Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1093
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1093, 1722 aa
1>>>pF1KSDA1093 1722 - 1722 aa - 1722 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7719+/-0.00112; mu= -3.3912+/- 0.068
mean_var=401.4363+/-81.658, 0's: 0 Z-trim(115.0): 44 B-trim: 121 in 1/51
Lambda= 0.064013
statistics sampled from 15473 (15514) to 15473 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.753), E-opt: 0.2 (0.477), width: 16
Scan time: 5.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS46713.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1723) 12064 1129.7 0
CCDS54533.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1833) 6670 631.6 7.5e-180
CCDS46712.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1029) 5546 527.6 8.6e-149
CCDS81959.1 TNRC6A gene_id:27327|Hs108|chr16 (1913) 2343 232.0 1.5e-59
CCDS10624.2 TNRC6A gene_id:27327|Hs108|chr16 (1962) 2017 201.9 1.8e-50
CCDS45799.1 TNRC6C gene_id:57690|Hs108|chr17 (1726) 1405 145.4 1.7e-33
CCDS45798.1 TNRC6C gene_id:57690|Hs108|chr17 (1690) 1058 113.3 7.3e-24
>>CCDS46713.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1723 aa)
initn: 8547 init1: 8547 opt: 12064 Z-score: 6034.9 bits: 1129.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 12064; 99.9% identity (99.9% similar) in 1723 aa overlap (1-1722:1-1723)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MREKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MREKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SPPVNGGNNAKRVAVPNGQPPSAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SPPVNGGNNAKRVAVPNGQPPSAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSNKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSNKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQSKMENAGVNFVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQSKMENAGVNFVVS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPMENKGMPFGMGLGNTSRSTDAPSQSTGDRKTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPMENKGMPFGMGLGNTSRSTDAPSQSTGDRKTG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNNGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNNGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRST
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQPTGSDELKIGEWSGPNQPNSSTGAWDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQPTGSDELKIGEWSGPNQPNSSTGAWDN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD QKGHPLPENQGNAQAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QKGHPLPENQGNAQAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD QAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KNSGGWGDAPSQSNQMKSGWGELSASTEWKDPKNTGGWNDYKNNNSSNWGGGRPDEKTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KNSGGWGDAPSQSNQMKSGWGELSASTEWKDPKNTGGWNDYKNNNSSNWGGGRPDEKTPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGWGEEVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGWGEEVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD GTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPN
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD SYNYKNVNLWDKNSQGGPAPREPNLPTPMTSKSASDSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SYNYKNVNLWDKNSQGGPAPREPNLPTPMTSKSASDSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD EEEDGGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EEEDGGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD QTEDNPSSKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QTEDNPSSKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD YFEKGGSHGLFGNSTAQSRGLHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YFEKGGSHGLFGNSTAQSRGLHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD SPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQE
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250
pF1KSD QQLARMVSALQQQQQQQ-RQPGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPG
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QQLARMVSALQQQQQQQQRQPGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPG
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KSD YGSGFSSGGMDYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YGSGFSSGGMDYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRG
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1320 1330 1340 1350 1360 1370
pF1KSD GSPYNQFDIIPGDTLGGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GSPYNQFDIIPGDTLGGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQ
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1380 1390 1400 1410 1420 1430
pF1KSD NIDPESDPYVTPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NIDPESDPYVTPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDN
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1440 1450 1460 1470 1480 1490
pF1KSD SFTNVHSTSAKFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SFTNVHSTSAKFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKP
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1500 1510 1520 1530 1540 1550
pF1KSD SSPWSSTAPRSVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SSPWSSTAPRSVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQ
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1560 1570 1580 1590 1600 1610
pF1KSD HGPLLTFHLNLTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 HGPLLTFHLNLTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQA
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1620 1630 1640 1650 1660 1670
pF1KSD QPPTPAATPSAPAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QPPTPAATPSAPAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGA
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1680 1690 1700 1710 1720
pF1KSD SLWGPPNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SLWGPPNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
1690 1700 1710 1720
>>CCDS54533.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1833 aa)
initn: 11267 init1: 6616 opt: 6670 Z-score: 3342.4 bits: 631.6 E(32554): 7.5e-180
Smith-Waterman score: 11261; 93.6% identity (93.7% similar) in 1754 aa overlap (1-1643:1-1754)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MREKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MREKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SPPVNGGNNAKRVAVPNGQPPSAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SPPVNGGNNAKRVAVPNGQPPSAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSNKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSNKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQSKMENAGVNFVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQSKMENAGVNFVVS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPMENKGMPFGMGLGNTSRSTDAPSQSTGDRKTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPMENKGMPFGMGLGNTSRSTDAPSQSTGDRKTG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNNGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNNGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRST
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQPTGSDELKIGEWSGPNQPNSSTGAWDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQPTGSDELKIGEWSGPNQPNSSTGAWDN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD QKGHPLPENQGNAQAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QKGHPLPENQGNAQAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD QAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KNSGGWGDAPSQSNQMKSGWGELSASTEWKDPKNTGGWNDYKNNNSSNWGGGRPDEKTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KNSGGWGDAPSQSNQMKSGWGELSASTEWKDPKNTGGWNDYKNNNSSNWGGGRPDEKTPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGWGEEVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGWGEEVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD GTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPN
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD SYNYKNVNLWDKNSQGGPAPREPNLPTPMTSKSAS-------------------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SYNYKNVNLWDKNSQGGPAPREPNLPTPMTSKSASVWSKSTPPAPDNGTSAWGEPNESSP
910 920 930 940 950 960
940 950 960
pF1KSD ----------------------------DSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDGGV
.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GWGEMDDTGASTTGWGNTPANAPNAMKPNSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDGGV
970 980 990 1000 1010 1020
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD WNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLSQTEDNPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 WNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLSQTEDNPS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD SKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEK---
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEKLTL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1090
pF1KSD ------------------------------------------------------GGSHGL
::::::
CCDS54 PFSNQDGCLGDEAPCSPFSPSPSYKLSPSGSTLPNVSLGAIGTGLNPQNFAARQGGSHGL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD FGNSTAQSRGLHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FGNSTAQSRGLHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQ
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1160 1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD LSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSAL
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD QQQQQQQ-RQPGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPGYGSGFSSGGM
::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QQQQQQQQRQPGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPGYGSGFSSGGM
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD DYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDII
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD PGDTLGGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PGDTLGGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYV
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD TPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSA
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD KFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPR
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD SVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLN
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KSD LTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPS
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KSD APAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGASLWGPPNYSS
::::::::::::::
CCDS54 APAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGASLWGPPNYSS
1750 1760 1770 1780 1790 1800
>>CCDS46712.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1029 aa)
initn: 4683 init1: 3639 opt: 5546 Z-score: 2784.8 bits: 527.6 E(32554): 8.6e-149
Smith-Waterman score: 5580; 86.9% identity (90.7% similar) in 953 aa overlap (786-1722:93-1029)
760 770 780 790 800 810
pF1KSD TKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEIGTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNS
:.. : .:: .. :: . : : :: :
CCDS46 EATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSPSPPVNGG-NNAKRVAVPN--G-QPPS
70 80 90 100 110
820 830 840 850 860
pF1KSD WNKQHQQQQPPQ--------------QPPPPQPEASGSWGGPPPPPPGNVRPSNSSWSSG
. .. ::. :::::. :. .:::: .. :.:.. .:
CCDS46 AARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGGGAGPPPCTAPGANPNNAQ-VTG
120 130 140 150 160 170
870 880 890 900 910 920
pF1KSD PQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNYKNVNLWDK-NSQGGPAP
. . : : . .: . :.::::::.:: .. : . .. :. .
