Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0961
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0961, 519 aa
1>>>pF1KSDA0961 519 - 519 aa - 519 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3715+/-0.00084; mu= 15.8050+/- 0.052
mean_var=347.0789+/-70.428, 0's: 0 Z-trim(109.5): 2060 B-trim: 132 in 1/51
Lambda= 0.068843
statistics sampled from 15306 (17649) to 15306 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.512), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 8.250
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001284552 (OMIM: 608640) zinc finger protein 46 ( 540) 1786 193.0 1.9e-48
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1701 184.7 6.8e-46
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1701 184.7 6.9e-46
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1701 184.7 6.9e-46
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1701 184.8 7e-46
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1701 184.8 7e-46
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1701 184.8 7.1e-46
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1701 184.8 7.1e-46
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1701 184.8 7.1e-46
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1701 184.8 7.1e-46
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1701 184.8 7.2e-46
NP_001165697 (OMIM: 613903) zinc finger protein 54 ( 628) 1700 184.6 7.4e-46
NP_001165696 (OMIM: 613903) zinc finger protein 54 ( 660) 1700 184.7 7.6e-46
NP_689819 (OMIM: 613903) zinc finger protein 540 i ( 660) 1700 184.7 7.6e-46
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1682 182.8 2.5e-45
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1682 182.8 2.5e-45
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1682 182.8 2.6e-45
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1682 182.8 2.6e-45
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1641 178.9 4.7e-44
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1641 178.9 4.7e-44
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1641 178.9 4.7e-44
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1641 179.0 4.8e-44
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1641 179.0 4.9e-44
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1631 177.6 8e-44
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1631 177.8 8.9e-44
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1631 177.8 8.9e-44
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1631 177.8 8.9e-44
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1631 177.8 8.9e-44
NP_694563 (OMIM: 194480) zinc finger protein 3 hom ( 502) 1621 176.6 1.5e-43
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1619 176.6 2e-43
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1619 176.6 2e-43
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1619 176.7 2.1e-43
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1619 176.7 2.1e-43
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1619 176.7 2.1e-43
XP_016875410 (OMIM: 194537) PREDICTED: zinc finger ( 546) 1598 174.4 7.8e-43
NP_001243208 (OMIM: 194537) zinc finger protein 26 ( 566) 1598 174.4 7.9e-43
XP_016875409 (OMIM: 194537) PREDICTED: zinc finger ( 575) 1598 174.4 8e-43
XP_016881832 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 434) 1596 174.0 8.1e-43
>>NP_001284552 (OMIM: 608640) zinc finger protein 461 is (540 aa)
initn: 5073 init1: 1315 opt: 1786 Z-score: 990.9 bits: 193.0 E(85289): 1.9e-48
Smith-Waterman score: 2026; 57.5% identity (74.2% similar) in 532 aa overlap (1-516:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MARDLVMFRDVAVDFSQEEWECLNSYQRNLYRDVILENYSNLVSLAGCSISKPDVITLLE
::..::::::::.: ::::::::: :::::..:.:::::::::: : :.::: ::. ::
NP_001 MAHELVMFRDVAIDVSQEEWECLNPAQRNLYKEVMLENYSNLVSL-GLSVSKPAVISSLE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD QGKEPWMVVRDEKRRWTLDLESRYDTKKLFQGKDIYEMNLSQWKVMERIKS---------
::::::::::.: :: :: :: . .:: .:::: .:::: ::..::
NP_001 QGKEPWMVVREETGRWCPDLASRDEPQKLSPKRDIYETELSQWVNMEEFKSHSPERSIFS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KSD ------CGLEEQESPHEVCFRQVTKTTSEKMPTYRKLTSLPLYQKSHNREKPYECGECGK
: .:.... .: :::. . :.:: . . : : :. ..::: :: .: :
NP_001 AIWEGNCHFEQHQGQEEGYFRQLM-INHENMPIFSQHTLLT--QEFYDREKISECKKCRK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD AFRVRQQLTFHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQ-CAHLSRHQRIHTSDKLYECKKCGKIFT
: . .. :.: :. : ::::: . : : ..: :...:: :::.: : :.
NP_001 IFSYHLFFSHHKRTHSKELS-ECKECTEIVNTPC--LFKQQTIQNGDKCNECKECWKAFV
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD CGSDLRVHQRIHIGEKPYECKECGKAFRVRGQLNLHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQYAH
:.:. : ::: ::: :::.:::::: ..:.::::::::::::::::::::::: ..
