Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0945
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0945, 779 aa
1>>>pF1KSDA0945 779 - 779 aa - 779 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5270+/-0.000386; mu= -7.7998+/- 0.024
mean_var=365.3746+/-75.216, 0's: 0 Z-trim(124.0): 44 B-trim: 755 in 1/58
Lambda= 0.067097
statistics sampled from 44859 (44923) to 44859 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.803), E-opt: 0.2 (0.527), width: 16
Scan time: 13.950
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001288061 (OMIM: 613880) bromo adjacent homolog ( 779) 5520 548.6 3.6e-155
XP_011519669 (OMIM: 613880) PREDICTED: bromo adjac ( 831) 5520 548.7 3.8e-155
XP_011519671 (OMIM: 613880) PREDICTED: bromo adjac ( 780) 5508 547.5 8.1e-155
NP_055767 (OMIM: 613880) bromo adjacent homology d ( 780) 5508 547.5 8.1e-155
XP_011519668 (OMIM: 613880) PREDICTED: bromo adjac ( 832) 5508 547.5 8.5e-155
XP_011519670 (OMIM: 613880) PREDICTED: bromo adjac ( 829) 5470 543.8 1.1e-153
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 315 45.1 0.0036
XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 315 45.1 0.0036
XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 315 45.1 0.0036
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 315 45.1 0.0036
>>NP_001288061 (OMIM: 613880) bromo adjacent homology do (779 aa)
initn: 5520 init1: 5520 opt: 5520 Z-score: 2906.7 bits: 548.6 E(85289): 3.6e-155
Smith-Waterman score: 5520; 99.9% identity (100.0% similar) in 779 aa overlap (1-779:1-779)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD APKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHKPL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_001 APKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHQPL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAAGCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAAGCR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAKP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEKA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRDTVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRDTVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGEL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD MMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFCA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KSD MAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHRTVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHRTVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
730 740 750 760 770
>>XP_011519669 (OMIM: 613880) PREDICTED: bromo adjacent (831 aa)
initn: 5520 init1: 5520 opt: 5520 Z-score: 2906.4 bits: 548.7 E(85289): 3.8e-155
Smith-Waterman score: 5520; 99.9% identity (100.0% similar) in 779 aa overlap (1-779:53-831)
10 20 30
pF1KSD MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNM
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CVFILSVLIPLGLAPATSGLSTLSQGWKYSMTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNM
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KSD EQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKRPLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKRPLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEAD
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KSD ELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGD
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAA
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KSD AFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPPAPKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPPAPKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAA
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KSD GPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHKPLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGR
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHQPLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGR
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KSD PGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGNPADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGNPADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQC
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPSSVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPSSVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYS
450 460 470 480 490 500
460 470 480 490 500 510
pF1KSD ICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAAGCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAAGCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSV
510 520 530 540 550 560
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPK
570 580 590 600 610 620
580 590 600 610 620 630
pF1KSD QPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRDT
630 640 650 660 670 680
640 650 660 670 680 690
pF1KSD VLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVF
690 700 710 720 730 740
700 710 720 730 740 750
pF1KSD ASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFCAMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFCAMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHRT
750 760 770 780 790 800
760 770
pF1KSD VPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
:::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
810 820 830
>>XP_011519671 (OMIM: 613880) PREDICTED: bromo adjacent (780 aa)
initn: 3433 init1: 3391 opt: 5508 Z-score: 2900.5 bits: 547.5 E(85289): 8.1e-155
Smith-Waterman score: 5508; 99.7% identity (99.9% similar) in 780 aa overlap (1-779:1-780)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD APKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHKPL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
XP_011 APKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHQPL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KSD SVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAA-GC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
XP_011 SVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAAEGC
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD RSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAK
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD PPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEK
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD AVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRDTVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRDTVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGE
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD LMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFC
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KSD AMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHRTVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHRTVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
730 740 750 760 770 780
>>NP_055767 (OMIM: 613880) bromo adjacent homology domai (780 aa)
initn: 3433 init1: 3391 opt: 5508 Z-score: 2900.5 bits: 547.5 E(85289): 8.1e-155
Smith-Waterman score: 5508; 99.7% identity (99.9% similar) in 780 aa overlap (1-779:1-780)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD APKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHKPL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_055 APKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHQPL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KSD SVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAA-GC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
