Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1202
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1202, 1498 aa
1>>>pF1KSDA1202 1498 - 1498 aa - 1498 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.6480+/-0.00106; mu= -4.2826+/- 0.064
mean_var=370.0022+/-72.801, 0's: 0 Z-trim(115.0): 29 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.066676
statistics sampled from 15573 (15596) to 15573 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.479), width: 16
Scan time: 5.280
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35277.1 SHROOM4 gene_id:57477|Hs108|chrX (1493) 10193 995.7 0
CCDS83453.1 SHROOM2 gene_id:357|Hs108|chrX ( 450) 803 92.1 4.2e-18
CCDS14135.1 SHROOM2 gene_id:357|Hs108|chrX (1616) 812 93.3 6.3e-18
CCDS3579.2 SHROOM3 gene_id:57619|Hs108|chr4 (1996) 801 92.4 1.5e-17
>>CCDS35277.1 SHROOM4 gene_id:57477|Hs108|chrX (1493 aa)
initn: 8007 init1: 8007 opt: 10193 Z-score: 5312.8 bits: 995.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10193; 99.6% identity (99.7% similar) in 1498 aa overlap (1-1498:1-1493)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MENRPGSFQYVPVQLQGGAPWGFTLKGGLEHCEPLTVSKIEDGGKAALSQKMRTGDELVN
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CCDS35 MENRPGSFQYVPVQLQGGAPWGFTLKGGLEHCEPLTVSKIEDGGKAALSQKMRTGDELVN
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pF1KSD INGTPLYGSRQEALILIKGSFRILKLIVRRRNAPVSRPHSWHVAKLLEGCPEAATTMHFP
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CCDS35 INGTPLYGSRQEALILIKGSFRILKLIVRRRNAPVSRPHSWHVAKLLEGCPEAATTMHFP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SEAFSLSWHSGCNTSDVCVQWCPLSRHCSTEKSSSIGSMESLEQPGQATYESHLLPIDQN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD MYPNQRDSAYSSFSASSNASDCALSLRPEEPASTDCIMQGPGPTKAPSGRPNVAETSGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MYPNQRDSAYSSFSASSNASDCALSLRPEEPASTDCIMQGPGPTKAPSGRPNVAETSGGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RRTNGGHLTPSSQMSSRPQEGYQSGPAKAVRGPPQPPVRRDSLQASRAQLLNGEQRRASE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PVVPLPQKEKLSLEPVLPARNPNRFCCLSGHDQVTSEGHQNCEFSQPPESSQQGSEHLLM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QASTKAVGSPKACDRASSVDSNPLNEASAELAKASFGRPPHLIGPTGHRHSAPEQLLASH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QASTKAVGSPKACDRASSVDSNPLNEASAELAKASFGRPPHLIGPTGHRHSAPEQLLASH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LQHVHLDTRGSKGMELPPVQDGHQWTLSPLHSSHKGKKSPCPPTGGTHDQSSKERKTRQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LQHVHLDTRGSKGMELPPVQDGHQWTLSPLHSSHKGKKSPCPPTGGTHDQSSKERKTRQV
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490 500 510 520 530 540
pF1KSD DDRSLVLGHQSQSSPPHGEADGHPSEKGFLDPNRTSRAASELANQQPSASGSLVQQATDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DDRSLVLGHQSQSSPPHGEADGHPSEKGFLDPNRTSRAASELANQQPSASGSLVQQATDC
490 500 510 520 530 540
