Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1218
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1218, 833 aa
1>>>pF1KSDA1218 833 - 833 aa - 833 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9283+/-0.000971; mu= -5.0159+/- 0.059
mean_var=255.4705+/-52.248, 0's: 0 Z-trim(114.5): 24 B-trim: 421 in 1/52
Lambda= 0.080242
statistics sampled from 15081 (15101) to 15081 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.761), E-opt: 0.2 (0.464), width: 16
Scan time: 5.400
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47682.1 ATXN7L1 gene_id:222255|Hs108|chr7 ( 861) 5524 652.9 6.6e-187
CCDS47683.1 ATXN7L1 gene_id:222255|Hs108|chr7 ( 738) 4826 572.1 1.2e-162
CCDS54603.1 ATXN7 gene_id:6314|Hs108|chr3 ( 945) 1505 187.7 8.2e-47
CCDS43102.1 ATXN7 gene_id:6314|Hs108|chr3 ( 892) 1499 187.0 1.3e-46
CCDS46861.2 ATXN7 gene_id:6314|Hs108|chr3 ( 747) 1273 160.8 8.1e-39
CCDS30794.1 ATXN7L2 gene_id:127002|Hs108|chr1 ( 722) 719 96.6 1.6e-19
CCDS34727.1 ATXN7L1 gene_id:222255|Hs108|chr7 ( 146) 655 88.9 6.7e-18
>>CCDS47682.1 ATXN7L1 gene_id:222255|Hs108|chr7 (861 aa)
initn: 5524 init1: 5524 opt: 5524 Z-score: 3469.0 bits: 652.9 E(32554): 6.6e-187
Smith-Waterman score: 5524; 100.0% identity (100.0% similar) in 833 aa overlap (1-833:29-861)
10 20 30
pF1KSD MATLDRKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKLHCSD
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MTSERSRIPCLSAAAAEGTGKKQQEGRAMATLDRKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKLHCSD
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD NVDLEEAGKEGGKSREVMRLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQSHCER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NVDLEEAGKEGGKSREVMRLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQSHCER
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD RHGSMCRPSPSPVSPASNPRTSLVQVKTKACLSGHHSASSTSKPFKTPKDNLLTSSSKQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RHGSMCRPSPSPVSPASNPRTSLVQVKTKACLSGHHSASSTSKPFKTPKDNLLTSSSKQH
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD TVFPAKGSRDKPCVPVPVVSLEKIPNLVKADGANVKMNSTTTTAVSASSTSSSAVSTPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVFPAKGSRDKPCVPVPVVSLEKIPNLVKADGANVKMNSTTTTAVSASSTSSSAVSTPPL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KSD IKPVLMSKSVPPSPEKILNGKGILPTTIDKKHQNGTKNSNKPYRRLSEREFDPNKHCGVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IKPVLMSKSVPPSPEKILNGKGILPTTIDKKHQNGTKNSNKPYRRLSEREFDPNKHCGVL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KSD DPETKKPCTRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKSREKEVKDKEHLLTSTRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DPETKKPCTRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKSREKEVKDKEHLLTSTRE
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KSD ILPSQSGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLPRPSSANSISSSTSSNHSGHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ILPSQSGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLPRPSSANSISSSTSSNHSGHT
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD PEPPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADESEKLDCQFSTHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PEPPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADESEKLDCQFSTHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYV
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD FDRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADSPLPSPAAHITTPVPASVLQPFSNPSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FDRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADSPLPSPAAHITTPVPASVLQPFSNPSA
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KSD VYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPSALMSHTTAFPHVAATLSIMDSTFKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPSALMSHTTAFPHVAATLSIMDSTFKA
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KSD PSAVSPIPAVIPSPSHKPSKTKTSKSSKVKDLSTRSDESPSNKKRKPQSSTSSSSSSSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PSAVSPIPAVIPSPSHKPSKTKTSKSSKVKDLSTRSDESPSNKKRKPQSSTSSSSSSSSS
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KSD SLQTSLSSPLSGPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SLQTSLSSPLSGPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRT
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KSD SLPGGPADIVRQVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGDLSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SLPGGPADIVRQVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGDLSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKR
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KSD KNSSSSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSLLAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSLALSQSSPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KNSSSSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSLLAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSLALSQSSPSS
790 800 810 820 830 840
820 830
pF1KSD ISSPGHSRQNTNRTGRIRTLP
:::::::::::::::::::::
CCDS47 ISSPGHSRQNTNRTGRIRTLP
850 860