CCDS46 ALLQSESGTAPV-WSKSTPPAP------DNGTSAWGEPN----ESSPGWGEMDDTGASTT
180 190 200 210 220
930 940 950 960 970 980
pF1KSD REPNLPTPMTSKSASDSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDGGVWNTTGSQGSASSH
: :. . .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GWGNTPANAPNAMKPNSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDGGVWNTTGSQGSASSH
230 240 250 260 270 280
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD NSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLSQTEDNPSSKMDLSVGSLSDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLSQTEDNPSSKMDLSVGSLSDK
290 300 310 320 330 340
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KSD KFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEKGGSHGLFGNSTAQSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEKGGSHGLFGNSTAQSRG
350 360 370 380 390 400
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KSD LHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLS
410 420 430 440 450 460
1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD QLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSALQQQQQQQ-RQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS46 QLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSALQQQQQQQQRQ
470 480 490 500 510 520
1220 1230 1240 1250 1260 1270
pF1KSD PGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPGYGSGFSSGGMDYGMVGGKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPGYGSGFSSGGMDYGMVGGKEA
530 540 550 560 570 580
1280 1290 1300 1310 1320 1330
pF1KSD GTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDIIPGDTLGGHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDIIPGDTLGGHTG
590 600 610 620 630 640
1340 1350 1360 1370 1380 1390
pF1KSD PAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTPGSVLGGTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTPGSVLGGTA
650 660 670 680 690 700
1400 1410 1420 1430 1440 1450
pF1KSD TSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSAKFPDYKSTWS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSAKFPDYKSTWS
710 720 730 740 750 760
1460 1470 1480 1490 1500 1510
pF1KSD PDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPRSVRGWGTQDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPRSVRGWGTQDS
770 780 790 800 810 820
1520 1530 1540 1550 1560 1570
pF1KSD RLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLNLTQGTALIRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLNLTQGTALIRY
830 840 850 860 870 880
1580 1590 1600 1610 1620 1630
pF1KSD STKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPSAPAAGWQSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 STKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPSAPAAGWQSLE
890 900 910 920 930 940
1640 1650 1660 1670 1680 1690
pF1KSD TGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGASLWGPPNYSSSLWGVPTVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGASLWGPPNYSSSLWGVPTVED
950 960 970 980 990 1000
1700 1710 1720
pF1KSD PHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
:::::::::::::::::::::::
CCDS46 PHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
1010 1020
>>CCDS81959.1 TNRC6A gene_id:27327|Hs108|chr16 (1913 aa)
initn: 1945 init1: 568 opt: 2343 Z-score: 1182.5 bits: 232.0 E(32554): 1.5e-59
Smith-Waterman score: 3358; 37.6% identity (62.8% similar) in 1806 aa overlap (138-1722:184-1913)
110 120 130 140 150 160
pF1KSD GQPPPPSCMLLGGGAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANS
: .: . .:.. . . . .: :.: ::
CCDS81 HFPVIAANLGSAVKVLNSQSESSALTNQQPQNNGEVQNSKNQSDINHSTSG---SHYENS
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KSD TWGSGASSNNGTSPNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSE
: .::.. .: : . :. : :. : :: ..: : .:: : .:::. ::
CCDS81 QRGP-VSSTSDSSTN---CKNAVVSDLSEKEAWPSAPGSDPELASE-CMDADSASSSESE
220 230 240 250 260
230 240 250 260
pF1KSD KSTL---PGSTTSNK-------GKGSQCQ------SASSGNECNLGVWKSDPKAK-----
.. :.: ..: : ::: . : . :. . : : . :
CCDS81 RNITIMASGNTGGEKDGLRNSTGLGSQNKFVVGSSSNNVGHGSSTGPWGFSHGAIISTCQ
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KSD -SVQSSNSTTEN-NNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFSNFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGA
::.. .: .:. :: .. : .::... . : . :..: :: .:::.: ..: . ::
CCDS81 VSVDAPESKSESSNNRMNAWGTVSSSS--NGGLNPSTLNSASNHGAWPVLENNGLALKGP
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360
pF1KSD LETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQ--SKM------------------ENAGVNFV-VSGRE
. . .:. . : ::.:: .:. ::. : .:.. : ::.
CCDS81 VGSGSSGINIQCSTIGQMPNNQSINSKVSGGSTHGTWGSLQETCESEVSGTQKVSFSGQP
390 400 410 420 430 440
370 380 390 400 410
pF1KSD QAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNP--MENKGMPFGMGLGNTSRST------DAPSQ---
: . :: :..:: .. : :: ..:. .: . . : :: .:::
CCDS81 QNITTEMTGP-NNTTNFMTSSLPNSGSVQNNELP-SSNTGAWRVSTMNHPQMQAPSGMNG
450 460 470 480 490 500
420 430 440 450 460
pF1KSD ------STGDRKTGSVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGN-NGKEREDSWKGASVQKS
:.:. :.: ::.:.. : :.. ::.. :: ::. :: :. ... .: .
CCDS81 TSLSHLSNGESKSG--GSYGTTWGAYGSN-YSGDKCSGPNGQANG----DTVNATLMQPG
510 520 530 540 550
470 480 490 500 510 520
pF1KSD T-GSKNDSWDNNNRSTGGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQP---TGSDELK
. : . ... :. . :: :. : .:....:: :: .:: :. : : ::.. :
CCDS81 VNGPMGTNFQVNTNKGGGVWESGAANSQSTSWGSGNGANSGGSRRGWGTPAQNTGTN-LP
560 570 580 590 600 610
530 540 550 560
pF1KSD IGEWSG-PNQPNSSTGAWDNQKGHP------LPENQGNA------QAPCWGRSSSSTGSE
::. :.. .:. .: : : :.::.: :. :....... :.