NP_055 SVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAAEGC
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD RSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAK
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD PPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEK
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD AVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRDTVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRDTVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGE
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD LMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFC
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KSD AMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHRTVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHRTVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
730 740 750 760 770 780
>>XP_011519668 (OMIM: 613880) PREDICTED: bromo adjacent (832 aa)
initn: 3433 init1: 3391 opt: 5508 Z-score: 2900.1 bits: 547.5 E(85289): 8.5e-155
Smith-Waterman score: 5508; 99.7% identity (99.9% similar) in 780 aa overlap (1-779:53-832)
10 20 30
pF1KSD MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNM
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CVFILSVLIPLGLAPATSGLSTLSQGWKYSMTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNM
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KSD EQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKRPLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKRPLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEAD
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KSD ELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGD
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAA
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KSD AFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPPAPKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPPAPKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAA
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KSD GPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHKPLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGR
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHQPLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGR
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KSD PGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGNPADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGNPADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQC
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPSSVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPSSVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYS
450 460 470 480 490 500
460 470 480 490 500
pF1KSD ICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAA-GCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPS
::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAAEGCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPS
510 520 530 540 550 560
510 520 530 540 550 560
pF1KSD VPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHP
570 580 590 600 610 620
570 580 590 600 610 620
pF1KSD KQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRD
630 640 650 660 670 680
630 640 650 660 670 680
pF1KSD TVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEV
690 700 710 720 730 740
690 700 710 720 730 740
pF1KSD FASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFCAMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFCAMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHR
750 760 770 780 790 800
750 760 770
pF1KSD TVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
810 820 830
>>XP_011519670 (OMIM: 613880) PREDICTED: bromo adjacent (829 aa)
initn: 4080 init1: 3391 opt: 5470 Z-score: 2880.2 bits: 543.8 E(85289): 1.1e-153
Smith-Waterman score: 5470; 99.4% identity (99.5% similar) in 780 aa overlap (1-779:53-829)
10 20 30
pF1KSD MTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNM
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CVFILSVLIPLGLAPATSGLSTLSQGWKYSMTHTRRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNM
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KSD EQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKRPLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKRPLVPEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEAD
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KSD ELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLNAEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGD
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDLSPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAA
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KSD AFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPPAPKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPPAPKAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAA
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KSD GPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHKPLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGR
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQPSHQPLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPEPGR
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KSD PGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGNPADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSPLPMPGNPADYNGLCVGPELTALGSFYLYCGQEGLQC
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPSSVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGYSPCPMLPEGKLSPVAAPHEEGLLLAPSSVPSGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYS
450 460 470 480 490 500
460 470 480 490 500
pF1KSD ICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAA-GCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPS
::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ICGVLPLSVTHAGTTCGGCPYKMPFAAEGCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPS
510 520 530 540 550 560
510 520 530 540 550 560
pF1KSD VPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VPPAAEPVPHLQTPTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHP
570 580 590 600 610 620
570 580 590 600 610 620
pF1KSD KQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KQPRVQRPRPRRRRRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDEPEPAIRKSYQAVERHGETIRVRD
630 640 650 660 670 680
630 640 650 660 670 680
pF1KSD TVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
XP_011 TVLLKSGPRKTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHE---NEV
690 700 710 720 730
690 700 710 720 730 740
pF1KSD FASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFCAMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FASRHQDQNSVACIEEKCYVLTFAEYCRFCAMAKRRGEGLPSRKTALVPPSADYSTPPHR
740 750 760 770 780 790
750 760 770
pF1KSD TVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVPEDTDPELVFLCRHVYDFRHGRILKNPQ
800 810 820
>>XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2078 aa)
initn: 159 init1: 108 opt: 315 Z-score: 177.8 bits: 45.1 E(85289): 0.0036
Smith-Waterman score: 345; 25.5% identity (43.3% similar) in 635 aa overlap (35-643:876-1452)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD RRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR-PLV
.:: :.: : : :. :. : .
