Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0851
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0851, 587 aa
1>>>pF1KSDA0851 587 - 587 aa - 587 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2294+/-0.00122; mu= 18.7881+/- 0.073
mean_var=61.2860+/-12.145, 0's: 0 Z-trim(100.2): 38 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.163830
statistics sampled from 6011 (6026) to 6011 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.547), E-opt: 0.2 (0.185), width: 16
Scan time: 2.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33745.1 SACM1L gene_id:22908|Hs108|chr3 ( 587) 3917 935.2 0
CCDS82762.1 SACM1L gene_id:22908|Hs108|chr3 ( 484) 3258 779.4 0
CCDS7616.1 INPP5F gene_id:22876|Hs108|chr10 (1132) 895 221.0 6.3e-57
CCDS54484.1 SYNJ1 gene_id:8867|Hs108|chr21 (1526) 634 159.4 3e-38
CCDS54483.1 SYNJ1 gene_id:8867|Hs108|chr21 (1295) 632 158.9 3.7e-38
CCDS33540.2 SYNJ1 gene_id:8867|Hs108|chr21 (1350) 632 158.9 3.8e-38
CCDS33539.2 SYNJ1 gene_id:8867|Hs108|chr21 (1612) 632 158.9 4.4e-38
CCDS5254.1 SYNJ2 gene_id:8871|Hs108|chr6 (1496) 598 150.9 1.1e-35
CCDS5078.1 FIG4 gene_id:9896|Hs108|chr6 ( 907) 249 68.3 4.8e-11
>>CCDS33745.1 SACM1L gene_id:22908|Hs108|chr3 (587 aa)
initn: 3917 init1: 3917 opt: 3917 Z-score: 5000.1 bits: 935.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3917; 100.0% identity (100.0% similar) in 587 aa overlap (1-587:1-587)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATAAYEQLKLHITPEKFYVEACDDGADDVLTIDRVSTEVTLAVKKDVPPSAVTRPIFGI
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CCDS33 MATAAYEQLKLHITPEKFYVEACDDGADDVLTIDRVSTEVTLAVKKDVPPSAVTRPIFGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LGTIHLVAGNYLIVITKKIKVGEFFSHVVWKATDFDVLSYKKTMLHLTDIQLQDNKTFLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LGTIHLVAGNYLIVITKKIKVGEFFSHVVWKATDFDVLSYKKTMLHLTDIQLQDNKTFLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD MLNHVLNVDGFYFSTTYDLTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHLLRELSAQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MLNHVLNVDGFYFSTTYDLTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHLLRELSAQP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EVHRFALPVLHGFITMHSCSINGKYFDWILISRRSCFRAGVRYYVRGIDSEGHAANFVET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EVHRFALPVLHGFITMHSCSINGKYFDWILISRRSCFRAGVRYYVRGIDSEGHAANFVET
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EQIVHYNGSKASFVQTRGSIPVFWSQRPNLKYKPLPQISKVANHMDGFQRHFDSQVIIYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EQIVHYNGSKASFVQTRGSIPVFWSQRPNLKYKPLPQISKVANHMDGFQRHFDSQVIIYG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KQVIINLINQKGSEKPLEQTFATMVSSLGSGMMRYIAFDFHKECKNMRWDRLSILLDQVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KQVIINLINQKGSEKPLEQTFATMVSSLGSGMMRYIAFDFHKECKNMRWDRLSILLDQVA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EMQDELSYFLVDSAGQVVANQEGVFRSNCMDCLDRTNVIQSLLARRSLQAQLQRLGVLHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EMQDELSYFLVDSAGQVVANQEGVFRSNCMDCLDRTNVIQSLLARRSLQAQLQRLGVLHV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GQKLEEQDEFEKIYKNAWADNANACAKQYAGTGALKTDFTRTGKRTHLGLIMDGWNSMIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GQKLEEQDEFEKIYKNAWADNANACAKQYAGTGALKTDFTRTGKRTHLGLIMDGWNSMIR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD YYKNNFSDGFRQDSIDLFLGNYSVDELESHSPLSVPRDWKFLALPIIMVVAFSMCIICLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 YYKNNFSDGFRQDSIDLFLGNYSVDELESHSPLSVPRDWKFLALPIIMVVAFSMCIICLL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KSD MAGDTWTETLAYVLFWGVASIGTFFIILYNGKDFVDAPRLVQKEKID
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MAGDTWTETLAYVLFWGVASIGTFFIILYNGKDFVDAPRLVQKEKID
