Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1001
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1001, 525 aa
1>>>pF1KSDA1001 525 - 525 aa - 525 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9331+/-0.000812; mu= 15.7079+/- 0.049
mean_var=80.9163+/-16.061, 0's: 0 Z-trim(109.3): 24 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.142579
statistics sampled from 10749 (10773) to 10749 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.331), width: 16
Scan time: 3.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11676.1 ARSG gene_id:22901|Hs108|chr17 ( 525) 3629 756.1 2.2e-218
CCDS14100.2 ARSA gene_id:410|Hs108|chr22 ( 509) 709 155.5 1.4e-37
CCDS10970.1 GALNS gene_id:2588|Hs108|chr16 ( 522) 487 109.8 7.9e-24
CCDS46736.1 ARSA gene_id:410|Hs108|chr22 ( 423) 410 93.9 3.9e-19
CCDS14123.1 ARSF gene_id:416|Hs108|chrX ( 590) 394 90.7 5e-18
CCDS75949.1 ARSE gene_id:415|Hs108|chrX ( 544) 393 90.5 5.4e-18
CCDS35198.1 ARSH gene_id:347527|Hs108|chrX ( 562) 376 87.0 6.3e-17
CCDS35196.1 ARSD gene_id:414|Hs108|chrX ( 593) 376 87.0 6.6e-17
CCDS14122.1 ARSE gene_id:415|Hs108|chrX ( 589) 354 82.5 1.5e-15
CCDS75948.1 ARSE gene_id:415|Hs108|chrX ( 614) 354 82.5 1.6e-15
CCDS43334.1 ARSB gene_id:411|Hs108|chr5 ( 413) 334 78.3 1.9e-14
CCDS14127.1 STS gene_id:412|Hs108|chrX ( 583) 336 78.8 1.9e-14
CCDS4043.1 ARSB gene_id:411|Hs108|chr5 ( 533) 334 78.3 2.4e-14
CCDS43264.1 ARSJ gene_id:79642|Hs108|chr4 ( 599) 319 75.3 2.2e-13
CCDS34275.1 ARSI gene_id:340075|Hs108|chr5 ( 569) 307 72.8 1.2e-12
>>CCDS11676.1 ARSG gene_id:22901|Hs108|chr17 (525 aa)
initn: 3629 init1: 3629 opt: 3629 Z-score: 4034.2 bits: 756.1 E(32554): 2.2e-218
Smith-Waterman score: 3629; 99.8% identity (99.8% similar) in 525 aa overlap (1-525:1-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGWLFLKVLLAGVSFSGFLYPLVDFCISGKTRGQKPNFVIILADDMGWGDLGANWAETKD
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CCDS11 MGWLFLKVLLAGVSFSGFLYPLVDFCISGKTRGQKPNFVIILADDMGWGDLGANWAETKD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TANLDKMASEGMRFVDFHAAASTCSPSRASLLTGRLGLRNGVTRNFAVTSVGGLPLNETT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TANLDKMASEGMRFVDFHAAASTCSPSRASLLTGRLGLRNGVTRNFAVTSVGGLPLNETT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LAEVLQQAGYVTGIIGKWHLGHHGSYHPNFRGFDYYFGIPYSHDMGCTDTPGYNHPPCPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LAEVLQQAGYVTGIIGKWHLGHHGSYHPNFRGFDYYFGIPYSHDMGCTDTPGYNHPPCPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD CPQGDGPSRNLQRDCYTDVALPLYENLNIVEQPVNLSSLAQKYAEKATQFIQRASTSGRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CPQGDGPSRNLQRDCYTDVALPLYENLNIVEQPVNLSSLAQKYAEKATQFIQRASTSGRP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD FLLYVALAHMHVPLPVTQLPAAPRGRSLYGAGLWEMDSLVGQIKDKVDHTVKENTFLWFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FLLYVALAHMHVPLPVTQLPAAPRGRSLYGAGLWEMDSLVGQIKDKVDHTVKENTFLWFT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GDNGPWAQKCELAGSVGPFTGFWQTRQGGSPAKQTTWEGGHRVPALAYWPGRVPVNVTST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GDNGPWAQKCELAGSVGPFTGFWQTRQGGSPAKQTTWEGGHRVPALAYWPGRVPVNVTST
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ALLSVLDIFPTVVALAQASLPQGRRFDGVDVSEVLFGRSQPGHRVLFHPNSGAAGEFGAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ALLSVLDIFPTVVALAQASLPQGRRFDGVDVSEVLFGRSQPGHRVLFHPNSGAAGEFGAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QTVRLERYKAFYITGGARACDGSTGPELQHKFPLIFNLEDDTAEAVPLERGGAEYQAVLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QTVRLERYKAFYITGGARACDGSTGPELQHKFPLIFNLEDDTAEAVPLERGGAEYQAVLP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KSD EVRKVLADVLQDIANDNISSPDYTQDPSVTPCCNPYQIACRCQAA
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CCDS11 EVRKVLADVLQDIANDNISSADYTQDPSVTPCCNPYQIACRCQAA
490 500 510 520
>>CCDS14100.2 ARSA gene_id:410|Hs108|chr22 (509 aa)
initn: 716 init1: 259 opt: 709 Z-score: 788.2 bits: 155.5 E(32554): 1.4e-37
Smith-Waterman score: 972; 36.6% identity (60.3% similar) in 519 aa overlap (28-522:15-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGWLFLKVLLAGVSFSGFLYPLVDFCISGKTRGQKPNFVIILADDMGWGDLGANWAETKD
.: . .. ::.:.:.:::.:.:::: ..
