FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0647, 1195 aa 1>>>pF1KSDA0647 1195 - 1195 aa - 1195 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9270+/-0.00036; mu= 10.1761+/- 0.023 mean_var=149.0435+/-29.711, 0's: 0 Z-trim(118.6): 278 B-trim: 111 in 1/56 Lambda= 0.105055 statistics sampled from 31339 (31638) to 31339 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16 Scan time: 17.580 The best scores are: opt bits E(85289) XP_006722231 (OMIM: 603559) PREDICTED: myotubulari (1195) 8391 1284.4 0 XP_005257843 (OMIM: 603559) PREDICTED: myotubulari (1195) 8391 1284.4 0 NP_004678 (OMIM: 603559) myotubularin-related prot (1195) 8391 1284.4 0 XP_005257842 (OMIM: 603559) PREDICTED: myotubulari (1199) 8391 1284.4 0 XP_011523762 (OMIM: 603559) PREDICTED: myotubulari (1199) 8391 1284.4 0 XP_005257841 (OMIM: 603559) 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_005 GAAIARCSQPEISWWGWRNADDEYLVTSIAKACALDPGTRATGGSLSTGNNDTSEACDAD 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KSD FDSSLTACSGVESTAAPQKLLILDARSYTAAVANRAKGGGCECEEYYPNCEVVFMGMANI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_005 FDSSLTACSGVESTAAPQKLLILDARSYTAAVANRAKGGGCECEEYYPNCEVVFMGMANI 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KSD HAIRNSFQYLRAVCSQMPDPSNWLSALESTKWLQHLSVMLKAAVLVANTVDREGRPVLVH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_005 HAIRNSFQYLRAVCSQMPDPSNWLSALESTKWLQHLSVMLKAAVLVANTVDREGRPVLVH 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KSD CSDGWDRTPQIVALAKILLDPYYRTLEGFQVLVESDWLDFGHKFGDRCGHQENVEDQNEQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_005 CSDGWDRTPQIVALAKILLDPYYRTLEGFQVLVESDWLDFGHKFGDRCGHQENVEDQNEQ 430 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 520 pF1KSD CPVFLQWLDSVHQLLKQFPCLFEFNEAFLVKLVQHTYSCLYGTFLANNPCEREKRNIYKR 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603558) myotubularin-related protein (1198 aa) initn: 2844 init1: 1557 opt: 3768 Z-score: 3089.8 bits: 583.7 E(85289): 2.3e-165 Smith-Waterman score: 3785; 49.6% identity (71.7% similar) in 1242 aa overlap (1-1195:1-1198) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MGEEGPPSLEYIQAKDLFPPKELVKEEENLQVPFTVLQGEGVEFLGRAADALIAISNYRL : :: ::: :::...:: :.:..:.::::::: :.::..::.::: ::.::.::::: NP_066 MDEETRHSLECIQANQIFPRKQLIREDENLQVPFLELHGESTEFVGRAEDAIIALSNYRL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD HIKFKDSVINVPLRMIDSVESRDMFQLHISCKDSKVVRCHFSTFKQCQEWLSRLSRATAR :::::.:..::::..:.::: ::.::::..::: ::.::.::::.::::::.::. : NP_066 HIKFKESLVNVPLQLIESVECRDIFQLHLTCKDCKVIRCQFSTFEQCQEWLKRLNNAIRP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD PAKPEDLFAFAYHAWCLGL--TEEDQHTHLCQPGEHIRCRQEAELARMGFDVQNVWRVSH ::: ::::.:::::::. . .:..:: ::.::::. : . :. :::::..:.::.:. NP_066 PAKIEDLFSFAYHAWCMEVYASEKEQHGDLCRPGEHVTSRFKNEVERMGFDMNNAWRISN 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KSD INSNYKLCPSYPQKLLVPVWITDKELENVASFRSWKRIPVVVYRHLRNGAAIARCSQPEI :: .:::: ::::.:.::.::::::::.:.:::::::::.:.::: :::.::::.:::. NP_066 INEKYKLCGSYPQELIVPAWITDKELESVSSFRSWKRIPAVIYRHQSNGAVIARCGQPEV 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KSD SWWGWRNADDEYLVTSIAKACALDPGTRATGGSLSTGNN-----DTSEACDADFDSSLTA :::::::::::.:: :.::::: : .:..:..::: :. . .. :..:::::. 