Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0990
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0990, 802 aa
1>>>pF1KSDA0990 802 - 802 aa - 802 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5281+/-0.000399; mu= 20.5901+/- 0.025
mean_var=92.0448+/-19.113, 0's: 0 Z-trim(113.6): 88 B-trim: 2172 in 2/57
Lambda= 0.133682
statistics sampled from 22919 (23015) to 22919 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 12.380
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055733 (OMIM: 605282,608183) chondroitin sulfat ( 802) 5423 1056.8 0
NP_787052 (OMIM: 609963) chondroitin sulfate synth ( 882) 3625 710.1 1.1e-203
XP_016877500 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chon ( 530) 3551 695.6 1.4e-199
XP_006720498 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chon ( 530) 3551 695.6 1.4e-199
XP_011519666 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chon ( 830) 3553 696.2 1.5e-199
XP_011541665 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 573) 2861 562.6 1.7e-159
XP_016864923 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 520) 2508 494.5 5.1e-139
XP_011541666 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 520) 2508 494.5 5.1e-139
XP_011541667 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 397) 1126 227.8 7.2e-59
XP_016864924 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 449) 1126 227.9 7.8e-59
XP_005272040 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 363) 1117 226.0 2.2e-58
XP_005272039 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 377) 1117 226.1 2.3e-58
XP_006716422 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869112 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869114 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_011542880 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
NP_060841 (OMIM: 616615) chondroitin sulfate N-ace ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_011542886 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869118 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869126 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869127 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869122 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869116 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_006716421 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_006716426 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869125 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_006716423 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_011542882 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869113 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_011542884 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869119 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869120 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_006716425 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_011542881 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869124 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869115 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
NP_001123990 (OMIM: 616615) chondroitin sulfate N- ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_006716427 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_006716424 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_011542885 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869123 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869121 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869117 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 676 141.1 1.2e-32
XP_016869128 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 284) 671 139.9 1.5e-32
XP_011542887 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 284) 671 139.9 1.5e-32
NP_061060 (OMIM: 616616) chondroitin sulfate N-ace ( 542) 643 134.8 9.9e-31
NP_061888 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucu ( 772) 486 104.6 1.7e-21
NP_001271224 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate gl ( 764) 482 103.9 2.8e-21
NP_078812 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate synth ( 775) 470 101.5 1.4e-20
NP_001182660 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate sy ( 613) 426 93.0 4.3e-18
>>NP_055733 (OMIM: 605282,608183) chondroitin sulfate sy (802 aa)
initn: 5423 init1: 5423 opt: 5423 Z-score: 5652.7 bits: 1056.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5423; 99.9% identity (99.9% similar) in 802 aa overlap (1-802:1-802)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSGQAAASQAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSGQAAASQAGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ARGDARGAQLWPPGSDPDGGPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTWSKTIPGKVQFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ARGDARGAQLWPPGSDPDGGPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTWSKTIPGKVQFF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
NP_055 SGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMRDYRIKYPKADMQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SQYDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SQYDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLED
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEM
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KSD WLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
::::::::::::::::::::::
NP_055 WLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
790 800
>>NP_787052 (OMIM: 609963) chondroitin sulfate synthase (882 aa)
initn: 3732 init1: 2151 opt: 3625 Z-score: 3778.1 bits: 710.1 E(85289): 1.1e-203
Smith-Waterman score: 3642; 68.6% identity (86.4% similar) in 780 aa overlap (30-785:99-872)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGP---RRRAS-PEGCRS--GQA
:.: .. : :::. ::: . :
NP_787 RPRQEQSPPPARQDLQGPPLPEAAPGITSFRSSPWQQPPPLQQRRRGREPEGATGLPGAP
70 80 90 100 110 120
60 70 80 90
pF1KSD AAS-----QAGGARGDARGAQLWPPGSDP----DGG---P--RDRNFLFVGVMTAQKYLQ
:: . ::: :. : .. :::. ::: : : :.::.::::::::::
NP_787 AAEGEPEEEDGGAAGQRRDGR---PGSSHNGSGDGGAAAPSARPRDFLYVGVMTAQKYLG
130 140 150 160 170 180
100 110 120 130 140 150
pF1KSD TRAVAAYRTWSKTIPGKVQFFSSE----GSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKY
.::.:: :::.. :::.:.::::. ... :.::. : :::::::::::::::.::
NP_787 SRALAAQRTWARFIPGRVEFFSSQQPPNAGQPPPPLPVIALPGVDDSYPPQKKSFMMIKY
190 200 210 220 230 240
160 170 180 190 200 210
pF1KSD MHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPG
::::::::::::::::::::::::.::.::::::::.::.:::::::. ::.:::.::::
NP_787 MHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDKLEEFLRSLNSSKPLYLGQTGLGNIEELGKLGLEPG
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQ
:::::::::.:.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::.:.::::::::::
NP_787 ENFCMGGPGMIFSREVLRRMVPHIGECLREMYTTHEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMQQ
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320 330
pF1KSD LFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLH
::.::::.:.::::.:::::::: :::::::: : ::::::.:::::::::::.::::::
NP_787 LFHENYEHNRKGYIQDLHNSKIHAAITLHPNKRPAYQYRLHNYMLSRKISELRYRTIQLH
370 380 390 400 410 420
340 350 360 370 380 390
pF1KSD REIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRR
:: .:::: ::::. ::: :::. ::: .::::.:.:..:::::::: ::::...::::.
