FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0723, 847 aa 1>>>pF1KSDA0723 847 - 847 aa - 847 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1349+/-0.000403; mu= 9.2905+/- 0.025 mean_var=191.5859+/-38.858, 0's: 0 Z-trim(119.4): 69 B-trim: 1155 in 1/56 Lambda= 0.092660 statistics sampled from 33214 (33287) to 33214 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16 Scan time: 12.540 The best scores are: opt bits E(85289) NP_061322 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a ( 847) 5688 773.4 0 NP_001181884 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 847) 5688 773.4 0 NP_954659 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a ( 847) 5688 773.4 0 NP_001181883 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 847) 5688 773.4 0 NP_001181885 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 559) 3630 498.2 4.4e-140 NP_001269207 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isofor ( 509) 3366 462.9 1.7e-129 XP_016871593 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1099) 262 48.2 0.00025 XP_011537999 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1099) 262 48.2 0.00025 XP_016871592 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA- (1172) 262 48.2 0.00026 NP_001127835 (OMIM: 613171,613172) RNA-binding pro (1227) 262 48.2 0.00027 >>NP_061322 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a [Ho (847 aa) initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688 Z-score: 4120.4 bits: 773.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_061 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE 790 800 810 820 830 840 pF1KSD RRQKKET ::::::: NP_061 RRQKKET >>NP_001181884 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a (847 aa) initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688 Z-score: 4120.4 bits: 773.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE 790 800 810 820 830 840 pF1KSD RRQKKET ::::::: NP_001 RRQKKET >>NP_954659 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a [Ho (847 aa) initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688 Z-score: 4120.4 bits: 773.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_954 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE 790 800 810 820 830 840 pF1KSD RRQKKET ::::::: NP_954 RRQKKET >>NP_001181883 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform a (847 aa) initn: 5688 init1: 5688 opt: 5688 Z-score: 4120.4 bits: 773.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5688; 100.0% identity (100.0% similar) in 847 aa overlap (1-847:1-847) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MSKSFQQSSLSRDSQGHGRDLSAAGIGLLAAATQSLSMPASLGRMNQGTARLASLMNLGM 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SSSLNQQGAHSALSSASTSSHNLQSIFNIGSRGPLPLSSQHRGDADQASNILASFGLSAR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DLDELSRYPEDKITPENLPQILLQLKRRRTEEGPTLSYGRDGRSATREPPYRVPRDDWEE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 KRHFRRDSFDDRGPSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDDSFFGETS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 HNYHKFDSEYERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KSD HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 HSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KSD PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVE 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KSD PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKP 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KSD EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEME 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KSD TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPD 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KSD GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLV 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KSD DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKI 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KSD EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYR 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KSD IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEE 790 800 810 820 830 840 pF1KSD RRQKKET ::::::: NP_001 