Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1020
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1020, 615 aa
1>>>pF1KSDA1020 615 - 615 aa - 615 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0181+/-0.00108; mu= -5.9112+/- 0.064
mean_var=356.3898+/-76.422, 0's: 0 Z-trim(115.6): 875 B-trim: 914 in 2/51
Lambda= 0.067938
statistics sampled from 15153 (16126) to 15153 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.79), E-opt: 0.2 (0.495), width: 16
Scan time: 4.580
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13789.1 HIC2 gene_id:23119|Hs108|chr22 ( 615) 4248 430.4 3.4e-120
CCDS42229.1 HIC1 gene_id:3090|Hs108|chr17 ( 733) 1561 167.1 7.4e-41
CCDS42230.1 HIC1 gene_id:3090|Hs108|chr17 ( 714) 1560 167.0 7.8e-41
>>CCDS13789.1 HIC2 gene_id:23119|Hs108|chr22 (615 aa)
initn: 4248 init1: 4248 opt: 4248 Z-score: 2271.3 bits: 430.4 E(32554): 3.4e-120
Smith-Waterman score: 4248; 99.8% identity (100.0% similar) in 615 aa overlap (1-615:1-615)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MVSGPLALRWCAWAGRGDMGPDMELPSHSKQLLLQLNQQRTKGFLCDVIIMVENSIFRAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MVSGPLALRWCAWAGRGDMGPDMELPSHSKQLLLQLNQQRTKGFLCDVIIMVENSIFRAH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KNVLAASSIYFKSLVLHDNLINLDTDMVSSTVFQQILDFIYTGKLLPSDQPAEPNFSTLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KNVLAASSIYFKSLVLHDNLINLDTDMVSSTVFQQILDFIYTGKLLPSDQPAEPNFSTLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TAASYLQLPELAALCRRKLKRAGKPFGSGRAGSTGMGRPPRSQRLSTASVIQARYRGLVD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS13 TAASYLQLPELAALCRRKLKRAGKPFGSGRAGSTGMGRPPRSQRLSTASVIQARYQGLVD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GRKGAHAPQELPQAKGSDDELFLGGSNQDSVQGLGRAVCPAGGEAGLGGCSSSTNGSSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GRKGAHAPQELPQAKGSDDELFLGGSNQDSVQGLGRAVCPAGGEAGLGGCSSSTNGSSGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD CEQELGLDLSKKSPPLPPATPGPHLTPDDAAQLSDSQHGSPPAASAPPVANSASYSELGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CEQELGLDLSKKSPPLPPATPGPHLTPDDAAQLSDSQHGSPPAASAPPVANSASYSELGG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TPDEPMDLEGAEDNHLSLLEAPGGQPRKSLRHSTRKKEWGKKEPVAGSPFERREAGPKGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPDEPMDLEGAEDNHLSLLEAPGGQPRKSLRHSTRKKEWGKKEPVAGSPFERREAGPKGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CPGEEGEGVGDRVPNGILASGAGPSGPYGEPPYPCKEEEENGKDASEDSAQSGSEGGSGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CPGEEGEGVGDRVPNGILASGAGPSGPYGEPPYPCKEEEENGKDASEDSAQSGSEGGSGH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ASAHYMYRQEGYETVSYGDNLYVCIPCAKGFPSSEQLNAHVETHTEEELFIKEEGAYETG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ASAHYMYRQEGYETVSYGDNLYVCIPCAKGFPSSEQLNAHVETHTEEELFIKEEGAYETG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SGGAEEEAEDLSAPSAAYTAEPRPFKCSVCEKTYKDPATLRQHEKTHWLTRPFPCNICGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SGGAEEEAEDLSAPSAAYTAEPRPFKCSVCEKTYKDPATLRQHEKTHWLTRPFPCNICGK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD MFTQRGTMTRHMRSHLGLKPFACDECGMRFTRQYRLTEHMRVHSGEKPYECQLCGGKFTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MFTQRGTMTRHMRSHLGLKPFACDECGMRFTRQYRLTEHMRVHSGEKPYECQLCGGKFTQ
550 560 570 580 590 600
610
pF1KSD QRNLISHLRMHTSPS
:::::::::::::::
CCDS13 QRNLISHLRMHTSPS
610
>>CCDS42229.1 HIC1 gene_id:3090|Hs108|chr17 (733 aa)
initn: 1386 init1: 741 opt: 1561 Z-score: 847.0 bits: 167.1 E(32554): 7.4e-41
Smith-Waterman score: 1628; 47.8% identity (65.1% similar) in 636 aa overlap (14-611:16-613)
10 20 30 40 50
pF1KSD MVSGPLALRWCAWAGRGDMGPDMELPSHSKQLLLQLNQQRTKGFLCDVIIMVENSIFR
::. : :: :.::.:::::::.::::::::::::.:.:..::
CCDS42 MTFPEADILLKSGECAGQ-TMLDTMEAPGHSRQLLLQLNNQRTKGFLCDVIIVVQNALFR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD AHKNVLAASSIYFKSLVLHDNLINLDTDMVSSTVFQQILDFIYTGKLLPSDQ--------
:::::::::: :.::::.::::.::: :::: .::. .:::::::.: . .
