Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1218
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1218, 833 aa
1>>>pF1KSDA1218 833 - 833 aa - 833 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4353+/-0.000372; mu= -13.8106+/- 0.023
mean_var=299.1099+/-61.620, 0's: 0 Z-trim(122.8): 16 B-trim: 151 in 1/56
Lambda= 0.074158
statistics sampled from 41470 (41486) to 41470 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.769), E-opt: 0.2 (0.486), width: 16
Scan time: 15.180
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001170858 (OMIM: 164500,607640) ataxin-7 isofor ( 945) 1505 174.8 1.6e-42
NP_000324 (OMIM: 164500,607640) ataxin-7 isoform a ( 892) 1499 174.2 2.3e-42
NP_001121621 (OMIM: 164500,607640) ataxin-7 isofor ( 747) 1273 150.0 3.7e-35
>>NP_001170858 (OMIM: 164500,607640) ataxin-7 isoform b (945 aa)
initn: 1330 init1: 418 opt: 1505 Z-score: 884.5 bits: 174.8 E(85289): 1.6e-42
Smith-Waterman score: 1743; 40.1% identity (64.1% similar) in 886 aa overlap (1-828:75-923)
10 20
pF1KSD MATLD--RKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKL
:::. : .::::..::. :. :..:.::
NP_001 PQRQQHPPPPPRRTRPEDGGPGAASTSAAAMATVGERRPLPSPEVMLGQSWNLWVEASKL
50 60 70 80 90 100
30 40 50 60 70 80
pF1KSD HCSDNVDLEEAGKEGGKSREVMRLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQS
.:...:.:. :: ::.:::: : .::: .:: :::::::::::. ::::::::.:::
NP_001 PGKDGTELDESFKEFGKNREVMGLCREDMPIFGFCPAHDDFYLVVCNDCNQVVKPQAFQS
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130
pF1KSD HCERRHGSMCRPSPSPVSPAS--NPRTSLVQVK-------TKACLSGHHSASSTS-KPFK
: ::::.: .: : : :.: . :: . : ... .: ::::.: : .:
NP_001 HYERRHSSSSKP-PLAVPPTSVFSFFPSLSKSKGGSASGSNRSSSGGVLSASSSSSKLLK
170 180 190 200 210 220
140 150 160 170 180 190
pF1KSD TPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSR-DKPCVPVPVVSLEKI-PNLVKADGANVKMNSTTTTA
.::..: .. . . : . :: . . .: :..::: : : ::. .: :
NP_001 SPKEKLQLRGNTR-PMHPIQQSRVPHGRIMTPSVKVEKIHP---KMDGTLLKSAVGPTCP
230 240 250 260 270
200 210 220 230 240 250
pF1KSD VSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKSVPPSPEKILNGKGI-LPTTIDKKHQNGTKNSNKPY
...:: . ... : . ::.: ::: .::::::. : :..:: .....: .
NP_001 ATVSSLVKPGLNCPSIPKPTL------PSPGQILNGKGLPAPPTLEKKPEDNSNNRKFLN
280 290 300 310 320 330
260 270 280 290 300 310
pF1KSD RRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPCTRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKS
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NP_001 KRLSEREFDPDIHCGVIDLDTKKPCTRSLTCKTHSLTQRRAVQGRRKRFDVLLAEHKNKT
340 350 360 370 380 390
320 330 340 350 360 370
pF1KSD REKEV---KDKEHLLTSTREILPSQSGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLP
::::. :... :. :. .:. . : : : .: .: . ::
NP_001 REKELIRHPDSQQPPQPLRDPHPAPPRTSQEPHQNPHGVIPSESKPFVASKPKPHTPSLP
400 410 420 430 440 450
380 390 400 410 420
pF1KSD RPSS--ANSISSSTSSNHSGH-TPEPPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADES-EKLDCQF
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NP_001 RPPGCPAQQGGSAPIDPPPVHESPHPPLPAT--EPASRLSSEEGEGDDKEESVEKLDCHY
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KSD STHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVFDRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADSPL
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NP_001 SGHHPQPASFCTFGSRQIGRGYYVFDSRWNRLRCALNLMVEKHLNAQLWKKIPP-----V
520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PSPAAHITTPVPASVLQ-PFSNPSAVYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPS
:: .. :.: .: . . : :. .. :: .: .: :: ...:. .: :. .
NP_001 PSTTSPISTRIPHRTNSVPTSQCGVSYLAAATVS---TSPVLLSSTCIS-------PNSK
570 580 590 600 610
550 560 570 580 590
pF1KSD ALMSHTTAFPHVAATLSIMD-----------STFKAPSAVSPIPAVIPSP-SHKPSKTKT
.. .: :.. :. . :: :. ..::. : . .: :: :.::.: :.
