FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1027, 2541 aa
1>>>pF1KSDA1027 2541 - 2541 aa - 2541 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5158+/-0.000508; mu= 15.7634+/- 0.032
mean_var=138.1304+/-28.258, 0's: 0 Z-trim(111.3): 251 B-trim: 992 in 1/55
Lambda= 0.109126
statistics sampled from 19620 (19894) to 19620 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.568), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 22.100
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006280 (OMIM: 186745) talin-1 [Homo sapiens] (2541) 16015 2535.1 0
NP_055874 (OMIM: 607349) talin-2 [Homo sapiens] (2542) 12507 1982.8 0
XP_016878157 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2542) 12507 1982.8 0
XP_006720780 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_016878156 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_005254768 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_005254765 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_005254767 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_005254769 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_016878155 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_016878154 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_005254770 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_005254772 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_005254771 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0
XP_016878158 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2512) 6807 1085.5 0
XP_005250362 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: hunt (1003) 382 73.7 1.4e-11
XP_005250361 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: hunt (1008) 382 73.7 1.4e-11
XP_016867588 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: hunt (1023) 382 73.7 1.4e-11
XP_011514418 (OMIM: 176807,601767) PREDICTED: hunt (1037) 382 73.7 1.5e-11
NP_005329 (OMIM: 176807,601767) huntingtin-interac (1037) 382 73.7 1.5e-11
XP_011537265 (OMIM: 605613) PREDICTED: huntingtin- (1056) 372 72.1 4.4e-11
NP_003950 (OMIM: 605613) huntingtin-interacting pr (1068) 372 72.1 4.5e-11
NP_072088 (OMIM: 615466) mesoderm development cand ( 362) 362 70.3 5.5e-11
NP_001230127 (OMIM: 176807,601767) huntingtin-inte ( 986) 284 58.3 6.2e-07
NP_002821 (OMIM: 176878) tyrosine-protein phosphat ( 926) 241 51.5 6.4e-05
XP_016860089 (OMIM: 176878) PREDICTED: tyrosine-pr ( 926) 241 51.5 6.4e-05
NP_002897 (OMIM: 179410,611022) radixin isoform 2 ( 583) 235 50.4 8.4e-05
NP_001247421 (OMIM: 179410,611022) radixin isoform ( 604) 235 50.4 8.7e-05
NP_001247422 (OMIM: 179410,611022) radixin isoform ( 604) 235 50.4 8.7e-05
XP_016884299 (OMIM: 101000,162091,607174,607379) P ( 552) 233 50.1 0.0001
XP_016884298 (OMIM: 101000,162091,607174,607379) P ( 557) 233 50.1 0.0001
NP_057502 (OMIM: 101000,162091,607174,607379) merl ( 590) 233 50.1 0.00011
NP_861970 (OMIM: 101000,162091,607174,607379) merl ( 590) 233 50.1 0.00011
NP_861546 (OMIM: 101000,162091,607174,607379) merl ( 590) 233 50.1 0.00011
NP_000259 (OMIM: 101000,162091,607174,607379) merl ( 595) 233 50.1 0.00011
XP_016860087 (OMIM: 176878) PREDICTED: tyrosine-pr ( 933) 235 50.5 0.00012
XP_016885035 (OMIM: 309845) PREDICTED: moesin isof ( 566) 231 49.8 0.00013
XP_016885034 (OMIM: 309845) PREDICTED: moesin isof ( 566) 231 49.8 0.00013
NP_002435 (OMIM: 309845) moesin [Homo sapiens] ( 577) 231 49.8 0.00013
XP_005262326 (OMIM: 309845) PREDICTED: moesin isof ( 578) 231 49.8 0.00013
XP_011529261 (OMIM: 309845) PREDICTED: moesin isof ( 610) 231 49.8 0.00014
