Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0871
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0871, 469 aa
1>>>pF1KSDA0871 469 - 469 aa - 469 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7157+/-0.00128; mu= 3.0340+/- 0.076
mean_var=273.9231+/-57.402, 0's: 0 Z-trim(107.2): 43 B-trim: 276 in 2/52
Lambda= 0.077493
statistics sampled from 9385 (9405) to 9385 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.642), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16
Scan time: 2.960
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3547.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 469) 2996 349.0 6.3e-96
CCDS34001.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 620) 2846 332.3 8.5e-91
CCDS75138.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 567) 2443 287.3 2.9e-77
CCDS47068.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 506) 2429 285.6 8e-77
CCDS81470.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 ( 606) 1286 157.9 2.7e-38
CCDS41534.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 ( 641) 1286 158.0 2.8e-38
CCDS34312.1 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5 ( 600) 1276 156.8 5.7e-38
CCDS4445.2 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5 ( 708) 1276 156.9 6.4e-38
CCDS60544.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 ( 379) 994 125.1 1.3e-28
CCDS44414.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 ( 403) 656 87.3 3.2e-17
>>CCDS3547.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 (469 aa)
initn: 2996 init1: 2996 opt: 2996 Z-score: 1835.7 bits: 349.0 E(32554): 6.3e-96
Smith-Waterman score: 2996; 100.0% identity (100.0% similar) in 469 aa overlap (1-469:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSALTPPTDMPTPTTDKITQAAMETIYLCKFRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSALTPPTDMPTPTTDKITQAAMETIYLCKFRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD YLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNRKGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNRKGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD QKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
430 440 450 460
>>CCDS34001.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 (620 aa)
initn: 2846 init1: 2846 opt: 2846 Z-score: 1743.6 bits: 332.3 E(32554): 8.5e-91
Smith-Waterman score: 2846; 100.0% identity (100.0% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-445)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSALTPPTDMPTPTTDKITQAAMETIYLCKFRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MSALTPPTDMPTPTTDKITQAAMETIYLCKFRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD YLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNRKGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNRKGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD KELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD QKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
:::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQRLRQAERSRQSAELDNRLFKQDFGDKINSLQLEVE
430 440 450 460 470 480
>>CCDS75138.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 (567 aa)
initn: 2443 init1: 2443 opt: 2443 Z-score: 1500.5 bits: 287.3 E(32554): 2.9e-77
Smith-Waterman score: 2443; 100.0% identity (100.0% similar) in 387 aa overlap (59-445:6-392)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD CKFRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESAL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MRDDTEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESAL
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KSD NLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITA
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAII
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KSD AGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVE
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KSD ELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNR
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KSD KGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQ
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KSD DALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQSEK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQRLR
340 350 360 370 380 390
450 460
pF1KSD DLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
CCDS75 QAERSRQSAELDNRLFKQDFGDKINSLQLEVEELTRQRNQLELELKQEKERRLQNDRSIP
400 410 420 430 440 450
>>CCDS47068.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 (506 aa)
initn: 2429 init1: 2429 opt: 2429 Z-score: 1492.7 bits: 285.6 E(32554): 8e-77
Smith-Waterman score: 2429; 100.0% identity (100.0% similar) in 385 aa overlap (61-445:121-505)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD FRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TPPSPGSPLPFLLLSYPSGGGGSSGSGKHHPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNL
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KSD GRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASV
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KSD KDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAG
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KSD LLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEEL
280 290 300 310 320 330
280 290 300 310 320 330
pF1KSD NRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNRKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNRKG
340 350 360 370 380 390
340 350 360 370 380 390
pF1KSD PKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKMLEKDVCEKQDA
400 410 420 430 440 450
400 410 420 430 440 450