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NP_066 WLDCVHQLQRQFPCSFEFNEAFLVKLVQHTYSCLFGTFLCNNAKERGEKHTQERTCSVWS 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KSD LLRAGNKNFHNFLYTPSSDMVLHPVCHVRALHLWTAVYLPASSPCTLGEENMDLYLSPVA ::::::: :.:.::. .:. ::.:::::: : ::.::::: :: : ... : .: . NP_066 LLRAGNKAFKNLLYSSQSEAVLYPVCHVRNLMLWSAVYLPCPSPTTPVDDSCAPYPAPGT 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KSD QSQEFSGRSLDRLPKTRSMDDLLSACDTSSPL-TRTSSDPNLNNHCQEVRVGLEPWHSNP . .. :.:::::::.:.: .:::.. :: .: :::.::.. :: : .:: NP_066 SPDD---PPLSRLPKTRSYDNLTTACDNTVPLASRRCSDPSLNEKWQEHRRSLELSSLAG 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KSD EGSETSFVDSGVGGPQQTVG--EVGLPPPLPSSQKDYLSNKPFKSHKSCS-PSYKLLNTA : . .:: .: : .. : :... . .: . . .. : ... :... .. NP_066 PGEDPLSADS-LGKPTRVPGGAELSVAAGVAEGQMENILQEATKEESGVEEPAHR---AG 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KSD VPREMKSNTSDPEIKVLEETKGPAPDPSAQDELGRTLDG-IGEPPEHCPETEAVSALSKV . :.. . :: .. .:.. .:. :: .: : .:. . . .:. NP_066 I--EIQEGKEDPLLE--KESRRKTPEASA---IGLHQDPELGDAALRSHLDMSWPLFSQG 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 pF1KSD ISNKCDGVCNFPESSQNSPTGTPQQAQP--------------DSMLGVPSKCVLDHSLST ::.. .:. . : : : : . : ...: .: . .. : NP_066 ISEQQSGLSVLLSSLQVPPRGEDSLEVPVEQFRIEEIAEGREEAVLPIPVDAKVGYGTSQ 770 780 790 800 810 820 820 830 840 850 860 pF1KSD VCN--PPSAACQT--P-LDPSTDFLNQDPSGSVASISHQEQLSSVPDLTHGEEDIGKRGN :. : .. .: : .: :::.: .: .: :.: . : . . . :. NP_066 SCSLLPSQVPFETRGPNVDSSTDMLVED---KVKSVSGPQG--------HHRSCLVNSGK 830 840 850 860 870 870 880 890 900 910 920 pF1KSD NRNGQLLENPRFGKMPLE--LVRKPISQSQISEFSFLGSNWDSFQGMVTSFPSGEATPRR .: : .: : : : ::..: : . . : :::. :. ..: .: . 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NP_066 QEVETLKKQVQELKSRLESQYLTSS-LHFNGDFGDEVTSIPDSESNLDQNCLSRCSTEIF 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 pF1KSD SEASWEPVDKKETEVTRWVPDHMASHCYNCDCEFWLAKRRHHCRNCGNVFCAGCCHLKLP :::::: :::..::.:::.:::.:.::: :: ::::.:.:::::::::::..::. :.: NP_066 SEASWEQVDKQDTEMTRWLPDHLAAHCYACDSAFWLASRKHHCRNCGNVFCSSCCNQKVP 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 pF1KSD IPDQQLYDPVLVCNSCYEHIQVSRARELMSQQLKKPIATASS .:.:::..: ::.::: .. . . .. .: ::::..:. 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XP_016 LELDKPIAATSN 1240 >>XP_005261863 (OMIM: 603558) PREDICTED: myotubularin-re (1207 aa) initn: 2839 init1: 1557 opt: 3740 Z-score: 3066.8 bits: 579.5 E(85289): 4.4e-164 Smith-Waterman score: 3757; 49.2% identity (71.1% similar) in 1251 aa overlap (1-1195:1-1207) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MGEEGPPSLEYIQAKDLFPPKELVKEEENLQVPFTVLQGEGVEFLGRAADALIAISNYRL : :: ::: :::...:: :.:..:.::::::: :.::..::.::: ::.::.::::: XP_005 MDEETRHSLECIQANQIFPRKQLIREDENLQVPFLELHGESTEFVGRAEDAIIALSNYRL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD HIKFKDSVINVPLRMIDSVESRDMFQLHISCKDSKVVRCHFSTFKQCQEWLSRLSRATAR :::::.:..::::..:.::: ::.::::..::: ::.::.::::.::::::.::. : XP_005 HIKFKESLVNVPLQLIESVECRDIFQLHLTCKDCKVIRCQFSTFEQCQEWLKRLNNAIRP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD PAKPEDLFAFAYHAWCLGL--TEEDQHTHLCQPGEHIRCRQEAELARMGFDVQNVWRVSH ::: ::::.:::::::. . .:..:: ::.::::. : . :. :::::..:.::.:. 