NP_001 HCSQLK-HLRIHNGEKRYECNECGKAFNYGSELTLHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQRSQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD LTRHQRLNIAEKCYECKECGQAFLCSTGLRLHHKLHTGEKPYECKECGKAFRVRQQLTLH
::.::::. .:: ::::.::.::. . : : .:::::::::::::::.:: :..::.:
NP_001 LTQHQRLHTGEKPYECKQCGKAFIRGFQLTEHLRLHTGEKPYECKECGKTFRHRSHLTIH
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD QRIHTGEKPYDCKECGKTFSRGYHLTLHQRIHTGEKPYECKECQKFFRRYSELISHQGIH
::::::::::.:.::::.:: .. ::.::.:.:::::.:: : : .: :: ::
NP_001 QRIHTGEKPYECRECGKAFSYHSSFSHHQKIHSGKKPYECHECGKAFCDGLQLTLHQRIH
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD IGEKPYECKECGKAFRLFSQLTQHQSIHFGEKPFKCKECEKTFRLLSQLTQHQSIHTGEK
::::::::::::.:: :.: .:: :: :::: .: : :.::: :.: ::: ::::::
NP_001 TGEKPYECKECGKTFRQCSHLKRHQRIHTGEKPHECMICGKAFRLHSHLIQHQRIHTGEK
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KSD PYDCKECGKAFRLHSSLIQHQRIHSGEKPYKCKECKKAFRQHSHLTYHQRIHNVT
::.:::::::: :::. .:::::::.:::.: ::: .. .:. :: .:
NP_001 PYECKECGKAFSYHSSFSHHQRIHSGKKPYQC---GKAFNHRLQLNLHQTLHTGEKPVRF
480 490 500 510 520
NP_001 PLLPPHPSLAS
530 540
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
initn: 1669 init1: 1669 opt: 1701 Z-score: 944.9 bits: 184.7 E(85289): 6.8e-46
Smith-Waterman score: 1701; 59.6% identity (79.2% similar) in 379 aa overlap (138-516:236-614)
110 120 130 140 150 160
pF1KSD RIKSCGLEEQESPHEVCFRQVTKTTSEKMPTYRKLTSLPLYQKSHNREKPYECGECGKAF
:. ... : .:..:. ::::::.::::.:
NP_001 LKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSF
210 220 230 240 250 260
170 180 190 200 210 220
pF1KSD RVRQQLTFHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQCAHLSRHQRIHTSDKLYECKKCGKIFTCGS
:.... :.: :::::::::.:::::::: ::..: ::::..: :.: .::: :. .:
NP_001 SFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSS
270 280 290 300 310 320
230 240 250 260 270 280
pF1KSD DLRVHQRIHIGEKPYECKECGKAFRVRGQLNLHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQYAHLTR
.: ::::: :::::::.:::::: : ::: ::::::::: :::::: : . ::.
NP_001 SLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTE
330 340 350 360 370 380
290 300 310 320 330 340
pF1KSD HQRLNIAEKCYECKECGQAFLCSTGLRLHHKLHTGEKPYECKECGKAFRVRQQLTLHQRI
:.:.. .:: : :.:::..: :..: :.. :::::::::..:::::: .:: ::::
NP_001 HRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRI
390 400 410 420 430 440
350 360 370 380 390 400
pF1KSD HTGEKPYDCKECGKTFSRGYHLTLHQRIHTGEKPYECKECQKFFRRYSELISHQGIHIGE
:::::::.:..:::.::.. :: :::::::::::::..: . : . . ::.:: :: ::
NP_001 HTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGE
450 460 470 480 490 500
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KPYECKECGKAFRLFSQLTQHQSIHFGEKPFKCKECEKTFRLLSQLTQHQSIHTGEKPYD
:::::..::.:: : : .:: :: :::. :.:: :.: :.:.::. :::::::.
NP_001 KPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYE
510 520 530 540 550 560
470 480 490 500 510
pF1KSD CKECGKAFRLHSSLIQHQRIHSGEKPYKCKECKKAFRQHSHLTYHQRIHNVT
:..:::.:: . : ::.:::.::::: :..: ::: . : :: ::: :
NP_001 CHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
570 580 590 600 610
>--
initn: 1459 init1: 326 opt: 328 Z-score: 207.9 bits: 48.3 E(85289): 7.7e-05
Smith-Waterman score: 367; 33.2% identity (55.0% similar) in 238 aa overlap (35-249:1-235)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD LVMFRDVAVDFSQEEWECLNSYQRNLYRDVILENYSNLVSLAGCSISKPDVITLLEQGKE
.:... :::. : . ::.::.:::: :
NP_001 MLDTFRLLVSV-GHWLPKPNVISLLEQEAE
10 20
70 80 90 100 110
pF1KSD PWMVVRDEKRRWTLDLESRYDTKKLFQGKDIYEMNLSQWKVMER-----IKSCGLEEQES
: : . :::.: .: . : : .. ..:: . : :. :.
