Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0857
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0857, 653 aa
1>>>pF1KSDA0857 653 - 653 aa - 653 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9074+/-0.000857; mu= 7.5956+/- 0.052
mean_var=134.6651+/-26.889, 0's: 0 Z-trim(111.9): 30 B-trim: 145 in 1/50
Lambda= 0.110521
statistics sampled from 12696 (12718) to 12696 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.391), width: 16
Scan time: 3.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1923.1 RAB11FIP5 gene_id:26056|Hs108|chr2 ( 653) 4276 693.3 2.7e-199
CCDS34881.1 RAB11FIP1 gene_id:80223|Hs108|chr8 ( 649) 658 116.4 1.2e-25
CCDS34882.1 RAB11FIP1 gene_id:80223|Hs108|chr8 (1283) 658 116.5 2.2e-25
CCDS7602.1 RAB11FIP2 gene_id:22841|Hs108|chr10 ( 512) 473 86.9 7.6e-17
CCDS81512.1 RAB11FIP2 gene_id:22841|Hs108|chr10 ( 532) 473 86.9 7.9e-17
>>CCDS1923.1 RAB11FIP5 gene_id:26056|Hs108|chr2 (653 aa)
initn: 4276 init1: 4276 opt: 4276 Z-score: 3691.4 bits: 693.3 E(32554): 2.7e-199
Smith-Waterman score: 4276; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
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CCDS19 MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDLESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRNKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDLESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRNKL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGSLAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSPKLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 RKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGSLAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSPKLF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD THKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGSHIYNEEPQGPVRHRSSISG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 THKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGSHIYNEEPQGPVRHRSSISG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAVLGQEELSAQAKVLAPGASHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 SLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAVLGQEELSAQAKVLAPGASHP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GEEEGARLPEGKPVQVATPIVASSEAVAEKEGARKEERKPRMGLFHHHHQGLSRSELGRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 GEEEGARLPEGKPVQVATPIVASSEAVAEKEGARKEERKPRMGLFHHHHQGLSRSELGRR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSLGEKGGPILGASPHHSSSGEEKAKSSWFGLREAKDPTQKPSPHPVKPLSAAPVEGSPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 SSLGEKGGPILGASPHHSSSGEEKAKSSWFGLREAKDPTQKPSPHPVKPLSAAPVEGSPD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKQSRSSLSIALSSGLEKLKTVTSGSIQPVTQAPQAGQMVDTKRLKDSAVLDQSAKYYHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 RKQSRSSLSIALSSGLEKLKTVTSGSIQPVTQAPQAGQMVDTKRLKDSAVLDQSAKYYHL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KSD THDELISLLLQRERELSQRDEHVQELESYIDRLLVRIMETSPTLLQIPPGPPK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 THDELISLLLQRERELSQRDEHVQELESYIDRLLVRIMETSPTLLQIPPGPPK
610 620 630 640 650
>>CCDS34881.1 RAB11FIP1 gene_id:80223|Hs108|chr8 (649 aa)
initn: 878 init1: 430 opt: 658 Z-score: 573.7 bits: 116.4 E(32554): 1.2e-25
Smith-Waterman score: 1071; 36.2% identity (62.8% similar) in 685 aa overlap (1-648:1-639)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
:.:. .: . : . : :::::::::.:::::.: : :.:::::.:::::.:::.:::
CCDS34 MSLMVSAGRGLG-AVWSPTHVQVTVLQARGLRAK--GPGGTSDAYAVIQVGKEKYATSVS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
:.. : : :::: .:::: .:: ..:: ::: : ::..::.:.:.
CCDS34 ERSLGAPVWREEATFELP-----SLL-----SSGP-------AAAATLQLTVLHRALLGL
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KSD DKFLGQATVALDEVF-GAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFD
:::::.: : : .. :: ..::::::.::::::.:::::::: ::: :::..:::::
CCDS34 DKFLGRAEVDLRDLHRDQGR-RKTQWYKLKSKPGKKDKERGEIEVDIQFMRNNMTASMFD
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LSMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYD-LESASAILPSSAIE-DPDLGSLGKMGKAKGFFLR
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CCDS34 LSMKDKSRNPFGKLKDKIKGKNKDSGSDTASAIIPSTTPSVDSDDESVVKDKKKK-----
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD NKLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGSLAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
.:. :. :..:: . . ::.. . : . : :: . .:.: .. .:...
CCDS34 SKI-KTLLSKSNL---QKTPLSQSMSVLPTSKPEKVLLRPGDFQSQWDEDDNEDESSSAS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KSD KLFTHKRTYSDEANQMR----VAPPRALLDLQGHL----DAASRSSLCVNGSHIYNEEPQ
...:::: : . .:. . : . :.. : : :. :::..:.::.:.: :.:.
