Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1093
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1093, 1722 aa
1>>>pF1KSDA1093 1722 - 1722 aa - 1722 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.3398+/-0.000446; mu= -6.5047+/- 0.028
mean_var=457.5053+/-93.869, 0's: 0 Z-trim(122.9): 59 B-trim: 217 in 1/58
Lambda= 0.059962
statistics sampled from 41819 (41899) to 41819 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.758), E-opt: 0.2 (0.491), width: 16
Scan time: 22.010
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055903 (OMIM: 610740) trinucleotide repeat-cont (1723) 12064 1059.6 0
NP_001155973 (OMIM: 610740) trinucleotide repeat-c (1833) 6670 593.0 8.4e-168
NP_001020014 (OMIM: 610740) trinucleotide repeat-c (1029) 5546 495.5 1e-138
XP_016878638 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1911) 2476 230.2 1.4e-58
NP_001317449 (OMIM: 610739) trinucleotide repeat-c (1913) 2343 218.7 4.1e-55
XP_016878636 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1922) 2343 218.7 4.1e-55
XP_016878640 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1863) 2308 215.7 3.3e-54
XP_016878643 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1698) 2024 191.1 7.7e-47
XP_016878633 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1960) 2024 191.1 8.5e-47
XP_016878637 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1912) 2020 190.7 1.1e-46
XP_005255314 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1709) 2017 190.4 1.2e-46
XP_016878642 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1709) 2017 190.4 1.2e-46
XP_016878641 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1829) 2017 190.5 1.2e-46
XP_016878635 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1946) 2017 190.5 1.3e-46
NP_055309 (OMIM: 610739) trinucleotide repeat-cont (1962) 2017 190.5 1.3e-46
XP_016878632 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1971) 2017 190.5 1.3e-46
XP_016878639 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1899) 1990 188.2 6.4e-46
XP_016878634 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleoti (1948) 1823 173.7 1.5e-41
XP_006722060 (OMIM: 610741) PREDICTED: trinucleoti (1921) 1528 148.2 6.9e-34
XP_016880397 (OMIM: 610741) PREDICTED: trinucleoti (1896) 1453 141.7 6.2e-32
XP_011523390 (OMIM: 610741) PREDICTED: trinucleoti (1729) 1447 141.1 8.2e-32
XP_006722059 (OMIM: 610741) PREDICTED: trinucleoti (1971) 1447 141.2 9.1e-32
NP_001136112 (OMIM: 610741) trinucleotide repeat-c (1726) 1405 137.5 1e-30
XP_016880395 (OMIM: 610741) PREDICTED: trinucleoti (1968) 1405 137.6 1.1e-30
NP_061869 (OMIM: 610741) trinucleotide repeat-cont (1690) 1058 107.5 1.1e-21
XP_016880396 (OMIM: 610741) PREDICTED: trinucleoti (1932) 1058 107.5 1.2e-21
XP_006722063 (OMIM: 610741) PREDICTED: trinucleoti (1929) 1029 105.0 6.9e-21
NP_055023 (OMIM: 125420,125485,125490,125500,60559 (1301) 347 45.9 0.003
>>NP_055903 (OMIM: 610740) trinucleotide repeat-containi (1723 aa)
initn: 8547 init1: 8547 opt: 12064 Z-score: 5655.8 bits: 1059.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 12064; 99.9% identity (99.9% similar) in 1723 aa overlap (1-1722:1-1723)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MREKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSP
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NP_055 MREKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SPPVNGGNNAKRVAVPNGQPPSAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SPPVNGGNNAKRVAVPNGQPPSAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSNKG
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NP_055 PNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSNKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQSKMENAGVNFVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQSKMENAGVNFVVS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPMENKGMPFGMGLGNTSRSTDAPSQSTGDRKTG
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NP_055 GREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPMENKGMPFGMGLGNTSRSTDAPSQSTGDRKTG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNNGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRST
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NP_055 SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNNGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRST
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQPTGSDELKIGEWSGPNQPNSSTGAWDN
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NP_055 GGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQPTGSDELKIGEWSGPNQPNSSTGAWDN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD QKGHPLPENQGNAQAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QKGHPLPENQGNAQAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD QAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQT
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NP_055 QAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KNSGGWGDAPSQSNQMKSGWGELSASTEWKDPKNTGGWNDYKNNNSSNWGGGRPDEKTPS
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NP_055 KNSGGWGDAPSQSNQMKSGWGELSASTEWKDPKNTGGWNDYKNNNSSNWGGGRPDEKTPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGWGEEVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEI
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NP_055 SWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGWGEEVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD GTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPN
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD SYNYKNVNLWDKNSQGGPAPREPNLPTPMTSKSASDSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWE
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NP_055 SYNYKNVNLWDKNSQGGPAPREPNLPTPMTSKSASDSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD EEEDGGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLS
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NP_055 EEEDGGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD QTEDNPSSKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGP
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NP_055 QTEDNPSSKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD YFEKGGSHGLFGNSTAQSRGLHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGL
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NP_055 YFEKGGSHGLFGNSTAQSRGLHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD SPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQE
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NP_055 SPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQE
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250
pF1KSD QQLARMVSALQQQQQQQ-RQPGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPG
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QQLARMVSALQQQQQQQQRQPGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPG
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KSD YGSGFSSGGMDYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRG
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NP_055 YGSGFSSGGMDYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRG
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1320 1330 1340 1350 1360 1370
pF1KSD GSPYNQFDIIPGDTLGGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQ
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NP_055 GSPYNQFDIIPGDTLGGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQ
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1380 1390 1400 1410 1420 1430
pF1KSD NIDPESDPYVTPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDN
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NP_055 NIDPESDPYVTPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDN
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1440 1450 1460 1470 1480 1490
pF1KSD SFTNVHSTSAKFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKP
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NP_055 SFTNVHSTSAKFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKP
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1500 1510 1520 1530 1540 1550
pF1KSD SSPWSSTAPRSVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SSPWSSTAPRSVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQ
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1560 1570 1580 1590 1600 1610
pF1KSD HGPLLTFHLNLTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 HGPLLTFHLNLTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQA
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1620 1630 1640 1650 1660 1670
pF1KSD QPPTPAATPSAPAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QPPTPAATPSAPAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGA
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1680 1690 1700 1710 1720
pF1KSD SLWGPPNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SLWGPPNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
1690 1700 1710 1720
>>NP_001155973 (OMIM: 610740) trinucleotide repeat-conta (1833 aa)
initn: 11267 init1: 6616 opt: 6670 Z-score: 3133.6 bits: 593.0 E(85289): 8.4e-168
Smith-Waterman score: 11261; 93.6% identity (93.7% similar) in 1754 aa overlap (1-1643:1-1754)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MREKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MREKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SPPVNGGNNAKRVAVPNGQPPSAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPPVNGGNNAKRVAVPNGQPPSAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANSTWGSGASSNNGTS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSNKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSNKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQSKMENAGVNFVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGALETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQSKMENAGVNFVVS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPMENKGMPFGMGLGNTSRSTDAPSQSTGDRKTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPMENKGMPFGMGLGNTSRSTDAPSQSTGDRKTG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNNGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGNNGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRST
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQPTGSDELKIGEWSGPNQPNSSTGAWDN
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NP_001 GGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQPTGSDELKIGEWSGPNQPNSSTGAWDN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD QKGHPLPENQGNAQAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKGHPLPENQGNAQAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD QAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KNSGGWGDAPSQSNQMKSGWGELSASTEWKDPKNTGGWNDYKNNNSSNWGGGRPDEKTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KNSGGWGDAPSQSNQMKSGWGELSASTEWKDPKNTGGWNDYKNNNSSNWGGGRPDEKTPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGWGEEVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SWNENPSKDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGWGEEVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD GTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPN
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD SYNYKNVNLWDKNSQGGPAPREPNLPTPMTSKSAS-------------------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SYNYKNVNLWDKNSQGGPAPREPNLPTPMTSKSASVWSKSTPPAPDNGTSAWGEPNESSP
910 920 930 940 950 960
940 950 960
pF1KSD ----------------------------DSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDGGV
.:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GWGEMDDTGASTTGWGNTPANAPNAMKPNSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDGGV
970 980 990 1000 1010 1020
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD WNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLSQTEDNPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLSQTEDNPS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD SKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEK---
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEKLTL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1090
pF1KSD ------------------------------------------------------GGSHGL
::::::
NP_001 PFSNQDGCLGDEAPCSPFSPSPSYKLSPSGSTLPNVSLGAIGTGLNPQNFAARQGGSHGL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD FGNSTAQSRGLHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FGNSTAQSRGLHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQ
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1160 1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD LSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSAL
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD QQQQQQQ-RQPGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPGYGSGFSSGGM
::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QQQQQQQQRQPGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPGYGSGFSSGGM
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD DYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DYGMVGGKEAGTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDII
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD PGDTLGGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGDTLGGHTGPAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYV
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD TPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TPGSVLGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSA
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD KFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPR
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD SVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLN
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KSD LTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPS
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KSD APAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGASLWGPPNYSS
::::::::::::::
NP_001 APAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGASLWGPPNYSS
1750 1760 1770 1780 1790 1800
>--
initn: 557 init1: 557 opt: 557 Z-score: 275.6 bits: 64.2 E(85289): 1.3e-08
Smith-Waterman score: 557; 100.0% identity (100.0% similar) in 79 aa overlap (1644-1722:1755-1833)
1620 1630 1640 1650 1660 1670
pF1KSD RFLAQAQPPTPAATPSAPAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSG
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RFLAQAQPPTPAATPSAPAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSG
1730 1740 1750 1760 1770 1780
1680 1690 1700 1710 1720
pF1KSD ADLAGASLWGPPNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ADLAGASLWGPPNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
1790 1800 1810 1820 1830
>>NP_001020014 (OMIM: 610740) trinucleotide repeat-conta (1029 aa)
initn: 4683 init1: 3639 opt: 5546 Z-score: 2611.4 bits: 495.5 E(85289): 1e-138
Smith-Waterman score: 5580; 86.9% identity (90.7% similar) in 953 aa overlap (786-1722:93-1029)
760 770 780 790 800 810
pF1KSD TKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEIGTWGNGGNASLASKGGWEDCKRSPAWNETGRQPNS
:.. : .:: .. :: . : : :: :
NP_001 EATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSSPSPPVNGG-NNAKRVAVPN--G-QPPS
70 80 90 100 110
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pF1KSD WNKQHQQQQPPQ--------------QPPPPQPEASGSWGGPPPPPPGNVRPSNSSWSSG
. .. ::. :::::. :. .:::: .. :.:.. .:
NP_001 AARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCMLLGGGAGPPPCTAPGANPNNAQ-VTG
120 130 140 150 160 170
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pF1KSD PQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNYKNVNLWDK-NSQGGPAP
. . : : . .: . :.::::::.:: .. : . .. :. .
NP_001 ALLQSESGTAPV-WSKSTPPAP------DNGTSAWGEPN----ESSPGWGEMDDTGASTT
180 190 200 210 220
930 940 950 960 970 980
pF1KSD REPNLPTPMTSKSASDSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDGGVWNTTGSQGSASSH
: :. . .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GWGNTPANAPNAMKPNSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEEDGGVWNTTGSQGSASSH
230 240 250 260 270 280
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD NSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLSQTEDNPSSKMDLSVGSLSDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NSASWGQGGKKQMKCSLKGGNNDSWMNPLAKQFSNMGLLSQTEDNPSSKMDLSVGSLSDK
290 300 310 320 330 340
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KSD KFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEKGGSHGLFGNSTAQSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTDSGPYFEKGGSHGLFGNSTAQSRG