CCDS81 SVEWNKLPSNQHSNDSANGNGKTFTNGWKSTEEEDQGSATSQTNEQSSVWAKTGGTVESD
620 630 640 650 660 670
570 580 590 600 610 620
pF1KSD VGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDCQAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQI
. .::: .. :...:.. ::. : ...::....:::::::::::.::::: :
CCDS81 GSTESTGRLEEKGTGESQSRDRRKI-----DQHTLLQSIVNRTDLDPRVLSNSGWGQTPI
680 690 700 710 720
630 640 650 660 670 680
pF1KSD KQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQTKNSGGWGD--APSQSNQMK-SGWGELSA
::.:.:: : :: : :.:.:::.: :.:::: :::. : .:. .. . ::::. .
CCDS81 KQNTAWDTETSPRGERKTDNGTEAWGSSATQTFNSGACIDKTSPNGNDTSSVSGWGDPKP
730 740 750 760 770 780
690 700 710 720 730
pF1KSD STEWKDPKNT---GGWNDYKNNN----SSNWGGGRPDEKTPSSWNENPSKDQGWGGGRQP
. .: : :.. :::.: . . :..::. . .:: ..::.. .. :::: :..
CCDS81 ALRWGDSKGSNCQGGWEDDSAATGMVKSNQWGNCK-EEK--AAWNDSQKNKQGWGDGQKS
790 800 810 820 830 840
740 750 760 770 780
pF1KSD NQGWS-SGKNGWGE--------EVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEIGTWGNGGNA
.:::: :....::: :... :.:. :.... ::::.: :.. ::::. :
CCDS81 SQGWSVSASDNWGETSRNNHWGEANK-KSSSGGSDSDRSVSGWNELGKTSSFTWGNNINP
850 860 870 880 890 900
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SLASKGGW-EDCKRSPA--WNETGRQPNS--WNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSWGGPP
. .: :: :. : .:. :.. .. .: :. . . . :. : . ::::
CCDS81 NNSS--GWDESSKPTPSQGWGDPPKSNQSLGWGDSSKPVSSPDWNK--QQDIVGSWG---
910 920 930 940 950
850 860 870 880 890 900
pF1KSD PPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNY
::.. .: ...: .:: :: :.:::.:::::::.:: :::.:::::::::::..:::
CCDS81 -IPPATGKPPGTGWLGGPIPAPAKEEEPTGWEEPSPESIRRKMEIDDGTSAWGDPSKYNY
960 970 980 990 1000 1010
910 920
pF1KSD KNVNLWDKNSQGG---------------PAPR-----------------EPNLPT-----
::::.:.:: .: :: ::. :.
CCDS81 KNVNMWNKNVPNGNSRSDQQAQVHQLLTPASAISNKEASSGSGWGEPWGEPSTPATTVDN
1020 1030 1040 1050 1060 1070
930 940 950
pF1KSD -----------------PMTSKSASDS----------------KSMQDGWGESDGPVTGA
:... :.... ::::::: .: :. :
CCDS81 GTSAWGKPIDSGPSWGEPIAAASSTSTWGSSSVGPQALSKSGPKSMQDGWCGDDMPLPGN
1080 1090 1100 1110 1120 1130
960 970 980 990 1000
pF1KSD RHPSWEEEEDG--GVWNTTGSQGSASSHN-------SASWGQGGKKQMKCS--LKGGNN-
: .:::::: :.::...:: :: : .: : .:::. . .::::.
CCDS81 RPTGWEEEEDVEIGMWNSNSSQELNSSLNWPPYTKKMSSKGLSGKKRRRERGMMKGGNKQ
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1010 1020 1030 1040 1050
pF1KSD -DSWMNPLAKQFSNMGLL--SQTEDNPSSKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMR
..:.::..:::::... : :. :.::::: : :.::....::...:.::.: .
CCDS81 EEAWINPFVKQFSNISFSRDSPEENVQSNKMDLSGGMLQDKRMEIDKHSLNIGDYNRTVG
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KSD KDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEKGGSHGLFG--NSTAQSRGLHTP-VQPLNSS-PSLR
: : :: ::. .. . .:::.:.:. ..:: :..:: ::.. : .:::.:: :.::
CCDS81 KG-PGSRPQISKE-SSMERNPYFDKNGNPSMFGVGNTAAQPRGMQQPPAQPLSSSQPNLR
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1120 1130 1140 1150 1160 1170
pF1KSD AQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQL-
::::: ..:::: .:.:: ::.: :: .: ..:::.:::.:: :. :.. ::
CCDS81 AQVPPPLLSPQVPVSLLKYAPNNG---GL---NPLFGPQQVAMLNQLSQLNQLSQISQLQ
1320 1330 1340 1350 1360
1180 1190 1200 1210 1220
pF1KSD -LLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSALQQQQQQQRQ-----------PGM
:: :::. :.::.. .. : ::.:: .: .:. ::..::.:: :
CCDS81 RLLAQQQRA---QSQRSVPSGNRPQQDQQ-GRPLSVQQQMMQQSRQLDPNLLVKQQTPPS
1370 1380 1390 1400 1410 1420
1230 1240 1250 1260 1270
pF1KSD KHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIP-----GYGSGFSSG-GMDYGMVGG
...: : . : :::..:.. :.:: ::: : .. :..:. .... : .
CCDS81 QQQPLHQPAMKSFLDNVMPHTT----PELQ-KGPSPINAFSNFPIGLNSNLNVNMDMNSI
1430 1440 1450 1460 1470
1280 1290 1300 1310 1320 1330
pF1KSD KEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDIIPGDTL-G
:: .::...::.. ... .. . : :.::: . : ::. .:.. ..: .
CCDS81 KEP--QSRLRKWTTV-DSISVNTSLDQNSSKHGAI-SSGFRLEESPFVPYDFMNSSTSPA
1480 1490 1500 1510 1520 1530
1340 1350 1360 1370 1380 1390
pF1KSD GHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTPGSVL
. : ::.: :::: . ::...:::::.:: :::: :::::.:::::::::.
CCDS81 SPPGSIGDGWPRAKSP------NGSSSVNWPPEFRPGEPWKGYPNIDPETDPYVTPGSVI
1540 1550 1560 1570 1580
1400 1410 1420 1430 1440 1450
pF1KSD GGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWP-YSASDNSF---TNVHSTSAKF
.. . . . ..:: ::: ..::.:::::.::: .:: ::. . ....::::.