XP_011 SKDSPATTHSPTPPSPKGAPTPSAVTPLSPKGVTLPPKETP---TPSVVNLPFPKEGPAT
850 860 870 880 890 900
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLN
: .: . .: ..:..: .: : .: ::: . :. . : . .
XP_011 PAPKQAPALSMTS----SSPKKA-RATPAPKGIPASPSPKGAPTPPAATPPSPK-----G
910 920 930 940 950
130 140 150 160 170 180
pF1KSD AEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDL
. : . . . :.: : : : . : ... :. ::
XP_011 GPATPS---PKWAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPP-AATPPSPK-----GGPATP
960 970 980 990 1000
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP-AP
::. :: : :.:: .: :. : : .. : : . . . : ::
XP_011 SPKGAPT--PPAVTPPSPK--GSPAATPFPKGASTP--PAATPPSPKGSPAATPLPKGAP
1010 1020 1030 1040 1050
250 260 270 280 290
pF1KSD KAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQP-SHK---
.: :. .: . .:: . :: ::. .: : : :...: :.. : : :
XP_011 TTPAATLPSPKGGPATPSLKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPMPPAATPPSPKGGL
1060 1070 1080 1090 1100 1110
300 310 320 330 340 350
pF1KSD --PLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPE--PGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSP
: :. . . : : :: :. :. : :. :.:: : . : :. .:
XP_011 ATPPHKGAPTTPAATPPSP--KGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGL---ATPPPKGAP
1120 1130 1140 1150 1160 1170
360 370 380 390 400
pF1KSD L-PMPGNPADYNGLCV----GPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKL-SP--
: :. .:: . : : .. : :: . . : : . ::
XP_011 TTPAATPPSPKGGLATPSPKGAPTTPAATPPSPKG--GLATPSPKGAPTTPAATPPSPKG
1180 1190 1200 1210 1220 1230
410 420 430 440 450 460
pF1KSD -VAAPHEEGLLLAPSSVP---SGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHA
.:.: .: .:...: .: : :: :. .. ...: :. . :
XP_011 GLATPSPKGAPTTPAATPPSPKGGPATPPPKGAPTPPAATPPSLKG----GL--ATPPHK
1240 1250 1260 1270 1280
470 480 490 500 510 520
pF1KSD GTTCGGCPYKMPFAAGCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQT
:. . .: . : : :. : :: : : . :: . :.: :
XP_011 GAPNPAVVTPPSPKGGPATSPPKGAPTPPAATPPSPK----GSP-GTPPPKGAPTPPAVT
1290 1300 1310 1320 1330
530 540 550 560 570 580
pF1KSD PTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRR
: : :. . . : : :: ::.: : :: . . . : ::: : . : :.:
XP_011 PPS-PKGTP-TLP--ATTPS-SKGGPTTPSS--KEGPTPPAATPSHKGGPAMTPPSPKRG
1340 1350 1360 1370 1380 1390
590 600 610 620 630
pF1KSD RRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDE---PEPAIRKSYQAVERHGE-TIRVRDTVLLKSGPR
. : : :: :. : . . :. .:. : . : ::..:
XP_011 PAIPS----PKGDPTSPAVIPLSPKKAPATPVTREGAATPSKGDLTPPAVTPVSLKKAP-
1400 1410 1420 1430 1440
640 650 660 670 680 690
pF1KSD KTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQN
::.:
XP_011 ATSAPKGGPATPSSKGDPTLPAVTPPSPKEPPAPKQVATSSSPKKAPATPAPMGAPTLPA
1450 1460 1470 1480 1490 1500
>>XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2082 aa)
initn: 159 init1: 108 opt: 315 Z-score: 177.8 bits: 45.1 E(85289): 0.0036
Smith-Waterman score: 345; 25.5% identity (43.3% similar) in 635 aa overlap (35-643:876-1452)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD RRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR-PLV
.:: :.: : : :. :. : .
XP_006 SKDSPATTHSPTPPSPKGAPTPSAVTPLSPKGVTLPPKETP---TPSVVNLPFPKEGPAT
850 860 870 880 890 900
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLN
: .: . .: ..:..: .: : .: ::: . :. . : . .