NP_787 RESALMSKLSNTEVSKEDQQLGVIPSFNHFQPRERNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQ
430 440 450 460 470 480
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLY
...: : :::: :.::::::: :::.:::.::::::::::::::::.:.::::::::::
NP_787 SLSSILRTALDDTVLQVMEMINENAKSRGRLIDFKEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLY
490 500 510 520 530 540
460 470 480 490 500 510
pF1KSD KKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLV
:.:::.:.:::::::::::: ::: : : ::::.. :.. ::.:. :.::.::::: :
NP_787 KRHKGRKLTVPVRRHAYLQQLFSKPFFRETEELDVNSLVESINSETQSFSFISNSLKILS
550 560 570 580 590 600
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSD
:: :.: : ..::..::.:: ::.:.:.::: :::. ::::.::::::..::. :
NP_787 SFQ--GAK-EMGGHNEKKVHILVPLIGRYDIFLRFMENFENMCLIPKQNVKLVIILFSRD
610 620 630 640 650 660
580 590 600 610 620 630
pF1KSD SNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLV
:. :..:..::. :. :::::.: ..:..:::::.:.::..:.::.:..::.::::::.
NP_787 SGQDSSKHIELIKGYQNKYPKAEMTLIPMKGEFSRGLGLEMASAQFDNDTLLLFCDVDLI
670 680 690 700 710 720
640 650 660 670 680 690
pF1KSD FTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGI
: .:::::: ::. :::.:.::::::::::.. .:. :.:..: :..::::::.::.::
NP_787 FREDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFSQYDPKVTNGGNPPTDDYFIFSKKTGFWRDYGYGI
730 740 750 760 770 780
700 710 720 730 740 750
pF1KSD TCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNL
:::::.::. .::::.::::::::::::.:::. .::. ::::::::::. ::: :::::
NP_787 TCIYKSDLLGAGGFDTSIQGWGLEDVDLYNKVILSGLRPFRSQEVGVVHIFHPVHCDPNL
790 800 810 820 830 840
760 770 780 790 800
pF1KSD DPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
:::::::::::::::..::.::::.::::.
NP_787 DPKQYKMCLGSKASTFASTMQLAELWLEKHLGVRYNRTLS
850 860 870 880
>>XP_016877500 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chondroi (530 aa)
initn: 3551 init1: 3551 opt: 3551 Z-score: 3703.9 bits: 695.6 E(85289): 1.4e-199
Smith-Waterman score: 3551; 99.8% identity (99.8% similar) in 530 aa overlap (273-802:1-530)
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAIT
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAIT
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSF
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
pF1KSD MRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKT
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQF
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSG
220 230 240 250 260 270
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
XP_016 RFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMRDYRIKYPKADMQIL
280 290 300 310 320 330
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQ
340 350 360 370 380 390
670 680 690 700 710 720
pF1KSD YDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVD
400 410 420 430 440 450
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWL
460 470 480 490 500 510
790 800
pF1KSD EKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
::::::::::::::::::::
XP_016 EKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
520 530
>>XP_006720498 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chondroi (530 aa)
initn: 3551 init1: 3551 opt: 3551 Z-score: 3703.9 bits: 695.6 E(85289): 1.4e-199
Smith-Waterman score: 3551; 99.8% identity (99.8% similar) in 530 aa overlap (273-802:1-530)
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAIT
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAIT
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSF
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
pF1KSD MRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKT
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 RGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQF
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSG
220 230 240 250 260 270
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
XP_006 RFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMRDYRIKYPKADMQIL
280 290 300 310 320 330
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQ
340 350 360 370 380 390
670 680 690 700 710 720
pF1KSD YDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 YDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVD
400 410 420 430 440 450
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWL
460 470 480 490 500 510
790 800
pF1KSD EKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
::::::::::::::::::::
XP_006 EKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
520 530
>>XP_011519666 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chondroi (830 aa)
initn: 3553 init1: 3553 opt: 3553 Z-score: 3703.4 bits: 696.2 E(85289): 1.5e-199
Smith-Waterman score: 5357; 96.5% identity (96.5% similar) in 830 aa overlap (1-802:1-830)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSGQAAASQAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSGQAAASQAGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ARGDARGAQLWPPGSDPDGGPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTWSKTIPGKVQFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ARGDARGAQLWPPGSDPDGGPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTWSKTIPGKVQFF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIG
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KSD KCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYE----------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEASPVACLCQCLRHSLFLMILTVLRSASQ
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KSD MQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTI
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KSD QLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQP
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD PRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLL
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD LLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLK
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KSD KLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLF
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KSD NSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDV
::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NSDSNPDKAKQVELMRDYRIKYPKADMQILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDV
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KSD DLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYG
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KSD FGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCD
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800
pF1KSD PNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
790 800 810 820 830
>>XP_011541665 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul (573 aa)
initn: 2866 init1: 1590 opt: 2861 Z-score: 2984.2 bits: 562.6 E(85289): 1.7e-159
Smith-Waterman score: 2861; 71.6% identity (90.5% similar) in 566 aa overlap (220-785:1-563)
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTT
:::::.:.:::::::::::::.::::::::
XP_011 MGGPGMIFSREVLRRMVPHIGECLREMYTT
10 20 30
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNP
:::::::::::::.:.::::::::::::.::::.:.::::.:::::::: :::::::: :
XP_011 HEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMQQLFHENYEHNRKGYIQDLHNSKIHAAITLHPNKRP
40 50 60 70 80 90
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQ
::::::.:::::::::::.:::::::: .:::: ::::. ::: :::. ::: .::::.
XP_011 AYQYRLHNYMLSRKISELRYRTIQLHRESALMSKLSNTEVSKEDQQLGVIPSFNHFQPRE
100 110 120 130 140 150
370 380 390 400 410 420
pF1KSD REEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDF
:.:..:::::::: ::::...::::....: : :::: :.::::::: :::.:::.:::
XP_011 RNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQSLSSILRTALDDTVLQVMEMINENAKSRGRLIDF
160 170 180 190 200 210
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELD
:::::::::::::.:.:::::::::::.:::.:.:::::::::::: ::: : : ::::
XP_011 KEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLYKRHKGRKLTVPVRRHAYLQQLFSKPFFRETEELD
220 230 240 250 260 270
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVR
.. :.. ::.:. :.::.::::: : :: :.: : ..::..::.:: ::.:.:.:
XP_011 VNSLVESINSETQSFSFISNSLKILSSFQ--GAK-EMGGHNEKKVHILVPLIGRYDIFLR
280 290 300 310 320
550 560 570 580 590 600
pF1KSD FMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQILPVSGEFS
:: :::. ::::.::::::..::. ::. :..:..::. :. :::::.: ..:..::::
XP_011 FMENFENMCLIPKQNVKLVIILFSRDSGQDSSKHIELIKGYQNKYPKAEMTLIPMKGEFS
330 340 350 360 370 380
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVY
:.:.::..:.::.:..::.::::::.: .:::::: ::. :::.:.::::::::::..
XP_011 RGLGLEMASAQFDNDTLLLFCDVDLIFREDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFSQYDPKVTN
390 400 410 420 430 440
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVDLFNKVVQ
.:. :.:..: :..::::::.::.:::::::.::. .::::.::::::::::::.:::.
XP_011 GGNPPTDDYFIFSKKTGFWRDYGYGITCIYKSDLLGAGGFDTSIQGWGLEDVDLYNKVIL
450 460 470 480 490 500
730 740 750 760 770 780
pF1KSD AGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSY
.::. ::::::::::. ::: ::::::::::::::::::::..::.::::.::::.
XP_011 SGLRPFRSQEVGVVHIFHPVHCDPNLDPKQYKMCLGSKASTFASTMQLAELWLEKHLGVR
510 520 530 540 550 560
790 800
pF1KSD SKSSNNNGSVRTA
XP_011 YNRTLS
570
>>XP_016864923 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul (520 aa)
initn: 2513 init1: 1290 opt: 2508 Z-score: 2616.9 bits: 494.5 E(85289): 5.1e-139
Smith-Waterman score: 2508; 69.6% identity (89.5% similar) in 513 aa overlap (273-785:1-510)
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAIT
:::::.::::.:.::::.:::::::: :::
XP_016 MQQLFHENYEHNRKGYIQDLHNSKIHAAIT
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSF
::::: : ::::::.:::::::::::.:::::::: .:::: ::::. ::: :::. :::
XP_016 LHPNKRPAYQYRLHNYMLSRKISELRYRTIQLHRESALMSKLSNTEVSKEDQQLGVIPSF
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
pF1KSD MRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKT
.::::.:.:..:::::::: ::::...::::....: : :::: :.::::::: :::.