CCDS81 NNLSINTVREVDH--LRDRNSGSSSSLNTTLPSTSAWSSIRASNYNVPLSSTAQSTSARN
1590 1600 1610 1620 1630 1640
1460 1470 1480 1490 1500 1510
pF1KSD PDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPS-SPWSSTAPRS
: : :::: . . : :....:: . .: : :::::::. :: : :... :
CCDS81 SDSKLTWSPGSVTN--TSLAHELWKVPLPPKNITAPSRPPPGLTGQKPPLSTWDNSPLRI
1650 1660 1670 1680 1690 1700
1520 1530 1540 1550 1560 1570
pF1KSD VRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLNL
:::..:.: . .:.:....: : . ::::.:::::::::::::.:::::::.::::::
CCDS81 GGGWGNSDARYTPGSSWGESSSGRITNWLVLKNLTPQIDGSTLRTLCMQHGPLITFHLNL
1710 1720 1730 1740 1750 1760
1580 1590 1600 1610 1620 1630
pF1KSD TQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPSA
.:.::.:::.:.:..::: .::::::::::::::::...:.:::.::.: :: .:
CCDS81 PHGNALVRYSSKEEVVKAQKSLHMCVLGNTTILAEFASEEEISRFFAQSQSLTP--SP--
1770 1780 1790 1800 1810 1820
1640 1650 1660 1670 1680
pF1KSD PAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSA-GGSSGADLAGASLWGPPNYSS
::::: ..:.. . . . :.. : :..:.... .:.. .:: :.:::: :.::.
CCDS81 ---GWQSLGSSQSRLGSLDCSHS-FSSRTDLNHWNGAGLSGTNCGDLHGTSLWGTPHYST
1830 1840 1850 1860 1870
1690 1700 1710 1720
pF1KSD SLWGVPTVEDPHRMGSPAPL---LPGDLLGGGSDSI
:::: :. ::. ..::.:. : : ::::..:.
CCDS81 SLWGPPSSSDPRGISSPSPINAFLSVDHLGGGGESM
1880 1890 1900 1910
>>CCDS10624.2 TNRC6A gene_id:27327|Hs108|chr16 (1962 aa)
initn: 1931 init1: 568 opt: 2017 Z-score: 1019.6 bits: 201.9 E(32554): 1.8e-50
Smith-Waterman score: 3231; 36.8% identity (61.5% similar) in 1817 aa overlap (177-1722:216-1962)
150 160 170 180 190 200
pF1KSD ESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTSPNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASK
..:: . . . :. : :. : :: ..
CCDS10 NGEVQNSKNQSDINHSTSGSHYENSQRGPVSSTSDSSTNCKNAVVSDLSEKEAWPSAPGS
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KSD DTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTL---PGSTTSNK-------GKGSQCQ------SASS
: : .:: : .:::. ::.. :.: ..: : ::: . : .
CCDS10 DPELASE-CMDADSASSSESERNITIMASGNTGGEKDGLRNSTGLGSQNKFVVGSSSNNV
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300
pF1KSD GNECNLGVWKSDPKAK------SVQSSNSTTEN-NNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFSNFN
:. . : : . : ::.. .: .:. :: .. : .::... . : . :..:
CCDS10 GHGSSTGPWGFSHGAIISTCQVSVDAPESKSESSNNRMNAWGTVSSSS--NGGLNPSTLN
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350
pF1KSD PNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQ--SKM-----------
:: .:::.: ..: . :: . . .:. . : ::.:: .:. ::.
CCDS10 SASNHGAWPVLENNGLALKGPVGSGSSGINIQCSTIGQMPNNQSINSKVSGGSTHGTWGS
370 380 390 400 410 420
360 370 380 390 400
pF1KSD -------ENAGVNFV-VSGREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNP--MENKGMPFGMGL
: .:.. : ::. : . ::.: .:: .. : :: ..:. .: . .
CCDS10 LQETCESEVSGTQKVSFSGQPQNITTEMTGPNN-TTNFMTSSLPNSGSVQNNELP-SSNT
430 440 450 460 470 480
410 420 430 440
pF1KSD GNTSRST------DAPSQ---------STGDRKTGSVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGN
: :: .::: :.:. :.: ::.:.. : :.. ::.. ::
CCDS10 GAWRVSTMNHPQMQAPSGMNGTSLSHLSNGESKSG--GSYGTTWGAYGSN-YSGDKCSGP
490 500 510 520 530
450 460 470 480 490 500
pF1KSD NGN-NGKEREDSWKGASVQKST-GSKNDSWDNNNRSTGGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMT
::. :: :. ... .: .. : . ... :. . :: :. : .:....:: :: .
CCDS10 NGQANG----DTVNATLMQPGVNGPMGTNFQVNTNKGGGVWESGAANSQSTSWGSGNGAN
540 550 560 570 580 590
510 520 530 540 550
pF1KSD SGVSQGEWKQP---TGSDELKIGEWSG-PNQPNSSTGAWDNQKGHP------LPENQGNA
:: :. : : ::.. : ::. :.. .:. .: : : :.::.:
CCDS10 SGGSRRGWGTPAQNTGTN-LPSVEWNKLPSNQHSNDSANGNGKTFTNGWKSTEEEDQGSA
600 610 620 630 640 650
560 570 580 590 600
pF1KSD ------QAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDCQAVLQTL
:. :....... :. . .::: .. :...:.. ::. : ...::..
CCDS10 TSQTNEQSSVWAKTGGTVESDGSTESTGRLEEKGTGESQSRDRRKI-----DQHTLLQSI
660 670 680 690 700
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQTKNSGGWG
..:::::::::::.::::: :::.:.:: : :: : :.:.:::.: :.:::: :::.
CCDS10 VNRTDLDPRVLSNSGWGQTPIKQNTAWDTETSPRGERKTDNGTEAWGSSATQTFNSGACI
710 720 730 740 750 760
670 680 690 700 710
pF1KSD D--APSQSNQMK-SGWGELSASTEWKDPKNT---GGWNDYKNNN----SSNWGGGRPDEK
: .:. .. . ::::. . . .: : :.. :::.: . . :..::. . .::
CCDS10 DKTSPNGNDTSSVSGWGDPKPALRWGDSKGSNCQGGWEDDSAATGMVKSNQWGNCK-EEK
770 780 790 800 810 820
720 730 740 750 760
pF1KSD TPSSWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWS-SGKNGWGE--------EVDQTKNSNWESSASKP
..::.. .. :::: :.. .:::: :....::: :... :.:. :....