CCDS14 MSMGAPRSLLLALAAGLAVARPPNIVLIFADDLGYGDLGCYGHPSST
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KSD TANLDKMASEGMRFVDFHAAASTCSPSRASLLTGRLGLRNGVTRNFAV-TSVGGLPLNET
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CCDS14 TPNLDQLAAGGLRFTDFYVPVSLCTPSRAALLTGRLPVRMGMYPGVLVPSSRGGLPLEEV
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD TLAEVLQQAGYVTGIIGKWHLG--HHGSYHPNFRGFDYYFGIPYSHDMG-CTDTPGYNHP
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CCDS14 TVAEVLAARGYLTGMAGKWHLGVGPEGAFLPPHQGFHRFLGIPYSHDQGPCQNLTCF--P
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PCPACPQGDGPSRNLQRDCYTD-VALPLYENLNIVEQPVNLSSLAQKYAEKATQFIQRAS
: : : : : .:: ::.. :: : .: .: : ... :.
CCDS14 PATPCDGG----------CDQGLVPIPLLANLSVEAQPPWLPGLEARYMAFAHDLMADAQ
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TSGRPFLLYVALAHMHVPLPVTQLPAAPRGRSLYGAGLWEMDSLVGQIKDKV-DHTVKEN
. :::.:: : : : : : : ::. .: .: :.:. :: . . : . :.
CCDS14 RQDRPFFLYYASHHTHYPQFSGQSFAERSGRGPFGDSLMELDAAVGTLMTAIGDLGLLEE
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KSD TFLWFTGDNGPWAQKCELAGSVGPFTGFWQTRQGGSPAKQTTWEGGHRVPALAYWPGRVP
:.. ::.:::: ... : : .:. . .: ::.::: : ::::.:::..
CCDS14 TLVIFTADNGPETMRM----SRGGCSGLLRCGKG------TTYEGGVREPALAFWPGHIA
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KSD VNVTSTALLSVLDIFPTVVALAQASLPQGRRFDGVDVSEVLFGRSQ-PGHRVLFHPNSGA
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CCDS14 PGVTHE-LASSLDLLPTLAALAGAPLPN-VTLDGFDLSPLLLGTGKSPRQSLFFYPSY--
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460
pF1KSD AGEFGALQTVRLERYKAFYITGGARACDGSTGPELQ-------HKFPLIFNLEDDTAEAV
: .. .:: .::: ..: :. : .. : . :. ::...: : .:
CCDS14 PDEVRGVFAVRTGKYKAHFFTQGSAHSDTTADPACHASSSLTAHEPPLLYDLSKDPGENY
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510
pF1KSD PLERGGAEYQAVLPEVRKVLADV--LQDIANDNIS-SPDYT---QDPSVTPCCNP----Y
: : : .. ::: ..: .. :. . .. .:. . .::.. ::.:
CCDS14 NLLGGVA---GATPEVLQALKQLQLLKAQLDAAVTFGPSQVARGEDPALQICCHPGCTPR
450 460 470 480 490
520
pF1KSD QIACRCQAA
:.:
CCDS14 PACCHCPDPHA
500
>>CCDS10970.1 GALNS gene_id:2588|Hs108|chr16 (522 aa)
initn: 892 init1: 284 opt: 487 Z-score: 541.3 bits: 109.8 E(32554): 7.9e-24
Smith-Waterman score: 862; 37.8% identity (61.4% similar) in 479 aa overlap (34-486:29-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD LFLKVLLAGVSFSGFLYPLVDFCISGKTRGQKPNFVIILADDMGWGDLGANWAETKDTAN
: ::....: :::::::::. ...: :
CCDS10 MAAVVAATRWWQLLLVLSAAGMGASGAPQPPNILLLLMDDMGWGDLGVYGEPSRETPN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD LDKMASEGMRFVDFHAAASTCSPSRASLLTGRLGLRNGV------TRNFAVTS---VGGL
::.::.::. : .:..: ::::::.:::::: .::: .:: : : :::.