CCDS42 AHKNVLAASSAYLKSLVVHDNLLNLDHDMVSPAVFRLVLDFIYTGRLADGAEAAAAAAVA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KSD P-AEPNFSTLLTAASYLQLPELAALCRRKLKRAGKPF-----GSGRAGSTGMGRPPRSQR
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CCDS42 PGAEPSLGAVLAAASYLQIPDLVALCKKRLKRHGKYCHLRGGGGGGGGYAPYGRPGRGLR
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LSTASVIQARYRGLVDGRKGAHAPQELPQAKGSDDELFLGGSNQDSVQGLGRAVCPAGGE
.: :::: : . : : : .: . . : .. . . ::
CCDS42 AATP-VIQACYPSPV----GPPPPPAAEPPSGPEAAV-----NTHCAELYASGPGPA---
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD AGLGGCSSSTNGSSGGCEQELGLDLSKKSPPLPPATPGPHLTPDDAAQLSDSQHGSPPAA
:.: :.: : :::::::::: : : :.. . ::
CCDS42 AAL--CASERR-----CSPLCGLDLSKKSPPGSAAPERP---------LAERE--LPPRP
230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KSD SAPPVANSASYSE----LGGTPDEPMD-LEGAE---DNHLSLLEAPGGQPRKSLRHSTRK
..:: :. :.:.: : . : :.. :: : : . .:: .: .
CCDS42 DSPPSAGPAAYKEPPLALPSLPPLPFQKLEEAAPPSDPFRGGSGSPGPEPPGRPDGPSLL
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KSD KEWGKKEPVAGSPFERREAGPKGPCPGEEGEGVGDRVPNGILASGAGPSGPYGEPPYPCK
.: :.:: :: . : : . :.:. : .: .. .. :. : : : :: .
CCDS42 YRWMKHEPGLGSYGD--ELGRERGSPSERCE---ERGGDAAVSPGGPPLGLAPPPRYPGS
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440
pF1KSD EEEENGKDASEDSAQSGSEGGSGHASAHYMYRQEGY--------ETVSYGDNLYVCIPCA
. .. ..: .:. : ::.. . . ::: : :.::::::::::.
CCDS42 LDGPGAGGDGDDYKSSSEETGSSEDPSPPGGHLEGYPCPHLAYGEPESFGDNLYVCIPCG
390 400 410 420 430 440
450 460 470 480 490 500
pF1KSD KGFPSSEQLNAHVETHTEEE--LFIKEEGAYETGSGGAEEEAE-----DLSAPSAAYTAE
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CCDS42 KGFPSSEQLNAHVEAHVEEEEALYGRAEAA-EVAAGAAGLGPPFGGGGDKVAGAPGGLGE
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KSD P-RPFKCSVCEKTYKDPATLRQHEKTHWLTRPFPCNICGKMFTQRGTMTRHMRSHLGLKP
::..:. :.:.:::::::::::::::::::.::.:::: :::::::::::::::::::
CCDS42 LLRPYRCASCDKSYKDPATLRQHEKTHWLTRPYPCTICGKKFTQRGTMTRHMRSHLGLKP
510 520 530 540 550 560
570 580 590 600 610
pF1KSD FACDECGMRFTRQYRLTEHMRVHSGEKPYECQLCGGKFTQQRNLISHLRMHTSPS
:::: ::::::::::::::::.::::::::::.:::::.::::::::..::
CCDS42 FACDACGMRFTRQYRLTEHMRIHSGEKPYECQVCGGKFAQQRNLISHMKMHAVGGAAGAA
570 580 590 600 610 620
CCDS42 GALAGLGGLPGVPGPDGKGKLDFPEGVFAVARLTAEQLSLKQQDKAAAAELLAQTTHFLH
630 640 650 660 670 680
>>CCDS42230.1 HIC1 gene_id:3090|Hs108|chr17 (714 aa)
initn: 1386 init1: 741 opt: 1560 Z-score: 846.6 bits: 167.0 E(32554): 7.8e-41
Smith-Waterman score: 1627; 47.9% identity (65.3% similar) in 631 aa overlap (19-611:1-594)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MVSGPLALRWCAWAGRGDMGPDMELPSHSKQLLLQLNQQRTKGFLCDVIIMVENSIFRAH
: :: :.::.:::::::.::::::::::::.:.:..::::
CCDS42 MLDTMEAPGHSRQLLLQLNNQRTKGFLCDVIIVVQNALFRAH
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KSD KNVLAASSIYFKSLVLHDNLINLDTDMVSSTVFQQILDFIYTGKLLPSDQ--------P-
:::::::: :.::::.::::.::: :::: .::. .:::::::.: . . :
CCDS42 KNVLAASSAYLKSLVVHDNLLNLDHDMVSPAVFRLVLDFIYTGRLADGAEAAAAAAVAPG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KSD AEPNFSTLLTAASYLQLPELAALCRRKLKRAGKPF-----GSGRAGSTGMGRPPRSQRLS
:::.....:.::::::.:.:.:::...::: :: :.: .: . .::: :. : .