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pF1KSD SSTTKAASGTEAGEEGDSEPKECSRMGGRRSGGTRGRSIQNRRKSERFATNLRNEIQRRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SSTTKAASGTEAGEEGDSEPKECSRMGGRRSGGTRGRSIQNRRKSERFATNLRNEIQRRK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD AQLQKSKGPLSQLCDTKEPVEETQEPPESPPLTASNTSLLSSCKKPPSPRDKLFNKSMML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AQLQKSKGPLSQLCDTKEPVEETQEPPESPPLTASNTSLLSSCKKPPSPRDKLFNKSMML
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD RARSSECLSQAPESHESRTGLEGRISPGQRPGQSSLGLNTWWKAPDPSSSDPEKAHAHCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RARSSECLSQAPESHESRTGLEGRISPGQRPGQSSLGLNTWWKAPDPSSSDPEKAHAHCG
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730 740 750 760 770 780
pF1KSD VRGGHWRWSPEHNSQPLVAAAMEGPSNPGDNKELKASTAQAGEDAILLPFADRRKFFEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VRGGHWRWSPEHNSQPLVAAAMEGPSNPGDNKELKASTAQAGEDAILLPFADRRKFFEES
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SKSLSTSHLPGLTTHSNKTFTQRPKPIDQNFQPMSSSCRELRRHPMDQSYHSADQPYHAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SKSLSTSHLPGLTTHSNKTFTQRPKPIDQNFQPMSSSCRELRRHPMDQSYHSADQPYHAT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD DQSYHSMSPLQSETPTYSECFASKGLENSMCCKPLHCGDFDYHRTCSYSCSVQGALVHDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DQSYHSMSPLQSETPTYSECFASKGLENSMCCKPLHCGDFDYHRTCSYSCSVQGALVHDP
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pF1KSD CIYCSGEICPALLKRNMMPNCYNCRCHHHQCIRCSVCYHNPQHSALEDSSLAPGNTWKPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 CIYCSGEICPALLKRNMMPNCYNCRCHHHQCIRCSVCYHNPQHSALEDSSLAPGNTWKPR
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pF1KSD KLTVQEFPGDKWNPITGNRKTSQSGREMAHSKTSFSWATPFHPCLENPALDLSSYRAISS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KLTVQEFPGDKWNPITGNRKTSQSGREMAHSKTSFSWATPFHPCLENPALDLSSYRAISS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD LDLLGDFKHALKKSEETSVYEEGSSLASMPHPLRSRAFSESHISLAPQSTRAWGQHRREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LDLLGDFKHALKKSEETSVYEEGSSLASMPHPLRSRAFSESHISLAPQSTRAWGQHRREL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD FSKGDETQSDLLGARKKAFPPPRPPPPNWEKYRLFRAAQQQKQQQQQQQQQQKQQEEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: ::::
CCDS35 FSKGDETQSDLLGARKKAFPPPRPPPPNWEKYRLFRAAQQQKQQQQQQKQQ-----EEEE
1090 1100 1110 1120 1130
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD EEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEELPPQYFSSETSGSCALNPEEVLEQPQPLSFGHLEGSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEELPPQYFSSETSGSCALNPEEVLEQPQPLSFGHLEGSR
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD QGSQSVPAEQESFALHSSDFLPPIRGHLGSQPEQAQPPCYYGIGGLWRTSGQEATESAKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGSQSVPAEQESFALHSSDFLPPIRGHLGSQPEQAQPPCYYGIGGLWRTSGQEATESAKQ
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD EFQHFSPPSGAPGIPTSYSAYYNISVAKAELLNKLKDQPEMAEIGLGEEEVDHELAQKKI
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CCDS35 EFQHFSPPSGAPGIPTSYSAYYNISVAKAELLNKLKDQPEMAEIGLGEEEVDHELAQKKI