550 560 570 580
>>CCDS82762.1 SACM1L gene_id:22908|Hs108|chr3 (484 aa)
initn: 3258 init1: 3258 opt: 3258 Z-score: 4159.6 bits: 779.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3258; 100.0% identity (100.0% similar) in 484 aa overlap (104-587:1-484)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD VITKKIKVGEFFSHVVWKATDFDVLSYKKTMLHLTDIQLQDNKTFLAMLNHVLNVDGFYF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MLHLTDIQLQDNKTFLAMLNHVLNVDGFYF
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KSD STTYDLTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHLLRELSAQPEVHRFALPVLHGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 STTYDLTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHLLRELSAQPEVHRFALPVLHGF
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KSD ITMHSCSINGKYFDWILISRRSCFRAGVRYYVRGIDSEGHAANFVETEQIVHYNGSKASF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ITMHSCSINGKYFDWILISRRSCFRAGVRYYVRGIDSEGHAANFVETEQIVHYNGSKASF
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KSD VQTRGSIPVFWSQRPNLKYKPLPQISKVANHMDGFQRHFDSQVIIYGKQVIINLINQKGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VQTRGSIPVFWSQRPNLKYKPLPQISKVANHMDGFQRHFDSQVIIYGKQVIINLINQKGS
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KSD EKPLEQTFATMVSSLGSGMMRYIAFDFHKECKNMRWDRLSILLDQVAEMQDELSYFLVDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EKPLEQTFATMVSSLGSGMMRYIAFDFHKECKNMRWDRLSILLDQVAEMQDELSYFLVDS
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KSD AGQVVANQEGVFRSNCMDCLDRTNVIQSLLARRSLQAQLQRLGVLHVGQKLEEQDEFEKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AGQVVANQEGVFRSNCMDCLDRTNVIQSLLARRSLQAQLQRLGVLHVGQKLEEQDEFEKI
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KSD YKNAWADNANACAKQYAGTGALKTDFTRTGKRTHLGLIMDGWNSMIRYYKNNFSDGFRQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 YKNAWADNANACAKQYAGTGALKTDFTRTGKRTHLGLIMDGWNSMIRYYKNNFSDGFRQD
340 350 360 370 380 390
500 510 520 530 540 550
pF1KSD SIDLFLGNYSVDELESHSPLSVPRDWKFLALPIIMVVAFSMCIICLLMAGDTWTETLAYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SIDLFLGNYSVDELESHSPLSVPRDWKFLALPIIMVVAFSMCIICLLMAGDTWTETLAYV
400 410 420 430 440 450
560 570 580
pF1KSD LFWGVASIGTFFIILYNGKDFVDAPRLVQKEKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LFWGVASIGTFFIILYNGKDFVDAPRLVQKEKID
460 470 480
>>CCDS7616.1 INPP5F gene_id:22876|Hs108|chr10 (1132 aa)
initn: 949 init1: 438 opt: 895 Z-score: 1135.4 bits: 221.0 E(32554): 6.3e-57
Smith-Waterman score: 1010; 38.0% identity (66.8% similar) in 437 aa overlap (101-509:146-576)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD YLIVITKKIKVGEFFSHVVWKATDFDVLSYKKTMLHLTDIQLQDNKTFLAMLNHVLNVDG
:: . . . . . . . .:. .. ..
CCDS76 KPEKIIPSPDDSKFLLKTFTHIKSNVSAPNKKKVKESKEKEKLERRLLEELLKMFMDSES
120 130 140 150 160 170
140 150 160 170 180
pF1KSD FYFSTTYDLTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHLLRELS--AQPEVHRFALP
::.: :::::...:: : . : . : ...:.:: :: .....:. . :.: . .:
CCDS76 FYYSLTYDLTNSVQRQS--TGERDGRPLWQKVDDRFFWNKYMIQDLTEIGTPDVDFWIIP
180 190 200 210 220 230
190 200 210 220
pF1KSD VLHGFITMHSCSIN-------------------------GKYFDWILISRRSCFRAGVRY
...::. .. .: : :::::: :::.::
CCDS76 MIQGFVQIEELVVNYTESSDDEKSSPETPPQESTCVDDIHPRFLVALISRRSRHRAGMRY
240 250 260 270 280 290
230 240 250 260 270 280
pF1KSD YVRGIDSEGHAANFVETEQIVHYNGSKASFVQTRGSIPVFWSQRPNLKYKPLPQISKVAN
::.:..:..::.:::::..: .. ::::::::.:::::: . .:.: :.... .
CCDS76 KRRGVDKNGNVANYVETEQLIHVHNHTLSFVQTRGSVPVFWSQV-GYRYNPRPRLDRSEK
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KSD H-MDGFQRHFDSQVIIYGKQVIINLINQKGSEKPLEQTFATMVSSLGSGMMRYIAFDFHK
. . : ::. :. :: :::::::..: : :: . ... .: .... . :..::::.