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XP_005 WLDCVHQLQRQFPCSFEFNEAFLVKLVQHTYSCLFGTFLCNNAKERGEKHTQERTCSVWS 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KSD LLRAGNKNFHNFLYTPSSDMVLHPVCHVRALHLWTAVYLPASSPCTLGEENMDLYLSPVA ::::::: :.:.::. .:. ::.:::::: : ::.::::: :: : ... : .: . XP_005 LLRAGNKAFKNLLYSSQSEAVLYPVCHVRNLMLWSAVYLPCPSPTTPVDDSCAPYPAPGT 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KSD QSQEFSGRSLDRLPKTRSMDDLLSACDTSSPL-TRTSSDPNLNNHCQEVRVGLEPWHSNP . .. :.:::::::.:.: .:::.. :: .: :::.::.. :: : .:: XP_005 SPDD---PPLSRLPKTRSYDNLTTACDNTVPLASRRCSDPSLNEKWQEHRRSLELSSLAG 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KSD EGSETSFVDSGVGGPQQTVG--EVGLPPPLPSSQKDYLSNKPFKSHKSCS-PSYKLLNTA : . .:: .: : .. : :... . .: . . .. : ... :... .. XP_005 PGEDPLSADS-LGKPTRVPGGAELSVAAGVAEGQMENILQEATKEESGVEEPAHR---AG 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KSD VPREMKSNTSDPEIKVLEETKGPAPDPSAQDELGRTLDG-IGEPPEHCPETEAVSALSKV . :.. . :: .. .:.. .:. :: .: : .:. . . .:. XP_005 I--EIQEGKEDPLLE--KESRRKTPEASA---IGLHQDPELGDAALRSHLDMSWPLFSQG 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 pF1KSD ISNKCDGVCNFPESSQNSPTGTPQQAQP--------------DSMLGVPSKCVLDHSLST ::.. .:. . : : : : . : ...: .: . .. : XP_005 ISEQQSGLSVLLSSLQVPPRGEDSLEVPVEQFRIEEIAEGREEAVLPIPVDAKVGYGTSQ 770 780 790 800 810 820 820 830 840 850 860 pF1KSD VCN--PPSAACQT--P-LDPSTDFLNQDPSGSVASISHQEQLSSVPDLTHGEEDIGKRGN :. : .. .: : .: :::.: .: .: :.: . : . . . :. XP_005 SCSLLPSQVPFETRGPNVDSSTDMLVED---KVKSVSGPQG--------HHRSCLVNSGK 830 840 850 860 870 870 880 890 900 910 920 pF1KSD NRNGQLLENPRFGKMPLE--LVRKPISQSQISEFSFLGSNWDSFQGMVTSFPSGEATPRR .: : .: : : : ::..: : . . : :::. :. ..: .: . XP_005 DRLPQTME-PS----PSETSLVERPQVGSVVHRTS-LGSTL-SLTRSPCALPLAECK-EG 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 pF1KSD LLSYGC------CSKRP---NSKQMRAT--GPCFGGQWAQREGVKSPVCS--SHSNGHCT :. : :..: .. :: : : : .:. .. . : : : :..: XP_005 LVCNGAPETENRASEQPPGLSTLQMYPTPNGHCANGEAGRSKDSLSRQLSAMSCSSAHLH 930 940 950 960 970 980 980 990 1000 1010 1020 1030 pF1KSD GPGGKNQMWLSSHPKQVSSTKPVPLNCPSPVPPLYLDDDGLPFPTDVIQHRLRQIEAGYK . . ... :: :: : .: . :. .:::::. ::.::.::::::.:.. XP_005 SRNLHHK-WLHSH-----SGRPSATSSPDQPSRSHLDDDGMSVYTDTIQQRLRQIESGHQ 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 pF1KSD QEVEQLRRQVRELQMRLDIRHCCAPPAEPPMDYEDDFTCLKESDGSDTEDFGSDHSEDCL :::: :..::.::. ::. .. . . :. :. : . .:... .. : : . . 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XP_005 SSCCNQKVPVPSQQLFEPSRVCKSCYSSLHPTSSS--IDLELDKPIAATSN 1160 1170 1180 1190 1200 >>XP_016884517 (OMIM: 603558) PREDICTED: myotubularin-re (1253 aa) initn: 2835 init1: 1557 opt: 3736 Z-score: 3063.3 bits: 578.9 E(85289): 6.9e-164 Smith-Waterman score: 3753; 49.2% identity (71.1% similar) in 1251 aa overlap (1-1195:47-1253) 10 20 30 pF1KSD MGEEGPPSLEYIQAKDLFPPKELVKEEENL . :: ::: :::...:: :.:..:.::: XP_016 RISHLTLEWQLCKDFLVKPPSRKSSWDKLHLDEETRHSLECIQANQIFPRKQLIREDENL 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 pF1KSD QVPFTVLQGEGVEFLGRAADALIAISNYRLHIKFKDSVINVPLRMIDSVESRDMFQLHIS :::: :.::..::.::: ::.::.::::::::::.:..::::..:.::: ::.::::.. 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