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD QLIESISRKLSVLREAQRGLLEDINANSALGEEVEANLKAVCKSNEFEKYHLFVGDLDKV
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CCDS35 QLIESISRKLSVLREAQRGLLEDINANSALGEEVEANLKAVCKSNEFEKYHLFVGDLDKV
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD VNLLLSLSGRLARVENALNSIDSEANQEKLVLIEKKQQLTGQLADAKELKEHVDRREKLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VNLLLSLSGRLARVENALNSIDSEANQEKLVLIEKKQQLTGQLADAKELKEHVDRREKLV
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1450 1460 1470 1480 1490
pF1KSD FGMVSRYLPQDQLQDYQHFVKMKSALIIEQRELEEKIKLGEEQLKCLRESLLLGPSNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FGMVSRYLPQDQLQDYQHFVKMKSALIIEQRELEEKIKLGEEQLKCLRESLLLGPSNF
1440 1450 1460 1470 1480 1490
>>CCDS83453.1 SHROOM2 gene_id:357|Hs108|chrX (450 aa)
initn: 437 init1: 437 opt: 803 Z-score: 438.4 bits: 92.1 E(32554): 4.2e-18
Smith-Waterman score: 803; 59.6% identity (82.6% similar) in 230 aa overlap (1272-1491:219-444)
1250 1260 1270 1280 1290
pF1KSD GIGGLWRTSGQEATESAKQEFQHFSPPSGAPGIPTSYS-----AYYNISVAKAELLNKLK
:..:.. : .::. :. ::::: :.:
CCDS83 DEHLLEEAQQRRKLLPKIPSPRSTEERKEEPSVPAAVSLATNSTYYSTSAPKAELLIKMK
190 200 210 220 230 240
1300 1310 1320 1330 1340 1350
pF1KSD DQPEMAEIGLGEEE----VDHELAQKKIQLIESISRKLSVLREAQRGLLEDINANSALGE
: :. : ::. .::.:. :: .:::::::::.:::::...::::..::..::
CCDS83 DLQEQQE---HEEDSGSDLDHDLSVKK-ELIESISRKLQVLREARESLLEDVQANTVLGA
250 260 270 280 290 300
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pF1KSD EVEANLKAVCKSNEFEKYHLFVGDLDKVVNLLLSLSGRLARVENALNSIDSEANQ-EKLV
:::: .:.::: .::.:...:.:::::::::::::::::::::::::..:. :. ..
CCDS83 EVEAIVKGVCKPSEFDKFRMFIGDLDKVVNLLLSLSGRLARVENALNNLDDGASPGDRQS
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD LIEKKQQLTGQLADAKELKEHVDRREKLVFGMVSRYLPQDQLQDYQHFVKMKSALIIEQR
:.::.. : : :::::::..::::..:: ... :: ...: ::.::::::::::::::
CCDS83 LLEKQRVLIQQHEDAKELKENLDRRERIVFDILANYLSEESLADYEHFVKMKSALIIEQR
370 380 390 400 410 420
1480 1490
pF1KSD ELEEKIKLGEEQLKCLRESLLLGPSNF
:::.::.::::::::: .::
CCDS83 ELEDKIHLGEEQLKCLLDSLQPERGK
430 440 450
>>CCDS14135.1 SHROOM2 gene_id:357|Hs108|chrX (1616 aa)
initn: 1025 init1: 423 opt: 812 Z-score: 435.4 bits: 93.3 E(32554): 6.3e-18
Smith-Waterman score: 1236; 27.8% identity (51.4% similar) in 1588 aa overlap (71-1491:87-1610)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD EDGGKAALSQKMRTGDELVNINGTPLYGSRQEALILIKGSFRILKLIVRRRNAPVSRPHS
:::. :.::: . :::.:.::. ::::
CCDS14 EEGSKAAAVDKLLAGDEIVGINDIGLSGFRQEAICLVKGSHKTLKLVVKRRSELGWRPHS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KSD WHVAKLLEGCPEAATTMHFPSEAFSLSW----HSGCNTSDVCVQWCPLSRHCSTEKSSSI
::..:. .. :: :.. : : . :: :.. .. :. .: . . . .. ::.
CCDS14 WHATKFSDSHPELAAS-PFTSTSGCPSWSGRHHASSSSHDLSSSWEQTNLQRTLDHFSSL
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KSD GSMESLEQPG-QATYESHLLPIDQNMYPNQRDSAYSSFSASSNASDCALSLRPEEPASTD
::..::..:. . . . ::. ..:::::.:::.::.. : .:: . .:..