>>CCDS47683.1 ATXN7L1 gene_id:222255|Hs108|chr7 (738 aa)
initn: 4760 init1: 4760 opt: 4826 Z-score: 3033.3 bits: 572.1 E(32554): 1.2e-162
Smith-Waterman score: 4826; 99.9% identity (99.9% similar) in 738 aa overlap (97-833:1-738)
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DDFYLVVCSACNQVVKPQVFQSHCERRHGSMCRPSPSPVSPASNPRTSLVQVKTKACLSG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MCRPSPSPVSPASNPRTSLVQVKTKACLSG
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HHSASSTSKPFKTPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSRDKPCVPVPVVSLEKIPNLVKADGAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HHSASSTSKPFKTPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSRDKPCVPVPVVSLEKIPNLVKADGAN
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VKMNSTTTTAVSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKSVPPSPEKILNGKGILPTTIDKKHQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VKMNSTTTTAVSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKSVPPSPEKILNGKGILPTTIDKKHQN
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GTKNSNKPYRRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPCTRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GTKNSNKPYRRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPCTRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDL
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LLAEHKAKSREKEVKDKEHLLTSTREILPSQSGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LLAEHKAKSREKEVKDKEHLLTSTREILPSQSGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRP
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PNSVLPRPSSANSISSSTSSNHSGHTPEPPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADESEKLDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PNSVLPRPSSANSISSSTSSNHSGHTPEPPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADESEKLDC
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QFSTHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVFDRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QFSTHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVFDRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADS
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PLPSPAAHITTPVPASVLQPFSNPSAVYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PLPSPAAHITTPVPASVLQPFSNPSAVYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDP
400 410 420 430 440 450
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SALMSHTTAFPHVAATLSIMDSTFKAPSAVSPIPAVIPSPSHKPSKTKTSKSSKVKDLST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SALMSHTTAFPHVAATLSIMDSTFKAPSAVSPIPAVIPSPSHKPSKTKTSKSSKVKDLST
460 470 480 490 500 510
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RSDESPSNKKRKPQSSTSSSSSSSSSSLQTSLSSPLSGPHKKNCVLNASSALNSYQAAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RSDESPSNKKRKPQSSTSSSSSSSSSSLQTSLSSPLSGPHKKNCVLNASSALNSYQAAPP
520 530 540 550 560 570
670 680 690 700 710 720
pF1KSD YNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRTSLPGGPADIVRQVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRTSLPGGPADIVRQVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHA
580 590 600 610 620 630
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GDLSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKRKNSSSSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSLLAPVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GDLSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKRKNSSSSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSLLAPVP
640 650 660 670 680 690
790 800 810 820 830
pF1KSD DPVNSTSSRQVGKNSSLALSQSSPSSISSPGHSRQ-NTNRTGRIRTLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
CCDS47 DPVNSTSSRQVGKNSSLALSQSSPSSISSPGHSRQKNTNRTGRIRTLP
700 710 720 730
>>CCDS54603.1 ATXN7 gene_id:6314|Hs108|chr3 (945 aa)
initn: 1330 init1: 418 opt: 1505 Z-score: 953.9 bits: 187.7 E(32554): 8.2e-47
Smith-Waterman score: 1743; 40.1% identity (64.1% similar) in 886 aa overlap (1-828:75-923)
10 20
pF1KSD MATLD--RKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKL
:::. : .::::..::. :. :..:.::
CCDS54 PQRQQHPPPPPRRTRPEDGGPGAASTSAAAMATVGERRPLPSPEVMLGQSWNLWVEASKL
50 60 70 80 90 100
30 40 50 60 70 80
pF1KSD HCSDNVDLEEAGKEGGKSREVMRLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQS
.:...:.:. :: ::.:::: : .::: .:: :::::::::::. ::::::::.:::
CCDS54 PGKDGTELDESFKEFGKNREVMGLCREDMPIFGFCPAHDDFYLVVCNDCNQVVKPQAFQS
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130
pF1KSD HCERRHGSMCRPSPSPVSPAS--NPRTSLVQVK-------TKACLSGHHSASSTS-KPFK
: ::::.: .: : : :.: . :: . : ... .: ::::.: : .:
CCDS54 HYERRHSSSSKP-PLAVPPTSVFSFFPSLSKSKGGSASGSNRSSSGGVLSASSSSSKLLK
170 180 190 200 210 220
140 150 160 170 180 190
pF1KSD TPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSR-DKPCVPVPVVSLEKI-PNLVKADGANVKMNSTTTTA
.::..: .. . . : . :: . . .: :..::: : : ::. .: :
CCDS54 SPKEKLQLRGNTR-PMHPIQQSRVPHGRIMTPSVKVEKIHP---KMDGTLLKSAVGPTCP
230 240 250 260 270
200 210 220 230 240 250
pF1KSD VSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKSVPPSPEKILNGKGI-LPTTIDKKHQNGTKNSNKPY
...:: . ... : . ::.: ::: .::::::. : :..:: .....: .
