FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0980, 1382 aa 1>>>pF1KSDA0980 1382 - 1382 aa - 1382 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7408+/-0.00123; mu= 0.1555+/- 0.074 mean_var=362.9218+/-71.842, 0's: 0 Z-trim(112.1): 59 B-trim: 9 in 1/51 Lambda= 0.067324 statistics sampled from 12873 (12916) to 12873 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.714), E-opt: 0.2 (0.397), width: 16 Scan time: 6.520 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33452.1 NINL gene_id:22981|Hs108|chr20 (1382) 9058 895.3 0 CCDS82605.1 NINL gene_id:22981|Hs108|chr20 (1033) 4837 485.2 4.2e-136 CCDS32078.2 NIN gene_id:51199|Hs108|chr14 (1377) 1220 134.0 2.9e-30 CCDS32079.1 NIN gene_id:51199|Hs108|chr14 (2090) 1173 129.6 9.3e-29 >>CCDS33452.1 NINL gene_id:22981|Hs108|chr20 (1382 aa) initn: 9058 init1: 9058 opt: 9058 Z-score: 4771.1 bits: 895.3 E(32554): 0 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(1033 aa) initn: 4898 init1: 4829 opt: 4837 Z-score: 2557.0 bits: 485.2 E(32554): 4.2e-136 Smith-Waterman score: 5987; 74.7% identity (74.7% similar) in 1382 aa overlap (1-1382:1-1033) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MDEEENHYVSQLREVYSSCDTTGTGFLDRQELTQLCLKLHLEQQLPVLLQTLLGNDHFAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 MDEEENHYVSQLREVYSSCDTTGTGFLDRQELTQLCLKLHLEQQLPVLLQTLLGNDHFAR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD VNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASSAIPPKYVNGSKWYGRRSRPELCDA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 VNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASSAIPPKYVNGSKWYGRRSRPELCDA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD ATEARRVPEQQTQASLKSHLWRSASLESVESPKSDEEAESTKEAQNELFEAQGQLQTWDS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 ATEARRVPEQQTQASLKSHLWRSASLESVESPKSDEEAESTKEAQNELFEAQGQLQTWDS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD EDFGSPQKSCSPSFDTPESQIRGVWEELGVGSSGHLSEQELAVVCQSVGLQGLEKEELED 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1080 pF1KSD SLPSHLQLADPQGSWQEQLAAPEEGETKIALEREKDDMETKLLHLEDVVRALEKHVDLRE CCDS82 ------------------------------------------------------------ 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KSD NDRLEFHRLSEENTLLKNDLGRVRQELEAAESTHDAQRKEIEVLKKDKEKACSEMEVLNR ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 ---LEFHRLSEENTLLKNDLGRVRQELEAAESTHDAQRKEIEVLKKDKEKACSEMEVLNR 740 750 760 770 780 790 1150 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KSD QNQNYKDQLSQLNVRVLQLGQEASTHQAQNEEHRVTIQMLTQSLEEVVRSGQQQSDQIQK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 QNQNYKDQLSQLNVRVLQLGQEASTHQAQNEEHRVTIQMLTQSLEEVVRSGQQQSDQIQK 800 810 820 830 840 850 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KSD LRVELECLNQEHQSLQLPWSELTQTLEESQDQVQGAHLRLRQAQAQHLQEVRLVPQDRVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 LRVELECLNQEHQSLQLPWSELTQTLEESQDQVQGAHLRLRQAQAQHLQEVRLVPQDRVA 860 870 880 890 900 910 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KSD ELHRLLSLQGEQARRRLDAQREEHEKQLKATEERVEEAEMILKNMEMLLQEKVDKLKEQF 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CCDS32 MDEVEQDQHEARLKELFDSFDTTGTGSLGQEELTDLCHMLSLEEVAPVLQQTLLQDNLLG 