Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0723
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0723, 847 aa
  1>>>pF1KSDA0723 847 - 847 aa - 847 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1349+/-0.000403; mu= 9.2905+/- 0.025
 mean_var=191.5859+/-38.858, 0's: 0 Z-trim(119.4): 69  B-trim: 1155 in 1/56
 Lambda= 0.092660
 statistics sampled from 33214 (33287) to 33214 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.39), width:  16
 Scan time: 12.540

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_061322 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a ( 847) 5688 773.4       0
NP_001181884 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 847) 5688 773.4       0
NP_954659 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a ( 847) 5688 773.4       0
NP_001181883 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 847) 5688 773.4       0
NP_001181885 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 559) 3630 498.2 4.4e-140
NP_001269207 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 509) 3366 462.9 1.7e-129
XP_016871593 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1099)  262 48.2 0.00025
XP_011537999 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1099)  262 48.2 0.00025
XP_016871592 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1172)  262 48.2 0.00026
NP_001127835 (OMIM: 613171,613172) RNA-binding pro (1227)  262 48.2 0.00027


>>NP_061322 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a [Ho  (847 aa)
 initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688  Z-score: 4120.4  bits: 773.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
              790       800       810       820       830       840

              
pF1KSD RRQKKET
       :::::::
NP_061 RRQKKET
              

>>NP_001181884 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a   (847 aa)
 initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688  Z-score: 4120.4  bits: 773.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
              790       800       810       820       830       840

              
pF1KSD RRQKKET
       :::::::
NP_001 RRQKKET
              

>>NP_954659 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a [Ho  (847 aa)
 initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688  Z-score: 4120.4  bits: 773.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
              790       800       810       820       830       840

              
pF1KSD RRQKKET
       :::::::
NP_954 RRQKKET
              

>>NP_001181883 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a   (847 aa)
 initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688  Z-score: 4120.4  bits: 773.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE
              790       800       810       820       830       840

              
pF1KSD RRQKKET
       :::::::
NP_001 RRQKKET
              

>>NP_001181885 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform b   (559 aa)
 initn: 3630 init1: 3630 opt: 3630  Z-score: 2636.0  bits: 498.2 E(85289): 4.4e-140
Smith-Waterman score: 3630; 99.1% identity (99.6% similar) in 549 aa overlap (299-847:11-559)

      270       280       290       300       310       320        
pF1KSD KRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPE
                                     : .. .::::::::::::::::::::::::
NP_001                     MLGAQWRRNQPSRAAEEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPE
                                   10        20        30        40

      330       340       350       360       370       380        
pF1KSD WNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRH
               50        60        70        80        90       100

      390       400       410       420       430       440        
pF1KSD MQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQ
              110       120       130       140       150       160

      450       460       470       480       490       500        
pF1KSD AAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGY
              170       180       190       200       210       220

      510       520       530       540       550       560        
pF1KSD SDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDL
              230       240       250       260       270       280

      570       580       590       600       610       620        
pF1KSD SEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQE
              290       300       310       320       330       340

      630       640       650       660       670       680        
pF1KSD EKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVA
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pF1KSD SDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESS
              410       420       430       440       450       460

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pF1KSD ENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSL
              470       480       490       500       510       520

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pF1KSD FYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
              530       540       550         

>>NP_001269207 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform c   (509 aa)
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Smith-Waterman score: 3366; 100.0% identity (100.0% similar) in 509 aa overlap (339-847:1-509)

      310       320       330       340       350       360        
pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGP
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                               MGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGP
                                             10        20        30

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pF1KSD AVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNH
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pF1KSD LILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKF
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pF1KSD DQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAM
              160       170       180       190       200       210

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pF1KSD VDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDK
              220       230       240       250       260       270

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pF1KSD KSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAAL
              280       290       300       310       320       330

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pF1KSD LESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENE
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pF1KSD AALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNV
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pF1KSD PVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET
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>>XP_016871593 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA-bind  (1099 aa)
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Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:221-758)

           200       210       220       230           240         
pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE
                                     : : :.  .:    :: :. ... . :   
XP_016 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF---
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pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ
          .: :    ....:.  .   :  . ...::::. :   ::.:::::  : . :.:  
XP_016 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL
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pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP--
       :..:  :...: .. :   . .     : . :      .::   :::      . ::   
XP_016 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY
             310          320       330       340       350        

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pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL
        : :  ::  ..:.  : ...:.  .. .:          ..::::: .. .:.  . ..
XP_016 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV
      360       370        380                 390       400       

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pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK
       ..:  ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.::    :.. :. . ...:..::
XP_016 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK
       410       420       430       440       450       460       

           480       490       500       510       520         530 
pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM
         ..::: ::    . :       :: :.  .. . ..      .: ..  ..  .  : 
XP_016 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS
       470        480              490       500       510         

             540       550       560       570       580       590 
pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK
       .. .:    . ..  .      ..: : .::  . . :   ..   : :    :     .
XP_016 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR
     520       530            540        550       560       570   