CCDS54 ATVSSLVKPGLNCPSIPKPTL------PSPGQILNGKGLPAPPTLEKKPEDNSNNRKFLN
280 290 300 310 320 330
260 270 280 290 300 310
pF1KSD RRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPCTRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKS
.:::::::::. ::::.: .::::::::::::::::..:::: ::.:.::.:::::: :.
CCDS54 KRLSEREFDPDIHCGVIDLDTKKPCTRSLTCKTHSLTQRRAVQGRRKRFDVLLAEHKNKT
340 350 360 370 380 390
320 330 340 350 360 370
pF1KSD REKEV---KDKEHLLTSTREILPSQSGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLP
::::. :... :. :. .:. . : : : .: .: . ::
CCDS54 REKELIRHPDSQQPPQPLRDPHPAPPRTSQEPHQNPHGVIPSESKPFVASKPKPHTPSLP
400 410 420 430 440 450
380 390 400 410 420
pF1KSD RPSS--ANSISSSTSSNHSGH-TPEPPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADES-EKLDCQF
:: . :.. .:. . : .:.:::: . . ::::::.::: : .:: :::::..
CCDS54 RPPGCPAQQGGSAPIDPPPVHESPHPPLPAT--EPASRLSSEEGEGDDKEESVEKLDCHY
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KSD STHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVFDRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADSPL
: :::.: .::.:::: .:::::::: ::.:.: ::: :::::::.:.:::::: .
CCDS54 SGHHPQPASFCTFGSRQIGRGYYVFDSRWNRLRCALNLMVEKHLNAQLWKKIPP-----V
520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PSPAAHITTPVPASVLQ-PFSNPSAVYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPS
:: .. :.: .: . . : :. .. :: .: .: :: ...:. .: :. .
CCDS54 PSTTSPISTRIPHRTNSVPTSQCGVSYLAAATVS---TSPVLLSSTCIS-------PNSK
570 580 590 600 610
550 560 570 580 590
pF1KSD ALMSHTTAFPHVAATLSIMD-----------STFKAPSAVSPIPAVIPSP-SHKPSKTKT
.. .: :.. :. . :: :. ..::. : . .: :: :.::.: :.
CCDS54 SVPAHGTTLNAQPAASGAMDPVCSMQSRQVSSSSSSPSTPSGLSSVPSSPMSRKPQKLKS
620 630 640 650 660 670
600 610 620 630 640
pF1KSD SKSSKVKDLS---------TRSDESPSNKKRKPQSST---SSSSSSSSSSLQTSLSSPLS
::: . :. : . : . :.:::: .: :::::::::: . :. :
CCDS54 SKSLRPKESSGNSTNCQNASSSTSGGSGKKRKNSSPLLVHSSSSSSSSSSSSHSMES---
680 690 700 710 720 730
650 660 670 680 690 700
pF1KSD GPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRTSLPGGPADIVR
.:::: ... : .. .:.... .: .. .... . ::: :.::. ..
CCDS54 --FRKNCVAHSGPPYPS--TVTSSHSIGLNCVTNKANAVNVRHDQSGRGPPTGSPAESIK
740 750 760 770 780
710 720 730 740 750
pF1KSD QVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGDLSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKRKNS-------S
..... .:::: ::. . ....: . ::.. : .:: ::::: : .