350 360 370 380 390 400
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KSD LHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHTPVQPLNSSPSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFPNSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLS
410 420 430 440 450 460
1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD QLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSALQQQQQQQ-RQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
NP_001 QLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSALQQQQQQQQRQ
470 480 490 500 510 520
1220 1230 1240 1250 1260 1270
pF1KSD PGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPGYGSGFSSGGMDYGMVGGKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTKGPIPGYGSGFSSGGMDYGMVGGKEA
530 540 550 560 570 580
1280 1290 1300 1310 1320 1330
pF1KSD GTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDIIPGDTLGGHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTESRFKQWTSMMEGLPSVATQEANMHKNGAIVAPGKTRGGSPYNQFDIIPGDTLGGHTG
590 600 610 620 630 640
1340 1350 1360 1370 1380 1390
pF1KSD PAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTPGSVLGGTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAGDSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTPGSVLGGTA
650 660 670 680 690 700
1400 1410 1420 1430 1440 1450
pF1KSD TSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSAKFPDYKSTWS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSAKFPDYKSTWS
710 720 730 740 750 760
1460 1470 1480 1490 1500 1510
pF1KSD PDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPRSVRGWGTQDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPRSVRGWGTQDS
770 780 790 800 810 820
1520 1530 1540 1550 1560 1570
pF1KSD RLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLNLTQGTALIRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLNLTQGTALIRY
830 840 850 860 870 880
1580 1590 1600 1610 1620 1630
pF1KSD STKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPSAPAAGWQSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPSAPAAGWQSLE
890 900 910 920 930 940
1640 1650 1660 1670 1680 1690
pF1KSD TGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGASLWGPPNYSSSLWGVPTVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TGQNQSDPVGPALNLFGGSTGLGQWSSSAGGSSGADLAGASLWGPPNYSSSLWGVPTVED
950 960 970 980 990 1000
1700 1710 1720
pF1KSD PHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
:::::::::::::::::::::::
NP_001 PHRMGSPAPLLPGDLLGGGSDSI
1010 1020
>>XP_016878638 (OMIM: 610739) PREDICTED: trinucleotide r (1911 aa)
initn: 1972 init1: 568 opt: 2476 Z-score: 1172.6 bits: 230.2 E(85289): 1.4e-58
Smith-Waterman score: 3361; 37.7% identity (62.9% similar) in 1798 aa overlap (138-1722:193-1911)
110 120 130 140 150 160
pF1KSD GQPPPPSCMLLGGGAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPDSTLGGAAASNYANS
: .: . .:.. . . . .: :.: ::
XP_016 HFPVIAANLGSAVKVLNSQSESSALTNQQPQNNGEVQNSKNQSDINHSTSG---SHYENS
170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KSD TWGSGASSNNGTSPNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSE
: .::.. .: : . :. : :. : :: ..: : .:: : .:::. ::
XP_016 QRGP-VSSTSDSSTN---CKNAVVSDLSEKEAWPSAPGSDPELASE-CMDADSASSSESE
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260
pF1KSD KSTL---PGSTTSNK-------GKGSQCQ------SASSGNECNLGVWKSDPKAK-----
.. :.: ..: : ::: . : . :. . : : . :
XP_016 RNITIMASGNTGGEKDGLRNSTGLGSQNKFVVGSSSNNVGHGSSTGPWGFSHGAIISTCQ
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KSD -SVQSSNSTTEN-NNGLGNWRNVSGQDRIGPGSGFSNFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGA
::.. .: .:. :: .. : .::... . : . :..: :: .:::.: ..: . ::
XP_016 VSVDAPESKSESSNNRMNAWGTVSSSS--NGGLNPSTLNSASNHGAWPVLENNGLALKGP
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360
pF1KSD LETDNSNSSAQVSTVGQTSREQQ--SKM------------------ENAGVNFV-VSGRE
. . .:. . : ::.:: .:. ::. : .:.. : ::.
XP_016 VGSGSSGINIQCSTIGQMPNNQSINSKVSGGSTHGTWGSLQETCESEVSGTQKVSFSGQP
400 410 420 430 440 450
370 380 390 400 410
pF1KSD QAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNP--MENKGMPFGMGLGNTSRST------DAPSQ---
: . :: :..:: .. : :: ..:. .: . . : :: .:::
XP_016 QNITTEMTGP-NNTTNFMTSSLPNSGSVQNNELP-SSNTGAWRVSTMNHPQMQAPSGMNG
460 470 480 490 500 510
420 430 440 450 460
pF1KSD ------STGDRKTGSVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGN-NGKEREDSWKGASVQKS
:.:. :.: ::.:.. : :.. ::.. :: ::. :: :. ... .: .
XP_016 TSLSHLSNGESKSG--GSYGTTWGAYGSN-YSGDKCSGPNGQANG----DTVNATLMQPG
520 530 540 550 560
470 480 490 500 510 520
pF1KSD T-GSKNDSWDNNNRSTGGSWNFGPQDSNDNKWGEGNKMTSGVSQGEWKQP---TGSDELK
. : . ... :. . :: :. : .:....:: :: .:: :. : : ::.. :
XP_016 VNGPMGTNFQVNTNKGGGVWESGAANSQSTSWGSGNGANSGGSRRGWGTPAQNTGTN-LP
570 580 590 600 610 620
530 540 550 560
pF1KSD IGEWSG-PNQPNSSTGAWDNQKGHP------LPENQGNA------QAPCWGRSSSSTGSE
::. :.. .:. .: : : :.::.: :. :....... :.
XP_016 SVEWNKLPSNQHSNDSANGNGKTFTNGWKSTEEEDQGSATSQTNEQSSVWAKTGGTVESD
630 640 650 660 670 680
570 580 590 600 610 620
pF1KSD VGGQSTGSNHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDCQAVLQTLLSRTDLDPRVLSNTGWGQTQI
. .::: .. :...:.. ::. : ...::....:::::::::::.::::: :
XP_016 GSTESTGRLEEKGTGESQSRDRRKI-----DQHTLLQSIVNRTDLDPRVLSNSGWGQTPI
690 700 710 720 730
630 640 650 660 670 680
pF1KSD KQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQTKNSGGWGD--APSQSNQMK-SGWGELSA
::.:.:: : :: : :.:.:::.: :.:::: :::. : .:. .. . ::::. .
