FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA1004, 1162 aa 1>>>pF1KSDA1004 1162 - 1162 aa - 1162 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6168+/-0.000393; mu= 13.3867+/- 0.025 mean_var=171.3830+/-35.196, 0's: 0 Z-trim(117.8): 118 B-trim: 47 in 1/54 Lambda= 0.097969 statistics sampled from 30032 (30156) to 30032 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.693), E-opt: 0.2 (0.354), width: 16 Scan time: 16.870 The best scores are: opt bits E(85289) NP_036440 (OMIM: 605657) lysine-specific demethyla (1162) 8008 1145.1 0 XP_016872881 (OMIM: 605657) PREDICTED: lysine-spec (1145) 7896 1129.2 0 XP_016872880 (OMIM: 605657) PREDICTED: lysine-spec (1145) 7896 1129.2 0 XP_006718543 (OMIM: 605657) PREDICTED: lysine-spec (1067) 7314 1046.9 0 XP_011543163 (OMIM: 605657) PREDICTED: lysine-spec ( 856) 5884 844.7 0 NP_001243334 (OMIM: 605657) lysine-specific demeth ( 723) 4609 664.5 6.8e-190 XP_011543162 (OMIM: 605657) PREDICTED: lysine-spec (1134) 4424 638.5 7e-182 NP_001005366 (OMIM: 609078) lysine-specific demeth (1265) 1906 282.6 1e-74 XP_005254012 (OMIM: 609078) PREDICTED: lysine-spec (1305) 1906 282.6 1.1e-74 XP_005254013 (OMIM: 609078) PREDICTED: lysine-spec (1299) 1896 281.2 2.8e-74 NP_115979 (OMIM: 609078) lysine-specific demethyla (1336) 1888 280.1 6.3e-74 XP_011537171 (OMIM: 609078) PREDICTED: lysine-spec (1337) 1888 280.1 6.3e-74 XP_011537170 (OMIM: 609078) PREDICTED: lysine-spec (1339) 1888 280.1 6.3e-74 XP_011537169 (OMIM: 609078) PREDICTED: lysine-spec (1353) 1888 280.1 6.4e-74 XP_005254018 (OMIM: 609078) PREDICTED: lysine-spec ( 776) 1354 204.4 2.2e-51 XP_011537177 (OMIM: 609078) PREDICTED: lysine-spec ( 779) 1354 204.4 2.2e-51 NP_001269280 (OMIM: 609085) F-box/LRR-repeat prote ( 382) 1016 156.4 3.1e-37 NP_001093254 (OMIM: 609085) F-box/LRR-repeat prote ( 694) 1016 156.6 4.9e-37 NP_001171827 (OMIM: 300263,300560) histone lysine ( 878) 643 104.0 4.3e-21 NP_055922 (OMIM: 300263,300560) histone lysine dem (1024) 643 104.0 4.9e-21 XP_016884851 (OMIM: 300263,300560) PREDICTED: hist (1024) 643 104.0 4.9e-21 XP_016884850 (OMIM: 300263,300560) PREDICTED: hist (1049) 643 104.1 4.9e-21 XP_005262054 (OMIM: 300263,300560) PREDICTED: hist (1049) 643 104.1 4.9e-21 XP_005262056 (OMIM: 300263,300560) PREDICTED: hist (1049) 643 104.1 4.9e-21 NP_001171825 (OMIM: 300263,300560) histone lysine (1060) 643 104.1 5e-21 XP_005262053 (OMIM: 300263,300560) PREDICTED: hist (1085) 643 104.1 5.1e-21 XP_011529080 (OMIM: 300263,300560) PREDICTED: hist (1085) 643 104.1 5.1e-21 NP_001171826 (OMIM: 300263,300560) histone lysine ( 948) 640 103.6 6.2e-21 XP_005262057 (OMIM: 300263,300560) PREDICTED: hist ( 984) 640 103.6 6.3e-21 NP_005383 (OMIM: 604351) lysine-specific demethyla (1096) 522 87.0 7.2e-16 XP_005252108 (OMIM: 604351) PREDICTED: lysine-spec (1097) 522 87.0 7.2e-16 XP_006717206 (OMIM: 604351) PREDICTED: 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>>NP_036440 (OMIM: 605657) lysine-specific demethylase 2 (1162 aa) initn: 8008 init1: 8008 opt: 8008 Z-score: 6123.8 bits: 1145.1 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 8008; 100.0% identity (100.0% similar) in 1162 aa overlap (1-1162:1-1162) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MEPEEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFMEGK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 MEPEEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFMEGK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD DFNVEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 DFNVEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD MTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 MTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKES 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD 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(307-1162:1-856) 280 290 300 310 320 330 pF1KSD VIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGNFLHSFNIPMQLKIYNIEDRTRVPNKFRYPFYYEMCWYV :::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MQLKIYNIEDRTRVPNKFRYPFYYEMCWYV 10 20 30 340 350 360 370 380 390 pF1KSD LERYVYCITNRSHLTKEFQKESLSMDLELNGLESGNGDEEAVDREPRRLSSRRSVLTSPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LERYVYCITNRSHLTKEFQKESLSMDLELNGLESGNGDEEAVDREPRRLSSRRSVLTSPV 40 50 60 70 80 90 400 410 420 430 440 450 pF1KSD ANGVNLDYDGLGKTCRSLPSLKKTLAGDSSSDCSRGSHNGQVWDPQCAPRKDRQVHLTHF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 ANGVNLDYDGLGKTCRSLPSLKKTLAGDSSSDCSRGSHNGQVWDPQCAPRKDRQVHLTHF 100 110 120 130 140 150 460 470 480 490 500 510 pF1KSD ELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVPTGIEDEDALIADVKILLEELANSDPKLALTGVPIVQW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 ELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVPTGIEDEDALIADVKILLEELANSDPKLALTGVPIVQW 160 170 180 190 200 210 520 530 540 550 560 570 pF1KSD 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RPLRSCDEPLTPPPHSPTSMLQLIHDPVSPRGMVTRSSPGAGPSDHHSASRDERFKRRQL 270 280 290 300 310 320 770 780 790 800 810 820 pF1KSD LRLQATERTMVREKENNPSGKKELSEVEKAKIRGSYLTVTLQRPTKELHGTSIVPKLQAI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LRLQATERTMVREKENNPSGKKELSEVEKAKIRGSYLTVTLQRPTKELHGTSIVPKLQAI 330 340 350 360 370 380 830 840 850 860 870 880 pF1KSD TASSANLRHSPRVLVQHCPARTPQRGDEEGLGGEEEEEEEEEEEDDSAEEGGAARLNGRG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TASSANLRHSPRVLVQHCPARTPQRGDEEGLGGEEEEEEEEEEEDDSAEEGGAARLNGRG 390 400 410 420 430 440 890 900 910 920 930 940 pF1KSD SWAQDGDESWMQREVWMSVFRYLSRRELCECMRVCKTWYKWCCDKRLWTKIDLSRCKAIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SWAQDGDESWMQREVWMSVFRYLSRRELCECMRVCKTWYKWCCDKRLWTKIDLSRCKAIV 450 460 470 480 490 500 950 960 970 980 990 1000 pF1KSD PQALSGIIKRQPVSLDLSWTNISKKQLTWLVNRLPGLKDLLLAGCSWSAVSALSTSSCPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PQALSGIIKRQPVSLDLSWTNISKKQLTWLVNRLPGLKDLLLAGCSWSAVSALSTSSCPL 510 520 530 540 550 560 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KSD LRTLDLRWAVGIKDPQIRDLLTPPADKPGQDNRSKLRNMTDFRLAGLDITDATLRLIIRH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LRTLDLRWAVGIKDPQIRDLLTPPADKPGQDNRSKLRNMTDFRLAGLDITDATLRLIIRH 570 580 590 600 610 620 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KSD MPLLSRLDLSHCSHLTDQSSNLLTAVGSSTRYSLTELNMAGCNKLTDQTLIYLRRIANVT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MPLLSRLDLSHCSHLTDQSSNLLTAVGSSTRYSLTELNMAGCNKLTDQTLIYLRRIANVT 630 640 650 