             600       610       620       630              640    
pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT
       .:   .. : :. :  . .:.. ... :..   .:.  .::        .. :. .:   
XP_016 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY
           580        590       600       610       620       630  

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pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA
       ..::.    . :. : ....: .     :   ::. : .      :  ::..   :.   
XP_016 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR
               640       650           660       670       680     

     700       710       720        730       740       750        
pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT
       . . ..:.   :.: :..:. .:  :...: .. ..  ..:. :   :: ...   .:. 
XP_016 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE-
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pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN
       .: .: .. ..: .                                              
XP_016 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI
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>--
 initn: 326 init1: 260 opt: 288  Z-score: 217.5  bits: 51.7 E(85289): 2.2e-05
Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:874-1078)

       630       640       650       660       670         680     
pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG
                                     : .: :.  :  :.: :. :    .    :
XP_016 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG
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pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA
         .:: .  :. . ...   :   :..    ::  .     ...: : :   ::.. :  
XP_016 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI
           910       920       930       940       950        960  

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pF1KSD ESS-ENADDPNKDTSENA---DGQSDENKD-DYT---IPDEYRIGPYQP-------NVPV
       :.. .:    .  : ::.   . .: : .. .::   . .   .  ..:       ..:.
XP_016 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL
            970       980       990      1000      1010      1020  

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pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET   
       :...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: :  ::..:.:.:..::::  .. :    
XP_016 GVEFVVPRTGFYCKLCGLFYTSEETAKMSHCRSAVHYRNLQKYLSQLAEEGLKETEGADS
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XP_016 PRPEDSGIVPRFERKKL
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>>XP_011537999 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA-bind  (1099 aa)
 initn: 729 init1: 260 opt: 262  Z-score: 198.8  bits: 48.2 E(85289): 0.00025
Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:221-758)

           200       210       220       230           240         
pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE
                                     : : :.  .:    :: :. ... . :   
XP_011 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF---
              200       210       220       230       240          

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pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ
          .: :    ....:.  .   :  . ...::::. :   ::.:::::  : . :.:  
XP_011 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL
          250       260          270       280       290       300 

      310       320       330       340          350               
pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP--
       :..:  :...: .. :   . .     : . :      .::   :::      . ::   
XP_011 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY
             310          320       330       340       350        

       360         370       380       390       400       410     
pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL
        : :  ::  ..:.  : ...:.  .. .:          ..::::: .. .:.  . ..
XP_011 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV
      360       370        380                 390       400       

         420       430       440       450       460       470     
pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK
       ..:  ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.::    :.. :. . ...:..::
XP_011 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK
       410       420       430       440       450       460       

           480       490       500       510       520         530 
pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM
         ..::: ::    . :       :: :.  .. . ..      .: ..  ..  .  : 
XP_011 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS
       470        480              490       500       510         

             540       550       560       570       580       590 
pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK
       .. .:    . ..  .      ..: : .::  . . :   ..   : :    :     .
XP_011 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR
     520       530            540        550       560       570   

             600       610       620       630              640    
pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT
       .:   .. : :. :  . .:.. ... :..   .:.  .::        .. :. .:   
XP_011 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY
           580        590       600       610       620       630  

          650       660       670       680       690              
pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA
       ..::.    . :. : ....: .     :   ::. : .      :  ::..   :.   
XP_011 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR
               640       650           660       670       680     

     700       710       720        730       740       750        
pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT
       . . ..:.   :.: :..:. .:  :...: .. ..  ..:. :   :: ...   .:. 
XP_011 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE-
         690       700       710       720       730       740     

      760       770       780       790       800       810        
pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN
       .: .: .. ..: .                                              
XP_011 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI
          750       760       770       780       790       800    

>--
 initn: 326 init1: 260 opt: 288  Z-score: 217.5  bits: 51.7 E(85289): 2.2e-05
Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:874-1078)

       630       640       650       660       670         680     
pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG
                                     : .: :.  :  :.: :. :    .    :
XP_011 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG
           850       860       870       880       890       900   

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pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA
         .:: .  :. . ...   :   :..    ::  .     ...: : :   ::.. :  
XP_011 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI
           910       920       930       940       950        960  

          750       760          770           780              790
pF1KSD ESS-ENADDPNKDTSENA---DGQSDENKD-DYT---IPDEYRIGPYQP-------NVPV
       :.. .:    .  : ::.   . .: : .. .::   . .   .  ..:       ..:.
XP_011 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL
            970       980       990      1000      1010      1020  

              800       810       820       830       840          
pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET   
       :...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: :  ::..:.:.:..::::  .. :    
XP_011 GVEFVVPRTGFYCKLCGLFYTSEETAKMSHCRSAVHYRNLQKYLSQLAEEGLKETEGADS
           1030      1040      1050      1060      1070      1080  

XP_011 PRPEDSGIVPRFERKKL
           1090         

>>XP_016871592 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA-bind  (1172 aa)
 initn: 700 init1: 260 opt: 262  Z-score: 198.4  bits: 48.2 E(85289): 0.00026
Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:294-831)

           200       210       220       230           240         
pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE
                                     : : :.  .:    :: :. ... . :   
XP_016 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF---
           270       280       290       300       310       320   