CCDS10 --AAWNDSQKNKQGWGDGQKSSQGWSVSASDNWGETSRNNHWGEANK-KSSSGGSDSDRS
830 840 850 860 870 880
770 780 790 800 810 820
pF1KSD VSGWGEGGQNEIGTWGNGGNASLASKGGW-EDCKRSPA--WNETGRQPNS--WNKQHQQQ
::::.: :.. ::::. : . .: :: :. : .:. :.. .. .: :. ...
CCDS10 VSGWNELGKTSSFTWGNNINPNNSS--GWDESSKPTPSQGWGDPPKSNQSLGWG---DSS
890 900 910 920 930
830 840 850 860 870 880
pF1KSD QPPQQPP-PPQPEASGSWGGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQS
.: ..: : . :::: ::.. .: ...: .:: :: :.:::.:::::::.:
CCDS10 KPVSSPDWNKQQDIVGSWG----IPPATGKPPGTGWLGGPIPAPAKEEEPTGWEEPSPES
940 950 960 970 980 990
890 900 910 920
pF1KSD ISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNYKNVNLWDKNSQGG---------------PAPR------
: :::.:::::::::::..:::::::.:.:: .: ::
CCDS10 IRRKMEIDDGTSAWGDPSKYNYKNVNMWNKNVPNGNSRSDQQAQVHQLLTPASAISNKEA
1000 1010 1020 1030 1040 1050
930
pF1KSD -----------EPNLPT----------------------PMTSKSASDS-----------
::. :. :... :....
CCDS10 SSGSGWGEPWGEPSTPATTVDNGTSAWGKPIDSGPSWGEPIAAASSTSTWGSSSVGPQAL
1060 1070 1080 1090 1100 1110
940 950 960 970 980
pF1KSD -----KSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDG--GVWNTTGSQGSASSHN-------SA
::::::: .: :. : : .:::::: :.::...:: :: : .
CCDS10 SKSGPKSMQDGWCGDDMPLPGNRPTGWEEEEDVEIGMWNSNSSQELNSSLNWPPYTKKMS
1120 1130 1140 1150 1160 1170
990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD SWGQGGKKQMKCS--LKGGNN--DSWMNPLAKQFSNMGLL--SQTEDNPSSKMDLSVGSL
: : .:::. . .::::. ..:.::..:::::... : :. :.::::: : :
CCDS10 SKGLSGKKRRRERGMMKGGNKQEEAWINPFVKQFSNISFSRDSPEENVQSNKMDLSGGML
1180 1190 1200 1210 1220 1230
1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD SDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEK-------------
.::....::...:.::.: . : : :: ::. .. . .:::.:
CCDS10 QDKRMEIDKHSLNIGDYNRTVGKG-PGSRPQISKE-SSMERNPYFDKDGIVADESQNMQF
1240 1250 1260 1270 1280 1290
1090 1100
pF1KSD ------------------------------------GGSHGLFG--NSTAQSRGLHTP-V
.:. ..:: :..:: ::.. : .
CCDS10 MSSQSMKLPPSNSALPNQALGSIAGLGMQNLNSVRQNGNPSMFGVGNTAAQPRGMQQPPA
1300 1310 1320 1330 1340 1350
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KSD QPLNSS-PSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQ
:::.:: :.::::::: ..:::: .:.:: ::.: :: .: ..:::.:::.:: :
CCDS10 QPLSSSQPNLRAQVPPPLLSPQVPVSLLKYAPNNG---GL---NPLFGPQQVAMLNQLSQ
1360 1370 1380 1390 1400
1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD IPQFQLACQL--LLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSALQQQQQQQRQ---
. :.. :: :: :::. : .::.. .. : ::.:: .: .:. ::..::.::
CCDS10 LNQLSQISQLQRLLAQQQRAQ---SQRSVPSGNRPQQDQQ-GRPLSVQQQMMQQSRQLDP
1410 1420 1430 1440 1450 1460
1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD --------PGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIP-----GYGSGFSS
: ...: : . : :::..:.. :.:: ::: : .. :..:
CCDS10 NLLVKQQTPPSQQQPLHQPAMKSFLDNVMPHTT----PELQ-KGPSPINAFSNFPIGLNS
1470 1480 1490 1500 1510
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD G-GMDYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQ
. .... : . :: .::...::.. ... .. . : :.::: . : ::.
CCDS10 NLNVNMDMNSIKE--PQSRLRKWTTV-DSISVNTSLDQNSSKHGAI-SSGFRLEESPFVP
1520 1530 1540 1550 1560 1570
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD FDIIPGDTL-GGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPE
.:.. ..: .. : ::.: :::: . ::...:::::.:: :::: :::::
CCDS10 YDFMNSSTSPASPPGSIGDGWPRAKSP------NGSSSVNWPPEFRPGEPWKGYPNIDPE
1580 1590 1600 1610 1620
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD SDPYVTPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWP-YSASDNSF--
.:::::::::... . . . ..:: ::: ..::.:::::.::: .:: ::. .
CCDS10 TDPYVTPGSVINNLSINTVREVDH--LRDRNSGSSSSLNTTLPSTSAWSSIRASNYNVPL
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD -TNVHSTSAKFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPS
....::::. : : :::: . . : :....:: . .: : :::::::. ::
CCDS10 SSTAQSTSARNSDSKLTWSPGSVTN--TSLAHELWKVPLPPKNITAPSRPPPGLTGQKPP
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1510 1520 1530 1540 1550
pF1KSD -SPWSSTAPRSVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQ
: :... : :::..:.: . .:.:....: : . ::::.:::::::::::::.:::
CCDS10 LSTWDNSPLRIGGGWGNSDARYTPGSSWGESSSGRITNWLVLKNLTPQIDGSTLRTLCMQ
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1560 1570 1580 1590 1600 1610
pF1KSD HGPLLTFHLNLTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQA
::::.:::::: .:.::.:::.:.:..::: .::::::::::::::::...:.:::.::.
CCDS10 HGPLITFHLNLPHGNALVRYSSKEEVVKAQKSLHMCVLGNTTILAEFASEEEISRFFAQS
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1620 1630 1640 1650 1660 1670
pF1KSD QPPTPAATPSAPAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSA-GGSSGADLAG
: :: .: ::::: ..:.. . . . :.. : :..:.... .:.. .:: :
CCDS10 QSLTP--SP-----GWQSLGSSQSRLGSLDCSHS-FSSRTDLNHWNGAGLSGTNCGDLHG
1870 1880 1890 1900 1910
1680 1690 1700 1710 1720
pF1KSD ASLWGPPNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPL---LPGDLLGGGSDSI
.:::: :.::.:::: :. ::. ..::.:. : : ::::..:.