XP_016 NHFQPRERNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQSLSSILRTALDDTVLQVMEMINENAKS
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQF
:::.::::::::::::::::.:.:::::::::::.:::.:.:::::::::::: ::: :
XP_016 RGRLIDFKEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLYKRHKGRKLTVPVRRHAYLQQLFSKPFF
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSG
: ::::.. :.. ::.:. :.::.::::: : :: :.: : ..::..::.:: :
XP_016 RETEELDVNSLVESINSETQSFSFISNSLKILSSFQ--GAK-EMGGHNEKKVHILVPLIG
220 230 240 250 260
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQIL
:.:.:.::: :::. ::::.::::::..::. ::. :..:..::. :. :::::.: ..
XP_016 RYDIFLRFMENFENMCLIPKQNVKLVIILFSRDSGQDSSKHIELIKGYQNKYPKAEMTLI
270 280 290 300 310 320
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQ
:..:::::.:.::..:.::.:..::.::::::.: .:::::: ::. :::.:.::::::
XP_016 PMKGEFSRGLGLEMASAQFDNDTLLLFCDVDLIFREDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFSQ
330 340 350 360 370 380
670 680 690 700 710 720
pF1KSD YDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVD
::::.. .:. :.:..: :..::::::.::.:::::::.::. .::::.:::::::::::
XP_016 YDPKVTNGGNPPTDDYFIFSKKTGFWRDYGYGITCIYKSDLLGAGGFDTSIQGWGLEDVD
390 400 410 420 430 440
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWL
:.:::. .::. ::::::::::. ::: ::::::::::::::::::::..::.::::.::
XP_016 LYNKVILSGLRPFRSQEVGVVHIFHPVHCDPNLDPKQYKMCLGSKASTFASTMQLAELWL
450 460 470 480 490 500
790 800
pF1KSD EKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
::.
XP_016 EKHLGVRYNRTLS
510 520
>>XP_011541666 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul (520 aa)
initn: 2513 init1: 1290 opt: 2508 Z-score: 2616.9 bits: 494.5 E(85289): 5.1e-139
Smith-Waterman score: 2508; 69.6% identity (89.5% similar) in 513 aa overlap (273-785:1-510)
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAIT
:::::.::::.:.::::.:::::::: :::
XP_011 MQQLFHENYEHNRKGYIQDLHNSKIHAAIT
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSF
::::: : ::::::.:::::::::::.:::::::: .:::: ::::. ::: :::. :::
XP_011 LHPNKRPAYQYRLHNYMLSRKISELRYRTIQLHRESALMSKLSNTEVSKEDQQLGVIPSF
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
pF1KSD MRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKT
.::::.:.:..:::::::: ::::...::::....: : :::: :.::::::: :::.
XP_011 NHFQPRERNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQSLSSILRTALDDTVLQVMEMINENAKS
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQF
:::.::::::::::::::::.:.:::::::::::.:::.:.:::::::::::: ::: :
XP_011 RGRLIDFKEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLYKRHKGRKLTVPVRRHAYLQQLFSKPFF
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSG
: ::::.. :.. ::.:. :.::.::::: : :: :.: : ..::..::.:: :
XP_011 RETEELDVNSLVESINSETQSFSFISNSLKILSSFQ--GAK-EMGGHNEKKVHILVPLIG
220 230 240 250 260
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQIL
:.:.:.::: :::. ::::.::::::..::. ::. :..:..::. :. :::::.: ..
XP_011 RYDIFLRFMENFENMCLIPKQNVKLVIILFSRDSGQDSSKHIELIKGYQNKYPKAEMTLI
270 280 290 300 310 320
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQ
:..:::::.:.::..:.::.:..::.::::::.: .:::::: ::. :::.:.::::::
XP_011 PMKGEFSRGLGLEMASAQFDNDTLLLFCDVDLIFREDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFSQ
330 340 350 360 370 380
670 680 690 700 710 720
pF1KSD YDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVD
::::.. .:. :.:..: :..::::::.::.:::::::.::. .::::.:::::::::::
XP_011 YDPKVTNGGNPPTDDYFIFSKKTGFWRDYGYGITCIYKSDLLGAGGFDTSIQGWGLEDVD
390 400 410 420 430 440
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWL
:.:::. .::. ::::::::::. ::: ::::::::::::::::::::..::.::::.::
XP_011 LYNKVILSGLRPFRSQEVGVVHIFHPVHCDPNLDPKQYKMCLGSKASTFASTMQLAELWL
450 460 470 480 490 500
790 800
pF1KSD EKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
::.