     250       260       270        280       290       300        
pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ
          .: :    ....:.  .   :  . ...::::. :   ::.:::::  : . :.:  
XP_016 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL
                 330          340       350       360       370    

      310       320       330       340          350               
pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP--
       :..:  :...: .. :   . .     : . :      .::   :::      . ::   
XP_016 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY
          380       390          400       410       420       430 

       360         370       380       390       400       410     
pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL
        : :  ::  ..:.  : ...:.  .. .:          ..::::: .. .:.  . ..
XP_016 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV
             440        450       460                 470       480

         420       430       440       450       460       470     
pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK
       ..:  ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.::    :.. :. . ...:..::
XP_016 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK
              490       500       510       520       530       540

           480       490       500       510       520         530 
pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM
         ..::: ::    . :       :: :.  .. . ..      .: ..  ..  .  : 
XP_016 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS
               550              560       570       580       590  

             540       550       560       570       580       590 
pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK
       .. .:    . ..  .      ..: : .::  . . :   ..   : :    :     .
XP_016 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR
            600            610        620       630       640      

             600       610       620       630              640    
pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT
       .:   .. : :. :  . .:.. ... :..   .:.  .::        .. :. .:   
XP_016 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY
        650       660        670       680       690       700     

          650       660       670       680       690              
pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA
       ..::.    . :. : ....: .     :   ::. : .      :  ::..   :.   
XP_016 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR
         710          720           730       740       750        

     700       710       720        730       740       750        
pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT
       . . ..:.   :.: :..:. .:  :...: .. ..  ..:. :   :: ...   .:. 
XP_016 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE-
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      760       770       780       790       800       810        
pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN
       .: .: .. ..: .                                              
XP_016 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI
       820       830       840       850       860       870       

>--
 initn: 326 init1: 260 opt: 288  Z-score: 217.2  bits: 51.7 E(85289): 2.3e-05
Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:947-1151)

       630       640       650       660       670         680     
pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG
                                     : .: :.  :  :.: :. :    .    :
XP_016 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG
        920       930       940       950       960       970      

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pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA
         .:: .  :. . ...   :   :..    ::  .     ...: : :   ::.. :  
XP_016 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI
        980       990      1000      1010      1020       1030     

          750       760          770           780              790
pF1KSD ESS-ENADDPNKDTSENA---DGQSDENKD-DYT---IPDEYRIGPYQP-------NVPV
       :.. .:    .  : ::.   . .: : .. .::   . .   .  ..:       ..:.
XP_016 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL
        1040      1050      1060      1070      1080      1090     

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pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET   
       :...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: :  ::..:.:.:..::::  .. :    
XP_016 GVEFVVPRTGFYCKLCGLFYTSEETAKMSHCRSAVHYRNLQKYLSQLAEEGLKETEGADS
        1100      1110      1120      1130      1140      1150     

XP_016 PRPEDSGIVPRFERKKL
        1160      1170  

>>NP_001127835 (OMIM: 613171,613172) RNA-binding protein  (1227 aa)
 initn: 700 init1: 260 opt: 262  Z-score: 198.1  bits: 48.2 E(85289): 0.00027
Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:349-886)

           200       210       220       230           240         
pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE
                                     : : :.  .:    :: :. ... . :   
NP_001 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF---
      320       330       340       350       360       370        

     250       260       270        280       290       300        
pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ
          .: :    ....:.  .   :  . ...::::. :   ::.:::::  : . :.:  
NP_001 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL
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pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP--
       :..:  :...: .. :   . .     : . :      .::   :::      . ::   
NP_001 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY
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pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL
        : :  ::  ..:.  : ...:.  .. .:          ..::::: .. .:.  . ..
NP_001 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV
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pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK
       ..:  ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.::    :.. :. . ...:..::
NP_001 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK
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pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM
         ..::: ::    . :       :: :.  .. . ..      .: ..  ..  .  : 
NP_001 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS
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pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK
       .. .:    . ..  .      ..: : .::  . . :   ..   : :    :     .
NP_001 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR
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pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT
       .:   .. : :. :  . .:.. ... :..   .:.  .::        .. :. .:   
NP_001 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY
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pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA
       ..::.    . :. : ....: .     :   ::. : .      :  ::..   :.   
NP_001 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR
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pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT
       . . ..:.   :.: :..:. .:  :...: .. ..  ..:. :   :: ...   .:. 
NP_001 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE-
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pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN
       .: .: .. ..: .                                              
NP_001 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI
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>--
 initn: 326 init1: 260 opt: 288  Z-score: 216.9  bits: 51.7 E(85289): 2.4e-05
Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:1002-1206)

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pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG
                                     : .: :.  :  :.: :. :    .    :
NP_001 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG
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pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA
         .:: .  :. . ...   :   :..    ::  .     ...: : :   ::.. :  
NP_001 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI
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       :.. .:    .  : ::.   . .: : .. .::   . .   .  ..:       ..:.
NP_001 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL
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pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET   
       :...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: :  ::..:.:.:..::::  .. :    
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847 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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