pF1KSD LVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQSEKDL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTNQMAATIKQLEQR
460 470 480 490 500
460
pF1KSD VKQAKTLNSAANKLIPKHH
>>CCDS81470.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 (606 aa)
initn: 1374 init1: 1246 opt: 1286 Z-score: 801.1 bits: 157.9 E(32554): 2.7e-38
Smith-Waterman score: 1602; 63.1% identity (86.3% similar) in 401 aa overlap (59-445:4-401)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD CKFRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESAL
.::. : :: ::.:::::::::::::::
CCDS81 MATKDPT---AVERANLLNMAKLSIKGLIESAL
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KSD NLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITA
..:::::::: ::::::::::::::::::..:.::. ::..:::::::::: ::: :: :
CCDS81 SFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGA
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAII
::.::::::::.::.::::::::::::...:.. :: ...::::::: .:::::::::.:
CCDS81 SVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVI
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KSD AGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVE
.::::::::::::.:.:::::::::::::::::::. .. . : . ::.::::::::::
CCDS81 VGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVE
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KSD ELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYIL----
::::.::.::..:...::.:::::::: ::::.:.: :: :::: .... :.. ::
CCDS81 ELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQ
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370
pF1KSD ----------ESNRKGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEME
:.. . :..: . . .:::..:..:.::: :::.:: .:.::..:.:
CCDS81 QHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIE
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KSD LAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTN
::::.::::. ::::.:..:::::....:.. :. :::.:. :.:.:.:. .:::::::
CCDS81 LAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTN
340 350 360 370 380 390
440 450 460
pF1KSD QMAATIKQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
...:...::::
CCDS81 KITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLK
400 410 420 430 440 450
>>CCDS41534.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 (641 aa)
initn: 1374 init1: 1246 opt: 1286 Z-score: 800.8 bits: 158.0 E(32554): 2.8e-38
Smith-Waterman score: 1602; 63.1% identity (86.3% similar) in 401 aa overlap (59-445:39-436)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD CKFRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESAL
.::. : :: ::.:::::::::::::::
CCDS41 RREDASQVLAWVPDAEGGRRGMLTRRSLATKDPT---AVERANLLNMAKLSIKGLIESAL
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KSD NLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITA
..:::::::: ::::::::::::::::::..:.::. ::..:::::::::: ::: :: :
CCDS41 SFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGA
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAII
::.::::::::.::.::::::::::::...:.. :: ...::::::: .:::::::::.:
CCDS41 SVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVI
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KSD AGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVE
.::::::::::::.:.:::::::::::::::::::. .. . : . ::.::::::::::
CCDS41 VGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVE
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KSD ELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYIL----
::::.::.::..:...::.:::::::: ::::.:.: :: :::: .... :.. ::
CCDS41 ELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQ
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370
pF1KSD ----------ESNRKGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEME
:.. . :..: . . .:::..:..:.::: :::.:: .:.::..:.:
CCDS41 QHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIE
310 320 330 340 350 360
380 390 400 410 420 430
pF1KSD LAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTN
::::.::::. ::::.:..:::::....:.. :. :::.:. :.:.:.:. .:::::::
CCDS41 LAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTN
370 380 390 400 410 420
440 450 460
pF1KSD QMAATIKQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
...:...::::
CCDS41 KITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLK
430 440 450 460 470 480
>>CCDS34312.1 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5 (600 aa)
initn: 1254 init1: 1200 opt: 1276 Z-score: 795.1 bits: 156.8 E(32554): 5.7e-38
Smith-Waterman score: 1517; 60.0% identity (85.8% similar) in 395 aa overlap (65-445:1-395)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD MDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTL
: .:: :::.: ::::: :..:::.:::.:
CCDS34 MMEERANLMHMMKLSIKVLLQSALSLGRSL
10 20 30
100 110 120 130 140 150
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:.:.:::::::::::::::::::.::.:.::::::.::::::::: :::..:..::..::
CCDS34 DADHAPLQQFFVVMEHCLKHGLKVKKSFIGQNKSFFGPLELVEKLCPEASDIATSVRNLP
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KSD GLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVG
::: :::::::: ::::::::..:.:.::..:.::::::::.:::::::: .:.:::::
CCDS34 ELKTAVGRGRAWLYLALMQKKLADYLKVLIDNKHLLSEFYEPEALMMEEEGMVIVGLLVG
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
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:::.:::.:.:::::::::::::::.:::: .. : . .:: .::::::::::::::
CCDS34 LNVLDANLCLKGEDLDSQVGVIDFSLYLKDVQDLDGGKEHERITDVLDQKNYVEELNRHL
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KSD NATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNRKG---P
. ::..::.:.:.:::.:.:: :::..:..:: .::::.....:.. : : ..:.