CCDS76 ETVAYFCAHFEEQLNIYKKQVIINLVDQAGREKIIGDAYLKQVLLFNNSHLTYVSFDFHE
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390 400
pF1KSD ECKNMRWDRLSILLDQVAEMQDELSYFLVDSAGQVVANQEGVFRSNCMDCLDRTNVIQSL
.:..:... .. : : . .. .... :: :: :. .:::.:: :::::::::::.:.
CCDS76 HCRGMKFENVQTLTDAIYDIILDMKWCWVDEAG-VICKQEGIFRVNCMDCLDRTNVVQAA
420 430 440 450 460 470
410 420 430 440 450 460
pF1KSD LARRSLQAQLQRLGVLHVGQKLEEQDEFEKIYKNAWADNANACAKQYAGTGALKTDFTRT
.:: .. ::..:::. : : . ..::. ::.:... ..:::::.::: :::::
CCDS76 IARVVMEQQLKKLGVMPPEQPLPVK--CNRIYQIMWANNGDSISRQYAGTAALKGDFTRT
480 490 500 510 520
470 480 490 500 510 520
pF1KSD GKRTHLGLIMDGWNSMIRYYKNNFSDGFRQDSIDLFLGNYSVDELESHSPLSVPRDWKFL
:.: :.. :: :: ::: : :.:..:: :::. : ...: :
CCDS76 GERKLAGVMKDGVNSANRYYLNRFKDAYRQAVIDLMQGIPVTEDLYSIFTKEKEHEALHK
530 540 550 560 570 580
530 540 550 560 570 580
pF1KSD ALPIIMVVAFSMCIICLLMAGDTWTETLAYVLFWGVASIGTFFIILYNGKDFVDAPRLVQ
CCDS76 ENQRSHQELISQLLQSYMKLLLPDDEKFHGGWALIDCDPSLIDATHRDVDVLLLLSNSAY
590 600 610 620 630 640
>>CCDS54484.1 SYNJ1 gene_id:8867|Hs108|chr21 (1526 aa)
initn: 499 init1: 254 opt: 634 Z-score: 800.0 bits: 159.4 E(32554): 3e-38
Smith-Waterman score: 747; 31.3% identity (63.1% similar) in 504 aa overlap (10-501:12-486)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATAAYEQLKLHITPEKFYVEACDDGADDVLTIDRVSTEVTLAVKKDVPPSAVTRPI-
:: : .. ::. .. : .. .. : ...:.. .. .. .
CCDS54 MAFSKGFRIYHKLDPPPFSLIVET--RHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD -FGILGTIHLVAGN----YLIVITKKIKVGEFFSHVVWKATDFDVLSYKKTMLHLTDIQL
.:.::...: :. ::...: ..::.. :...:. . .: . : .
CCDS54 AYGLLGVLRLNLGDTMLHYLVLVTGCMSVGKIQESEVFRVTSTEFISLR------IDSSD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD QDNKTFLAMLNHVLNVDGFYFSTTYDLTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHL
.: .. . .::: .:::. . . .:. :. .::.. .:.:: :: :
CCDS54 EDR---ISEVRKVLNSGNFYFAWSASGI-SLDLSLNAHRSMQEQT----TDNRFFWNQSL
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LRELSAQP-EVHRFALPVLHGFITMHSCSINGKYFDWILISRRSCFRAGVRYYVRGIDSE
.:. . . : .. : . ... : :::: :: :::.:. ::: ...
CCDS54 HLHLKHYGVNCDDWLLRLMCGGVEIRTIYAAHKQAKACLISRLSCERAGTRFNVRGTNDD
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KSD GHAANFVETEQIVHYNGSKASFVQTRGSIPVFWSQRPNLKY-KPLPQISK-VANHMDGFQ
::.::::::::.:. . : .::.: :::.:.:: : :.:. . ..:. . .:.
CCDS54 GHVANFVETEQVVYLDDSVSSFIQIRGSVPLFWEQ-PGLQVGSHRVRMSRGFEANAPAFD
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KSD RHFDSQVIIYGKQVIINLINQKGSEKPLEQTFATMV-SSLGSGMMRYIAFDFHKECKNMR
::: . .::::.:.::...: .:. : ..: . . .: .. .... ::.:. :. .
CCDS54 RHFRTLKNLYGKQIIVNLLGSKEGEHMLSKAFQSHLKASEHAADIQMVNFDYHQMVKGGK
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KSD WDRL-SILLDQVAEMQDELSYFLVDSAGQVVANQEGVFRSNCMDCLDRTNVIQSLLARRS
..: :.: :: .. : ..: ... .: : :. :.::.::::::: .:..:. .
CCDS54 AEKLHSVLKPQVQKFLD-YGFFYFNGS-EVQRCQSGTVRTNCLDCLDRTNSVQAFLGLEM
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KSD LQAQLQRLGVLHVGQKLEEQDEFEKIYKNAWADNANACAKQYAGTGALKTDFTRTGKRTH
: ::. :: ...: . .:...... :. :... .: :::::::. :: ..