CCDS10 TSLWGTPHYSTSLWGPPSSSDPRGISSPSPINAFLSVDHLGGGGESM
1920 1930 1940 1950 1960
>>CCDS45799.1 TNRC6C gene_id:57690|Hs108|chr17 (1726 aa)
initn: 1802 init1: 542 opt: 1405 Z-score: 714.9 bits: 145.4 E(32554): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 2914; 36.4% identity (58.9% similar) in 1810 aa overlap (209-1719:16-1725)
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TSPNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSN
.....: :.. ...:..... :...::
CCDS45 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQSPSNQSALGAGGANSN
10 20 30 40
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KGKGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSG
:.... ....:. .:. ::..... .. : : .: : . . : .
CCDS45 -GSAARVWGVATGSSSGLA-------HCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWGASNSNAGIN
50 60 70 80 90
300 310 320 330 340
pF1KSD FSNFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSRE-------------
. :.:::.::.:::.: .::: : . : :: ...:. . .
CCDS45 L-NLNPNANPAAWPVLGHEGTVATGNPSSICSPVSAIGQNMGNQNGNPTGTLGAWGNLLP
100 110 120 130 140 150
350 360 370 380 390
pF1KSD QQSKMENAGVNFVVSGREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNP---MENKGMP-FGM--G
:.: ..... :: : : :::::.: :: .: ::::: :...:.: .:: :
CCDS45 QESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLNTDGPNN--TNPMN-SSPNPINAMQTNGLPNWGMAVG
160 170 180 190 200 210
400 410 420 430 440
pF1KSD LGNT---------SRSTDAPSQSTGDRKTGSVGS-WGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNN
.: . . .. :: .: : .: :: . : . ..:.:::: . .:
CCDS45 MGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGSAEGISNSVWGLSPG----NPATGNSNSGFSQGN
220 230 240 250 260
450 460 470 480 490 500
pF1KSD GKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRSTGGSWNFGPQDSNDN-KWGEG--NKMTSGV
: :. ..: :..::. : ... : :..:. :: . ::.: :. ....
CCDS45 G----DTVNSALSAKQNGSS--SAVQKEGSGGNAWDSGPPAGPGILAWGRGSGNNGVGNI
270 280 290 300 310 320
510 520 530 540 550
pF1KSD SQGEWKQPTGSDELKI-GEWSGPNQPNSSTGAWDNQKGH-----PLPENQ------GNAQ
.: : .:. : . :::. : ::. ... : :: : .: :. .
CCDS45 HSGAWGHPSRSTSNGVNGEWGKP--PNQHSNSDINGKGSTGWESPSVTSQNPTVQPGGEH
330 340 350 360 370 380
560 570 580 590 600 610
pF1KSD APCWGRSSSSTGSEVGGQSTGS-NHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDCQAVLQTLLSRTDL
:....:: . :.: :: ::. ::. ...:. : :. .: : :.::
CCDS45 MNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGRRRDKGIIDQGHIQ--LPRNDL
390 400 410 420 430
620 630 640 650 660 670
pF1KSD DPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQTKNSGGWGDAP---
::::::::::::: .::.:.:..:: :: : :.:.:::.: ::::..:::: .:.
CCDS45 DPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEAWGCAATQASNSGGKNDGSIMN
440 450 460 470 480 490
680 690 700 710
pF1KSD SQSNQMKSGW-----GELSASTEWKD-----PKNTGGWNDYKNNNSSN----------WG
: ... ::: . . :.: : : :.. : :.: .... . :.
CCDS45 STNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWGDSISSTAVSTAAAAKSGHAWS
500 510 520 530 540 550
720 730 740 750 760
pF1KSD GGRPDEKTPSSWNENPS-KDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGW-------GEEVDQTKN-SNW
:. .: .:.: :. :.: :: :.. : .::.: . : :. : :: :.:
CCDS45 GAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGDWADSSSVLGHLGDGKKNGSGW
560 570 580 590 600 610
770 780 790 800 810 820
pF1KSD ESSASKPVSGWGEGGQNEIGTWGNGGNASLASKGGW-EDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQH
...... :::.. .. . :::. :.. .: : : .: : : ..
CCDS45 DADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGETLKPGPQQN--------WASK-
620 630 640 650 660 670
830 840 850 860 870
pF1KSD QQQQPPQQPPPPQPEASGSWGGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDE-EPSGWEEPS
:: . ..::: ..:. ....: .:: :. :: : .::::::
CCDS45 -----------PQDNNVSNWGGA-----ASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEPS
680 690 700 710
880 890 900 910
pF1KSD PQSISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNYKNVNLWDKN--------------------------
: :: :::.:::::::::::..:: :.::.::.:
CCDS45 PPSIRRKMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTHR
720 730 740 750 760 770
920
pF1KSD ----------------------SQG-GPAPR----------EPNLPT------------P
:.: : : ::. :. :
CCDS45 VETPPPHQAGTQLNRSPLLGPVSSGWGEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAAWGKP
780 790 800 810 820 830
930 940 950 960
pF1KSD MTSKSA-SD-------------------------SKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEE
.: :. .: :::::.::: : : . .::.:
CCDS45 PSSGSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWG-SGGDEMNLSTSQWEDE
840 850 860 870 880 890
970 980 990 1000 1010
pF1KSD EDGGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLK--GGNNDSW-MNPLAKQFSNMGLL
: : :::...:: :.:: .:::.. :: .. ..: : ....: :. : ::...::.
CCDS45 E-GDVWNNAASQESTSS--CSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDMGFP
900 910 920 930 940 950
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KSD SQTEDNP--SSKMDL--SVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGT
. .. :..:.: ....: .:: :::::.... : : . : : ::: ::. ..
CCDS45 REPAEEALKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPL-GCRPPISKE-SS
960 970 980 990 1000
1080
pF1KSD TDSGPYFEKGG---------------------SH--------------------------
.: ...: : ::
CCDS45 VDRPTFLDKDGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSSRQI
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD -----GLFGNS-TAQSRGLHTP----VQPLNSS-PSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFP-
:.:::: .::.: .. : ::::::: :::::::: ::.::::.:..: ::
CCDS45 PSGNLGMFGNSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVP-QFLSPQVQAQLL-QFAA
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KSD -NSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAV
: ::.:.:.. .: ..::...::.:: :. ::: : : : :::.:: ::..: ..