CCDS10 LDRMAAEGLLFPNFYSANPLCSPSRAALLTGRLPIRNGFYTTNAHARN-AYTPQEIVGGI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PLNETTLAEVLQQAGYVTGIIGKWHLGHHGSYHPNFRGFDYYFGIPYSHDMGCTDTPGYN
: .: : :.:..::::. :.:::::::. ..:: .::: .:: : : .: : :.
CCDS10 PDSEQLLPELLKKAGYVSKIVGKWHLGHRPQFHPLKHGFDEWFGSPNCH-FG----P-YD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HPPCPACPQGDGPSRNLQRDCYTDVALPLYENLNIVEQPVNLSS----LAQKYAEKATQF
. : : . :: ... :: : :.::.. :.: : ..: .:
CCDS10 NKARPNIP--------VYRD--WEMVGRYYE-----EFPINLKTGEANLTQIYLQEALDF
180 190 200 210
240 250 260 270 280
pF1KSD IQRASTSGRPFLLYVALAHMHVPLPVTQ--LPAAPRGRSLYGAGLWEMDSLVGQIKDKV-
:.: . .::.:: :. :.:. ... : .. ::: :: .. :.:. .:.: . .
CCDS10 IKRQARH-HPFFLYWAVDATHAPVYASKPFLGTSQRGR--YGDAVREIDDSIGKILELLQ
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KSD DHTVKENTFLWFTGDNGP-WAQKCELAGSVGPFTGFWQTRQGGSPAKQTTWEGGHRVPAL
: : .:::..::.::: . : .:: ::: .::::.::: : :::
CCDS10 DLHVADNTFVFFTSDNGAALISAPEQGGSNGPFLC----------GKQTTFEGGMREPAL
280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KSD AYWPGRVPVNVTSTALLSVLDIFPTVVALAQASLPQGRRFDGVDVSEVLF-GRSQPGHRV
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CCDS10 AWWPGHVTAGQVSHQLGSIMDLFTTSLALAGLTPPSDRAIDGLNLLPTLLQGRLMDRPIF
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450
pF1KSD LFHPNSGAAGEFGALQ------TVRLERYKAFYITGGARACDGSTGPELQ-H-KFPLIFN
.. .. :. .: . : : .. .. .: : .:. : :.::::.
CCDS10 YYRGDTLMAATLGQHKAHFWTWTNSWENFRQGIDFCPGQNVSGVTTHNLEDHTKLPLIFH
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KSD LEDDTAEAVPLERGGAEYQAVLPEVRKVLADVLQDIANDNISSPDYTQDPSVTPCCNPYQ
: : .: :: ..:::: .: .. .:.
CCDS10 LGRDPGERFPLSFASAEYQEALSRITSVVQQHQEALVPAQPQLNVCNWAVMNWAPPGCEK
450 460 470 480 490 500
>>CCDS46736.1 ARSA gene_id:410|Hs108|chr22 (423 aa)
initn: 609 init1: 171 opt: 410 Z-score: 457.1 bits: 93.9 E(32554): 3.9e-19
Smith-Waterman score: 735; 35.2% identity (58.4% similar) in 449 aa overlap (96-522:1-418)
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KMASEGMRFVDFHAAASTCSPSRASLLTGRLGLRNGVTRNFAVTSVGGLPLNETTLAEVL
.:. :: .. .: :::::.:.:.::::
CCDS46 MGMYPGV---LVPSSRGGLPLEEVTVAEVL
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KSD QQAGYVTGIIGKWHLG--HHGSYHPNFRGFDYYFGIPYSHDMG-CTDTPGYNHPPCPACP
::.::. :::::: .:.. : .:: ..:::::::.: : . . : :: :
CCDS46 AARGYLTGMAGKWHLGVGPEGAFLPPHQGFHRFLGIPYSHDQGPCQNLTCF--P--PATP
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QGDGPSRNLQRDCYTDVALPLYENLNIVEQPVNLSSLAQKYAEKATQFIQRASTSGRPFL
: ...: : .:: ::.. :: : .: .: : ... :. . :::.