CCDS54 RMSVMVNSSDST-LSLGPFIHQSNELPVNSHGSFSHSHTPLDKLIGKKRKCSPSSSSINN
790 800 810 820 830 840
760 770 780 790 800 810
pF1KSD SSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSLLAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSL--ALSQSSPSS--
:::: :..:.:..:.:: :. .. . .::. .: .. : ..: .::.:
CCDS54 SSSKPTKVAKVPAVNNVHMKHTGTI-PGAQGLMNSSLLHQDISSPCLRTGISATSPQSPD
850 860 870 880 890 900
820 830
pF1KSD ISSPGHSRQNTNRTGRIRTLP
..: : : : :::
CCDS54 LKSKGTSLTAENSTGRNNADTFEDKLHLHSALWTPRCL
910 920 930 940
>>CCDS43102.1 ATXN7 gene_id:6314|Hs108|chr3 (892 aa)
initn: 1326 init1: 418 opt: 1499 Z-score: 950.5 bits: 187.0 E(32554): 1.3e-46
Smith-Waterman score: 1715; 40.7% identity (64.8% similar) in 835 aa overlap (1-781:75-873)
10 20
pF1KSD MATLD--RKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKL
:::. : .::::..::. :. :..:.::
CCDS43 PQRQQHPPPPPRRTRPEDGGPGAASTSAAAMATVGERRPLPSPEVMLGQSWNLWVEASKL
50 60 70 80 90 100
30 40 50 60 70 80
pF1KSD HCSDNVDLEEAGKEGGKSREVMRLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQS
.:...:.:. :: ::.:::: : .::: .:: :::::::::::. ::::::::.:::
CCDS43 PGKDGTELDESFKEFGKNREVMGLCREDMPIFGFCPAHDDFYLVVCNDCNQVVKPQAFQS
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130
pF1KSD HCERRHGSMCRPSPSPVSPAS--NPRTSLVQVK-------TKACLSGHHSASSTS-KPFK
: ::::.: .: : : :.: . :: . : ... .: ::::.: : .:
CCDS43 HYERRHSSSSKP-PLAVPPTSVFSFFPSLSKSKGGSASGSNRSSSGGVLSASSSSSKLLK
170 180 190 200 210 220
140 150 160 170 180 190
pF1KSD TPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSR-DKPCVPVPVVSLEKI-PNLVKADGANVKMNSTTTTA
.::..: .. . . : . :: . . .: :..::: : : ::. .: :
CCDS43 SPKEKLQLRGNTR-PMHPIQQSRVPHGRIMTPSVKVEKIHP---KMDGTLLKSAVGPTCP
230 240 250 260 270
200 210 220 230 240 250
pF1KSD VSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKSVPPSPEKILNGKGI-LPTTIDKKHQNGTKNSNKPY
...:: . ... : . ::.: ::: .::::::. : :..:: .....: .
CCDS43 ATVSSLVKPGLNCPSIPKPTL------PSPGQILNGKGLPAPPTLEKKPEDNSNNRKFLN
280 290 300 310 320 330
260 270 280 290 300 310
pF1KSD RRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPCTRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKS
.:::::::::. ::::.: .::::::::::::::::..:::: ::.:.::.:::::: :.
CCDS43 KRLSEREFDPDIHCGVIDLDTKKPCTRSLTCKTHSLTQRRAVQGRRKRFDVLLAEHKNKT
340 350 360 370 380 390
320 330 340 350 360 370
pF1KSD REKEV---KDKEHLLTSTREILPSQSGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLP
::::. :... :. :. .:. . : : : .: .: . ::
CCDS43 REKELIRHPDSQQPPQPLRDPHPAPPRTSQEPHQNPHGVIPSESKPFVASKPKPHTPSLP
400 410 420 430 440 450
380 390 400 410 420
pF1KSD RPSS--ANSISSSTSSNHSGH-TPEPPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADES-EKLDCQF
:: . :.. .:. . : .:.:::: . . ::::::.::: : .:: :::::..
CCDS43 RPPGCPAQQGGSAPIDPPPVHESPHPPLPAT--EPASRLSSEEGEGDDKEESVEKLDCHY
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KSD STHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVFDRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADSPL
: :::.: .::.:::: .:::::::: ::.:.: ::: :::::::.:.:::::: .