XP_006 PAPKQAPALSMTS----SSPKKA-RATPAPKGIPASPSPKGAPTPPAATPPSPK-----G
910 920 930 940 950
130 140 150 160 170 180
pF1KSD AEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDL
. : . . . :.: : : : . : ... :. ::
XP_006 GPATPS---PKWAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPP-AATPPSPK-----GGPATP
960 970 980 990 1000
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP-AP
::. :: : :.:: .: :. : : .. : : . . . : ::
XP_006 SPKGAPT--PPAVTPPSPK--GSPAATPFPKGASTP--PAATPPSPKGSPAATPLPKGAP
1010 1020 1030 1040 1050
250 260 270 280 290
pF1KSD KAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQP-SHK---
.: :. .: . .:: . :: ::. .: : : :...: :.. : : :
XP_006 TTPAATLPSPKGGPATPSLKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPMPPAATPPSPKGGL
1060 1070 1080 1090 1100 1110
300 310 320 330 340 350
pF1KSD --PLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPE--PGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSP
: :. . . : : :: :. :. : :. :.:: : . : :. .:
XP_006 ATPPHKGAPTTPAATPPSP--KGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGL---ATPPPKGAP
1120 1130 1140 1150 1160 1170
360 370 380 390 400
pF1KSD L-PMPGNPADYNGLCV----GPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKL-SP--
: :. .:: . : : .. : :: . . : : . ::
XP_006 TTPAATPPSPKGGLATPSPKGAPTTPAATPPSPKG--GLATPSPKGAPTTPAATPPSPKG
1180 1190 1200 1210 1220 1230
410 420 430 440 450 460
pF1KSD -VAAPHEEGLLLAPSSVP---SGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHA
.:.: .: .:...: .: : :: :. .. ...: :. . :
XP_006 GLATPSPKGAPTTPAATPPSPKGGPATPPPKGAPTPPAATPPSLKG----GL--ATPPHK
1240 1250 1260 1270 1280
470 480 490 500 510 520
pF1KSD GTTCGGCPYKMPFAAGCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQT
:. . .: . : : :. : :: : : . :: . :.: :
XP_006 GAPNPAVVTPPSPKGGPATSPPKGAPTPPAATPPSPK----GSP-GTPPPKGAPTPPAVT
1290 1300 1310 1320 1330
530 540 550 560 570 580
pF1KSD PTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRR
: : :. . . : : :: ::.: : :: . . . : ::: : . : :.:
XP_006 PPS-PKGTP-TLP--ATTPS-SKGGPTTPSS--KEGPTPPAATPSHKGGPAMTPPSPKRG
1340 1350 1360 1370 1380 1390
590 600 610 620 630
pF1KSD RRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDE---PEPAIRKSYQAVERHGE-TIRVRDTVLLKSGPR
. : : :: :. : . . :. .:. : . : ::..:
XP_006 PAIPS----PKGDPTSPAVIPLSPKKAPATPVTREGAATPSKGDLTPPAVTPVSLKKAP-
1400 1410 1420 1430 1440
640 650 660 670 680 690
pF1KSD KTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQN
::.:
XP_006 ATSAPKGGPATPSSKGDPTLPAVTPPSPKEPPAPKQVATSSSPKKAPATPAPMGAPTLPA
1450 1460 1470 1480 1490 1500
>>XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2082 aa)
initn: 159 init1: 108 opt: 315 Z-score: 177.8 bits: 45.1 E(85289): 0.0036
Smith-Waterman score: 345; 25.5% identity (43.3% similar) in 635 aa overlap (35-643:876-1452)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD RRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR-PLV
.:: :.: : : :. :. : .
XP_006 SKDSPATTHSPTPPSPKGAPTPSAVTPLSPKGVTLPPKETP---TPSVVNLPFPKEGPAT
850 860 870 880 890 900
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLN
: .: . .: ..:..: .: : .: ::: . :. . : . .
