Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0665
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0665, 756 aa
1>>>pF1KSDA0665 756 - 756 aa - 756 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2923+/-0.00111; mu= -5.4539+/- 0.067
mean_var=635.1497+/-128.252, 0's: 0 Z-trim(117.1): 15 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.050890
statistics sampled from 17824 (17834) to 17824 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.812), E-opt: 0.2 (0.548), width: 16
Scan time: 3.750
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32351.1 RAB11FIP3 gene_id:9727|Hs108|chr16 ( 756) 5091 389.0 1.5e-107
CCDS45364.1 RAB11FIP3 gene_id:9727|Hs108|chr16 ( 460) 2921 229.4 9.7e-60
CCDS76985.1 RAB11FIP4 gene_id:84440|Hs108|chr17 ( 535) 1095 95.5 2.4e-19
CCDS11267.1 RAB11FIP4 gene_id:84440|Hs108|chr17 ( 637) 1095 95.5 2.7e-19
>>CCDS32351.1 RAB11FIP3 gene_id:9727|Hs108|chr16 (756 aa)
initn: 5091 init1: 5091 opt: 5091 Z-score: 2044.6 bits: 389.0 E(32554): 1.5e-107
Smith-Waterman score: 5091; 100.0% identity (100.0% similar) in 756 aa overlap (1-756:1-756)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MASAPPASPPGSEPPGPDPEPGGPDGPGAAQLAPGPAELRLGAPVGGPDPQSPGLDEPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MASAPPASPPGSEPPGPDPEPGGPDGPGAAQLAPGPAELRLGAPVGGPDPQSPGLDEPAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GAAADGGARWSAGPAPGLEGGPRDPGPSAPPPRSGPRGQLASPDAPGPGPRSEAPLPELD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GAAADGGARWSAGPAPGLEGGPRDPGPSAPPPRSGPRGQLASPDAPGPGPRSEAPLPELD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PLFSWTEEPEECGPASCPESAPFRLQGSSSSHRARGEVDVFSPFPAPTAGELALEQGPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PLFSWTEEPEECGPASCPESAPFRLQGSSSSHRARGEVDVFSPFPAPTAGELALEQGPGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PPQPSDLSQTHPLPSEPVGSQEDGPRLRAVFDALDGDGDGFVRIEDFIQFATVYGAEQVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PPQPSDLSQTHPLPSEPVGSQEDGPRLRAVFDALDGDGDGFVRIEDFIQFATVYGAEQVK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DLTKYLDPSGLGVISFEDFYQGITAIRNGDPDGQCYGGVASAQDEEPLACPDEFDDFVTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DLTKYLDPSGLGVISFEDFYQGITAIRNGDPDGQCYGGVASAQDEEPLACPDEFDDFVTY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EANEVTDSAYMGSESTYSECETFTDEDTSTLVHPELQPEGDADSAGGSAVPSECLDAMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EANEVTDSAYMGSESTYSECETFTDEDTSTLVHPELQPEGDADSAGGSAVPSECLDAMEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PDHGALLLLPGRPHPHGQSVITVIGGEEHFEDYGEGSEAELSPETLCNGQLGCSDPAFLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PDHGALLLLPGRPHPHGQSVITVIGGEEHFEDYGEGSEAELSPETLCNGQLGCSDPAFLT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PSPTKRLSSKKVARYLHQSGALTMEALEDPSPELMEGPEEDIADKVVFLERRVLELEKDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PSPTKRLSSKKVARYLHQSGALTMEALEDPSPELMEGPEEDIADKVVFLERRVLELEKDT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AATGEQHSRLRQENLQLVHRANALEEQLKEQELRACEMVLEETRRQKELLCKMEREKSIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AATGEQHSRLRQENLQLVHRANALEEQLKEQELRACEMVLEETRRQKELLCKMEREKSIE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IENLQTRLQQLDEENSELRSCTPCLKANIERLEEEKQKLLDEIESLTLRLSEEQENKRRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IENLQTRLQQLDEENSELRSCTPCLKANIERLEEEKQKLLDEIESLTLRLSEEQENKRRM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD GDRLSHERHQFQRDKEATQELIEDLRKQLEHLQLLKLEAEQRRGRSSSMGLQEYHSRARE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GDRLSHERHQFQRDKEATQELIEDLRKQLEHLQLLKLEAEQRRGRSSSMGLQEYHSRARE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SELEQEVRRLKQDNRNLKEQNEELNGQIITLSIQGAKSLFSTAFSESLAAEISSVSRDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SELEQEVRRLKQDNRNLKEQNEELNGQIITLSIQGAKSLFSTAFSESLAAEISSVSRDEL
670 680 690 700 710 720
730 740 750
pF1KSD MEAIQKQEEINFRLQDYIDRIIVAIMETNPSILEVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MEAIQKQEEINFRLQDYIDRIIVAIMETNPSILEVK
730 740 750
>>CCDS45364.1 RAB11FIP3 gene_id:9727|Hs108|chr16 (460 aa)
initn: 2921 init1: 2921 opt: 2921 Z-score: 1186.0 bits: 229.4 E(32554): 9.7e-60
Smith-Waterman score: 2921; 99.8% identity (100.0% similar) in 456 aa overlap (301-756:5-460)
280 290 300 310 320 330
pF1KSD PDGQCYGGVASAQDEEPLACPDEFDDFVTYEANEVTDSAYMGSESTYSECETFTDEDTST
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MPFLKANEVTDSAYMGSESTYSECETFTDEDTST
10 20 30
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LVHPELQPEGDADSAGGSAVPSECLDAMEEPDHGALLLLPGRPHPHGQSVITVIGGEEHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LVHPELQPEGDADSAGGSAVPSECLDAMEEPDHGALLLLPGRPHPHGQSVITVIGGEEHF
40 50 60 70 80 90
400 410 420 430 440 450
pF1KSD EDYGEGSEAELSPETLCNGQLGCSDPAFLTPSPTKRLSSKKVARYLHQSGALTMEALEDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EDYGEGSEAELSPETLCNGQLGCSDPAFLTPSPTKRLSSKKVARYLHQSGALTMEALEDP
100 110 120 130 140 150
460 470 480 490 500 510
pF1KSD SPELMEGPEEDIADKVVFLERRVLELEKDTAATGEQHSRLRQENLQLVHRANALEEQLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SPELMEGPEEDIADKVVFLERRVLELEKDTAATGEQHSRLRQENLQLVHRANALEEQLKE
160 170 180 190 200 210
520 530 540 550 560 570
pF1KSD QELRACEMVLEETRRQKELLCKMEREKSIEIENLQTRLQQLDEENSELRSCTPCLKANIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QELRACEMVLEETRRQKELLCKMEREKSIEIENLQTRLQQLDEENSELRSCTPCLKANIE
220 230 240 250 260 270
580 590 600 610 620 630
pF1KSD RLEEEKQKLLDEIESLTLRLSEEQENKRRMGDRLSHERHQFQRDKEATQELIEDLRKQLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RLEEEKQKLLDEIESLTLRLSEEQENKRRMGDRLSHERHQFQRDKEATQELIEDLRKQLE
280 290 300 310 320 330
640 650 660 670 680 690
pF1KSD HLQLLKLEAEQRRGRSSSMGLQEYHSRARESELEQEVRRLKQDNRNLKEQNEELNGQIIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HLQLLKLEAEQRRGRSSSMGLQEYHSRARESELEQEVRRLKQDNRNLKEQNEELNGQIIT
340 350 360 370 380 390
700 710 720 730 740 750
pF1KSD LSIQGAKSLFSTAFSESLAAEISSVSRDELMEAIQKQEEINFRLQDYIDRIIVAIMETNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LSIQGAKSLFSTAFSESLAAEISSVSRDELMEAIQKQEEINFRLQDYIDRIIVAIMETNP
400 410 420 430 440 450
pF1KSD SILEVK
::::::
CCDS45 SILEVK
460
>>CCDS76985.1 RAB11FIP4 gene_id:84440|Hs108|chr17 (535 aa)
initn: 1252 init1: 619 opt: 1095 Z-score: 460.7 bits: 95.5 E(32554): 2.4e-19
Smith-Waterman score: 1114; 40.6% identity (68.2% similar) in 525 aa overlap (301-756:10-534)
280 290 300 310 320
pF1KSD PDGQCYGGVASAQDEEPLACPDEFDDFVTYEANEVTDSAYMGSESTYSECETFTD--EDT
...::: .. .: : : . :..
CCDS76 MRTPPALGSQGSEVTGPTFADGELIPREPGFFPEDEEEA
10 20 30
330 340 350 360 370
pF1KSD STLVHPELQPEGDADSA--------GGSAVPSEC---LDAMEEPDHGALLLLPGRPHPH-
::. :: : .:: :. . :.: : .. :. .:. :.