CCDS45 KNIGLNPALLT-SP-INPQHMTMLNQLYQL---QLAYQRL---QIQQQMLQAQRNVSGSM
1130 1140 1150 1160 1170
1200 1210 1220 1230 1240
pF1KSD RQQQEQQLARMVSALQQQ-QQQQRQ-------------PGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVP
::: :::.:: .. :::: ::.::: : : :: . : .:..
CCDS45 RQQ-EQQVARTITNLQQQIQQHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDSFPS
1180 1190 1200 1210 1220 1230
1250 1260 1270 1280
pF1KSD NALNVGLPDLQTK---------GPIP--GYGSGFSSGGMDYGMVGG---KEAG-TESRFK
. . :::::::: .: : : . ... ..:: :.:: :. . ..::.
CCDS45 HPQTPGLPDLQTKEQQSSPNTFAPYPLAGLNPNMNVNSMD--MTGGLSVKDPSQSQSRLP
1240 1250 1260 1270 1280 1290
1290 1300 1310 1320 1330
pF1KSD QWT--SMMEGLPSVATQ-EANMHKNGAIVA------PGKTRGGSPYNQFDIIPGDTLGGH
::: . :..:::.:. : : :.::: . :::. . :...:.: .. .
CCDS45 QWTHPNSMDNLPSAASPLEQNPSKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQ-NSESPA
1300 1310 1320 1330 1340 1350
1340 1350 1360 1370 1380 1390
pF1KSD TGPAG--DSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTPGSV-
. :.. :: ::: ..:: :..:. .:::::.:::::::.::::::.:: ::::::
CCDS45 SPPVAVPHSWSRAKSD-SDKI-SNGSSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPGSVP
1360 1370 1380 1390 1400 1410
1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD LGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSAS--DNSFTNVHST---SA
: : .. : :... ::... .. :: :..::: .::: ::: ..::... :. ..
CCDS45 TGPTINTTIQDVNRYLLKSGGSSPPSSQNATLPSSSAWPLSASGYSSSFSSIASAPSVAG
1420 1430 1440 1450 1460 1470
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD KFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPR
:. : ::::: : .:. . ::...:: ::.: ::::::::::::: :... :
CCDS45 KLSDIKSTWSSGPTSHTQASLSHELWK---VPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSSTWGAS-PL
1480 1490 1500 1510 1520
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD SVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLN
:: : .:.:.:: : : : ::::.:::::::::::::.:.:::::.:::::
CCDS45 ---GW---TSSYSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLTPQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLN
1530 1540 1550 1560 1570 1580
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KSD LTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPS
::::.:..:::.:.:::::: .:::::::::::::::: ..::.:::::.: : :
CCDS45 LTQGNAVVRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILAEFAGEEEVNRFLAQGQ-----ALP-
1590 1600 1610 1620 1630
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KSD APAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGL-----GQWSSSA-GGSSGADLAGASLWG
:...::: ....: : :. :.: :: :.:.. ::.....: :::
CCDS45 -PTSSWQS-SSASSQ-----PRLSAAGSSHGLVRSDAGHWNAPCLGGKGSSEL----LWG
1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720
pF1KSD P-PNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPL---LPGDLLGGGSDSI
:.::::::: :...: . .:::.:: ::::::.: :
CCDS45 GVPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
1690 1700 1710 1720
>>CCDS45798.1 TNRC6C gene_id:57690|Hs108|chr17 (1690 aa)
initn: 1691 init1: 542 opt: 1058 Z-score: 541.9 bits: 113.3 E(32554): 7.3e-24
Smith-Waterman score: 2760; 35.6% identity (57.5% similar) in 1808 aa overlap (209-1719:16-1689)
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TSPNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSN
.....: :.. ...:..... :...::
CCDS45 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQSPSNQSALGAGGANSN
10 20 30 40
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KGKGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSG
:.... ....:. .:. ::..... .. : : .: : . . : .
CCDS45 -GSAARVWGVATGSSSGLA-------HCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWGASNSNAGIN
50 60 70 80 90
300 310 320 330 340
pF1KSD FSNFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSRE-------------
. :.:::.::.:::.: .::: : . : :: ...:. . .
CCDS45 L-NLNPNANPAAWPVLGHEGTVATGNPSSICSPVSAIGQNMGNQNGNPTGTLGAWGNLLP
100 110 120 130 140 150
350 360 370 380 390
pF1KSD QQSKMENAGVNFVVSGREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNP---MENKGMP-FGM--G
:.: ..... :: : : :::::.: :: .: ::::: :...:.: .:: :
CCDS45 QESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLNTDGPNN--TNPMN-SSPNPINAMQTNGLPNWGMAVG
160 170 180 190 200 210
400 410 420 430 440
pF1KSD LGNT---------SRSTDAPSQSTGDRKTGSVGS-WGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNN
.: . . .. :: .: : .: :: . : . ..:.:::: . .:
CCDS45 MGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGSAEGISNSVWGLSPG----NPATGNSNSGFSQGN
220 230 240 250 260
450 460 470 480 490 500
pF1KSD GKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRSTGGSWNFGPQDSNDN-KWGEG--NKMTSGV
: :. ..: :..::. : ... : :..:. :: . ::.: :. ....
CCDS45 G----DTVNSALSAKQNGSS--SAVQKEGSGGNAWDSGPPAGPGILAWGRGSGNNGVGNI
270 280 290 300 310 320
510 520 530 540 550
pF1KSD SQGEWKQPTGSDELKI-GEWSGPNQPNSSTGAWDNQKGH-----PLPENQ------GNAQ
.: : .:. : . :::. : ::. ... : :: : .: :. .
CCDS45 HSGAWGHPSRSTSNGVNGEWGKP--PNQHSNSDINGKGSTGWESPSVTSQNPTVQPGGEH
330 340 350 360 370 380
560 570 580 590 600 610
pF1KSD APCWGRSSSSTGSEVGGQSTGS-NHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDCQAVLQTLLSRTDL
:....:: . :.: :: ::. ::. ...:. : :. .: : :.::
CCDS45 MNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGRRRDKGIIDQGHIQ--LPRNDL
390 400 410 420 430
620 630 640 650 660 670
pF1KSD DPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQTKNSGGWGDAP---
::::::::::::: .::.:.:..:: :: : :.:.:::.: ::::..:::: .:.
CCDS45 DPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEAWGCAATQASNSGGKNDGSIMN
440 450 460 470 480 490
680 690 700 710
pF1KSD SQSNQMKSGW-----GELSASTEWKD-----PKNTGGWNDYKNNNSSN----------WG
: ... ::: . . :.: : : :.. : :.: .... . :.