XP_006 PAPKQAPALSMTS----SSPKKA-RATPAPKGIPASPSPKGAPTPPAATPPSPK-----G
910 920 930 940 950
130 140 150 160 170 180
pF1KSD AEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDL
. : . . . :.: : : : . : ... :. ::
XP_006 GPATPS---PKWAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPP-AATPPSPK-----GGPATP
960 970 980 990 1000
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP-AP
::. :: : :.:: .: :. : : .. : : . . . : ::
XP_006 SPKGAPT--PPAVTPPSPK--GSPAATPFPKGASTP--PAATPPSPKGSPAATPLPKGAP
1010 1020 1030 1040 1050
250 260 270 280 290
pF1KSD KAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQP-SHK---
.: :. .: . .:: . :: ::. .: : : :...: :.. : : :
XP_006 TTPAATLPSPKGGPATPSLKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPMPPAATPPSPKGGL
1060 1070 1080 1090 1100 1110
300 310 320 330 340 350
pF1KSD --PLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPE--PGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSP
: :. . . : : :: :. :. : :. :.:: : . : :. .:
XP_006 ATPPHKGAPTTPAATPPSP--KGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGL---ATPPPKGAP
1120 1130 1140 1150 1160 1170
360 370 380 390 400
pF1KSD L-PMPGNPADYNGLCV----GPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKL-SP--
: :. .:: . : : .. : :: . . : : . ::
XP_006 TTPAATPPSPKGGLATPSPKGAPTTPAATPPSPKG--GLATPSPKGAPTTPAATPPSPKG
1180 1190 1200 1210 1220 1230
410 420 430 440 450 460
pF1KSD -VAAPHEEGLLLAPSSVP---SGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHA
.:.: .: .:...: .: : :: :. .. ...: :. . :
XP_006 GLATPSPKGAPTTPAATPPSPKGGPATPPPKGAPTPPAATPPSLKG----GL--ATPPHK
1240 1250 1260 1270 1280
470 480 490 500 510 520
pF1KSD GTTCGGCPYKMPFAAGCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQT
:. . .: . : : :. : :: : : . :: . :.: :
XP_006 GAPNPAVVTPPSPKGGPATSPPKGAPTPPAATPPSPK----GSP-GTPPPKGAPTPPAVT
1290 1300 1310 1320 1330
530 540 550 560 570 580
pF1KSD PTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRR
: : :. . . : : :: ::.: : :: . . . : ::: : . : :.:
XP_006 PPS-PKGTP-TLP--ATTPS-SKGGPTTPSS--KEGPTPPAATPSHKGGPAMTPPSPKRG
1340 1350 1360 1370 1380 1390
590 600 610 620 630
pF1KSD RRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDE---PEPAIRKSYQAVERHGE-TIRVRDTVLLKSGPR
. : : :: :. : . . :. .:. : . : ::..:
XP_006 PAIPS----PKGDPTSPAVIPLSPKKAPATPVTREGAATPSKGDLTPPAVTPVSLKKAP-
1400 1410 1420 1430 1440
640 650 660 670 680 690
pF1KSD KTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQN
::.:
XP_006 ATSAPKGGPATPSSKGDPTLPAVTPPSPKEPPAPKQVATSSSPKKAPATPAPMGAPTLPA
1450 1460 1470 1480 1490 1500
>>XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2082 aa)
initn: 159 init1: 108 opt: 315 Z-score: 177.8 bits: 45.1 E(85289): 0.0036
Smith-Waterman score: 345; 25.5% identity (43.3% similar) in 635 aa overlap (35-643:876-1452)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD RRKSLPMLSSGLTGRREPLQMEDSNMEQGVEGVEPGMPESPGHLTGRRKNYPLRKR-PLV
.:: :.: : : :. :. : .
XP_006 SKDSPATTHSPTPPSPKGAPTPSAVTPLSPKGVTLPPKETP---TPSVVNLPFPKEGPAT
850 860 870 880 890 900
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PEKPKACKVLLTRLENVAGPRSADEADELPPDLPKPPSPAPSSEDPGLAQPRKRRLASLN
: .: . .: ..:..: .: : .: ::: . :. . : . .
