Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1215
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1215, 521 aa
1>>>pF1KSDA1215 521 - 521 aa - 521 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9164+/-0.000426; mu= 10.5371+/- 0.026
mean_var=97.8573+/-18.841, 0's: 0 Z-trim(112.7): 17 B-trim: 71 in 1/53
Lambda= 0.129652
statistics sampled from 21691 (21704) to 21691 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.254), width: 16
Scan time: 8.030
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011508106 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 521) 3408 648.3 1.7e-185
XP_005245414 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 521) 3408 648.3 1.7e-185
NP_065068 (OMIM: 182940,600533) vang-like protein ( 521) 3408 648.3 1.7e-185
NP_620409 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like p ( 524) 2544 486.6 7.5e-137
NP_001165883 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-lik ( 524) 2544 486.6 7.5e-137
NP_001165882 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-lik ( 522) 2543 486.5 8.5e-137
XP_011508107 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 282) 1752 338.4 1.7e-92
>>XP_011508106 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang-lik (521 aa)
initn: 3408 init1: 3408 opt: 3408 Z-score: 3451.4 bits: 648.3 E(85289): 1.7e-185
Smith-Waterman score: 3408; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KSD KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
490 500 510 520
>>XP_005245414 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang-lik (521 aa)
initn: 3408 init1: 3408 opt: 3408 Z-score: 3451.4 bits: 648.3 E(85289): 1.7e-185
Smith-Waterman score: 3408; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KSD KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
490 500 510 520
>>NP_065068 (OMIM: 182940,600533) vang-like protein 2 [H (521 aa)
initn: 3408 init1: 3408 opt: 3408 Z-score: 3451.4 bits: 648.3 E(85289): 1.7e-185
Smith-Waterman score: 3408; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KSD KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
490 500 510 520
>>NP_620409 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like prote (524 aa)
initn: 1741 init1: 1271 opt: 2544 Z-score: 2577.9 bits: 486.6 E(85289): 7.5e-137
Smith-Waterman score: 2544; 72.8% identity (90.7% similar) in 526 aa overlap (1-521:1-524)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
::::: :::::: :.::..:... .: :.::.: ::: .:::::: : ::::: :.
NP_620 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD STRGDE-RDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLA
::: .: .:::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.
NP_620 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LLSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLP
:: ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..:
NP_620 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD RVFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVL
::::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.::
NP_620 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKS
::::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::. :
NP_620 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VLAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRR
::...:.:::.. .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::.
NP_620 RAAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRK
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ARLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYH
::::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: ::
NP_620 ARLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD TMESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDG
.:::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.::
NP_620 SMESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KSD IVFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
:::.:: ::::::..::.::. :::::.::::::::.::::::::
NP_620 IVFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
480 490 500 510 520
>>NP_001165883 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like pr (524 aa)
initn: 1741 init1: 1271 opt: 2544 Z-score: 2577.9 bits: 486.6 E(85289): 7.5e-137
Smith-Waterman score: 2544; 72.8% identity (90.7% similar) in 526 aa overlap (1-521:1-524)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
::::: :::::: :.::..:... .: :.::.: ::: .:::::: : ::::: :.
NP_001 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD STRGDE-RDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLA
::: .: .:::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.
NP_001 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LLSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLP
:: ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..:
NP_001 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD RVFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVL
::::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.::
NP_001 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKS
::::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::. :
NP_001 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VLAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRR
::...:.:::.. .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::.
NP_001 RAAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRK
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ARLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYH
::::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: ::
NP_001 ARLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD TMESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDG
.:::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.::
NP_001 SMESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KSD IVFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
:::.:: ::::::..::.::. :::::.::::::::.::::::::
NP_001 IVFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
480 490 500 510 520
>>NP_001165882 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like pr (522 aa)
initn: 1749 init1: 1319 opt: 2543 Z-score: 2577.0 bits: 486.5 E(85289): 8.5e-137
Smith-Waterman score: 2543; 73.0% identity (90.7% similar) in 525 aa overlap (1-521:1-522)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
::::: :::::: :.::..:... .: :.::.: ::: .:::::: : ::::: :.
NP_001 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD STRGDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLAL
::: .: :::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.:
NP_001 STRTEE-DDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLGL
70 80 90 100 110
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521 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Thu Nov 3 05:24:55 2016 done: Thu Nov 3 05:24:56 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]