CCDS42 AEPSLGAVLAAASYLQIPDLVALCKKRLKRHGKYCHLRGGGGGGGGYAPYGRPGRGLRAA
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KSD TASVIQARYRGLVDGRKGAHAPQELPQAKGSDDELFLGGSNQDSVQGLGRAVCPAGGEAG
: :::: : . : : : .: . .. : .. . . :: :.
CCDS42 TP-VIQACYPSPV----GPPPPPAAEPPSGPE-----AAVNTHCAELYASGPGPA---AA
170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KSD LGGCSSSTNGSSGGCEQELGLDLSKKSPPLPPATPGPHLTPDDAAQLSDSQHGSPPAASA
: :.: : :::::::::: : : :.. . :: ..
CCDS42 L--CASERR-----CSPLCGLDLSKKSPPGSAAPERP---------LAERE--LPPRPDS
210 220 230 240 250
290 300 310 320 330
pF1KSD PPVANSASYSE----LGGTPDEPMD-LEGAE---DNHLSLLEAPGGQPRKSLRHSTRKKE
:: :. :.:.: : . : :.. :: : : . .:: .: . .
CCDS42 PPSAGPAAYKEPPLALPSLPPLPFQKLEEAAPPSDPFRGGSGSPGPEPPGRPDGPSLLYR
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380 390
pF1KSD WGKKEPVAGSPFERREAGPKGPCPGEEGEGVGDRVPNGILASGAGPSGPYGEPPYPCKEE
: :.:: :: . : : . :.:. : .: .. .. :. : : : :: . .
CCDS42 WMKHEPGLGSYGD--ELGRERGSPSERCE---ERGGDAAVSPGGPPLGLAPPPRYPGSLD
320 330 340 350 360
400 410 420 430 440 450
pF1KSD EENGKDASEDSAQSGSEGGSGHASAHYMYRQEGY--------ETVSYGDNLYVCIPCAKG
.. ..: .:. : ::.. . . ::: : :.::::::::::.::
CCDS42 GPGAGGDGDDYKSSSEETGSSEDPSPPGGHLEGYPCPHLAYGEPESFGDNLYVCIPCGKG
370 380 390 400 410 420
460 470 480 490 500
pF1KSD FPSSEQLNAHVETHTEEE--LFIKEEGAYETGSGGAEEEAE-----DLSAPSAAYTAEP-
::::::::::::.:.::: :. . :.: :...:.: : : . . .:
CCDS42 FPSSEQLNAHVEAHVEEEEALYGRAEAA-EVAAGAAGLGPPFGGGGDKVAGAPGGLGELL
430 440 450 460 470 480
510 520 530 540 550 560
pF1KSD RPFKCSVCEKTYKDPATLRQHEKTHWLTRPFPCNICGKMFTQRGTMTRHMRSHLGLKPFA
::..:. :.:.:::::::::::::::::::.::.:::: :::::::::::::::::::::
CCDS42 RPYRCASCDKSYKDPATLRQHEKTHWLTRPYPCTICGKKFTQRGTMTRHMRSHLGLKPFA
490 500 510 520 530 540
570 580 590 600 610
pF1KSD CDECGMRFTRQYRLTEHMRVHSGEKPYECQLCGGKFTQQRNLISHLRMHTSPS
:: ::::::::::::::::.::::::::::.:::::.::::::::..::
CCDS42 CDACGMRFTRQYRLTEHMRIHSGEKPYECQVCGGKFAQQRNLISHMKMHAVGGAAGAAGA
550 560 570 580 590 600
CCDS42 LAGLGGLPGVPGPDGKGKLDFPEGVFAVARLTAEQLSLKQQDKAAAAELLAQTTHFLHDP
610 620 630 640 650 660
615 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 04:37:50 2016 done: Thu Nov 3 04:37:51 2016
Total Scan time: 4.580 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]