XP_016 KQNTAWDTETSPRGERKTDNGTEAWGSSATQTFNSGACIDKTSPNGNDTSSVSGWGDPKP
740 750 760 770 780 790
690 700 710 720 730
pF1KSD STEWKDPKNT---GGWNDYKNNN----SSNWGGGRPDEKTPSSWNENPSKDQGWGGGRQP
. .: : :.. :::.: . . :..::. . .:: ..::.. .. :::: :..
XP_016 ALRWGDSKGSNCQGGWEDDSAATGMVKSNQWGNCK-EEK--AAWNDSQKNKQGWGDGQKS
800 810 820 830 840 850
740 750 760 770 780
pF1KSD NQGWS-SGKNGWGE--------EVDQTKNSNWESSASKPVSGWGEGGQNEIGTWGNGGNA
.:::: :....::: :... :.:. :.... ::::.: :.. ::::. :
XP_016 SQGWSVSASDNWGETSRNNHWGEANK-KSSSGGSDSDRSVSGWNELGKTSSFTWGNNINP
860 870 880 890 900 910
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SLASKGGW-EDCKRSPA--WNETGRQPNS--WNKQHQQQQPPQQPPPPQPEASGSWGGPP
. .: :: :. : .:. :.. .. .: :. . . . :. : . ::::
XP_016 NNSS--GWDESSKPTPSQGWGDPPKSNQSLGWGDSSKPVSSPDWNK--QQDIVGSWG---
920 930 940 950 960
850 860 870 880 890 900
pF1KSD PPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDEEPSGWEEPSPQSISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNY
::.. .: ...: .:: :: :.:::.:::::::.:: :::.:::::::::::..:::
XP_016 -IPPATGKPPGTGWLGGPIPAPAKEEEPTGWEEPSPESIRRKMEIDDGTSAWGDPSKYNY
970 980 990 1000 1010 1020
910 920
pF1KSD KNVNLWDKNSQGG---------------PAPR-----------------EPNLPT-----
::::.:.:: .: :: ::. :.
XP_016 KNVNMWNKNVPNGNSRSDQQAQVHQLLTPASAISNKEASSGSGWGEPWGEPSTPATTVDN
1030 1040 1050 1060 1070 1080
930 940 950
pF1KSD -----------------PMTSKSASDS----------------KSMQDGWGESDGPVTGA
:... :.... ::::::: .: :. :
XP_016 GTSAWGKPIDSGPSWGEPIAAASSTSTWGSSSVGPQALSKSGPKSMQDGWCGDDMPLPGN
1090 1100 1110 1120 1130 1140
960 970 980 990 1000
pF1KSD RHPSWEEEEDG--GVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQM-KCSLKGGNN--DSWMNPL
: .:::::: :.::...:: :: : : ::. : .::::. ..:.::.
XP_016 RPTGWEEEEDVEIGMWNSNSSQELNSSLN---WPPYTKKMSSKGMMKGGNKQEEAWINPF
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KSD AKQFSNMGLL--SQTEDNPSSKMDLSVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRP
.:::::... : :. :.::::: : :.::....::...:.::.: . : : ::
XP_016 VKQFSNISFSRDSPEENVQSNKMDLSGGMLQDKRMEIDKHSLNIGDYNRTVGKG-PGSRP
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KSD PNSKDMGTTDSGPYFEKGGSHGLFG--NSTAQSRGLHTP-VQPLNSS-PSLRAQVPPQFI
::. .. . .:::.:.:. ..:: :..:: ::.. : .:::.:: :.::::::: ..
XP_016 QISKE-SSMERNPYFDKNGNPSMFGVGNTAAQPRGMQQPPAQPLSSSQPNLRAQVPPPLL
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1130 1140 1150 1160 1170 1180
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. : :::..:.. :.:: ::: : .. :..:. .... : . :: .::
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...::.. ... .. . : :.::: . : ::. .:.. ..: .. : ::
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..:: ::: ..::.:::::.::: .:: ::. . ....::::. : : :::
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: . . : :....:: . .: : :::::::. :: : :... : :::..:
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::.:.:..::: .::::::::::::::::...:.:::.::.: :: .: :::::
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..:.. . . . :.. : :..:.... .:.. .:: :.:::: :.::.:::: :.
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NP_001 NNLSINTVREVDH--LRDRNSGSSSSLNTTLPSTSAWSSIRASNYNVPLSSTAQSTSARN
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NP_001 SLWGPPSSSDPRGISSPSPINAFLSVDHLGGGGESM
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. .: :: :. : .:. :.. .. .: :. . . . :. : . ::::
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1820 1830 1840 1850 1860
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]