CCDS34 SCTVGDLQTKIDGLEKTNSKLQEELSAATDRICSLQEEQQQLREQNELIRERSEKSVEIT
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380
pF1KSD KQDRTAEGQALSEAR-----------KHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKML
::: .: .. ...: :.:::: ..::..:::::.::.:. :::.:::.:
CCDS34 KQDTKVELETYKQTRQGLDEMYSDVWKQLKEEKKVRLELEKELELQIGMKTEMEIAMKLL
280 290 300 310 320 330
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:::. ::::.::.:::::....:.. .. : :... ...::.: . .: ::::. ...
CCDS34 EKDTHEKQDTLVALRQQLEEVKAINLQMFHKAQNAESSLQQKNEAITSFEGKTNQVMSSM
340 350 360 370 380 390
450 460
pF1KSD KQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
::.:.
CCDS34 KQMEERLQHSERARQGAEERSHKLQQELGGRIGALQLQLSQLHEQCSSLEKELKSEKEQR
400 410 420 430 440 450
>>CCDS4445.2 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5 (708 aa)
initn: 1254 init1: 1200 opt: 1276 Z-score: 794.3 bits: 156.9 E(32554): 6.4e-38
Smith-Waterman score: 1517; 60.0% identity (85.8% similar) in 395 aa overlap (65-445:109-503)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD MDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESALNLGRTL
: .:: :::.: ::::: :..:::.:::.:
CCDS44 ASCGSALRAAAGLGGGDSGDGTARAASKCQMMEERANLMHMMKLSIKVLLQSALSLGRSL
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100 110 120 130 140 150
pF1KSD DSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITASVKDLP
:.:.:::::::::::::::::::.::.:.::::::.::::::::: :::..:..::..::
CCDS44 DADHAPLQQFFVVMEHCLKHGLKVKKSFIGQNKSFFGPLELVEKLCPEASDIATSVRNLP
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KSD GLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAIIAGLLVG
::: :::::::: ::::::::..:.:.::..:.::::::::.:::::::: .:.:::::
CCDS44 ELKTAVGRGRAWLYLALMQKKLADYLKVLIDNKHLLSEFYEPEALMMEEEGMVIVGLLVG
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KSD LNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVEELNRHL
:::.:::.:.:::::::::::::::.:::: .. : . .:: .::::::::::::::
CCDS44 LNVLDANLCLKGEDLDSQVGVIDFSLYLKDVQDLDGGKEHERITDVLDQKNYVEELNRHL
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KSD NATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYILESNRKG---P
. ::..::.:.:.:::.:.:: :::..:..:: .::::.....:.. : : ..:.
CCDS44 SCTVGDLQTKIDGLEKTNSKLQEELSAATDRICSLQEEQQQLREQNELIRERSEKSVEIT
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380
pF1KSD KQDRTAEGQALSEAR-----------KHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEMELAMKML
::: .: .. ...: :.:::: ..::..:::::.::.:. :::.:::.:
CCDS44 KQDTKVELETYKQTRQGLDEMYSDVWKQLKEEKKVRLELEKELELQIGMKTEMEIAMKLL
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KSD EKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTNQMAATI
:::. ::::.::.:::::....:.. .. : :... ...::.: . .: ::::. ...
CCDS44 EKDTHEKQDTLVALRQQLEEVKAINLQMFHKAQNAESSLQQKNEAITSFEGKTNQVMSSM
440 450 460 470 480 490
450 460
pF1KSD KQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
::.:.