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KSD RVNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASSAIPPKYVNGSKWYGRRSRPELCD ::.:..:::... .:: : ... : : :::: :.: ::::: ::. . CCDS32 RVHFDQFKEALILILS-----RTLSNEEHFQEPDCSLEAQPKYVRGGKRYGRRSLPEFQE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD AATEARRVP--EQQTQASLKSHLWRSASLESVESPKSDEEAESTKEAQNELFEAQGQLQT .. : .: : . . ::. : .: .: : ..: .::.:::. CCDS32 SVEEFPEVTVIEPLDEEARPSHI-----------PAGDC-SEHWKTQRSEEYEAEGQLRF 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KSD WDSEDFGSPQKSCSPSFDTPESQIRGVWEELGVGSSGHLSEQELAVVCQSVGLQGLEKEE :. .:... :.. :: : : ... : :.::. .:::....:. .:.. :::... : CCDS32 WNPDDLNASQSGSSPPQDWIEEKLQEVCEDLGITRDGHLNRKKLVSICEQYGLQNVDGEM 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KSD LEDLFNKLDQDGDGKVSLEEFQLGLFSHEPALLLESSTRVKPSKAWSHYQVPEESGCHTT ::..:..:: :: .:.:.: :::.. .: .:: . : .: .::: .:: CCDS32 LEEVFHNLDPDG--TMSVEDFFYGLFKNGKSLTPSASTPYRQLKRHLSMQSFDESGRRTT 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KSD TTSSLVSLCSSLRLFSSIDDGSGFAFPDQVLAMWTQEGIQNGREILQSLDFSVDEKVNLL :.:...: . .:.:: .::: : : ...: : .:::.:..:::..::::.: ..:: CCDS32 TSSAMTSTIG-FRVFSCLDDGMGHASVERILDTWQEEGIENSQEILKALDFSLDGNINLT 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KSD ELTWALDNELMTVDSAVQQAALACYHQELSYQQGQVEQLARERDKARQDLERAEKRNLEF ::: ::.:::... ....::::: .. :. . .:.:..::..: :.::..::: . . CCDS32 ELTLALENELLVTKNSIHQAALASFKAEIRHLLERVDQVVREKEKLRSDLDKAEKLKSLM 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KSD VKEMDDCHSTLEQLTEKKIKHLEQGYRERLSLLRSEVEAERELFWEQAHRQRAALEWDVG ..:.:: :...:. .: ....:.. :.::.. :..:.. ::: . .:: .:: :: .. CCDS32 ASEVDDHHAAIERRNEYNLRKLDEEYKERIAALKNELRKEREQILQQAGKQRLELEQEIE 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KSD RLQAEEAGLREKLTLALKENSRLQKEIVEVVEKLSDSERLALKLQKDLEFVLKDK---LE . ..:: .:..:.:.:::::::..:..: .:::.. : :. :::..:: :: .: :. CCDS32 KAKTEENYIRDRLALSLKENSRLENELLENAEKLAEYENLTNKLQRNLENVLAEKFGDLD 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 pF1KSD PQSAELLAQEERFAAVLKEYELKCRDLQDRNDELQAELE-----GLWARLPKNRHSPSW- :.:::.. ::::.. . .::: .:: :::. ::::.::: : ::: ..::: CCDS32 PSSAEFFLQEERLTQMRNEYERQCRVLQDQVDELQSELEEYRAQGRVLRLPL-KNSPSEE 530 540 550 560 570 590 600 610 620 630 640 pF1KSD --SPDGRRRQLPGLGPAGISFLGNSAPVSIETELMMEQVKE-HYQD---LRTQLETKVNY . .: . ::: : : .:::.::..::.:: :..: :: .:: :: . 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CCDS32 EHQSASLKSQLVASQEKVQNLEDTVQNVNLQMSRMKSDLRVTQQEKEALKQEVMSLHKQ- 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KSD EENTLLKNDLGRV-RQELEAAES-THDAQRK----EIEVLKKDKEKAC-SEMEVLNRQNQ :.: :. :. . : :. :.. ... : ..... .: : :. . : CCDS32 -----LQNAGGKSWAPEIATHPSGLHNQQKRLSWDKLDHLMNEEQQLLWQENERLQTMVQ 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1150 1160 1170 1180 1190 pF1KSD NYKDQLSQLNVRVLQLGQEA-STHQAQ---------NEEHRVTIQMLTQSLEEVVRSGQQ : : .:.. .: :: .. :: . .:....... ..... ... CCDS32 NTKAELTHSREKVRQLESNLLPKHQKHLNPSGTMNPTEQEKLSLKRECDQFQKEQSPANR 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1200 1210 1220 1230 1240 1250 pF1KSD QSDQIQKLRVELECLNQEHQSLQLPWSELTQTLEESQDQVQGAHLRLRQAQAQHLQEVR- . .:...:. ::: .. :...:. .: . : : : ..... . .: :: .. 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