RRQKKET >>NP_001181885 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform b (559 aa) initn: 3630 init1: 3630 opt: 3630 Z-score: 2636.0 bits: 498.2 E(85289): 4.4e-140 Smith-Waterman score: 3630; 99.1% identity (99.6% similar) in 549 aa overlap (299-847:11-559) 270 280 290 300 310 320 pF1KSD KRGAPPSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPE : .. .:::::::::::::::::::::::: NP_001 MLGAQWRRNQPSRAAEEWSQHINGASHSRRCQLLLEIYPE 10 20 30 40 330 340 350 360 370 380 pF1KSD WNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 WNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRH 50 60 70 80 90 100 390 400 410 420 430 440 pF1KSD MQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQ 110 120 130 140 150 160 450 460 470 480 490 500 pF1KSD AAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 AAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGY 170 180 190 200 210 220 510 520 530 540 550 560 pF1KSD SDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDL 230 240 250 260 270 280 570 580 590 600 610 620 pF1KSD SEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQE 290 300 310 320 330 340 630 640 650 660 670 680 pF1KSD EKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVA 350 360 370 380 390 400 690 700 710 720 730 740 pF1KSD SDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGAESS 410 420 430 440 450 460 750 760 770 780 790 800 pF1KSD ENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSL 470 480 490 500 510 520 810 820 830 840 pF1KSD FYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 FYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET 530 540 550 >>NP_001269207 (OMIM: 164015,606070) matrin-3 isoform c (509 aa) initn: 3366 init1: 3366 opt: 3366 Z-score: 2445.8 bits: 462.9 E(85289): 1.7e-129 Smith-Waterman score: 3366; 100.0% identity (100.0% similar) in 509 aa overlap (339-847:1-509) 310 320 330 340 350 360 pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGP :::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MGDPFMLQQSTNPAPGILGPPPPSFHLGGP 10 20 30 370 380 390 400 410 420 pF1KSD AVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 AVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQLLQLVEPFGVISNH 40 50 60 70 80 90 430 440 450 460 470 480 pF1KSD LILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYKRIKKPEGKPDQKF 100 110 120 130 140 150 490 500 510 520 530 540 pF1KSD DQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGKIKNYILMRMKSQAFIEMETREDAMAM 160 170 180 190 200 210 550 560 570 580 590 600 pF1KSD VDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDKSRKRSYSPDGKESPSDK 220 230 240 250 260 270 610 620 630 640 650 660 pF1KSD KSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 KSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAAL 280 290 300 310 320 330 670 680 690 700 710 720 pF1KSD LESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LESGSSVGDETDLANLGDVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENE 340 350 360 370 380 390 730 740 750 760 770 780 pF1KSD AALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 AALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDTSENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNV 400 410 420 430 440 450 790 800 810 820 830 840 pF1KSD PVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET 460 470 480 490 500 >>XP_016871593 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA-bind (1099 aa) initn: 729 init1: 260 opt: 262 Z-score: 198.8 bits: 48.2 E(85289): 0.00025 Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:221-758) 200 210 220 230 240 pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE : : :. .: :: :. ... . : XP_016 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF--- 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ .: : ....:. . : . ...::::. : ::.::::: : . :.: XP_016 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP-- :..: :...: .. : . . : . : .:: ::: . :: XP_016 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL : : :: ..:. : ...:. .. .: ..::::: .. .:. . .. XP_016 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK ..: ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.:: :.. :. . ...:..:: XP_016 