CCDS46 CDGGCDQGL-------VPIPLLANLSVEAQPPWLPGLEARYMAFAHDLMADAQRQDRPFF
90 100 110 120 130
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LYVALAHMHVPLPVTQLPAAPRGRSLYGAGLWEMDSLVGQIKDKV-DHTVKENTFLWFTG
:: : : : : : : ::. .: .: :.:. :: . . : . :.:.. ::.
CCDS46 LYYASHHTHYPQFSGQSFAERSGRGPFGDSLMELDAAVGTLMTAIGDLGLLEETLVIFTA
140 150 160 170 180 190
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DNGPWAQKCELAGSVGPFTGFWQTRQGGSPAKQTTWEGGHRVPALAYWPGRVPVNVTSTA
:::: ... : : .:. : : : ::.::: : ::::.:::.. .::
CCDS46 DNGPETMRM----SRGGCSGL--LRCG----KGTTYEGGVREPALAFWPGHIAPGVTHE-
200 210 220 230 240
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LLSVLDIFPTVVALAQASLPQGRRFDGVDVSEVLFGRSQ-PGHRVLFHPNSGAAGEFGAL
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CCDS46 LASSLDLLPTLAALAGAPLPN-VTLDGFDLSPLLLGTGKSPRQSLFFYPSY--PDEVRGV
250 260 270 280 290 300
430 440 450 460 470
pF1KSD QTVRLERYKAFYITGGARACDGSTGPELQ-------HKFPLIFNLEDDTAEAVPLERGGA
.:: .::: ..: :. : .. : . :. ::...: : .: : : :
CCDS46 FAVRTGKYKAHFFTQGSAHSDTTADPACHASSSLTAHEPPLLYDLSKDPGENYNLLGGVA
310 320 330 340 350 360
480 490 500 510 520
pF1KSD EYQAVLPEVRKVLADV--LQDIANDNIS-SPDYT---QDPSVTPCCNP----YQIACRCQ
.. ::: ..: .. :. . .. .:. . .::.. ::.: :.:
CCDS46 ---GATPEVLQALKQLQLLKAQLDAAVTFGPSQVARGEDPALQICCHPGCTPRPACCHCP
370 380 390 400 410
pF1KSD AA
CCDS46 DPHA
420
>>CCDS14123.1 ARSF gene_id:416|Hs108|chrX (590 aa)
initn: 763 init1: 250 opt: 394 Z-score: 437.1 bits: 90.7 E(32554): 5e-18
Smith-Waterman score: 782; 32.3% identity (58.4% similar) in 526 aa overlap (15-468:9-519)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGWLFLKVLLAGVSFSGFLYPLVDFCISGKTRGQKPNFVIILADDMGWGDLGANWAETKD
: ... :.. : . ... .:::.:.:..::.: :::: .:
CCDS14 MRPRRPLVFMSLVCALLNTCQAHRVHDDKPNIVLIMVDDLGIGDLGCYGNDTMR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD TANLDKMASEGMRFVDFHAAASTCSPSRASLLTGRLGLRNG--------VTRNFAVTSVG
: ..:..: ::.:... .::: :::::...:::: .:.: : .:.:: .
CCDS14 TPHIDRLAREGVRLTQHISAASLCSPSRSAFLTGRYPIRSGMVSSGNRRVIQNLAVPA--
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KSD GLPLNETTLAEVLQQAGYVTGIIGKWHLGHHGS------YHPNFRGFDYYFGIPYSHDMG
:::::::::: .:.. :: ::.::::: : . . .:: :::::.:.:.. .