CCDS43 SGHHPQPASFCTFGSRQIGRGYYVFDSRWNRLRCALNLMVEKHLNAQLWKKIPP-----V
520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PSPAAHITTPVPASVLQ-PFSNPSAVYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPS
:: .. :.: .: . . : :. .. :: .: .: :: ...:. .: :. .
CCDS43 PSTTSPISTRIPHRTNSVPTSQCGVSYLAAATVS---TSPVLLSSTCIS-------PNSK
570 580 590 600 610
550 560 570 580 590
pF1KSD ALMSHTTAFPHVAATLSIMD-----------STFKAPSAVSPIPAVIPSP-SHKPSKTKT
.. .: :.. :. . :: :. ..::. : . .: :: :.::.: :.
CCDS43 SVPAHGTTLNAQPAASGAMDPVCSMQSRQVSSSSSSPSTPSGLSSVPSSPMSRKPQKLKS
620 630 640 650 660 670
600 610 620 630 640
pF1KSD SKSSKVKDLS---------TRSDESPSNKKRKPQSST---SSSSSSSSSSLQTSLSSPLS
::: . :. : . : . :.:::: .: :::::::::: . :. :
CCDS43 SKSLRPKESSGNSTNCQNASSSTSGGSGKKRKNSSPLLVHSSSSSSSSSSSSHSMES---
680 690 700 710 720 730
650 660 670 680 690 700
pF1KSD GPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRTSLPGGPADIVR
.:::: ... : .. .:.... .: .. .... . ::: :.::. ..
CCDS43 --FRKNCVAHSGPPYPS--TVTSSHSIGLNCVTNKANAVNVRHDQSGRGPPTGSPAESIK
740 750 760 770 780
710 720 730 740 750
pF1KSD QVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGDLSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKRKNS-------S
..... .:::: ::. . ....: . ::.. : .:: ::::: : .
CCDS43 RMSVMVNSSDST-LSLGPFIHQSNELPVNSHGSFSHSHTPLDKLIGKKRKCSPSSSSINN
790 800 810 820 830 840
760 770 780 790 800 810
pF1KSD SSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSLLAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSLALSQSSPSSISSP
:::: :..:.:..:.:: :. ..
CCDS43 SSSKPTKVAKVPAVNNVHMKHTGTIPGAQGLMNSSLLHQPKARP
850 860 870 880 890
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60 70 80 90 100 110
pF1KSD KEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQSHCERRHGSMCRPSPSPVSPAS--NP
: ... ::::.: .: : : :.: .
CCDS46 MEGSKTPLQSSPSAQELKAPLERRHSSSSKP-PLAVPPTSVFSF
10 20 30 40
120 130 140 150 160
pF1KSD RTSLVQVK-------TKACLSGHHSASSTS-KPFKTPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSR-D
:: . : ... .: ::::.: : .:.::..: .. . . : . ::
CCDS46 FPSLSKSKGGSASGSNRSSSGGVLSASSSSSKLLKSPKEKLQLRGNTR-PMHPIQQSRVP
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KSD KPCVPVPVVSLEKI-PNLVKADGANVKMNSTTTTAVSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKS
. . .: :..::: : : ::. .: : ...:: . ... : . ::.:
CCDS46 HGRIMTPSVKVEKIHP---KMDGTLLKSAVGPTCPATVSSLVKPGLNCPSIPKPTL----
110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KSD VPPSPEKILNGKGI-LPTTIDKKHQNGTKNSNKPYRRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPC
::: .::::::. : :..:: .....: . .:::::::::. ::::.: .:::::
CCDS46 --PSPGQILNGKGLPAPPTLEKKPEDNSNNRKFLNKRLSEREFDPDIHCGVIDLDTKKPC
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330
pF1KSD TRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKSREKEV---KDKEHLLTSTREILPSQ
:::::::::::..:::: ::.:.::.:::::: :.::::. :... :. :.
CCDS46 TRSLTCKTHSLTQRRAVQGRRKRFDVLLAEHKNKTREKELIRHPDSQQPPQPLRDPHPAP
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KSD SGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLPRPSS--ANSISSSTSSNHSGH-TPE
.:. . : : : .: .: . :::: . :.. .:. . : .:.
