FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA1027, 2541 aa 1>>>pF1KSDA1027 2541 - 2541 aa - 2541 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5158+/-0.000508; mu= 15.7634+/- 0.032 mean_var=138.1304+/-28.258, 0's: 0 Z-trim(111.3): 251 B-trim: 992 in 1/55 Lambda= 0.109126 statistics sampled from 19620 (19894) to 19620 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.568), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16 Scan time: 22.100 The best scores are: opt bits E(85289) NP_006280 (OMIM: 186745) talin-1 [Homo sapiens] (2541) 16015 2535.1 0 NP_055874 (OMIM: 607349) talin-2 [Homo sapiens] (2542) 12507 1982.8 0 XP_016878157 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2542) 12507 1982.8 0 XP_006720780 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0 XP_016878156 (OMIM: 607349) PREDICTED: talin-2 iso (2557) 12120 1921.9 0 XP_005254768 (OMIM: 607349) 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940) 223 48.6 0.00046 XP_016860085 (OMIM: 176878) PREDICTED: tyrosine-pr ( 940) 223 48.6 0.00046 NP_861966 (OMIM: 101000,162091,607174,607379) merl ( 548) 217 47.6 0.00057 XP_016865178 (OMIM: 612141) PREDICTED: band 4.1-li ( 658) 217 47.6 0.00066 XP_011541835 (OMIM: 612141) PREDICTED: band 4.1-li ( 680) 217 47.6 0.00068 >>NP_006280 (OMIM: 186745) talin-1 [Homo sapiens] (2541 aa) initn: 16015 init1: 16015 opt: 16015 Z-score: 13624.2 bits: 2535.1 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 16015; 100.0% identity (100.0% similar) in 2541 aa overlap (1-2541:1-2541) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MVALSLKISIGNVVKTMQFEPSTMVYDACRIIRERIPEAPAGPPSDFGLFLSDDDPKKGI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 MVALSLKISIGNVVKTMQFEPSTMVYDACRIIRERIPEAPAGPPSDFGLFLSDDDPKKGI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD WLEAGKALDYYMLRNGDTMEYRKKQRPLKIRMLDGTVKTIMVDDSKTVTDMLMTICARIG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 RGTPQDLARASGRFGQDFSTFLEAGVEMAGQAPSQEDRAQVVSNLKGISMSSSKLLLAAK 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KSD ALSTDPAAPNLKSQLAAAARAVTDSINQLITMCTQQAPGQKECDNALRELETVRELLENP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 ALSTDPAAPNLKSQLAAAARAVTDSINQLITMCTQQAPGQKECDNALRELETVRELLENP 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KSD VQPINDMSYFGCLDSVMENSKVLGEAMTGISQNAKNGNLPEFGDAISTASKALCGFTEAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 VQPINDMSYFGCLDSVMENSKVLGEAMTGISQNAKNGNLPEFGDAISTASKALCGFTEAA 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KSD AQAAYLVGVSDPNSQAGQQGLVEPTQFARANQAIQMACQSLGEPGCTQAQVLSAATIVAK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 AQAAYLVGVSDPNSQAGQQGLVEPTQFARANQAIQMACQSLGEPGCTQAQVLSAATIVAK 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KSD 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