XP_006 PAPKQAPALSMTS----SSPKKA-RATPAPKGIPASPSPKGAPTPPAATPPSPK-----G
910 920 930 940 950
130 140 150 160 170 180
pF1KSD AEALNNLLLEREDTSSLAGTRRSRAGDPHRSRDRDRATGGWSSSKKRPRLGDLGGGSRDL
. : . . . :.: : : : . : ... :. ::
XP_006 GPATPS---PKWAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPP-AATPPSPK-----GGPATP
960 970 980 990 1000
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SPEPAPDEGPRRDGDPAPKRLASLNAAAFLKLSQERELPLRLPRAHAEVDGRSTEPP-AP
::. :: : :.:: .: :. : : .. : : . . . : ::
XP_006 SPKGAPT--PPAVTPPSPK--GSPAATPFPKGASTP--PAATPPSPKGSPAATPLPKGAP
1010 1020 1030 1040 1050
250 260 270 280 290
pF1KSD KAPRPKWPKVNGKNYPKAWQGASSGEAAGPPGWQGCPDEPWPSATPCGPSVQP-SHK---
.: :. .: . .:: . :: ::. .: : : :...: :.. : : :
XP_006 TTPAATLPSPKGGPATPSLKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPMPPAATPPSPKGGL
1060 1070 1080 1090 1100 1110
300 310 320 330 340 350
pF1KSD --PLSKALESPLGLRPHLPLLMGGQAALKPE--PGRPGEESPAPKQELHQPSFPTPQLSP
: :. . . : : :: :. :. : :. :.:: : . : :. .:
XP_006 ATPPHKGAPTTPAATPPSP--KGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGL---ATPPPKGAP
1120 1130 1140 1150 1160 1170
360 370 380 390 400
pF1KSD L-PMPGNPADYNGLCV----GPELTALGSFYLYCGQEGLQCGGYSPCPMLPEGKL-SP--
: :. .:: . : : .. : :: . . : : . ::
XP_006 TTPAATPPSPKGGLATPSPKGAPTTPAATPPSPKG--GLATPSPKGAPTTPAATPPSPKG
1180 1190 1200 1210 1220 1230
410 420 430 440 450 460
pF1KSD -VAAPHEEGLLLAPSSVP---SGTPFQHPPWGSSRYCSSEDTGVNGYSICGVLPLSVTHA
.:.: .: .:...: .: : :: :. .. ...: :. . :
XP_006 GLATPSPKGAPTTPAATPPSPKGGPATPPPKGAPTPPAATPPSLKG----GL--ATPPHK
1240 1250 1260 1270 1280
470 480 490 500 510 520
pF1KSD GTTCGGCPYKMPFAAGCRSLGQLEFPLPEAGHPASPAHPLLGCPVPSVPPAAEPVPHLQT
:. . .: . : : :. : :: : : . :: . :.: :
XP_006 GAPNPAVVTPPSPKGGPATSPPKGAPTPPAATPPSPK----GSP-GTPPPKGAPTPPAVT
1290 1300 1310 1320 1330
530 540 550 560 570 580
pF1KSD PTSEPQTVARACPQSAKPPSGSKSGLRTGSSCRHTARSKAARRPSHPKQPRVQRPRPRRR
: : :. . . : : :: ::.: : :: . . . : ::: : . : :.:
XP_006 PPS-PKGTP-TLP--ATTPS-SKGGPTTPSS--KEGPTPPAATPSHKGGPAMTPPSPKRG
1340 1350 1360 1370 1380 1390
590 600 610 620 630
pF1KSD RRRRTNGWVPVGAACEKAVYVLDE---PEPAIRKSYQAVERHGE-TIRVRDTVLLKSGPR
. : : :: :. : . . :. .:. : . : ::..:
XP_006 PAIPS----PKGDPTSPAVIPLSPKKAPATPVTREGAATPSKGDLTPPAVTPVSLKKAP-
1400 1410 1420 1430 1440
640 650 660 670 680 690
pF1KSD KTSTPYVAKISALWENPESGELMMSLLWYYRPEHLQGGRSPSMHEPLQNEVFASRHQDQN
::.:
XP_006 ATSAPKGGPATPSSKGDPTLPAVTPPSPKEPPAPKQVATSSSPKKAPATPAPMGAPTLPA
1450 1460 1470 1480 1490 1500
779 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 18:52:08 2016 done: Thu Nov 3 18:52:09 2016
Total Scan time: 13.950 Total Display time: 0.250
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]