CCDS14 GSVDSLDHPSSRLSVAKSNSSIDHLGSHSKRDSAYGSFSTSSSTPDHTLS--KADTSSAE
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KSD CIMQGPGPTKAPSGRPNVAETSG---GSR--------RTNGGHLT-PSSQMSSRPQ---E
:. : .:: :...: ::. :. : : .....:.
CCDS14 NILYTVGLWEAPRQGGRQAQAAGDPQGSEEKLSCFPPRVPGDSGKGPRPEYNAEPKLAAP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300
pF1KSD GYQS-GP---------AKAVRGPPQPPVRRDSLQASR----AQLLNGEQRRASEPVVPLP
: .. :: : . :: ::.: ::. :.. :: . :.. . :
CCDS14 GRSNFGPVWYVPDKKKAPSSPPPPPPPLRSDSFAATKSHEKAQGPVFSEAAAAQHFTALA
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QKE-KLSLEPVLPAR-----NPNRFCCLSGHDQVTSEGHQNCEFSQPPESSQQGSEHLLM
: . . . .: : : .:. . :: .:.: . : :: :.. .: .:
CCDS14 QAQPRGDRRPELTDRPWRSAHPGSLGKGSGGPGCPQEAHADG--SWPP-SKDGASSRLQA
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410
pF1KSD QASTKAVGSPKACDRASSVDSNPLNEASAELAKASFGRPPHLIGPTGHRHSAPEQL--LA
. :.. : :.. : :: . : :.:. : : .. ....: :. :.
CCDS14 SLSSSDVRFPQS---PHSGRHPPLYSDHSPLCADSLGQEP---GAASFQNDSPPQVRGLS
420 430 440 450 460
420 430 440 450 460 470
pF1KSD SHLQHVHLDTRGSKGMELPPVQDGHQWTLS-PLHSSHKGKKSPCPPTGGTHDQSSKERKT
: :.. .: . .: .. :. : .. . .: ::: : . .
CCDS14 SCDQKLGSGWQGPRPCVQGDLQAAQLWAGCWPSDTALGALESLPPPTVGQSPRHHLPQPE
470 480 490 500 510 520
480 490 500 510 520 530
pF1KSD RQVDDRSLVLGHQSQSSPPHGEADGHPSEKGFLDPNRTSRAASELANQQPSASGSLVQQA
: : . .. : :.: : .: :.::: : :.:. .:: . ..
CCDS14 GPPDAR-----ETGRCYPLDKGAEG--CSAGAQEPPRASRA--EKASQRLAASITWADGE
530 540 550 560 570
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TD--CSSTTKAASGTEAGEEGDSEPKECSRMGGRRSGGTRGRSIQNRRKSERFATNLRNE
.. : . : . .:: .:. . .. : .. . :.:.::::.::::
CCDS14 SSRICPQETPLLHSLT--QEGKRRPESSPEDSATRPPPFDAHVGKPTRRSDRFATTLRNE
580 590 600 610 620 630
600 610 620 630 640
pF1KSD IQRRKAQLQKSKGPLSQLCDTKEPVEETQE-------PPESPPLTASNTSLLSSCKKPPS
:: ..:.::::.. .. : . : . : . . ::... . : : .
CCDS14 IQMHRAKLQKSRSTVA-LTAAGEAEDGTGRWRAGLGGGTQEGPLAGTYKDHL----KEAQ
640 650 660 670 680
650 660 670 680 690 700
pF1KSD PRDKLFNKSMMLRARSSECLSQAPESHESRTGLEGRISPGQRPGQSSLGLNTWWKAPDPS
: : :. : . . . ::: : : : .: : :: . :. .