NP_001 LWAVESRLPQGVYPDLETRPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLWYCRGEDTEG
30 40 50 60 70 80
120 130 140 150 160
pF1KSD PHEVCFRQVTKT------TSEKMPTYRKLT------------SLPLYQKSHNREKPYECG
: ... . : : :. .. .:: . .:..:. :
NP_001 HWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWG
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KSD ECGKAFRVRQQLTFHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQCAHLSRHQRIHTSDKLYECKKCGK
:: : . .:. :. . ::::.:.:::::: . . : .:.: ::... :::..: :
NP_001 TRGK--REKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLK
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KSD IFTCGSDLRVHQRIHIGEKPYECKECGKAFRVRGQLNLHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQ
: .: : ::::: :::::.: .::.
NP_001 GFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSF
210 220 230 240 250 260
>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
initn: 1669 init1: 1669 opt: 1701 Z-score: 944.8 bits: 184.7 E(85289): 6.9e-46
Smith-Waterman score: 1701; 59.6% identity (79.2% similar) in 379 aa overlap (138-516:241-619)
110 120 130 140 150 160
pF1KSD RIKSCGLEEQESPHEVCFRQVTKTTSEKMPTYRKLTSLPLYQKSHNREKPYECGECGKAF
:. ... : .:..:. ::::::.::::.:
XP_016 LKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSF
220 230 240 250 260 270
170 180 190 200 210 220
pF1KSD RVRQQLTFHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQCAHLSRHQRIHTSDKLYECKKCGKIFTCGS
:.... :.: :::::::::.:::::::: ::..: ::::..: :.: .::: :. .:
XP_016 SFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSS
280 290 300 310 320 330
230 240 250 260 270 280
pF1KSD DLRVHQRIHIGEKPYECKECGKAFRVRGQLNLHQRIHTGEKPYECKECGKAFRQYAHLTR
.: ::::: :::::::.:::::: : ::: ::::::::: :::::: : . ::.
XP_016 SLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTE
340 350 360 370 380 390
290 300 310 320 330 340
pF1KSD HQRLNIAEKCYECKECGQAFLCSTGLRLHHKLHTGEKPYECKECGKAFRVRQQLTLHQRI
:.:.. .:: : :.:::..: :..: :.. :::::::::..:::::: .:: ::::
XP_016 HRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRI
400 410 420 430 440 450
350 360 370 380 390 400
pF1KSD HTGEKPYDCKECGKTFSRGYHLTLHQRIHTGEKPYECKECQKFFRRYSELISHQGIHIGE
:::::::.:..:::.::.. :: :::::::::::::..: . : . . ::.:: :: ::
XP_016 HTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGE
460 470 480 490 500 510
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KPYECKECGKAFRLFSQLTQHQSIHFGEKPFKCKECEKTFRLLSQLTQHQSIHTGEKPYD
:::::..::.:: : : .:: :: :::. :.:: :.: :.:.::. :::::::.
XP_016 KPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYE
520 530 540 550 560 570
470 480 490 500 510
pF1KSD CKECGKAFRLHSSLIQHQRIHSGEKPYKCKECKKAFRQHSHLTYHQRIHNVT
:..:::.:: . : ::.:::.::::: :..: ::: . : :: ::: :
XP_016 CHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
580 590 600 610 620
>--
initn: 1228 init1: 326 opt: 328 Z-score: 207.9 bits: 48.3 E(85289): 7.7e-05
Smith-Waterman score: 337; 48.6% identity (67.6% similar) in 105 aa overlap (315-417:138-240)
290 300 310 320 330 340
pF1KSD LTRHQRLNIAEKCYECKECGQAFLCSTGLRLHHKLHTGEK--PYECKECGKAFRVRQQLT
: :. : :. :. :: : . .:.
XP_016 VPVAFTPVKTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGK--REKPDLN
110 120 130 140 150 160
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LHQRIHTGEKPYDCKECGKTFSRGYHLTLHQRIHTGEKPYECKECQKFFRRYSELISHQG
. :. . :::: :.::::.::.. : :.: ::::.::::.:: : :: : : .::
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:: :::::.: .::.
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.:... :::. : . ::.::.:::: :
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... :::..: : : .: : ::::: :::::.: .::.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]