FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0915, 841 aa 1>>>pF1KSDA0915 841 - 841 aa - 841 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.3832+/-0.000439; mu= -21.3264+/- 0.027 mean_var=585.9028+/-123.328, 0's: 0 Z-trim(124.3): 73 B-trim: 0 in 0/58 Lambda= 0.052986 statistics sampled from 45525 (45614) to 45525 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.808), E-opt: 0.2 (0.535), width: 16 Scan time: 17.090 The best scores are: opt bits E(85289) NP_079290 (OMIM: 608504) rho guanine nucleotide ex ( 841) 5756 455.4 4.9e-127 NP_776089 (OMIM: 608504) rho guanine nucleotide ex ( 841) 5756 455.4 4.9e-127 XP_011522038 (OMIM: 608504) PREDICTED: rho guanine ( 792) 3906 314.0 1.8e-84 XP_011522037 (OMIM: 608504) PREDICTED: rho guanine ( 856) 3906 314.0 1.9e-84 XP_011522036 (OMIM: 608504) PREDICTED: rho guanine ( 856) 3906 314.0 1.9e-84 XP_011522039 (OMIM: 608504) PREDICTED: rho guanine ( 439) 1857 157.1 1.6e-37 NP_001107562 (OMIM: 605991) ephexin-1 isoform 2 [H ( 618) 979 90.1 3.3e-17 XP_011509225 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 i ( 710) 979 90.2 3.7e-17 NP_062824 (OMIM: 605991) ephexin-1 isoform 1 [Homo ( 710) 979 90.2 3.7e-17 NP_005426 (OMIM: 600888) rho guanine nucleotide ex (1597) 951 88.3 3e-16 XP_011539008 (OMIM: 612496) PREDICTED: rho guanine ( 802) 896 83.9 3.3e-15 NP_694945 (OMIM: 612496) rho guanine nucleotide ex ( 802) 896 83.9 3.3e-15 XP_011509226 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 i ( 433) 852 80.3 2.1e-14 XP_011509227 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 i ( 433) 852 80.3 2.1e-14 >>NP_079290 (OMIM: 608504) rho guanine nucleotide exchan (841 aa) initn: 5756 init1: 5756 opt: 5756 Z-score: 2401.7 bits: 455.4 E(85289): 4.9e-127 Smith-Waterman score: 5756; 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NP_001 MELLAAAFSAACAVDHDSSTSESDARDSAAGHLPGSESSSTPGNGATPE 10 20 30 40 280 290 300 310 320 330 pF1KSD LLPLLKPPKPTRVRQDATIFGDPPQPDLDLLSEDGIQTGDSPDEAPQNTPPATVEGREEE : : .:: . . .. : . : : : : .: ... .: :... NP_001 EWPALAD-SPTTLTEALRMIHPIPADSWRNLIE---QIGLLYQEYRDKSTLQEIETRRQQ 50 60 70 80 90 100 340 350 360 370 380 pF1KSD GLEVLKEQNWELPLQDEPLYQTYRAAVLSEELWGVGEDGSPSPANAGDAPTFPR-----P :. . : .: : . :: :. ::. . :.:. NP_001 DAEIEDNTNGSPASEDTPEEE--------EE-----EEEEEEPASPPERKTLPQICLLSN 110 120 130 140 150 390 400 410 420 430 440 pF1KSD PGPRNTLWQELPAVQASGLLDTLSPQERRMQESLFEVVTSEASYLRSLRLLTDTFVLSQA : : .:::.:: ...::.:. :.:.: ..::..::.::::::: .:: ::.. :. .. NP_001 PHSRFNLWQDLPEIRSSGVLEILQPEEIKLQEAMFELVTSEASYYKSLNLLVSHFMENER 160 170 180 190 200 210 450 460 470 480 490 500 pF1KSD LRDTLTPRDHHTLFSNVQRVQGVSERFLATLLSRVRSSPHISDLCDVVHAHAVGPFSVYV .: : : . : ::::: : .:::::: : :.. . :::.::.:. .:. ::::. NP_001 IRKILHPSEAHILFSNVLDVLAVSERFLLELEHRMEENIVISDVCDIVYRYAADHFSVYI 220 230 240 250 260 270 510 520 530 540 550 560 pF1KSD DYVRNQQYQEETYSRLMDTNVRFSAELRRLQSLPKCERLPLPSFLLLPFQRITRLRMLLQ :: :: :::.::..:.. .. : . .:. :::. ::. :::.:::::::::..:.: NP_001 TYVSNQTYQERTYKQLLQEKAAFRELIAQLELDPKCRGLPFSSFLILPFQRITRLKLLVQ 280 290 300 310 320 330 570 580 590 600 610 620 pF1KSD NILRQTEEGSSRQENAQKALGAVSKIIERCSAEVGRMKQTEELIRLTQRLRFHKVKALPL :::...:: : :. .: : . ... :. : .:..::..: . ....: :.:..:. NP_001 NILKRVEERSERECTALDAHKELEMVVKACNEGVRKMSRTEQMISIQKKMEF-KIKSVPI 340 350 360 370 380 390 630 640 650 660 670 680 pF1KSD VSWSRRLEFQGELTELGCRRGGVLFASRPRFTPLCLLLFSDLLLITQPKSGQRLQVLDYA .: :: : :::: ... . . . .. : . :.::.:::.: . :.. ::.: : NP_001 ISHSRWLLKQGELQQMSGPKTSRTLRTKKLFHEIYLFLFNDLLVICRQIPGDKYQVFDSA 400 410 420 430 440 450 690 700 710 720 730 740 pF1KSD HRSLVQAQQVPDPSGP--PTFRLSLLSNHQGRPTHRLLQASSLSDMQRWLGAFPTPGPLP :.:...... : . .: : :: : . : . .:.::: :.:.::. .. .:. NP_001 PRGLLRVEELEDQGQTLANVFILRLLENADDREATYMLKASSQSEMKRWMTSL-APNRRT 460 470 480 490 500 510 750 760 770 780 790 800 pF1KSD CSPDTIYEDCDCSQELCSESSAPAKTEGRSLESRAAPKHLHKTPEGWLKGLP------GA . . :: : : . . . . .:: . : :: .::. : : NP_001 KFVSFTSRLLDCPQVQCVHPYVAQQPDELTLELADILNILDKTDDGWIFGERLHDQERGW 520 530 540 550 560 570 810 820 830 840 pF1KSD FPAQLVCEVTGEHERRRHLRQNQRLLEAVGPSSGTPNAPPP ::.... :. . . : ..:.. :. . : NP_001 FPSSMTEEILNPKIRSQNLKECFRVHKMDDPQRSQNKDRRKLGSRNRQ 580 590 600 610 >>XP_011509225 (OMIM: 605991) PREDICTED: ephexin-1 isofo (710 aa) initn: 870 init1: 689 opt: 979 Z-score: 429.1 bits: 90.2 E(85289): 3.7e-17 Smith-Waterman score: 979; 36.2% identity (65.1% similar) in 475 aa overlap (370-831:221-693) 340 350 360 370 380 390 pF1KSD EQNWELPLQDEPLYQTYRAAVLSEELWGVGEDGSPSPANAGDAPTFPR-----PPGPRNT :. ::. . :.:. : : . 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