430 440
pF1KSD TALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIA
:::::::::.::::: .::: .:::.:.:::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:.
CCDS47 TALILEDRPANLPAKPAEEAQKHRQQYEEMVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIG
40 50 60 70 80 90
450 460 470 480 490 500
pF1KSD SAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVRELWWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLS
.:.. : ::::::::.: .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :.
CCDS47 NAVLTWNNEILPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLA
100 110 120 130 140 150
510 520 530 540 550 560
pF1KSD RAKERWKSFSETSSE--NDTEGVSVADREASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLH
::::::.:.: .:: :. : :.:::::::::::::::::::.: :::.::::::.::
CCDS47 RAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDMLH
160 170 180 190 200 210
570 580 590 600 610 620
pF1KSD SILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMML
::::::::::::::::::::::::::::::. :::::::.::::::::.:::::::..::
CCDS47 SILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLML
220 230 240 250 260 270
630 640 650 660 670 680
pF1KSD KYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDG
:::.::::::::: ::: :::. .::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS47 TYFAAFEVFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDG
280 290 300 310 320 330
690 700 710 720 730 740
pF1KSD EEFLFRTGLGILRLYEDILLQMDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWT
:::::::.::::.:.:::: .:::::.:::::.::::. .:.::. ::.::::. .:::.
CCDS47 EEFLFRTALGILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWA
340 350 360 370 380 390
750 760
pF1KSD QVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS
::.....:: .: .:.: :.:.
CCDS47 QVLTALQKDSREMEKGS-PSLRH
400 410
>>CCDS75104.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4 (353 aa)
initn: 1804 init1: 1314 opt: 1800 Z-score: 1343.4 bits: 258.2 E(32554): 1.6e-68
Smith-Waterman score: 1800; 73.7% identity (91.8% similar) in 353 aa overlap (418-768:1-352)
390 400 410 420 430 440
pF1KSD TTALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENI
::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:
CCDS75 MVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESI
10 20 30
450 460 470 480 490 500
pF1KSD ASAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVRELWWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFL
..:.. : ::::::::.: .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :
CCDS75 GNAVLTWNNEILPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICL
40 50 60 70 80 90
510 520 530 540 550 560
pF1KSD SRAKERWKSFSETSSE--NDTEGVSVADREASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVL
.::::::.:.: .:: :. : :.:::::::::::::::::::.: :::.::::::.:
CCDS75 ARAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDML
100 110 120 130 140 150
570 580 590 600 610 620
pF1KSD HSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMM
:::::::::::::::::::::::::::::::. :::::::.::::::::.:::::::..:
CCDS75 HSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLM
160 170 180 190 200 210
630 640 650 660 670 680
pF1KSD LKYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRD
: :::.::::::::: ::: :::. .::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS75 LTYFAAFEVFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRD
220 230 240 250 260 270
690 700 710 720 730 740
pF1KSD GEEFLFRTGLGILRLYEDILLQMDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKW
::::::::.::::.:.:::: .:::::.:::::.::::. .:.::. ::.::::. .:::
CCDS75 GEEFLFRTALGILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKW
280 290 300 310 320 330
750 760
pF1KSD TQVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS
.::.....:: .: .:.: :.:.
CCDS75 AQVLTALQKDSREMEKGS-PSLRH
340 350
769 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 02:17:14 2016 done: Thu Nov 3 02:17:14 2016
Total Scan time: 4.300 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]