CCDS76 MTLAPPEGPQELYTDSPMESTQSLEGSVGSPAEKDGGLGGLFLPEDKSLVHTPSMTTSDL
40 50 60 70 80 90
380 390 400 410 420
pF1KSD -GQSVITVIGGEEHFEDYGEGSEAELSPETLCN---------GQLGCS--DPAFLTP---
.:. ..:..::.:::::::.... .: . : ..:: : . : ::
CCDS76 STHSTTSLISNEEQFEDYGEGDDVDCAPSSPCPDDETRTNVYSDLGSSVSSSAGQTPRKM
100 110 120 130 140 150
430 440
pF1KSD ------------------------------------SPTKRLSSKKVARYLHQSGALTME
::....:: .: : .:. ..
CCDS76 RHVYNSELLDVYCSQCCKKINLLNDLEARLKNLKANSPNRKISSTAFGRQLMHSSNFSSS
160 170 180 190 200 210
450 460 470 480 490 500
pF1KSD --ALEDPSPELMEGPEEDIADKVVFLERRVLELEKDTAATGEQHSRLRQENLQLVHRANA
. :: . ... ..::..:: :::..: :::.:. ..:. .:.:.::: :::::..
CCDS76 NGSTEDLFRDSIDSCDNDITEKVSFLEKKVTELENDSLTNGDLKSKLKQENTQLVHRVHE
220 230 240 250 260 270
510 520 530 540 550 560
pF1KSD LEEQLKEQELRACEMVLEETRRQKELLCKMEREKSIEIENLQTRLQQLDEENSELRSCTP
:::..:.:: : . . ::.::..: :.::::. :.: :..:.:::.:::.:::. .
CCDS76 LEEMVKDQETTAEQALEEEARRHREAYGKLEREKATEVELLNARVQQLEEENTELRTTVT
280 290 300 310 320 330
570 580 590 600 610 620
pF1KSD CLKANIERLEEEKQKLLDEIESLTLRLSEEQENKRRMGDRLSHERHQFQRDKEATQELIE
::.. :.:.::.:.. :..:. .:::..:.. .:: :.: ..: .::...::::::::
CCDS76 RLKSQTEKLDEERQRMSDRLEDTSLRLKDEMDLYKRMMDKLRQNRLEFQKEREATQELIE
340 350 360 370 380 390
630 640 650 660 670 680
pF1KSD DLRKQLEHLQLLKLEAEQR-RGRSSSMGLQEYHSRARESELEQEVRRLKQDNRNLKEQNE
::::.:::::. ::. :. ::::.: :: :...:::: :::.::.::::.: .:..::.
CCDS76 DLRKELEHLQMYKLDCERPGRGRSASSGLGEFNARAREVELEHEVKRLKQENYKLRDQND
400 410 420 430 440 450
690 700 710 720 730 740
pF1KSD ELNGQIITLSIQGAKSLFSTAF-SESLAAEISSVSRDELMEAIQKQEEINFRLQDYIDRI
.:::::..::. ::.::.. ..::::::...::::::::...::::::::..:.:.:
CCDS76 DLNGQILSLSLYEAKNLFAAQTKAQSLAAEIDTASRDELMEALKEQEEINFRLRQYMDKI
460 470 480 490 500 510
750
pF1KSD IVAIMETNPSILEVK
:.::.. ::::::.:
CCDS76 ILAILDHNPSILEIKH
520 530
>>CCDS11267.1 RAB11FIP4 gene_id:84440|Hs108|chr17 (637 aa)
initn: 1405 init1: 619 opt: 1095 Z-score: 459.8 bits: 95.5 E(32554): 2.7e-19
Smith-Waterman score: 1297; 39.9% identity (67.3% similar) in 621 aa overlap (206-756:20-636)
180 190 200 210 220 230
pF1KSD QGPGSPPQPSDLSQTHPLPSEPVGSQEDGPRLRAVFDALDGDGDGFVRIEDFIQFATVYG
::: ::.. : :::.:.: .. .:
CCDS11 MAGGAGWSGAPAALLRSVRRLREVFEVCGRDPDGFLRVERVAALGLRFG
10 20 30 40
240 250 260 270 280 290
pF1KSD -AEQVKDLTKYLDPSGLGVISFEDFYQGITAIRNGDPDGQCYGGVASAQDEEPLACPDEF
.:.:. :.:::::. :: :.:.:: .:. :... . . : :... : : :.