660 670 680 1130 1140 1150 1160 pF1KSD LIDLRGCKQITRKACEHFISDLSINSLYCLSDEKLIQKIS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LIDLRGCKQITRKACEHFISDLSINSLYCLSDEKLIQKIS 690 700 710 720 >>XP_011543162 (OMIM: 605657) PREDICTED: lysine-specific (1134 aa) initn: 4424 init1: 4424 opt: 4424 Z-score: 3386.3 bits: 638.5 E(85289): 7e-182 Smith-Waterman score: 7757; 97.6% identity (97.6% similar) in 1162 aa overlap (1-1162:1-1134) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MEPEEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFMEGK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MEPEEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFMEGK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD DFNVEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 DFNVEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD MTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKES 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD QTESTNAILEMQYPKVQKYCLMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTAHN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 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demethylas (1265 aa) initn: 4000 init1: 1847 opt: 1906 Z-score: 1462.2 bits: 282.6 E(85289): 1e-74 Smith-Waterman score: 3791; 51.3% identity (70.9% similar) in 1215 aa overlap (1-1088:1-1193) 10 20 30 40 50 pF1KSD MEPEEERIRYSQRLRGTMRRRY-EDDGISD-DEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFME :: :.. : ::: :.:: :.. .:: .:: . : :.:::::... :...:: :: NP_001 MEAEKDSGR---RLRPIDRQRYDENEDLSDVEEIVSVRGFSLEEKLRSQLYQGDFVHAME 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD GKDFNVEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKG ::::: ::.:: .:: ::::...:::::::::::::: :::. :::::.::::::::::: NP_001 GKDFNYEYVQREALRVPLIFREKDGLGIKMPDPDFTVRDVKLLVGSRRLVDVMDVNTQKG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD IEMTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLK ::.:.:..::::::: .:.:::::::::::::.::..:.::..::..::::::::.::: NP_001 TEMSMSQFVRYYETPEAQRDKLYNVISLEFSHTKLEHLVKRPTVVDLVDWVDNMWPQHLK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD ESQTESTNAILEMQYPKVQKYCLMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTA :.:::.:::: ::.::::.:::::::.::.::::.::::::::::. .:::.::::::: NP_001 EKQTEATNAIAEMKYPKVKKYCLMSVKGCFTDFHIDFGGTSVWYHVFRGGKIFWLIPPTL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KSD HNLELYENWLLSGKQGDIFLGDRVSDCQRIELKQGYTFVIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGN ::: :::.:.:::::.:::::::: :::::::::::: ::::::::::::.:.:::::: NP_001 HNLALYEEWVLSGKQSDIFLGDRVERCQRIELKQGYTFFIPSGWIHAVYTPVDSLVFGGN 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KSD FLHSFNIPMQLKIYNIEDRTRVPNKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCITNRSHLTKEFQKES .:::::.::::.::.::::::: :::::::::::::::::::::.:.:::::.:.:.:: NP_001 ILHSFNVPMQLRIYEIEDRTRVQPKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCVTQRSHLTQEYQRES 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KSD LSMDLE----LNGLESGNG---DEEAVDREPRRLSSR------RSVLTSPVANGV----- . .: ..:. : . .::: :..:.. . :. .: ..: NP_001 MLIDAPRKPSIDGFSSDSWLEMEEEACDQQPQEEEEKDEEGEGRDRAPKPPTDGSTSPTS 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 