FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0789, 565 aa
  1>>>pF1KSDA0789 565 - 565 aa - 565 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4720+/-0.00088; mu= 17.7179+/- 0.052
 mean_var=68.2760+/-13.093, 0's: 0 Z-trim(106.0): 27  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.155217
 statistics sampled from 8736 (8745) to 8736 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.269), width:  16
 Scan time:  3.210

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41828.1 WSCD2 gene_id:9671|Hs108|chr12         ( 565) 3926 888.4       0
CCDS32538.1 WSCD1 gene_id:23302|Hs108|chr17        ( 575) 1876 429.4 5.9e-120


>>CCDS41828.1 WSCD2 gene_id:9671|Hs108|chr12              (565 aa)
 initn: 3926 init1: 3926 opt: 3926  Z-score: 4748.2  bits: 888.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3926; 100.0% identity (100.0% similar) in 565 aa overlap (1-565:1-565)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAKLWFKFQRYFRRKPVRFFTFLALYLTAGSLVFLHSGFVGQPAVSGNQANPAAAGGPAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MAKLWFKFQRYFRRKPVRFFTFLALYLTAGSLVFLHSGFVGQPAVSGNQANPAAAGGPAE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GAELSFLGDMHLGRGFRDTGEASSIARRYGPWFKGKDGNERAKLGDYGGAWSRALKGRVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GAELSFLGDMHLGRGFRDTGEASSIARRYGPWFKGKDGNERAKLGDYGGAWSRALKGRVV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD REKEEERAKYIGCYLDDTQSRALRGVSFFDYKKMTIFRCQDNCAERGYLYGGLEFGAECY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 REKEEERAKYIGCYLDDTQSRALRGVSFFDYKKMTIFRCQDNCAERGYLYGGLEFGAECY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD CGHKIQATNVSEAECDMECKGERGSVCGGANRLSVYRLQLAQESARRYGSAVFRGCFRRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CGHKIQATNVSEAECDMECKGERGSVCGGANRLSVYRLQLAQESARRYGSAVFRGCFRRP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DNLSLALPVTAAMLNMSVDKCVDFCTEKEYPLAALAGTACHCGFPTTRFPLHDREDEQLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DNLSLALPVTAAMLNMSVDKCVDFCTEKEYPLAALAGTACHCGFPTTRFPLHDREDEQLC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD AQKCSAEEFESCGTPSYFIVYQTQVQDNRCMDRRFLPGKSKQLIALASFPGAGNTWARHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AQKCSAEEFESCGTPSYFIVYQTQVQDNRCMDRRFLPGKSKQLIALASFPGAGNTWARHL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD IELATGFYTGSYYFDGSLYNKGFKGERDHWRSGRTICIKTHESGQKEIEAFDAAILLIRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IELATGFYTGSYYFDGSLYNKGFKGERDHWRSGRTICIKTHESGQKEIEAFDAAILLIRN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PYKALMAEFNRKYGGHIGFAAHAHWKGKEWPEFVRNYAPWWATHTLDWLKFGKKVLVVHF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PYKALMAEFNRKYGGHIGFAAHAHWKGKEWPEFVRNYAPWWATHTLDWLKFGKKVLVVHF
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD EDLKQDLFVQLGRMVSLLGVAVREDRLLCVESQKDGNFKRSGLRKLEYDPYTADMQKTIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EDLKQDLFVQLGRMVSLLGVAVREDRLLCVESQKDGNFKRSGLRKLEYDPYTADMQKTIS
              490       500       510       520       530       540

              550       560     
pF1KSD AYIKMVDAALKGRNLTGVPDDYYPR
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AYIKMVDAALKGRNLTGVPDDYYPR
              550       560     

>>CCDS32538.1 WSCD1 gene_id:23302|Hs108|chr17             (575 aa)
 initn: 1302 init1: 1184 opt: 1876  Z-score: 2267.1  bits: 429.4 E(32554): 5.9e-120
Smith-Waterman score: 1941; 49.5% identity (74.5% similar) in 584 aa overlap (1-565:1-575)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAKLWFKFQRYFRRKPVRFFTFLALYLTAGSLVFLHSGFVGQPAVSGNQANPAAAGGPAE
       ::: .:..:...::    .: . : :: .:::..:.   :. :  .: .:       :. 
CCDS32 MAKPFFRLQKFLRRTQFLLFFLTAAYLMTGSLLLLQRVRVALP--QGPRAPGPLQTLPVA
               10        20        30        40          50        