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM ..::: :: . : :: :. .. . .. .: .. .. . : XP_016 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK .. .: . .. . ..: : .:: . . : .. : : : . XP_016 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT .: .. : :. : . .:.. ... :.. .:. .:: .. :. .: XP_016 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY 580 590 600 610 620 630 650 660 670 680 690 pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA ..::. . :. : ....: . : ::. : . : ::.. :. XP_016 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR 640 650 660 670 680 700 710 720 730 740 750 pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT . . ..:. :.: :..:. .: :...: .. .. ..:. : :: ... .:. XP_016 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE- 690 700 710 720 730 740 760 770 780 790 800 810 pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN .: .: .. ..: . XP_016 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI 750 760 770 780 790 800 >-- initn: 326 init1: 260 opt: 288 Z-score: 217.5 bits: 51.7 E(85289): 2.2e-05 Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:874-1078) 630 640 650 660 670 680 pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG : .: :. : :.: :. : . : XP_016 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG 850 860 870 880 890 900 690 700 710 720 730 740 pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA .:: . :. . ... : :.. :: . ...: : : ::.. : XP_016 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI 910 920 930 940 950 960 750 760 770 780 790 pF1KSD ESS-ENADDPNKDTSENA---DGQSDENKD-DYT---IPDEYRIGPYQP-------NVPV :.. .: . : ::. . .: : .. .:: . . . ..: ..:. XP_016 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL 970 980 990 1000 1010 1020 800 810 820 830 840 pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET :...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: : ::..:.:.:..:::: .. : XP_016 GVEFVVPRTGFYCKLCGLFYTSEETAKMSHCRSAVHYRNLQKYLSQLAEEGLKETEGADS 1030 1040 1050 1060 1070 1080 XP_016 PRPEDSGIVPRFERKKL 1090 >>XP_011537999 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA-bind (1099 aa) initn: 729 init1: 260 opt: 262 Z-score: 198.8 bits: 48.2 E(85289): 0.00025 Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:221-758) 200 210 220 230 240 pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE : : :. .: :: :. ... . : XP_011 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF--- 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ .: : ....:. . : . ...::::. : ::.::::: : . :.: XP_011 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP-- :..: :...: .. : . . : . : .:: ::: . :: XP_011 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL : : :: ..:. : ...:. .. .: ..::::: .. .:. . .. XP_011 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK ..: ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.:: :.. :. . ...:..:: XP_011 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM ..::: :: . : :: :. .. . .. .: .. .. . : XP_011 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK .. .: . .. . ..: : .:: . . : .. : : : . XP_011 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT .: .. : :. : . .:.. ... :.. .:. .:: .. :. .: XP_011 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY 580 590 600 610 620 630 650 660 670 680 690 pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA ..::. . :. : ....: . : ::. : . : ::.. :. XP_011 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR 640 650 660 670 680 700 710 720 730 740 750 pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT . . ..:. :.: :..:. .: :...: .. .. ..:. : :: ... .:. XP_011 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE- 690 700 710 720 730 740 760 770 780 790 800 810 pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN .: .: .. ..: . XP_011 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI 750 760 770 780 790 800 >-- initn: 326 init1: 260 opt: 288 Z-score: 217.5 bits: 51.7 E(85289): 2.2e-05 Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:874-1078) 630 640 650 660 670 680 pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG : .: :. : :.: :. : . : XP_011 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG 850 860 870 880 890 900 690 700 710 720 730 740 pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA .:: . :. . ... : :.. :: . ...: : : ::.. : XP_011 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI 910 920 930 940 950 960 750 760 770 780 790 pF1KSD ESS-ENADDPNKDTSENA---DGQSDENKD-DYT---IPDEYRIGPYQP-------NVPV :.. .: . : ::. . .: : .. .:: . . . ..: ..:. XP_011 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL 970 980 990 1000 1010 1020 800 810 820 830 840 pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET :...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: : ::..:.:.:..:::: .. : XP_011 GVEFVVPRTGFYCKLCGLFYTSEETAKMSHCRSAVHYRNLQKYLSQLAEEGLKETEGADS 1030 1040 1050 1060 1070 1080 XP_011 PRPEDSGIVPRFERKKL 1090 >>XP_016871592 (OMIM: 613171,613172) PREDICTED: RNA-bind (1172 aa) initn: 700 init1: 260 opt: 262 Z-score: 198.4 bits: 48.2 E(85289): 0.00026 Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:294-831) 200 210 220 230 240 pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE : : :. .: :: :. ... . : XP_016 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF--- 270 280 290 300 310 320 250 260 270 280 290 300 pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ .: : ....:. . : . ...::::. : ::.::::: : . :.: XP_016 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL 330 340 350 360 370 310 320 330 340 350 pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP-- :..: :...: .. : . . : . : .:: ::: . :: XP_016 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY 380 390 400 410 420 430 360 370 380 390 400 410 pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL : : :: ..:. : ...:. .. .: ..::::: .. .:. . .. XP_016 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV 440 450 460 470 480 420 430 440 450 460 470 pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK ..: ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.:: :.. :. . ...:..:: XP_016 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK 490 500 510 520 530 540 480 490 500 510 520 530 pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM ..::: :: . : :: :. .. . .. .: .. .. . : XP_016 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS 550 560 570 580 590 540 550 560 570 580 590 pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK .. .: . .. . ..: : .:: . . : .. : : : . XP_016 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR 600 610 620 630 640 600 610 620 630 640 pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT .: .. : :. : . .:.. ... :.. .:. .:: .. :. .: XP_016 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY 650 660 670 680 690 700 650 660 670 680 690 pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA ..::. . :. : ....: . : ::. : . : ::.. :. XP_016 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR 710 720 730 740 750 700 710 720 730 740 750 pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT . . ..:. :.: :..:. .: :...: .. .. ..:. : :: ... .:. XP_016 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE- 760 770 780 790 800 810 760 770 780 790 800 810 pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN .: .: .. ..: . XP_016 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI 820 830 840 850 860 870 >-- initn: 326 init1: 260 opt: 288 Z-score: 217.2 bits: 51.7 E(85289): 2.3e-05 Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:947-1151) 630 640 650 660 670 680 pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG : .: :. : :.: :. : . : XP_016 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG 920 930 940 950 960 970 690 700 710 720 730 740 pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA .:: . :. . ... : :.. :: . ...: : : ::.. : XP_016 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI 980 990 1000 1010 1020 1030 750 760 770 780 790 pF1KSD ESS-ENADDPNKDTSENA---DGQSDENKD-DYT---IPDEYRIGPYQP-------NVPV :.. .: . : ::. . .: : .. .:: . . . ..: ..:. XP_016 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL 1040 1050 1060 1070 1080 1090 800 810 820 830 840 pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET :...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: : ::..:.:.:..:::: .. : XP_016 GVEFVVPRTGFYCKLCGLFYTSEETAKMSHCRSAVHYRNLQKYLSQLAEEGLKETEGADS 1100 1110 1120 1130 1140 1150 XP_016 PRPEDSGIVPRFERKKL 1160 1170 >>NP_001127835 (OMIM: 613171,613172) RNA-binding protein (1227 aa) initn: 700 init1: 260 opt: 262 Z-score: 198.1 bits: 48.2 E(85289): 0.00027 Smith-Waterman score: 385; 23.8% identity (53.3% similar) in 584 aa overlap (224-772:349-886) 200 210 220 230 240 pF1KSD PSLNPVLDYDHGSRSQESGYYDRMDYEDDRLRDGERCRDD----SFFGETSHNYHKFDSE : : :. .: :: :. ... . : NP_001 WESPHGFSGQSKPDLTAGPMWPPPHNQPYELYDPEEPTSDRTPPSFGGRLNNSKQGF--- 320 330 340 350 360 370 250 260 270 280 290 300 pF1KSD YERMGRGPGPLQERSLFEKKRGAP-PSSNIEDFHGLLPKGYPHLCSICDLPVHSNKEWSQ .: : ....:. . : . ...::::. : ::.::::: : . :.: NP_001 ---IGAGRRAKEDQALLSVR---PLQAHELNDFHGVAPLHLPHICSICDKKVFDLKDWEL 380 390 400 410 420 310 320 330 340 350 pF1KSD HINGASHSRRCQLLLEIYPEWNPDNDTGHTMGDPFMLQQST---NPA-----PGILGP-- :..: :...: .. : . . : . : .:: ::: . :: NP_001 HVKGKLHAQKCLVFSE---NAGIRCILGSAEGTLCASPNSTAVYNPAGNEDYASNLGTSY 430 440 450 460 470 480 360 370 380 390 400 410 pF1KSD -PPP--SFHLGGPAVGPRGNLGAGNGNLQGPRHMQKGRVETSRVVHIMDFQRGKNLRYQL : : :: ..:. : ...:. .. .: ..::::: .. .:. . .. NP_001 VPIPARSFTQSSPTF-PLASVGTTFAQRKG----------AGRVVHICNLPEGSCTENDV 490 500 510 520 530 420 430 440 450 460 470 pF1KSD LQLVEPFGVISNHLILNKINEAFIEMATTEDAQAAVDYYTTTPALVFGKPVRVHLSQKYK ..: ::: ..:...... :.::.::: :: ::: :.:: :.. :. . ...:..:: NP_001 INLGLPFGKVTNYILMKSTNQAFLEMAYTEAAQAMVQYYQEKSAVINGEKLLIRMSKRYK 540 550 560 570 580 590 480 490 500 510 520 530 pF1KSD --RIKKPEGKPDQKFDQKQELGRVIHLSNLPHSGYSDSAVLKLAEPYGK--IKNYILMRM ..::: :: . : :: :. .. . .. .: .. .. . : NP_001 ELQLKKP-GKAVAAIIQD------IH-SQRERDMFREADRYGPERPRSRSPVSRSLSPRS 600 610 620 630 640 540 550 560 570 580 590 pF1KSD KSQAFIEMETREDAMAMVDHCLKKALWFQGRCVKVDLSEKYKKLVLRIPNRGIDLLKKDK .. .: . .. . ..: : .:: . . : .. : : : . NP_001 HTPSFTSCSSSHSPPGP-----SRADWGNGRD-SWEHSPYARREEERDPAPWRDNGDDKR 650 660 670 680 690 700 600 610 620 630 640 pF1KSD SRKRSYSPDGKESPSDKKSKTDGSQKTESSTEGKEQEEKSGE-------DGEKDTKDDQT .: .. : :. : . .:.. ... :.. .:. .:: .. :. .: NP_001 DRMDPWAHDRKHHPR-QLDKAELDERPEGGRPHREKYPRSGSPNLPHSVSSYKSREDGYY 710 720 730 740 750 760 650 660 670 680 690 pF1KSD EQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDETDLANLGDVASD--GKKE---PSDKA ..::. . :. : ....: . : ::. : . : ::.. :. NP_001 RKEPKA---KSDKYLKQQQDAPGR----SRRKDEARLRESRHPHPDDSGKEDGLGPKVTR 770 780 790 800 810 700 710 720 730 740 750 pF1KSD VKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEE-LDQENEAALENGIKNEENTEPGAESSENADDPNKDT . . ..:. :.: :..:. .: :...: .. .. ..:. : :: ... .:. NP_001 APEGAKAKQNEKNKTKRTDRDQEGADDRKENTMAENEAGKEEQEGMEESPQSVGRQEKE- 820 830 840 850 860 870 760 770 780 790 800 810 pF1KSD SENADGQSDENKDDYTIPDEYRIGPYQPNVPVGIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKN .: .: .. ..: . NP_001 AEFSDPENTRTKKEQDWESESEAEGESWYPTNMEELVTVDEVGEEEDFIVEPDIPELEEI 880 890 900 910 920 930 >-- initn: 326 init1: 260 opt: 288 Z-score: 216.9 bits: 51.7 E(85289): 2.4e-05 Smith-Waterman score: 288; 31.6% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (658-846:1002-1206) 630 640 650 660 670 680 pF1KSD EEKSGEDGEKDTKDDQTEQEPNMLLESEDELLVDEEEAAALLESGSSVGDET--DLANLG : .: :. : :.: :. : . : NP_001 GAAEISLKSPRELPSASTSCPSDMDVEMPGLNLDAERKPAESETGLSLEDSDCYEKEAKG 980 990 1000 1010 1020 1030 690 700 710 720 730 740 pF1KSD DVASDGKKEPSDKAVKKDGSASAAAKKKLKKVDKIEELDQENEAALENGIKNEENTEPGA .:: . :. . ... : :.. :: . ...: : : ::.. : NP_001 VESSDVHPAPTVQQMSSPKPAEERARQPSPFVDDCKTRGTPEDGACE-GSPLEEKASPPI 1040 1050 1060 1070 1080 1090 750 760 770 780 790 pF1KSD ESS-ENADDPNKDTSENA---DGQSDENKD-DYT---IPDEYRIGPYQP-------NVPV :.. .: . : ::. . .: : .. .:: . . . ..: ..:. NP_001 ETDLQNQACQEVLTPENSRYVEMKSLEVRSPEYTEVELKQPLSLPSWEPEDVFSELSIPL 1100 1110 1120 1130 1140 1150 800 810 820 830 840 pF1KSD GIDYVIPKTGFYCKLCSLFYTNEEVAKNTHCSSLPHYQKLKKFLNKLAEERRQKKET :...:.:.::::::::.::::.::.:: .:: : ::..:.:.:..:::: .. : NP_001 GVEFVVPRTGFYCKLCGLFYTSEETAKMSHCRSAVHYRNLQKYLSQLAEEGLKETEGADS 1160 1170 1180 1190 1200 1210 NP_001 PRPEDSGIVPRFERKKL 1220 847 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 02:48:27 2016 done: Thu Nov 3 02:48:29 2016 Total Scan time: 12.540 Total Display time: 0.250 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]