CCDS34 DVMSHKRTASTDLKQLNQVNFTLPKKEGLSFLGGLRSKNDVLSRSNVCINGNHVYLEQPE
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KSD GPVRHRSSISGSLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNS-SSEAVLGQEELSA
. . ..: .: :: ... : :. . .: . ..... ::. :.. .
CCDS34 AKGEIKDSSPSSSPSPKGFRKKHLFSSTEN--LAAGSWKEPAEGGGLSSDRQLSESSTKD
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KSD QAKVLAPGASHPGEEEGARLPEGKPVQVATPIVASSEAVAE-KEGARKEERKPRMGLFHH
. : .. . .: : : : . .: :.:::. : ::. . : :. . .
CCDS34 SLKSMTLPSYRP-----APLVSGDLRENMAP--ANSEATKEAKESKKPESRRSSLLSLMT
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500
pF1KSD HHQGLSRSELGRR--SSLG-EKGGPILGASPHHSSSGE--------EKA-------KSSW
.. .... :. . : :: : ..:..: ...:: :: ..:
CCDS34 GKKDVAKGSEGENPLTVPGREKEGMLMGVKPGEDASGPAEDLVRRSEKDTAAVVSRQGSS
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KSD FGLREAKDPTQKPSPHPVKPLSAAPVEGSPDRKQSRSSLSIALSSGLEKLKTVTSGSIQP
..: : . :. : .: . : .:: :.: :.. :. .: ... . .
CCDS34 LNLFEDVQITE-PEAEPESKSEPRPPISSPRAPQTR-----AVKPRLHPVKPMNAMATK-
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KSD VTQAPQAGQMVDTKRLKDSAVL------DQSAKYYHLTHDELISLLLQRERELSQRDEHV
:.. . . .. :.. ... : . : .:::::::.:.:.... .:... .:
CCDS34 VANCSLGTATIISENLNNEVMMKKYSPSDPAFAYAQLTHDELIQLVLKQKETISKKEFQV
560 570 580 590 600 610
630 640 650
pF1KSD QELESYIDRLLVRIMETSPTLLQIPPGPPK
.:::.::: ::::.:: .:..:.::
CCDS34 RELEDYIDNLLVRVMEETPNILRIPTQVGKKAGKM
620 630 640
>>CCDS34882.1 RAB11FIP1 gene_id:80223|Hs108|chr8 (1283 aa)
initn: 838 init1: 430 opt: 658 Z-score: 569.0 bits: 116.5 E(32554): 2.2e-25
Smith-Waterman score: 912; 38.9% identity (64.4% similar) in 517 aa overlap (1-501:1-478)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
:.:. .: . : . : :::::::::.:::::.: : :.:::::.:::::.:::.:::
CCDS34 MSLMVSAGRGLG-AVWSPTHVQVTVLQARGLRAK--GPGGTSDAYAVIQVGKEKYATSVS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
:.. : : :::: .:::: .:: ..::: :: : ::..::.:.:.
CCDS34 ERSLGAPVWREEATFELP-----SLL-----SSGPA-------AAATLQLTVLHRALLGL
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KSD DKFLGQATVALDEVF-GAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFD
:::::.: : : .. :: ..::::::.::::::.:::::::: ::: :::..:::::
CCDS34 DKFLGRAEVDLRDLHRDQGR-RKTQWYKLKSKPGKKDKERGEIEVDIQFMRNNMTASMFD
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LSMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYD-LESASAILPSSAIE-DPDLGSLGKMGKAKGFFLR
:::::: :.::.:..::.:::.: . ..::::.::.. : : :. : : :
CCDS34 LSMKDKSRNPFGKLKDKIKGKNKDSGSDTASAIIPSTTPSVDSDDESVVKDKKKK-----
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD NKLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGSLAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
.:. :. :..:: . . ::.. . : . : :: . .:.: .. .:...
CCDS34 SKI-KTLLSKSNL---QKTPLSQSMSVLPTSKPEKVLLRPGDFQSQWDEDDNEDESSSAS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KSD KLFTHKRTYSDEANQMR----VAPPRALLDLQGHL----DAASRSSLCVNGSHIYNEEPQ
...:::: : . .:. . : . :.. : : :. :::..:.::.:.: :.:.
CCDS34 DVMSHKRTASTDLKQLNQVNFTLPKKEGLSFLGGLRSKNDVLSRSNVCINGNHVYLEQPE
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KSD GPVRHRSSISGSLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNS-SSEAVLGQEELSA
. . ..: .: :: ... : :. . .: . ..... ::. :.. .
