FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA1169, 816 aa 1>>>pF1KSDA1169 816 - 816 aa - 816 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1586+/-0.000985; mu= 16.5447+/- 0.059 mean_var=84.5969+/-17.242, 0's: 0 Z-trim(106.3): 102 B-trim: 498 in 1/50 Lambda= 0.139443 statistics sampled from 8781 (8883) to 8781 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.624), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16 Scan time: 4.250 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS31908.1 TPCN1 gene_id:53373|Hs108|chr12 ( 816) 5349 1086.5 0 CCDS44985.1 TPCN1 gene_id:53373|Hs108|chr12 ( 888) 5349 1086.5 0 CCDS76605.1 TPCN1 gene_id:53373|Hs108|chr12 ( 748) 4894 994.9 0 CCDS8189.1 TPCN2 gene_id:219931|Hs108|chr11 ( 752) 436 98.1 5.8e-20 CCDS45999.1 CACNA1A gene_id:773|Hs108|chr19 (2261) 326 76.2 6.9e-13 CCDS82302.1 CACNA1A gene_id:773|Hs108|chr19 (2263) 326 76.2 6.9e-13 CCDS82301.1 CACNA1A gene_id:773|Hs108|chr19 (2266) 326 76.2 6.9e-13 CCDS82300.1 CACNA1A gene_id:773|Hs108|chr19 (2512) 326 76.2 7.5e-13 CCDS45998.1 CACNA1A gene_id:773|Hs108|chr19 (2506) 321 75.2 1.5e-12 CCDS59523.1 CACNA1B gene_id:774|Hs108|chr9 (2237) 302 71.4 1.9e-11 CCDS59522.1 CACNA1B gene_id:774|Hs108|chr9 (2339) 302 71.4 2e-11 >>CCDS31908.1 TPCN1 gene_id:53373|Hs108|chr12 (816 aa) initn: 5349 init1: 5349 opt: 5349 Z-score: 5812.9 bits: 1086.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5349; 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CCDS81 MAEPQAESEPLLGGARGGGGDWPAGLTTYRSIQVG----PGAAAR-WD 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KSD MNYQEAAIYLQEGENNDKFFTHPKDAKALAAYLFAHNHLFYLMELATALLLLLLSLCEAP . ..:.... : . . ..: ::... : .... : .:.:.:.. :.: CCDS81 LCIDQAVVFI-EDAIQYRSINHRVDASSMWLYRRYYSNVCQRTLSFTIFLILFLAFIETP 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 pF1KSD AVPALRLGIYVHA-----------TLELFALMVVVFELCMKLRWLGLHTFIRHKRTMVKT . . . .: ..:.. :.: . .: .: .: : .. . CCDS81 SSLTSTADVRYRAAPWEPPCGLTESVEVLCLLVFAADLSVKGYLFGWAHFQKNLWLLGYL 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KSD SVLVVQFVEAIVVLVRQMSH--VRVTRALRCIFLVDCRYCGGVRRNLRQIFQSLPPFMDI ::::..:. : : . : .:. : :: .::. . . ....:. : ::: . .. CCDS81 VVLVVSLVDWTVSL-SLVCHEPLRIRRLLRPFFLL--QNSSMMKKTLKCIRWSLPEMASV 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 pF1KSD LLLLLFFMIIFAILGFYLFSPNPSDP--------YFSTLENSIVSLFVLLTTANFPDVMM ::: . . .:...:. ::. . .: ::..: .:..::.::::::: ::::. CCDS81 GLLLAIHLCLFTMFGMLLFAGGKQDDGQDRERLTYFQNLPESLTSLLVLLTTANNPDVMI 220 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 340 pF1KSD PSYSRNPWSCVFFIVYLSIELYFIMNLLLAVVFDTFNDIEKRKFKSLLLHKRTAIQHAYR :.::.: .::::. : :.:::: :.... : ..... :...: . . :.. CCDS81 PAYSKNRAYAIFFIVFTVIGSLFLMNLLTAIIYSQFRGYLMKSLQTSLFRRRLGTRAAFE 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KSD LLISQ-----RRPAGISYRQFEGLMRFYKPRMSARERYLTFKALNQNNTPLLSLKDFYDI .: :. : ... . . :. . : .... .. .. . . .. ::: ..: . CCDS81 VLSSMVGEGGAFPQAVGVKPQNLLQVLQKVQLDSSHKQAMMEKVRSYGSVLLSAEEFQKL 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KSD YEVAALKWKAKKNREHWFDELPRTALLIFKGINILVKSKAFQYFMYLVVAVNGVWILVET .. : .. : :: :. .... ..: :.:. :.. .: : : : CCDS81 FN--ELDRSVVK--EH--PPRPEYQSPFLQSAQFLFGHYYFDYLGNLIALANLVSICV-- 400 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 pF1KSD FMLKGGNFFSKHVPWSYL-----VFLTIYGVELFLKVAGLGPVEYLSSGWNLFDFSVTVF :.. .. . . : ::.. : .:..::: .:: ::: :.:: .:: CCDS81 FLVLDADVLPAERDDFILGILNCVFIVYYLLEMLLKVFALGLRGYLSYPSNVFDGLLTVV 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 pF1KSD AFL---------------------GLLALALNMEPFYFIVVLRPLQLLRLFKLKERYRNV .. :::.: . . ...:.: :... .:: . : CCDS81 LLVLEISTLAVYRLPHPGWRPEMVGLLSLWDMTRMLNMLIVFRFLRIIPSMKL---MAVV 520 530 540 550 560 560 570 580 590 600 610 pF1KSD LDTMFELLPRMASLGLTLLIFYYSFAIVGMEFFCGIVFPNCCNTSTVADAYRWRNHTVGN .:.. :. : ..: :.. :: :::.:...: :.. :.: .: : : .. CCDS81 ASTVLGLVQNMRAFGGILVVVYYVFAIIGINLFRGVIVALPGNSS-LAPA----NGSAPC 570 580 590 600 610 620 620 630 640 650 660 670 pF1KSD RTVVEEGYYYLNNFDNILNSFVTLFELTVVNNWYIIMEGVTSQTSHWSRLYFMTFYIVTM . :. :. ::::.. ..:::..: ::::: ..... .. ::..::. ...:. CCDS81 GSF-EQLEYWANNFDDFAAALVTLWNLMVVNNWQVFLDAYRRYSGPWSKIYFVLWWLVSS 630 640 650 660 670 680 680 690 700 710 720 730 pF1KSD VV-MTIIVAFILEAFVFRMNYSRKNQDSEVDGGITLEKEISKEELVAVLELYREARGASS :. .....:.::: :. . . CCDS81 VIWVNLFLALILENFLHKWDPRSHLQPLAGTPEATYQMTVELLFRDILEEPGEDELTERL 690 700 710 720 730 740 >>CCDS45999.1 CACNA1A gene_id:773|Hs108|chr19 (2261 aa) initn: 249 init1: 155 opt: 326 Z-score: 344.9 bits: 76.2 E(32554): 6.9e-13 Smith-Waterman score: 395; 22.8% identity (53.9% similar) in 649 aa overlap (144-718:137-745) 120 130 140 150 160 170 pF1KSD ATALLLLLLSLCEAPAVPALRLGIYVHATLELFALMVVVFELCMKLRWLGLHTFIRHKRT : . . . :: .:. :: : :: . 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CCDS45 GEDWNEVMYDGIKSQGGVQGGMVFSIYFIVLTLFGNYTLLNVFLAIAVDNLANAQELTKD 670 680 690 700 710 720 700 710 720 730 740 750 pF1KSD NQDSEVDGGITLEKEISKEELVAVLELYREARGASSDVTRLLETLSQMERYQQHSMVFLG .:. : .. : . .:: CCDS45 EQEEEEAANQKLALQKAKEVAEVSPLSAANMSIAVKEQQKNQKPAKSVWEQRTSEMRKQN 730 740 750 760 770 780 >>CCDS82302.1 CACNA1A gene_id:773|Hs108|chr19 (2263 aa) initn: 249 init1: 155 opt: 326 Z-score: 344.9 bits: 76.2 E(32554): 6.9e-13 Smith-Waterman score: 395; 22.8% identity (53.9% similar) in 649 aa overlap (144-718:137-745) 120 130 140 150 160 170 pF1KSD ATALLLLLLSLCEAPAVPALRLGIYVHATLELFALMVVVFELCMKLRWLGLHTFIRHKRT : . . . :: .:. :: : :: . CCDS82 TIIANCIVLALEQHLPDDDKTPMSERLDDTEPYFIGIFCFEAGIKIIALG---FAFHKGS 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 pF1KSD MVKTSVLVVQFV---EAIVVLVRQMSHVRVTRALRCIFLVDCRYCGGV---RRNLRQIFQ ..... :..:: .:.. : .:. ::.: : . .:. . :..:.. 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