CCDS46 PRTSQEPHQNPHGVIPSESKPFVASKPKPHTPSLPRPPGCPAQQGGSAPIDPPPVHESPH
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KSD PPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADES-EKLDCQFSTHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVF
:::: . . ::::::.::: : .:: :::::..: :::.: .::.:::: .:::::::
CCDS46 PPLPAT--EPASRLSSEEGEGDDKEESVEKLDCHYSGHHPQPASFCTFGSRQIGRGYYVF
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KSD DRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADSPLPSPAAHITTPVPASVLQ-PFSNPSA
: ::.:.: ::: :::::::.:.::::: :.:: .. :.: .: . . : :. ..
CCDS46 DSRWNRLRCALNLMVEKHLNAQLWKKIP-----PVPSTTSPISTRIPHRTNSVPTSQCGV
400 410 420 430 440
520 530 540 550 560
pF1KSD VYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPSALMSHTTAFPHVAATLSIMD-----
:: .: .: :: ...:. .: :. ... .: :.. :. . ::
CCDS46 SYLAAATVS---TSPVLLSSTCIS-------PNSKSVPAHGTTLNAQPAASGAMDPVCSM
450 460 470 480 490
570 580 590 600 610
pF1KSD ------STFKAPSAVSPIPAVIPSP-SHKPSKTKTSKSSKVKDLS---------TRSDES
:. ..::. : . .: :: :.::.: :.::: . :. : . : .
CCDS46 QSRQVSSSSSSPSTPSGLSSVPSSPMSRKPQKLKSSKSLRPKESSGNSTNCQNASSSTSG
500 510 520 530 540 550
620 630 640 650 660
pF1KSD PSNKKRKPQSST---SSSSSSSSSSLQTSLSSPLSGPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYN
:.:::: .: :::::::::: . :. : .:::: ... : .. .
CCDS46 GSGKKRKNSSPLLVHSSSSSSSSSSSSHSMES-----FRKNCVAHSGPPYPS--TVTSSH
560 570 580 590 600
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRTSLPGGPADIVRQVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGD
:.... .: .. .... . ::: :.::. ....... .:::: ::. . ....
CCDS46 SIGLNCVTNKANAVNVRHDQSGRGPPTGSPAESIKRMSVMVNSSDST-LSLGPFIHQSNE
610 620 630 640 650 660
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKRKNS-------SSSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSL
: . ::.. : .:: ::::: : .:::: :..:.:..:.:: :. ..
CCDS46 LPVNSHGSFSHSHTPLDKLIGKKRKCSPSSSSINNSSSKPTKVAKVPAVNNVHMKHTGTI
670 680 690 700 710 720
790 800 810 820 830
pF1KSD LAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSLALSQSSPSSISSPGHSRQNTNRTGRIRTLP
CCDS46 PGAQGLMNSSLLHQPKARP
730 740
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10 20 30 40 50
pF1KSD MATLDRKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKLHCSDNVDLEEAGKEGGKSREVM
::.:.:.::: . : :. ::::.. : : .:...:::..:. :. ..:
CCDS30 MAVRERAAAAMAALERRVPSLDDFAGQSWSSWVERADLPAADGAELEESSKNT-KKLDAM
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KSD RLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQSHCERRHGSMC----RPSPSPVS
: :::: .::: :::::::::::. :.::::::.::.::::::: . : : : .
CCDS30 TLIKEDMSIFGHCPAHDDFYLVVCNHCSQVVKPQAFQKHCERRHGPLSKLYGRAPPPPPA
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KSD PASNPRTSLVQVKTKACLSGHHSASSTSKPFKTPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSRDKPCV
:::. . .:. . :: . . .:. ... : :. : : : ..:. :
CCDS30 PASSQKCHVVNGQGPACRAPGSTKTSS-------REKGQGSRSRGHQP-PEKTQKDNLCQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD PVPVVSLEKIPNLVKADGANVKMNSTTTTAVSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKSVPPSP
: .. .... . ::. : :: ::.