XP_016860088 (OMIM: 176878) PREDICTED: tyrosine-pr ( 933) 229 49.6 0.00024
XP_011509862 (OMIM: 176878) PREDICTED: tyrosine-pr ( 933) 229 49.6 0.00024
NP_001104547 (OMIM: 123900) ezrin [Homo sapiens] ( 586) 223 48.5 0.00031
NP_003370 (OMIM: 123900) ezrin [Homo sapiens] ( 586) 223 48.5 0.00031
XP_016860086 (OMIM: 176878) PREDICTED: tyrosine-pr ( 940) 223 48.6 0.00046
XP_016860085 (OMIM: 176878) PREDICTED: tyrosine-pr ( 940) 223 48.6 0.00046
NP_861966 (OMIM: 101000,162091,607174,607379) merl ( 548) 217 47.6 0.00057
XP_016865178 (OMIM: 612141) PREDICTED: band 4.1-li ( 658) 217 47.6 0.00066
XP_011541835 (OMIM: 612141) PREDICTED: band 4.1-li ( 680) 217 47.6 0.00068
>>NP_006280 (OMIM: 186745) talin-1 [Homo sapiens] (2541 aa)
initn: 16015 init1: 16015 opt: 16015 Z-score: 13624.2 bits: 2535.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 16015; 100.0% identity (100.0% similar) in 2541 aa overlap (1-2541:1-2541)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MVALSLKISIGNVVKTMQFEPSTMVYDACRIIRERIPEAPAGPPSDFGLFLSDDDPKKGI
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NP_006 MVALSLKISIGNVVKTMQFEPSTMVYDACRIIRERIPEAPAGPPSDFGLFLSDDDPKKGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD WLEAGKALDYYMLRNGDTMEYRKKQRPLKIRMLDGTVKTIMVDDSKTVTDMLMTICARIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 WLEAGKALDYYMLRNGDTMEYRKKQRPLKIRMLDGTVKTIMVDDSKTVTDMLMTICARIG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ITNHDEYSLVRELMEEKKEEITGTLRKDKTLLRDEKKMEKLKQKLHTDDELNWLDHGRTL
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 REQGVEEHETLLLRRKFFYSDQNVDSRDPVQLNLLYVQARDDILNGSHPVSFDKACEFAG
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250 260 270 280 290 300
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NP_006 FQCQIQFGPHNEQKHKAGFLDLKDFLPKEYVKQKGERKIFQAHKNCGQMSEIEAKVRYVK
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LARSLKTYGVSFFLVKEKMKGKNKLVPRLLGITKECVMRVDEKTKEVIQEWNLTNIKRWA
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ASPKSFTLDFGDYQDGYYSVQTTEGEQIAQLIAGYIDIILKKKKSKDHFGLEGDEESTML
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430 440 450 460 470 480
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NP_006 EDSVSPKKSTVLQQQYNRVGKVEHGSVALPAIMRSGASGPENFQVGSMPPAQQQITSGQM
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NP_006 HEIHSQVDAITAGTASVVNLTAGDPAETDYTAVGCAVTTISSNLTEMSRGVKLLAALLED
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NP_006 ATAPLLEAVDNLSAFASNPEFSSIPAQISPEGRAAMEPIVISAKTMLESAGGLIQTARAL
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NP_006 AVNPRDPPSWSVLAGHSRTVSDSIKKLITSMRDKAPGQLECETAIAALNSCLRDLDQASL
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NP_006 AAVSQQLAPREGISQEALHTQMLTAVQEISHLIEPLANAARAEASQLGHKVSQMAQYFEP
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NP_006 LTLAAVGAASKTLSHPQQMALLDQTKTLAESALQLLYTAKEAGGNPKQAAHTQEALEEAV
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NP_006 AKAIAVTVQEMVTKSNTSPEELGPLANQLTSDYGRLASEAKPAAVAAENEEIGSHIKHRV
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NP_006 QELGHGCAALVTKAGALQCSPSDAYTKKELIECARRVSEKVSHVLAALQAGNRGTQACIT
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NP_006 AASAVSGIIADLDTTIMFATAGTLNREGTETFADHREGILKTAKVLVEDTKVLVQNAAGS
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NP_055 ARKKLAQIRQQQYKFLPTELREDEG
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pF1KSD MVALSLKISIG--NVVKTMQFEPSTMVYDACRIIRERIPEAPAGPPSDFGLFLSDDDPKK
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XP_016 GGFQAQIQFGPHVEHKHKPGFLDLKEFLPKEYIKQRGAEKRIFQEHKNCGEMSEIEAKVK
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