CCDS45 STNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWGDSISSTAVSTAAAAKSGHAWS
500 510 520 530 540 550
720 730 740 750 760
pF1KSD GGRPDEKTPSSWNENPS-KDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGW-------GEEVDQTKN-SNW
:. .: .:.: :. :.: :: :.. : .::.: . : :. : :: :.:
CCDS45 GAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGDWADSSSVLGHLGDGKKNGSGW
560 570 580 590 600 610
770 780 790 800 810 820
pF1KSD ESSASKPVSGWGEGGQNEIGTWGNGGNASLASKGGW-EDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQH
...... :::.. .. . :::. :.. .: : : .: : : ..
CCDS45 DADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGETLKPGPQQN--------WASK-
620 630 640 650 660 670
830 840 850 860 870
pF1KSD QQQQPPQQPPPPQPEASGSWGGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDE-EPSGWEEPS
:: . ..::: ..:. ....: .:: :. :: : .::::::
CCDS45 -----------PQDNNVSNWGGA-----ASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEPS
680 690 700 710
880 890 900 910
pF1KSD PQSISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNYKNVNLWDKN--------------------------
: :: :::.:::::::::::..:: :.::.::.:
CCDS45 PPSIRRKMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTHR
720 730 740 750 760 770
920
pF1KSD -------------------------SQG-GPAPR----------EPNLPT----------
:.: : : ::. :.
CCDS45 VETPPPHQAGTQLNRSPLLGPGRKVSSGWGEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAAW
780 790 800 810 820 830
930 940 950
pF1KSD --PMTSKSA-SD-------------------------SKSMQDGWGESDGPVTGARHPSW
: .: :. .: :::::.::: : : . .:
CCDS45 GKPPSSGSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWG-SGGDEMNLSTSQW
840 850 860 870 880 890
960 970 980 990 1000 1010
pF1KSD EEEEDGGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLK--GGNNDSW-MNPLAKQFSNM
:.:: : :::...:: :.:: .:::.. :: .. ..: : ....: :. : ::...:
CCDS45 EDEE-GDVWNNAASQESTSS--CSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDM
900 910 920 930 940 950
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KSD GLLSQTEDNP--SSKMDL--SVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKD
:. . .. :..:.: ....: .:: :::::.... : : . : : ::: ::.
CCDS45 GFPREPAEEALKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPL-GCRPPISKE
960 970 980 990 1000
1080
pF1KSD MGTTDSGPYFEKGG---------------------SH-----------------------
...: ...: : ::
CCDS45 -SSVDRPTFLDKDGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSS
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD --------GLFGNS-TAQSRGLHTP----VQPLNSS-PSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQ
:.:::: .::.: .. : ::::::: :::::::: ::.::::.:..: :
CCDS45 RQIPSGNLGMFGNSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVP-QFLSPQVQAQLL-Q
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KSD FP--NSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKIS
: : ::.:.:.. .: ..::...::.:: :. ::: : : : :::.:: ::..:
CCDS45 FAAKNIGLNPALLT-SP-INPQHMTMLNQLYQL---QLAYQRL---QIQQQMLQAQRNVS
1130 1140 1150 1160 1170
1200 1210 1220 1230
pF1KSD QAVRQQQEQQLARMVSALQQQ-QQQQRQ-------------PGMKHSPSHPVGPKPHLDN
..::: :::.:: .. :::: ::.::: : : :: . : .:.
CCDS45 GSMRQQ-EQQVARTITNLQQQIQQHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDS
1180 1190 1200 1210 1220 1230
1240 1250 1260 1270 1280
pF1KSD MVPNALNVGLPDLQTK---------GPIP--GYGSGFSSGGMDYGMVGG---KEAG-TES
. . . :::::::: .: : : . ... ..:: :.:: :. . ..:
CCDS45 FPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSPNTFAPYPLAGLNPNMNVNSMD--MTGGLSVKDPSQSQS
1240 1250 1260 1270 1280 1290
1290 1300 1310 1320 1330
pF1KSD RFKQWT--SMMEGLPSVATQ-EANMHKNGAIVA------PGKTRGGSPYNQFDIIPGDTL
:. ::: . :..:::.:. : : :.::: . :::. . :...:.: ..
CCDS45 RLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNPSKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQ-NSE
1300 1310 1320 1330 1340 1350
1340 1350 1360 1370 1380 1390
pF1KSD GGHTGPAG--DSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTPG
. . :.. :: ::: ..:: :..:. .:::::.:::::::.::::::.:: ::::
CCDS45 SPASPPVAVPHSWSRAKSD-SDKI-SNGSSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPG
1360 1370 1380 1390 1400 1410
1400 1410 1420 1430 1440 1450
pF1KSD SV-LGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSAKF
:: : : .. : :... ::. ...:.
CCDS45 SVPTGPTINTTIQDVNRYLLK----------------------------------SGGKL
1420 1430
1460 1470 1480 1490 1500 1510
pF1KSD PDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPRSV
: ::::: : .:. . ::...:: ::.: ::::::::::::: :... :
CCDS45 SDIKSTWSSGPTSHTQASLSHELWK---VPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSSTWGAS-PL--
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1520 1530 1540 1550 1560 1570
pF1KSD RGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLNLT
:: : .:.:.:: : : : ::::.:::::::::::::.:.:::::.:::::::
CCDS45 -GW---TSSYSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLTPQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNLT
1500 1510 1520 1530 1540
1580 1590 1600 1610 1620 1630
pF1KSD QGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPSAP
::.:..:::.:.:::::: .:::::::::::::::: ..::.:::::.: : : :
CCDS45 QGNAVVRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILAEFAGEEEVNRFLAQGQ-----ALP--P
1550 1560 1570 1580 1590 1600
1640 1650 1660 1670 1680
pF1KSD AAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGL-----GQWSSSA-GGSSGADLAGASLWGP-
...::: ....: : :. :.: :: :.:.. ::.....: :::
CCDS45 TSSWQS-SSASSQ-----PRLSAAGSSHGLVRSDAGHWNAPCLGGKGSSEL----LWGGV
1610 1620 1630 1640 1650
1690 1700 1710 1720
pF1KSD PNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPL---LPGDLLGGGSDSI
:.::::::: :...: . .:::.:: ::::::.: :
CCDS45 PQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
1660 1670 1680 1690
1722 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 04:58:53 2016 done: Thu Nov 3 04:58:54 2016
Total Scan time: 5.200 Total Display time: 0.700
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]