NP_001 SVPAHGTTLNAQPAASGAMDPVCSMQSRQVSSSSSSPSTPSGLSSVPSSPMSRKPQKLKS
620 630 640 650 660 670
600 610 620 630 640
pF1KSD SKSSKVKDLS---------TRSDESPSNKKRKPQSST---SSSSSSSSSSLQTSLSSPLS
::: . :. : . : . :.:::: .: :::::::::: . :. :
NP_001 SKSLRPKESSGNSTNCQNASSSTSGGSGKKRKNSSPLLVHSSSSSSSSSSSSHSMES---
680 690 700 710 720 730
650 660 670 680 690 700
pF1KSD GPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRTSLPGGPADIVR
.:::: ... : .. .:.... .: .. .... . ::: :.::. ..
NP_001 --FRKNCVAHSGPPYPS--TVTSSHSIGLNCVTNKANAVNVRHDQSGRGPPTGSPAESIK
740 750 760 770 780
710 720 730 740 750
pF1KSD QVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGDLSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKRKNS-------S
..... .:::: ::. . ....: . ::.. : .:: ::::: : .
NP_001 RMSVMVNSSDST-LSLGPFIHQSNELPVNSHGSFSHSHTPLDKLIGKKRKCSPSSSSINN
790 800 810 820 830 840
760 770 780 790 800 810
pF1KSD SSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSLLAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSL--ALSQSSPSS--
:::: :..:.:..:.:: :. .. . .::. .: .. : ..: .::.:
NP_001 SSSKPTKVAKVPAVNNVHMKHTGTI-PGAQGLMNSSLLHQDISSPCLRTGISATSPQSPD
850 860 870 880 890 900
820 830
pF1KSD ISSPGHSRQNTNRTGRIRTLP
..: : : : :::
NP_001 LKSKGTSLTAENSTGRNNADTFEDKLHLHSALWTPRCL
910 920 930 940
>>NP_000324 (OMIM: 164500,607640) ataxin-7 isoform a [Ho (892 aa)
initn: 1326 init1: 418 opt: 1499 Z-score: 881.5 bits: 174.2 E(85289): 2.3e-42
Smith-Waterman score: 1715; 40.7% identity (64.8% similar) in 835 aa overlap (1-781:75-873)
10 20
pF1KSD MATLD--RKVPSPEAFLGKPWSSWIDAAKL
:::. : .::::..::. :. :..:.::
NP_000 PQRQQHPPPPPRRTRPEDGGPGAASTSAAAMATVGERRPLPSPEVMLGQSWNLWVEASKL
50 60 70 80 90 100
30 40 50 60 70 80
pF1KSD HCSDNVDLEEAGKEGGKSREVMRLNKEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQS
.:...:.:. :: ::.:::: : .::: .:: :::::::::::. ::::::::.:::
NP_000 PGKDGTELDESFKEFGKNREVMGLCREDMPIFGFCPAHDDFYLVVCNDCNQVVKPQAFQS
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130
pF1KSD HCERRHGSMCRPSPSPVSPAS--NPRTSLVQVK-------TKACLSGHHSASSTS-KPFK
: ::::.: .: : : :.: . :: . : ... .: ::::.: : .:
NP_000 HYERRHSSSSKP-PLAVPPTSVFSFFPSLSKSKGGSASGSNRSSSGGVLSASSSSSKLLK
170 180 190 200 210 220
140 150 160 170 180 190
pF1KSD TPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSR-DKPCVPVPVVSLEKI-PNLVKADGANVKMNSTTTTA
.::..: .. . . : . :: . . .: :..::: : : ::. .: :
NP_000 SPKEKLQLRGNTR-PMHPIQQSRVPHGRIMTPSVKVEKIHP---KMDGTLLKSAVGPTCP
230 240 250 260 270
200 210 220 230 240 250
pF1KSD VSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKSVPPSPEKILNGKGI-LPTTIDKKHQNGTKNSNKPY
...:: . ... : . ::.: ::: .::::::. : :..:: .....: .
NP_000 ATVSSLVKPGLNCPSIPKPTL------PSPGQILNGKGLPAPPTLEKKPEDNSNNRKFLN
280 290 300 310 320 330
260 270 280 290 300 310
pF1KSD RRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPCTRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKS
.:::::::::. ::::.: .::::::::::::::::..:::: ::.:.::.:::::: :.