CCDS54 LAKQLEALG---LAEKPQLVTRFQEVFRSMWSVNGDSISKIYAGTGALE------GK-AK
410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LGLIMDGWNSMIRYYKNNFSDGFRQDSID-LFLGNYSVDELESHSPLSVPRDWKFLALPI
: . :: :. : .::: :. .:..:: :.:::
CCDS54 AGKLKDGARSVTRTIQNNFFDSSKQEAIDVLLLGNTLNSDLADKARALLTTGSLRASSKV
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KSD IMVVAFSMCIICLLMAGDTWTETLAYVLFWGVASIGTFFIILYNGKDFVDAPRLVQKEKI
CCDS54 LKSMCENFYKYSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTDWLLDAPKLAGIQEFQD
520 530 540 550 560 570
>>CCDS54483.1 SYNJ1 gene_id:8867|Hs108|chr21 (1295 aa)
initn: 507 init1: 254 opt: 632 Z-score: 798.6 bits: 158.9 E(32554): 3.7e-38
Smith-Waterman score: 735; 31.2% identity (62.5% similar) in 504 aa overlap (10-501:12-483)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATAAYEQLKLHITPEKFYVEACDDGADDVLTIDRVSTEVTLAVKKDVPPSAVTRPI-
:: : .. ::. .. : .. .. : ...:.. .. .. .
CCDS54 MAFSKGFRIYHKLDPPPFSLIVET--RHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD -FGILGTIHLVAGN----YLIVITKKIKVGEFFSHVVWKATDFDVLSYKKTMLHLTDIQL
.:.::...: :. ::...: ..::.. :...:. . .: . : .
CCDS54 AYGLLGVLRLNLGDTMLHYLVLVTGCMSVGKIQESEVFRVTSTEFISLR------IDSSD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD QDNKTFLAMLNHVLNVDGFYFSTTYDLTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHL
.: .. . .::: .:::. . . .:. :. .::.. .:.:: :: :
CCDS54 EDR---ISEVRKVLNSGNFYFAWSASGI-SLDLSLNAHRSMQEQT----TDNRFFWNQSL
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LRELSAQP-EVHRFALPVLHGFITMHSCSINGKYFDWILISRRSCFRAGVRYYVRGIDSE
.:. . . : .. : . ... : :::: :: :::.:. ::: ...
CCDS54 HLHLKHYGVNCDDWLLRLMCGGVEIRTIYAAHKQAKACLISRLSCERAGTRFNVRGTNDD
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KSD GHAANFVETEQIVHYNGSKASFVQTRGSIPVFWSQRPNLKY-KPLPQISK-VANHMDGFQ
::.::::::::.:. . : .::.: :::.:.:: : :.:. . ..:. . .:.
CCDS54 GHVANFVETEQVVYLDDSVSSFIQIRGSVPLFWEQ-PGLQVGSHRVRMSRGFEANAPAFD
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KSD RHFDSQVIIYGKQVIINLINQKGSEKPLEQTFATMV-SSLGSGMMRYIAFDFHKECKNMR
::: . .::::.:.::...: .:. : ..: . . .: .. .... ::.:. :. .
CCDS54 RHFRTLKNLYGKQIIVNLLGSKEGEHMLSKAFQSHLKASEHAADIQMVNFDYHQMVKGGK
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KSD WDRL-SILLDQVAEMQDELSYFLVDSAGQVVANQEGVFRSNCMDCLDRTNVIQSLLARRS
..: :.: :: .. : ..: ... .: : :. :.::.::::::: .:..:. .
CCDS54 AEKLHSVLKPQVQKFLD-YGFFYFNGS-EVQRCQSGTVRTNCLDCLDRTNSVQAFLGLEM
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KSD LQAQLQRLGVLHVGQKLEEQDEFEKIYKNAWADNANACAKQYAGTGALKTDFTRTGKRTH
: ::. :: ...: . .:...... :. :... .: :::::::. ::
CCDS54 LAKQLEALG---LAEKPQLVTRFQEVFRSMWSVNGDSISKIYAGTGALE------GKAK-
410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LGLIMDGWNSMIRYYKNNFSDGFRQDSID-LFLGNYSVDELESHSPLSVPRDWKFLALPI
. :: :. : .::: :. .:..:: :.:::
CCDS54 ---LKDGARSVTRTIQNNFFDSSKQEAIDVLLLGNTLNSDLADKARALLTTGSLRVSEQT
460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KSD IMVVAFSMCIICLLMAGDTWTETLAYVLFWGVASIGTFFIILYNGKDFVDAPRLVQKEKI
CCDS54 LQSASSKVLKSMCENFYKYSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTDWLLDAPKL
510 520 530 540 550 560
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]