FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0738, 921 aa 1>>>pF1KSDA0738 921 - 921 aa - 921 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6332+/-0.000961; mu= 18.8287+/- 0.057 mean_var=65.7490+/-13.339, 0's: 0 Z-trim(104.5): 19 B-trim: 3 in 1/49 Lambda= 0.158172 statistics sampled from 7942 (7948) to 7942 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.606), E-opt: 0.2 (0.244), width: 16 Scan time: 4.450 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS5886.1 TCAF1 gene_id:9747|Hs108|chr7 ( 921) 6284 1443.5 0 CCDS56514.1 TCAF1 gene_id:9747|Hs108|chr7 ( 919) 6264 1438.9 0 CCDS34769.1 TCAF2 gene_id:285966|Hs108|chr7 ( 845) 3700 853.8 0 CCDS47735.2 TCAF2 gene_id:285966|Hs108|chr7 ( 815) 1934 450.8 4.8e-126 >>CCDS5886.1 TCAF1 gene_id:9747|Hs108|chr7 (921 aa) initn: 6284 init1: 6284 opt: 6284 Z-score: 7740.2 bits: 1443.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6284; 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CCDS34 KVGVNTNLKDLCPLLSEHGLQCSLEPHLNSDLCVYCCKAYSDKEAKQLQEFVAEGGGLLI 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KSD GAQAWWWAFKNPGVSPLARFPGNLLLNPFGISITSQSLNPGPFRTPKAGIRTYHFRSTLA :.:::::: .::: ::: ::::..:: ::.:: :.:. : : .: .:.::::..:. CCDS34 GGQAWWWASQNPGHCPLAGFPGNIILNCFGLSILPQTLKAGCFPVPTPEMRSYHFRKALS 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KSD EFQVIMGRKRGNVEKGWLAKLGPDGAAFLQIPAEEIPAYMSVHRLLRKLLSRYRLPVATR .::.:.... ::.::. :::: ::::::::::: .:::.:.::::::.: ::...: CCDS34 QFQAILNHENGNLEKSCLAKLRVDGAAFLQIPAEGVPAYISLHRLLRKMLRGSGLPAVSR 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KSD ENPVINDCCRGAMLSLATGLAHSGSDLSLLVPEIEDMYSSPYLRPSESPITVEVNCTNPG :::: .: ..:.:::::::::::.: : :. . : : ::. :::::.: ::: CCDS34 ENPVASDSYEAAVLSLATGLAHSGTDCSQLAQGLGTWTCSSSLYPSKHPITVEINGINPG 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KSD TRYCWMSTGLYIPGRQIIEVSLPEAAASADLKIQIGCHTDDLTRASKLFRGPLVINRCCL . ::.:::::. : :::: :::::: :..::::::::::.: :: :.:.: ..: . CCDS34 NNDCWVSTGLYLLEGQNAEVSLSEAAASAGLRVQIGCHTDDLTKARKLSRAPVVTHQCWM 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KSD DKPTKSITCLWGGLLYIIVPQNSKLGSVPVTVKGAVHAPYYKLGETTLEEWKRRIQENPG :. .:..::::::::.:::..:.:: ::::..::: :::::::.:.::::::..::: . CCDS34 DRTERSVSCLWGGLLYVIVPKGSQLGPVPVTIRGAVPAPYYKLGKTSLEEWKRQMQENLA 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KSD PWGELATDNIILTVPTANLRTLENPEPLLRLWDEVMQAVARLGAEPFPLRLPQRIVADVQ ::::::::::::::::.::..:..:::.::::::.:::::::.:::::.: :.::::::: CCDS34 PWGELATDNIILTVPTTNLQALKDPEPVLRLWDEMMQAVARLAAEPFPFRRPERIVADVQ 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KSD ISVGWMHAGYPIMCHLESVQELINEKLIRTKGLWGPVHELGRNQQRQEWEFPPHTTEATC ::.::::.:::::::::::.:.::: .:..:.:::.::::.::::. :::::::::::: CCDS34 ISAGWMHSGYPIMCHLESVKEIINEMDMRSRGVWGPIHELGHNQQRHGWEFPPHTTEATC 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KSD NLWCVYVHETVLGIPRSRANIALWPPVREKRVRIYLSKGPNVKNWNAWTALETYLQLQEA ::: ::::::::::::..:. :: :: ::.:.. .:.:: . .::.:::::::::. CCDS34 NLWSVYVHETVLGIPRAQAHEALSPPERERRIKAHLGKGAPLCDWNVWTALETYLQVLSR 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 pF1KSD FGWEPFIRLFTEYRNQTNLPTENVDKMNLWVKMFSHQVQKNLAPFFEAWAWPIQKEVATS CCDS34 NSGRRG 840 >>CCDS47735.2 TCAF2 gene_id:285966|Hs108|chr7 (815 aa) initn: 2332 init1: 1934 opt: 1934 Z-score: 2376.3 bits: 450.8 E(32554): 4.8e-126 Smith-Waterman score: 3028; 59.1% identity (78.6% similar) in 766 aa overlap (210-915:47-811) 180 190 200 210 220 230 pF1KSD GIYFTDNKGDTSFFKVSKKMPKIPVLVSCEDDLSDDREELLHGISELDISNSDCFPSQLL .:. .:...::.::::::: .. ::::: CCDS47 PIQKYREENGNSSSSPHHQLQSHASGPRYGEDVRQDQQQLLEGISELDIRTGGV-PSQLL 20 30 40 50 60 70 240 250 260 270 280 290 pF1KSD VHGALAFPLGLDSYHGCVIAAARYGRGRVVVTGHKVLFTVGKLGPFLLNAVRWLDGGRRG ::::::::::::. .: .:::.:::::::...:. :. . :.::::::::::: :. : CCDS47 VHGALAFPLGLDASLNCFLAAAHYGRGRVVLAAHECLLCAPKMGPFLLNAVRWLARGQTG 80 90 100 110 120 130 300 310 320 330 340 350 pF1KSD KIVVQTELRTLSGLLAVGGIDTSIEPNLTSDASVYCFEPVSEVGVKELQEFVAEGGGLFV :. :.:.:. : ::. :.. :.::.:.:: ::: . :. .:.:::::::::::.. 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