NP_000 KRLSEREFDPDIHCGVIDLDTKKPCTRSLTCKTHSLTQRRAVQGRRKRFDVLLAEHKNKT
340 350 360 370 380 390
320 330 340 350 360 370
pF1KSD REKEV---KDKEHLLTSTREILPSQSGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLP
::::. :... :. :. .:. . : : : .: .: . ::
NP_000 REKELIRHPDSQQPPQPLRDPHPAPPRTSQEPHQNPHGVIPSESKPFVASKPKPHTPSLP
400 410 420 430 440 450
380 390 400 410 420
pF1KSD RPSS--ANSISSSTSSNHSGH-TPEPPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADES-EKLDCQF
:: . :.. .:. . : .:.:::: . . ::::::.::: : .:: :::::..
NP_000 RPPGCPAQQGGSAPIDPPPVHESPHPPLPAT--EPASRLSSEEGEGDDKEESVEKLDCHY
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KSD STHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVFDRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADSPL
: :::.: .::.:::: .:::::::: ::.:.: ::: :::::::.:.:::::: .
NP_000 SGHHPQPASFCTFGSRQIGRGYYVFDSRWNRLRCALNLMVEKHLNAQLWKKIPP-----V
520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PSPAAHITTPVPASVLQ-PFSNPSAVYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPS
:: .. :.: .: . . : :. .. :: .: .: :: ...:. .: :. .
NP_000 PSTTSPISTRIPHRTNSVPTSQCGVSYLAAATVS---TSPVLLSSTCIS-------PNSK
570 580 590 600 610
550 560 570 580 590
pF1KSD ALMSHTTAFPHVAATLSIMD-----------STFKAPSAVSPIPAVIPSP-SHKPSKTKT
.. .: :.. :. . :: :. ..::. : . .: :: :.::.: :.
NP_000 SVPAHGTTLNAQPAASGAMDPVCSMQSRQVSSSSSSPSTPSGLSSVPSSPMSRKPQKLKS
620 630 640 650 660 670
600 610 620 630 640
pF1KSD SKSSKVKDLS---------TRSDESPSNKKRKPQSST---SSSSSSSSSSLQTSLSSPLS
::: . :. : . : . :.:::: .: :::::::::: . :. :
NP_000 SKSLRPKESSGNSTNCQNASSSTSGGSGKKRKNSSPLLVHSSSSSSSSSSSSHSMES---
680 690 700 710 720 730
650 660 670 680 690 700
pF1KSD GPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYNSLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRTSLPGGPADIVR
.:::: ... : .. .:.... .: .. .... . ::: :.::. ..
NP_000 --FRKNCVAHSGPPYPS--TVTSSHSIGLNCVTNKANAVNVRHDQSGRGPPTGSPAESIK
740 750 760 770 780
710 720 730 740 750
pF1KSD QVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGDLSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKRKNS-------S
..... .:::: ::. . ....: . ::.. : .:: ::::: : .
NP_000 RMSVMVNSSDST-LSLGPFIHQSNELPVNSHGSFSHSHTPLDKLIGKKRKCSPSSSSINN
790 800 810 820 830 840
760 770 780 790 800 810
pF1KSD SSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSLLAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSLALSQSSPSSISSP
:::: :..:.:..:.:: :. ..
NP_000 SSSKPTKVAKVPAVNNVHMKHTGTIPGAQGLMNSSLLHQPKARP
850 860 870 880 890
>>NP_001121621 (OMIM: 164500,607640) ataxin-7 isoform c (747 aa)
initn: 922 init1: 399 opt: 1273 Z-score: 752.1 bits: 150.0 E(85289): 3.7e-35
Smith-Waterman score: 1343; 38.1% identity (62.7% similar) in 750 aa overlap (84-781:15-728)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KEDMHLFGHYPAHDDFYLVVCSACNQVVKPQVFQSHCERRHGSMCRPSPSPVSPAS--NP
: ... ::::.: .: : : :.: .
NP_001 MEGSKTPLQSSPSAQELKAPLERRHSSSSKP-PLAVPPTSVFSF
10 20 30 40
120 130 140 150 160
pF1KSD RTSLVQVK-------TKACLSGHHSASSTS-KPFKTPKDNLLTSSSKQHTVFPAKGSR-D
:: . : ... .: ::::.: : .:.::..: .. . . : . ::
NP_001 FPSLSKSKGGSASGSNRSSSGGVLSASSSSSKLLKSPKEKLQLRGNTR-PMHPIQQSRVP
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KSD KPCVPVPVVSLEKI-PNLVKADGANVKMNSTTTTAVSASSTSSSAVSTPPLIKPVLMSKS
. . .: :..::: : : ::. .: : ...:: . ... : . ::.:
NP_001 HGRIMTPSVKVEKIHP---KMDGTLLKSAVGPTCPATVSSLVKPGLNCPSIPKPTL----
110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KSD VPPSPEKILNGKGI-LPTTIDKKHQNGTKNSNKPYRRLSEREFDPNKHCGVLDPETKKPC
::: .::::::. : :..:: .....: . .:::::::::. ::::.: .:::::
NP_001 --PSPGQILNGKGLPAPPTLEKKPEDNSNNRKFLNKRLSEREFDPDIHCGVIDLDTKKPC
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330
pF1KSD TRSLTCKTHSLSHRRAVPGRKKQFDLLLAEHKAKSREKEV---KDKEHLLTSTREILPSQ
:::::::::::..:::: ::.:.::.:::::: :.::::. :... :. :.