CCDS11 QGEEVEKLVKYLDPNDLGRINFKDFCRGVFAMKGCE---ELLKDVLSVESAGTLPCAPEI
50 60 70 80 90 100
300 310 320 330 340
pF1KSD DDFVTYEANEVTDSAYMGSESTYSECETFTD--EDTSTLVHPELQPEGDADSA-------
: : ...::: .. .: : : . :.. ::. :: : .::
CCDS11 PDCVE-QGSEVTGPTFADGELIPREPGFFPEDEEEAMTLAPPEGPQELYTDSPMESTQSL
110 120 130 140 150 160
350 360 370 380 390
pF1KSD -GGSAVPSEC---LDAMEEPDHGALLLLPGRPHPH--GQSVITVIGGEEHFEDYGEGSEA
:. . :.: : .. :. .:. :. .:. ..:..::.:::::::...
CCDS11 EGSVGSPAEKDGGLGGLFLPEDKSLVHTPSMTTSDLSTHSTTSLISNEEQFEDYGEGDDV
170 180 190 200 210 220
400 410 420
pF1KSD ELSPETLCN---------GQLGCS--DPAFLTP---------------------------
. .: . : ..:: : . : ::
CCDS11 DCAPSSPCPDDETRTNVYSDLGSSVSSSAGQTPRKMRHVYNSELLDVYCSQCCKKINLLN
230 240 250 260 270 280
430 440 450 460
pF1KSD ------------SPTKRLSSKKVARYLHQSGALTME--ALEDPSPELMEGPEEDIADKVV
::....:: .: : .:. .. . :: . ... ..::..::
CCDS11 DLEARLKNLKANSPNRKISSTAFGRQLMHSSNFSSSNGSTEDLFRDSIDSCDNDITEKVS
290 300 310 320 330 340
470 480 490 500 510 520
pF1KSD FLERRVLELEKDTAATGEQHSRLRQENLQLVHRANALEEQLKEQELRACEMVLEETRRQK
:::..: :::.:. ..:. .:.:.::: :::::.. :::..:.:: : . . ::.::..
CCDS11 FLEKKVTELENDSLTNGDLKSKLKQENTQLVHRVHELEEMVKDQETTAEQALEEEARRHR
350 360 370 380 390 400
530 540 550 560 570 580
pF1KSD ELLCKMEREKSIEIENLQTRLQQLDEENSELRSCTPCLKANIERLEEEKQKLLDEIESLT
: :.::::. :.: :..:.:::.:::.:::. . ::.. :.:.::.:.. :..:. .
CCDS11 EAYGKLEREKATEVELLNARVQQLEEENTELRTTVTRLKSQTEKLDEERQRMSDRLEDTS
410 420 430 440 450 460
590 600 610 620 630 640
pF1KSD LRLSEEQENKRRMGDRLSHERHQFQRDKEATQELIEDLRKQLEHLQLLKLEAEQR-RGRS
:::..:.. .:: :.: ..: .::...::::::::::::.:::::. ::. :. ::::
CCDS11 LRLKDEMDLYKRMMDKLRQNRLEFQKEREATQELIEDLRKELEHLQMYKLDCERPGRGRS
470 480 490 500 510 520
650 660 670 680 690 700
pF1KSD SSMGLQEYHSRARESELEQEVRRLKQDNRNLKEQNEELNGQIITLSIQGAKSLFSTAF-S
.: :: :...:::: :::.::.::::.: .:..::..:::::..::. ::.::.. .
CCDS11 ASSGLGEFNARAREVELEHEVKRLKQENYKLRDQNDDLNGQILSLSLYEAKNLFAAQTKA
530 540 550 560 570 580
710 720 730 740 750
pF1KSD ESLAAEISSVSRDELMEAIQKQEEINFRLQDYIDRIIVAIMETNPSILEVK
.::::::...::::::::...::::::::..:.:.::.::.. ::::::.:
CCDS11 QSLAAEIDTASRDELMEALKEQEEINFRLRQYMDKIILAILDHNPSILEIKH
590 600 610 620 630
756 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 02:36:27 2016 done: Thu Nov 3 02:36:28 2016
Total Scan time: 3.750 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]