CCDS34 AKGEIKDSSPSSSPSPKGFRKKHLFSSTENLAA--GSWKEPAEGGGLSSDRQLSESSTKD
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KSD QAKVLAPGASHPGEEEGARLPEGKPVQVATPIVASSEAVAE-KEGARKEERKPRMGLFHH
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CCDS34 SLKSMTLPSYRP-----APLVSGDLRENMAP--ANSEATKEAKESKKPESRRSSLLSLMT
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KSD HHQGLSRSELGRR--SSLG-EKGGPILGASPHHSSSGEEKAKSSWFGLREAKDPTQKPSP
.. .... :. . : :: : ..:..: ...::
CCDS34 GKKDVAKGSEGENPLTVPGREKEGMLMGVKPGEDASGPAEDLVRRSEKDTAAVVSRQGSS
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KSD HPVKPLSAAPVEGSPDRKQSRSSLSIALSSGLEKLKTVTSGSIQPVTQAPQAGQMVDTKR
CCDS34 LNLFEDVQITEPEAEPESKSEPRPPISSPRAPQTRAVKPRLEVSPEAQPTARLPSPTDSP
510 520 530 540 550 560
>>CCDS7602.1 RAB11FIP2 gene_id:22841|Hs108|chr10 (512 aa)
initn: 760 init1: 413 opt: 473 Z-score: 415.9 bits: 86.9 E(32554): 7.6e-17
Smith-Waterman score: 757; 30.9% identity (58.2% similar) in 643 aa overlap (15-653:9-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
.:.:::::::::.:. :. : : ..:.:.::.::.:.:::::::.
CCDS76 MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
::: : :.:: ::::: ::: ...: . : : .:::::.:.
CCDS76 EKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI--------LFLIVMHRSLVGL
60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
::::::... :...: . ..:.:..:.:: ::. :.::::.:.::: :::..::::::
CCDS76 DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KSD SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRN
::::: ::::.:..:::::.:. ...:::.::. . :: .: . :. . ...
CCDS76 SMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDANSEFSSGEIQ---MKS
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
: .: : . :.: ..:. ::: .. . : . .. . :.. : . :
CCDS76 KPKKPFLL-GPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSL
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KSD KLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGSHIYNEEPQGPVRHRSS
: :.:: : ....: : ...: .:.: : . ...: ..
CCDS76 KS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGEL--------CFG----RQNDP------FTN
270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ISGSLPSS-GSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAVLGQEELSAQAKVLAPG
...:::.. ..: .. : : ...:: .:: ...
CCDS76 VTASLPQKFATLPRKKNPFEE-----SSETW-------DSSMNLFS--------------
310 320 330 340
420 430 440 450 460 470
pF1KSD ASHPGEEEGARLPEGKPVQVATPIVASSEAVAEKEGARKEERKPRMGLFHHHHQGLSRSE
::... .::. : :.. ...::.. .. ..
CCDS76 ---------------KPIEI------------RKENKR--EKREKVSLFER----VTGKK
350 360
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LGRRSSLGEKGGPILGASPHHSSSGEEKAKSSWFGLREAKDPTQKPSPHPVKPLSAAPVE
.:::. ..:: :.: : . ::. : :
CCDS76 DSRRSDKLNNGG---------SDS-----------------PCDLKSPN-------AFSE
370 380 390
540 550 560 570 580 590
pF1KSD GSPDRKQSRSSLSIALSSGLEKLKTVTSGSIQPVTQAPQAGQMVDTKRLKDSAVLDQSAK
. : . .: . ... .. . . :.:.. ..: ... : ... :: .: .:
CCDS76 NRQDYFDYES--TNPFTAKFRASNIMPSSSFH---MSPTSNE--DLRKIPDSNPFDATAG
400 410 420 430 440
600 610 620 630 640 650
pF1KSD YYHLTHDELISLLLQRERELSQRDEHVQELESYIDRLLVRIMETSPTLLQIPPGPPK
: ::..:... :..... : ..: :..:::.::: ::::.:: .:..:..: : .
CCDS76 YRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAG
450 460 470 480 490 500
CCDS76 KFSNS
510
>>CCDS81512.1 RAB11FIP2 gene_id:22841|Hs108|chr10 (532 aa)
initn: 760 init1: 413 opt: 473 Z-score: 415.6 bits: 86.9 E(32554): 7.9e-17
Smith-Waterman score: 794; 31.4% identity (58.5% similar) in 646 aa overlap (15-653:9-524)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
.:.:::::::::.:. :. : : ..:.:.::.::.:.:::::::.
CCDS81 MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
::: : :.:: ::::: ::: ...: . : : .:::::.:.
CCDS81 EKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI--------LFLIVMHRSLVGL
60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
::::::... :...: . ..:.:..:.:: ::. :.::::.:.::: :::..::::::
CCDS81 DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KSD SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRN
::::: ::::.:..:::::.:. ...:::.::. . :: .: . :. . ...
CCDS81 SMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDANSEFSSGEIQ---MKS
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
: .: : . :.: ..:. ::: .. . : . .. . :.. : . :
CCDS81 KPKKPFLL-GPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSL
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
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