XP_011 EKHLGVRYNRTLS
510 520
>>XP_011541667 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul (397 aa)
initn: 1251 init1: 921 opt: 1126 Z-score: 1177.9 bits: 227.8 E(85289): 7.2e-59
Smith-Waterman score: 1143; 66.1% identity (80.3% similar) in 274 aa overlap (30-279:99-367)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGP---RRRAS-PEGCRS--GQA
:.: .. : :::. ::: . :
XP_011 RPRQEQSPPPARQDLQGPPLPEAAPGITSFRSSPWQQPPPLQQRRRGREPEGATGLPGAP
70 80 90 100 110 120
60 70 80 90
pF1KSD AAS-----QAGGARGDARGAQLWPPGSDP----DGG---P--RDRNFLFVGVMTAQKYLQ
:: . ::: :. : .. :::. ::: : : :.::.::::::::::
XP_011 AAEGEPEEEDGGAAGQRRDGR---PGSSHNGSGDGGAAAPSARPRDFLYVGVMTAQKYLG
130 140 150 160 170 180
100 110 120 130 140 150
pF1KSD TRAVAAYRTWSKTIPGKVQFFSSE----GSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKY
.::.:: :::.. :::.:.::::. ... :.::. : :::::::::::::::.::
XP_011 SRALAAQRTWARFIPGRVEFFSSQQPPNAGQPPPPLPVIALPGVDDSYPPQKKSFMMIKY
190 200 210 220 230 240
160 170 180 190 200 210
pF1KSD MHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPG
::::::::::::::::::::::::.::.::::::::.::.:::::::. ::.:::.::::
XP_011 MHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDKLEEFLRSLNSSKPLYLGQTGLGNIEELGKLGLEPG
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQ
:::::::::.:.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::.:.::::::::.
XP_011 ENFCMGGPGMIFSREVLRRMVPHIGECLREMYTTHEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMS-
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320 330
pF1KSD LFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLH
:.:
XP_011 -FHELSVHTAIDGHSHSSCSAWCSPIDRDATTVP
370 380 390
>>XP_016864924 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul (449 aa)
initn: 1251 init1: 921 opt: 1126 Z-score: 1177.2 bits: 227.9 E(85289): 7.8e-59
Smith-Waterman score: 1143; 66.1% identity (80.3% similar) in 274 aa overlap (30-279:99-367)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGP---RRRAS-PEGCRS--GQA
:.: .. : :::. ::: . :
XP_016 RPRQEQSPPPARQDLQGPPLPEAAPGITSFRSSPWQQPPPLQQRRRGREPEGATGLPGAP
70 80 90 100 110 120
60 70 80 90
pF1KSD AAS-----QAGGARGDARGAQLWPPGSDP----DGG---P--RDRNFLFVGVMTAQKYLQ
:: . ::: :. : .. :::. ::: : : :.::.::::::::::
XP_016 AAEGEPEEEDGGAAGQRRDGR---PGSSHNGSGDGGAAAPSARPRDFLYVGVMTAQKYLG
130 140 150 160 170 180
100 110 120 130 140 150
pF1KSD TRAVAAYRTWSKTIPGKVQFFSSE----GSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKY
.::.:: :::.. :::.:.::::. ... :.::. : :::::::::::::::.::
XP_016 SRALAAQRTWARFIPGRVEFFSSQQPPNAGQPPPPLPVIALPGVDDSYPPQKKSFMMIKY
190 200 210 220 230 240
160 170 180 190 200 210
pF1KSD MHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPG
::::::::::::::::::::::::.::.::::::::.::.:::::::. ::.:::.::::
XP_016 MHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDKLEEFLRSLNSSKPLYLGQTGLGNIEELGKLGLEPG
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQ
:::::::::.:.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::.:.::::::::.
XP_016 ENFCMGGPGMIFSREVLRRMVPHIGECLREMYTTHEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMS-
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320 330
pF1KSD LFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLH
:.:
XP_016 -FHELSVHTAIDGHSHSSCSAWCSPIDRGIDFNTSIFHALFEELNAYLFHGTLDSVEKAL
370 380 390 400 410 420
802 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 18:56:37 2016 done: Thu Nov 3 18:56:39 2016
Total Scan time: 12.380 Total Display time: 0.150
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]