pF1KSD --NLDYDGLGKTCRS--LPSLKKTLAGDSSSDCSRGSHNGQV-WDPQCAPRKD---RQVH . : ..::: .. : ::.::...: . . . . : .: . . .: NP_001 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NP_001 KCEACLRTECGECHFCKDMKKFGGPGRMKQSCIMRQCIAPVLPHTAVCLVCGEAGKEDTV 590 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 pF1KSD QDFEKK----LMECCICNEIVHPGCLQM-DGEGLLNEELPNCWECPKCYQEDSSEKAQKR .. : : :::: :::::.:::::.. ..::..:.::::::::::: . .. : ::: NP_001 EEEEGKFNLMLMECSICNEIIHPGCLKIKESEGVVNDELPNCWECPKCNHAGKTGK-QKR 650 660 670 680 690 700 690 700 710 720 pF1KSD ------------------KMEESDEEAVQAKVLR------PLRSCDEPLTPPPHSPTSML ::.....:. . : : : :: : : ..: NP_001 GPGFKYASNLPGSLLKEQKMNRDNKEGQEPAKRRSECEEAPRRRSDEHSKKVP--PDGLL 710 720 730 740 750 760 730 740 750 760 770 pF1KSD QLIHDPVSPRGMVTRSSPG--AGPSDHHSASRDERFKRRQLLRLQATERTMVREK----- . : : : .: .: . . ...:. :.... .: .: . .: NP_001 RRKSDDVHLRKKRKYEKPQELSGRKRLKPGKEDKLFRKKRRSWKNAEDRMALANKPLRRF 770 780 790 800 810 820 780 790 800 810 pF1KSD ENNPSGKKELSEV-----EKAKIRGSYLT----------------VTLQR----PTKELH ...: . :: :. :. . :.: : : ..: :.::: NP_001 KQEP--EDELPEAPPKTRESDHSRSSSPTAGPSTEGAEGPEEKKKVKMRRKRRLPNKELS 830 840 850 860 870 820 830 840 850 pF1KSD ---GTSIVPKLQAITASSANLRHSPRVLVQHCPARTPQR--GDEE-------GLGGEEEE . . ..: : :: ..: . .. :.: : : ::.: .: NP_001 RELSKELNHEIQRTENSLANENQQPIKSEPESEGEEPKRPPGICERPHRFSKGLNGTPRE 880 890 900 910 920 930 860 870 880 890 pF1KSD EEEEEEEDDSAEEGGAARLNGRGSWAQ------------------------DGDESWMQR ... . . .: : . :: :.: NP_001 LRHQLGPSLRSPPRVISRPPPSVSPPKCIQMERHVIRPPPISPPPDSLPLDDGAAHVMHR 940 950 960 970 980 990 900 910 920 930 940 950 pF1KSD EVWMSVFRYLSRRELCECMRVCKTWYKWCCDKRLWTKIDLSRCKAIVPQALSGIIKRQPV ::::.:: :::...:: :::::.:: .:::::::::.:::..::.:.: :::::.:::: NP_001 EVWMAVFSYLSHQDLCVCMRVCRTWNRWCCDKRLWTRIDLNHCKSITPLMLSGIIRRQPV 1000 1010 1020 1030 1040 1050 960 970 980 990 1000 1010 pF1KSD SLDLSWTNISKKQLTWLVNRLPGLKDLLLAGCSWSAVSALSTSSCPLLRTLDLRWAVGIK ::::::::::::::.::.::::::.::.:.:::: ::::: .::::::::::..:. :.: NP_001 SLDLSWTNISKKQLSWLINRLPGLRDLVLSGCSWIAVSALCSSSCPLLRTLDVQWVEGLK 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KSD DPQIRDLLTPPAD-KPGQ-DNRSKLRNMTDFRLAGLDITDATLRLIIRHMPLLSRLDLSH : :.::::.::.: .::: ::::::::....::::::::::.::::::::::::.: ::. 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XP_005 KCEACLRTECGECHFCKDMKKFGGPGRMKQSCIMRQCIAPVLPHTAVCLVCGEAGKEDTV 590 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 pF1KSD QDFEKK----LMECCICNEIVHPGCLQM-DGEGLLNEELPNCWECPKCYQEDSSEKAQKR .. : : :::: :::::.:::::.. ..::..:.::::::::::: . .. : ::: XP_005 EEEEGKFNLMLMECSICNEIIHPGCLKIKESEGVVNDELPNCWECPKCNHAGKTGK-QKR 650 660 670 680 690 700 690 700 710 720 pF1KSD ------------------KMEESDEEAVQAKVLR------PLRSCDEPLTPPPHSPTSML ::.....:. . : : : :: : : ..: XP_005 GPGFKYASNLPGSLLKEQKMNRDNKEGQEPAKRRSECEEAPRRRSDEHSKKVP--PDGLL 710 720 730 740 750 760 730 740 750 760 pF1KSD QLIHDPV---------SPRGMVTR-------SSPGAGPSDHHS-----ASRDERFKRRQL . : : .:. . : .:::. :.: : .: . : .: XP_005 RRKSDDVHLRKKRKYEKPQELSGRKRASSLQTSPGS--SSHLSPRPPLGSSLSPWWRSSL 770 780 790 800 810 770 780 790 pF1KSD LRLQ-----ATERTMVREKE-------------NNP------SGKKELSEV-----EKAK .: . : . :.:. :.: . :: :. :. . 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