                70        80                 90        100         
pF1KSD GAELSF-LGDMHLGRGFRDTGE--------ASSIAR-RYGP-WFKGKDGNERAK------
       .. :.  : : .  .  : . :         : ..: : :: :....... :        
CCDS32 AVALGVGLLDSRALHDPRVSPELLLGVDMLQSPLTRPRPGPRWLRSRNSELRQLRRRWFH
       60        70        80        90       100       110        

             110       120       130       140       150       160 
pF1KSD --LGDYGGAWSRALKGRVVREKEEERAKYIGCYLDDTQSRALRGVSFFDYKKMTIFRCQD
         ..:  :    ::  ...:   . :. ::::. :: . :.:.:. :.: .:::. .:::
CCDS32 HFMSDSQG--PPALGPEAARPAIHSRGTYIGCFSDDGHERTLKGAVFYDLRKMTVSHCQD
      120         130       140       150       160       170      

             170       180       190       200       210       220 
pF1KSD NCAERGYLYGGLEFGAECYCGHKIQATNVSEAECDMECKGERGSVCGGANRLSVYRLQLA
        ::::.:.:.::: :::::::... :..:.  ::. :::::.:::::...::::::..  
CCDS32 ACAERSYVYAGLEAGAECYCGNRLPAVSVGLEECNHECKGEKGSVCGAVDRLSVYRVDEL
        180       190       200       210       220       230      

             230       240       250       260       270       280 
pF1KSD QESARRYGSAVFRGCFRRPDNLSLALPVTAAMLNMSVDKCVDFCTEKEYPLAALAGTACH
       : ..:.  .:..::::: :.:.. :.: .  . :..:  :  ::..::.::: : :  :.
CCDS32 QPGSRKRRTATYRGCFRLPENITHAFPSSLIQANVTVGTCSGFCSQKEFPLAILRGWECY
        240       250       260       270       280       290      

             290       300       310       320       330       340 
pF1KSD CGFPTTRFPLHDREDEQLCAQKCSAEEFESCGTPSYFIVYQTQVQDNRCMDRRFLPGKSK
       :..:: :: :.:  : ..:.:   :...       :  :::: :::.:: ::::::.:::
CCDS32 CAYPTPRFNLRDAMDSSVCGQDPEAQRLAE-----YCEVYQTPVQDTRCTDRRFLPNKSK
        300       310       320            330       340       350 

             350       360       370       380       390       400 
pF1KSD QLIALASFPGAGNTWARHLIELATGFYTGSYYFDGSLYNKGFKGERDHWRSGRTICIKTH
        ..::.::::::::::::::: :::::::::::::.:::::::::.::::: ::::.:::
CCDS32 VFVALSSFPGAGNTWARHLIEHATGFYTGSYYFDGTLYNKGFKGEKDHWRSRRTICVKTH
             360       370       380       390       400       410 

             410       420       430       440       450       460 
pF1KSD ESGQKEIEAFDAAILLIRNPYKALMAEFNRKYGGHIGFAAHAHWKGKEWPEFVRNYAPWW
       :::..::: ::.:::::::::..:.:::::: .::.:.::  .::.::::.:: .:: ::
CCDS32 ESGRREIEMFDSAILLIRNPYRSLVAEFNRKCAGHLGYAADRNWKSKEWPDFVNSYASWW
             420       430       440       450       460       470 

             470       480       490       500       510       520 
pF1KSD ATHTLDWLKFGKKVLVVHFEDLKQDLFVQLGRMVSLLGVAVREDRLLCVESQKDGNFKRS
       ..:.:::::.::..::::.:.:...:   : .::..:.:.: :.::::::..:.:.:.: 
CCDS32 SSHVLDWLKYGKRLLVVHYEELRRSLVPTLREMVAFLNVSVSEERLLCVENNKEGSFRRR
             480       490       500       510       520       530 

             530       540       550       560     
pF1KSD GLRKLEYDPYTADMQKTISAYIKMVDAALKGRNLTGVPDDYYPR
       : :. . .:.: .:.  :..::. :: ::. .: ::.: .: ::
CCDS32 GRRSHDPEPFTPEMKDLINGYIRTVDQALRDHNWTGLPREYVPR
             540       550       560       570     




565 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 03:10:27 2016 done: Thu Nov  3 03:10:28 2016
 Total Scan time:  3.210 Total Display time:  0.030

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]