CCDS30 P--------------------------------GGLTKDSPGKPPMAPP---SKE-PPGR
180 190
230 240 250 260 270 280
pF1KSD E--KILNGKGI---LPTTIDKKHQNGTKNSNKPYRRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPCT
: .:. ..: . .:. .::. : .:.....: : :..:::..::::: ::
CCDS30 ENIEIIPSEGSSHWAEGSPPEKEPSGTRLPPKTHRKMARKECDLNRQCGVINPETKKICT
200 210 220 230 240 250
290 300 310 320 330
pF1KSD RSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKSREKEVKDKEHLLTSTREIL--PSQSG
: :::: ::. .:: : :: :.::.:.:: ::.::. : . ::. ...: :::
CCDS30 RLLTCKIHSVHQRREVQGRAKDFDVLVAELKANSRKGE-SPKEKSPGRKEQVLERPSQEL
260 270 280 290 300 310
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pF1KSD PAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLPRPSSANSISSSTSSNHSGHTPEP---P
:.. ..... .. : . ::. : .::: : :.: : . . : .: :
CCDS30 PSSVQVVAAVAA--PSSTFSVRAKQTYPYCALPR-SRASSESELDDEGPCGGDGDPGLFP
320 330 340 350 360 370
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pF1KSD LP-PVGGDLASRLSSDEGEMDGA--DESEKLDCQFSTHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVF
.: : :: :: :.:.: .:. : ::...:. ::: :::.:::::.. : :::
CCDS30 FPMPRGGTQAS---SEESEEEGTSDDLHPPPDCHYATRPPRPQAFCTFGSRLVSPGCYVF
380 390 400 410 420
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.:: ::: ::.::.:.::...:::::::::. : :: ...:. : :.: :. .
CCDS30 SRRLDRFCSALSSMLERHLSTHMWKKIPPAAE---P-PAHLVNSPLSAP-LSPSSTGTCP
430 440 450 460 470 480
520 530 540 550 560 570
pF1KSD YLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPSALMSHTTAFPHVAATLSIMDSTFKAP
::. . .:. :. : :: . .. : :::. : . .
CCDS30 RLPGPTLRPACPASMPPTKDNLV---------PS----YPAGSPSVAAACSQAECMGGSQ
490 500 510 520 530
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pF1KSD SAVSPIPAVIPSPSH-KPSKTKTSKSSKVKDLSTRSDESPSNKKRKPQSSTSSSSSSSSS
. .::.:: :::: : .:.::::: :: :.:: .:::
CCDS30 AITSPLPANTPSPSFSKLPPSKASKSSKGKD--GVEVEAPS-RKRK--------------
540 550 560 570
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pF1KSD SLQTSLSSPLSGPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRT
:: :..:.:. .. .. : .: :::: . .
CCDS30 ------LSPGPTTLKRTCILEPTG-----KGKP-----------SGCRGLSAKTKTALSM
580 590 600 610
700 710 720 730 740 750
pF1KSD SLPGGPADIVRQVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGDLSLASHNAVSSLPLSFDKSE--GK
.: : . :...: . .. : .: : . . . :.: : ..:: . . : .:
CCDS30 GLNGTMGPRVKRAGPLDCRGSPHQLPTPVKASQLENRGAAGHPA-KALPTNCLSEEEVAK
620 630 640 650 660 670
760 770 780 790 800
pF1KSD KRKNSSS-----SSKACKITKMPGMN-SVHKKNPPSLLAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSLA
:::: .. ..: :. . ::..:.: ::
CCDS30 KRKNLATYCRPVKAKHCQAGAPADVACSVRRKKPGPALAFEEKCSTLKSKAH
680 690 700 710 720
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pF1KSD LSQSSPSSISSPGHSRQNTNRTGRIRTLP
>>CCDS34727.1 ATXN7L1 gene_id:222255|Hs108|chr7 (146 aa)
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10 20 30
pF1KSD MATLDRKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKLHCSD
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MTSERSRIPCLSAAAAEGTGKKQQEGRAMATLDRKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKLHCSD
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD NVDLEEAGKEGGKSREVMRLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQSHCER
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS34 NVDLEEAGKEGGKSREVMRLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQSHCGR
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD RHGSMCRPSPSPVSPASNPRTSLVQVKTKACLSGHHSASSTSKPFKTPKDNLLTSSSKQH
.. . . : .: :.
CCDS34 KQDNRRNEGISRSGPESSQAIEKHQV
130 140
833 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 05:26:24 2016 done: Thu Nov 3 05:26:24 2016
Total Scan time: 5.400 Total Display time: 0.170
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]