CCDS44 KQMEERLQHSERARQGAEERSHKLQQELGGRIGALQLQLSQLHEQCSSLEKELKSEKEQR
500 510 520 530 540 550
>>CCDS60544.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 (379 aa)
initn: 1472 init1: 946 opt: 994 Z-score: 627.2 bits: 125.1 E(32554): 1.3e-28
Smith-Waterman score: 1336; 59.5% identity (85.8% similar) in 353 aa overlap (119-457:3-355)
90 100 110 120 130 140
pF1KSD NLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITA
.:.::. ::..:::::::::: ::: :: :
CCDS60 MVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGA
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAII
::.::::::::.::.::::::::::::...:.. :: ...::::::: .:::::::::.:
CCDS60 SVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVI
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KSD AGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVE
.::::::::::::.:.:::::::::::::::::::. .. . : . ::.::::::::::
CCDS60 VGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVE
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270 280 290 300 310 320
pF1KSD ELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYIL----
::::.::.::..:...::.:::::::: ::::.:.: :: :::: .... :.. ::
CCDS60 ELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQ
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pF1KSD ----------ESNRKGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEME
:.. . :..: . . .:::..:..:.::: :::.:: .:.::..:.:
CCDS60 QHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIE
220 230 240 250 260 270
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pF1KSD LAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTN
::::.::::. ::::.:..:::::....:.. :. :::.:. :.:.:.:. .:::::::
CCDS60 LAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTN
280 290 300 310 320 330
440 450 460
pF1KSD QMAATIKQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
...:...:::::..::. :..:.
CCDS60 KITAAMRQLEQSDNDLLTQTRTIAMSLVKCASSDTQDQYKLVKDISF
340 350 360 370
>>CCDS44414.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 (403 aa)
initn: 1122 init1: 596 opt: 656 Z-score: 422.6 bits: 87.3 E(32554): 3.2e-17
Smith-Waterman score: 1397; 56.9% identity (78.7% similar) in 413 aa overlap (59-457:4-379)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD CKFRVSMDGEWLCLRELDDISLTPDPEPTHEDPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIESAL
.::. : :: ::.:::::::::::::::
CCDS44 MATKDPT---AVERANLLNMAKLSIKGLIESAL
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KSD NLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKKTFLGQNKSFWGPLELVEKLVPEAAEITA
..:::::::: ::::::::::::::::::..:.::. ::..:::::::::: ::: :: :
CCDS44 SFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGA
40 50 60 70 80 90
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pF1KSD SVKDLPGLKTPVGRGRAWLRLALMQKKLSEYMKALINKKELLSEFYEPNALMMEEEGAII
::.::::: .:::: .:::::::::.:
CCDS44 SVRDLPGL----------------------------------NEFYEYHALMMEEEGAVI
100 110
210 220 230 240 250 260
pF1KSD AGLLVGLNVIDANFCMKGEDLDSQVGVIDFSMYLKDGNSSKGTEGDGQITAILDQKNYVE
.::::::::::::.:.:::::::::::::::::::. .. . : . ::.::::::::::
CCDS44 VGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVE
120 130 140 150 160 170
270 280 290 300 310 320
pF1KSD ELNRHLNATVNNLQAKVDALEKSNTKLTEELAVANNRIITLQEEMERVKEESSYIL----
::::.::.::..:...::.:::::::: ::::.:.: :: :::: .... :.. ::
CCDS44 ELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQ
180 190 200 210 220 230
330 340 350 360 370
pF1KSD ----------ESNRKGPKQDRTAEGQALSEARKHLKEETQLRLDVEKELEMQISMRQEME
:.. . :..: . . .:::..:..:.::: :::.:: .:.::..:.:
CCDS44 QHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIE
240 250 260 270 280 290
380 390 400 410 420 430
pF1KSD LAMKMLEKDVCEKQDALVSLRQQLDDLRALKHELAFKLQSSDLGVKQKSELNSRLEEKTN
::::.::::. ::::.:..:::::....:.. :. :::.:. :.:.:.:. .:::::::
CCDS44 LAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTN
300 310 320 330 340 350
440 450 460
pF1KSD QMAATIKQLEQSEKDLVKQAKTLNSAANKLIPKHH
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CCDS44 KITAAMRQLEQSDNDLLTQTRTIAMSLVKCASSDTQDQYKLVKDISF
360 370 380 390 400
469 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 03:51:37 2016 done: Thu Nov 3 03:51:38 2016
Total Scan time: 2.960 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]