CCDS14 GLPLNETTLAALLKKQGYSTGLIGKWHQGLNCDSRSDQCHHPYNYGFDYYYGMPFTLVDS
120 130 140 150 160 170
170 180 190
pF1KSD CTDTPGYN-----HPPCPACPQ---------GDGPSRN------------------LQRD
: :. : . : : : . :
CCDS14 CWPDPSRNTELAFESQLWLCVQLVAIAILTLTFGKLSGWVSVPWLLIFSMILFIFLLGYA
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240
pF1KSD CYTDVALPLYENL------NIVEQPVNLSSLAQKYAEKATQFIQRASTSGRPFLLYVALA
... . ::: . .:.:::.. .. ....: .:..: : . :::. ..
CCDS14 WFSSHTSPLYWDCLLMRGHEITEQPMKAERAGSIMVKEAISFLERHSK--ETFLLFFSFL
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HMHVPLPVTQLPAAPRGRSLYGAGLWEMDSLVGQIKDKVDHT-VKENTFLWFTGDNGPWA
:.:.:::.:. .. ..::: .. ::::.::.: : .: ...::...::.:.:
CCDS14 HVHTPLPTTDDFTGTSKHGLYGDNVEEMDSMVGKILDAIDDFGLRNNTLVYFTSDHGGHL
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QKCELAGSVGPFTGFWQTRQGGSPAKQTTWEGGHRVPALAYWPGRVPVNVTSTALLSVLD
. . ...: ..:... .: . :::: :::... :::.::.. :..:
CCDS14 EARRGHAQLGGWNGIYKGGKG-----MGGWEGGIRVPGIVRWPGKVPAGRLIKEPTSLMD
360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
pF1KSD IFPTVVALAQASLPQGRRFDGVDVSEVLFGRSQPG-HRVLFHPNSGAAGEFGALQTVR-L
:.:::.... .:::: : .:: :. .: : . . :. ::: : . :..:: .
CCDS14 ILPTVASVSGGSLPQDRVIDGRDLMPLLQGNVRHSEHEFLFH----YCGSY--LHAVRWI
410 420 430 440 450
430 440 450 460
pF1KSD ER------YKAFYIT--------GGARA---CDGSTGPELQHKFPLIFNLEDDTAEAVPL
. .:: :.: :: . : :. ::.:.: : .:..::
CCDS14 PKDDSGSVWKAHYVTPVFQPPASGGCYVTSLCRCFGEQVTYHNPPLLFDLSRDPSESTPL
460 470 480 490 500 510
470 480 490 500 510 520
pF1KSD ERGGAEYQAVLPEVRKVLADVLQDIANDNISSPDYTQDPSVTPCCNPYQIACRCQAA
CCDS14 TPATEPLHDFVIKKVANALKEHQETIVPVTYQLSELNQGRTWLKPCCGVFPFCLCDKEEE
520 530 540 550 560 570
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: :.:..: .:..... .::: :.::::.
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100 110 120 130 140
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: .: : : . . : . : :: :..: .:.:::. .. .
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.....:..: . : ::::.:.. :.:.:: . . . ..::: .. ::: .:
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:.: : .: . ....:...::.:.: . . .:... : ..:... .: . ::
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: : . :::.:. . : :
CCDS75 LDRLGNIWRPWLQPCCGPFPL-CWCLREDDPQ
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. :: .. : :. . : . . .
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:.. .. :..: .:..::.. ..:. . ..: ::.: . .::::. .. :
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250 260 270 280 290 300
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. . : ..: ..:... .: . :::: :::.. ::. . .. . . :..:
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::...: :.:.:: .:. . ..::: .. ::: :.:.. . . :. .:..:: .::
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.:.: . . ...: ..:... .: . :::: :::.. .::: .:.. .
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:..:.::::: :. . .:: : .:: .. .: : ... .:. ::: .
CCDS35 EPTSLMDVFPTVVQLVGGEVPQDRVIDGHSLVPLLQGAEARSAHEFLFHYCGQHLHAARW
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: .:. : : :: :: : .: . .:. ::.:.: : .:: ::
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CCDS14 SYFVGALIVHADCFLMRNHTITEQPMCFQRTTPLILQEVASFLKR-NKHG-PFLLFVSFL
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CCDS75 MDVFPTVVRLAGGEVPQDRVIDGQDLLPLLLGTAQHSDHEFLMHYCERFLHAARWHQRDR
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CCDS75 GTMWKVHFVTPVFQPEGAGACYGRKVCPCFGEKVVHHDPPLLFDLSRDPSETHILTPASE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]