NP_001 TRSLTCKTHSLTQRRAVQGRRKRFDVLLAEHKNKTREKELIRHPDSQQPPQPLRDPHPAP
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KSD SGPAQDSLLGSSGSSGPEPKVASPAKSRPPNSVLPRPSS--ANSISSSTSSNHSGH-TPE
.:. . : : : .: .: . :::: . :.. .:. . : .:.
NP_001 PRTSQEPHQNPHGVIPSESKPFVASKPKPHTPSLPRPPGCPAQQGGSAPIDPPPVHESPH
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KSD PPLPPVGGDLASRLSSDEGEMDGADES-EKLDCQFSTHHPRPLAFCSFGSRLMGRGYYVF
:::: . . ::::::.::: : .:: :::::..: :::.: .::.:::: .:::::::
NP_001 PPLPAT--EPASRLSSEEGEGDDKEESVEKLDCHYSGHHPQPASFCTFGSRQIGRGYYVF
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KSD DRRWDRFRFALNSMVEKHLNSQMWKKIPPAADSPLPSPAAHITTPVPASVLQ-PFSNPSA
: ::.:.: ::: :::::::.:.::::: :.:: .. :.: .: . . : :. ..
NP_001 DSRWNRLRCALNLMVEKHLNAQLWKKIP-----PVPSTTSPISTRIPHRTNSVPTSQCGV
400 410 420 430 440
520 530 540 550 560
pF1KSD VYLPSAPISSRLTSSYIMTSAMLSNAAFVTSPDPSALMSHTTAFPHVAATLSIMD-----
:: .: .: :: ...:. .: :. ... .: :.. :. . ::
NP_001 SYLAAATVS---TSPVLLSSTCIS-------PNSKSVPAHGTTLNAQPAASGAMDPVCSM
450 460 470 480 490
570 580 590 600 610
pF1KSD ------STFKAPSAVSPIPAVIPSP-SHKPSKTKTSKSSKVKDLS---------TRSDES
:. ..::. : . .: :: :.::.: :.::: . :. : . : .
NP_001 QSRQVSSSSSSPSTPSGLSSVPSSPMSRKPQKLKSSKSLRPKESSGNSTNCQNASSSTSG
500 510 520 530 540 550
620 630 640 650 660
pF1KSD PSNKKRKPQSST---SSSSSSSSSSLQTSLSSPLSGPHKKNCVLNASSALNSYQAAPPYN
:.:::: .: :::::::::: . :. : .:::: ... : .. .
NP_001 GSGKKRKNSSPLLVHSSSSSSSSSSSSHSMES-----FRKNCVAHSGPPYPS--TVTSSH
560 570 580 590 600
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SLSVHNSNNGVSPLSAKLEPSGRTSLPGGPADIVRQVGAVGGSSDSCPLSVPSLALHAGD
:.... .: .. .... . ::: :.::. ....... .:::: ::. . ....
NP_001 SIGLNCVTNKANAVNVRHDQSGRGPPTGSPAESIKRMSVMVNSSDST-LSLGPFIHQSNE
610 620 630 640 650 660
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LSLASHNAVSSLPLSFDKSEGKKRKNS-------SSSSKACKITKMPGMNSVHKKNPPSL
: . ::.. : .:: ::::: : .:::: :..:.:..:.:: :. ..
NP_001 LPVNSHGSFSHSHTPLDKLIGKKRKCSPSSSSINNSSSKPTKVAKVPAVNNVHMKHTGTI
670 680 690 700 710 720
790 800 810 820 830
pF1KSD LAPVPDPVNSTSSRQVGKNSSLALSQSSPSSISSPGHSRQNTNRTGRIRTLP
NP_001 PGAQGLMNSSLLHQPKARP
730 740
833 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 05:26:25 2016 done: Thu Nov 3 05:26:27 2016
Total Scan time: 15.180 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]