CCDS14 AR-VLRATSFKRRDLDPNPGDLYPESLEHRMG-----DPDTVPHFWEAGLA---QPPSST
690 700 710 720 730
710 720 730 740 750 760
pF1KSD SSDPEKAHAHCGVRGGHWRWSPEHNSQPLVAAAMEGPSNPGDNKELKAST-AQAGEDAIL
:. :. . ::. :.. :.. . . : .. : .. . ...::..
CCDS14 SGGPHPPRI-----GGRRRFTAEQKLKSY--SEPEKMNEVGLTRGYSPHQHPRTSEDTVG
740 750 760 770 780 790
770 780 790 800 810 820
pF1KSD LPFADRRKFFEESSKSLSTSHLPGLTTHS-NKTFTQRPKPID---QNFQPMSSSCR---E
:::: :::::.:: . . :. . .::. .. .: : .
CCDS14 T-FADRWKFFEETSKPVPQRPAQKQALHGIPRDKPERPRTAGRTCEGTEPWSRTTSLGDS
800 810 820 830 840 850
830 840 850 860 870 880
pF1KSD LRRHPMDQSYHSADQPYHATDQSYHSMSPLQSETPTYSECFASKGLENSMCCKPLHCGDF
: : .. ..: : . . .. : ... : .. :.: .: . ..
CCDS14 LNAHSAAEKAGTSDLPRRLGTFAEYQASWKEQRKPLEAR---SSGRCHSA--DDILDVSL
860 870 880 890 900
890 900 910 920 930
pF1KSD DYHRTCSYSCSVQGALVHDPCI-YCSGEICPALLKRNMMPNCYNCRCHHHQCIRCSVCYH
: .. .. :.: .: . . : : .. :. . : . . .:
CCDS14 DPQERPQH---VHGRSRSSPSTDHYKQEASVELRRQAGDPG--EPREELPSAVRAEEGQS
910 920 930 940 950 960
940 950 960 970 980 990
pF1KSD NPQHSALEDSSLAPGNTWKPRKLTVQEFP---------GDKWNPITGNRKTSQSGREMAH
.:... . .::. .: . . . : : : : ... :.. .
CCDS14 TPRQADAQCREGSPGSQQHPPSQKAPNPPTFSELSHCRGAPELPREGRGRAGTLPRDYRY
970 980 990 1000 1010 1020
1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD SKTSFSWATP--FHPCLENPALDLSSYRAIS---SLDLLGDFKHALK----KSEETSVYE
:. : :: . : ..:. : . : : ::. . : :
CCDS14 SEES----TPADLGPRAQSPGSPLHARGQDSWPVSSALLSKRPAPQRPPPPKREPRRYRA
1030 1040 1050 1060 1070
1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD EGSSLASMPHPLRSRAF-SESHISLAPQSTRAWGQHRRELFSKG---DETQSDLL--GAR
.. :. : . .: : . : :: .: .: .::.. : .. . :..
CCDS14 TDGAPADAPVGVLGRPFPTPSPASLDVYVARLSLSHSPSVFSSAQPQDTPKATVCERGSQ
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD KKAFPPPRP-P----PPNWEKYRLFRAAQQQKQQQQQQQQQQKQ--------QEEEEEEE
. . :: : ::. .. :: :... ... . : :: :.:. .
CCDS14 HVSGDASRPLPEALLPPKQQHLRLQTATMETSRSPSPQFAPQKLTDKPPLLIQDEDSTRI
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1150 1160
pF1KSD E-------------------EEEEEEEEEEEEEAEEEEEELP--------------PQYF
: : . :.: .. : :: :..
CCDS14 ERVMDNNTTVKMVPIKIVHSESQPEKESRQSLACPAEPPALPHGLEKDQIKTLSTSEQFY
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD SS----ETSGSCALNPEEVLE-QPQPLSFGHLEGSRQGSQSVPA-------EQESFALHS
: .:. :... .::::. .. .. : :. :. :.:
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