Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1242
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1242, 493 aa
1>>>pF1KSDA1242 493 - 493 aa - 493 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4569+/-0.00117; mu= 7.4695+/- 0.069
mean_var=148.5769+/-31.790, 0's: 0 Z-trim(106.9): 145 B-trim: 201 in 1/50
Lambda= 0.105220
statistics sampled from 9087 (9272) to 9087 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.285), width: 16
Scan time: 3.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12109.1 FZR1 gene_id:51343|Hs108|chr19 ( 493) 3300 513.3 2.4e-145
CCDS45916.1 FZR1 gene_id:51343|Hs108|chr19 ( 496) 3284 510.9 1.3e-144
CCDS45917.1 FZR1 gene_id:51343|Hs108|chr19 ( 404) 1856 294.1 2e-79
CCDS484.1 CDC20 gene_id:991|Hs108|chr1 ( 499) 1094 178.5 1.5e-44
CCDS54852.1 CDC20B gene_id:166979|Hs108|chr5 ( 519) 731 123.4 6.1e-28
CCDS3966.1 CDC20B gene_id:166979|Hs108|chr5 ( 515) 720 121.7 1.9e-27
CCDS47207.1 CDC20B gene_id:166979|Hs108|chr5 ( 477) 479 85.1 1.9e-16
>>CCDS12109.1 FZR1 gene_id:51343|Hs108|chr19 (493 aa)
initn: 3300 init1: 3300 opt: 3300 Z-score: 2723.0 bits: 513.3 E(32554): 2.4e-145
Smith-Waterman score: 3300; 100.0% identity (100.0% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDQDYERRLLRQIVIQNENTMPRVTEMRRTLTPASSPVSSPSKHGDRFIPSRAGANWSVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MDQDYERRLLRQIVIQNENTMPRVTEMRRTLTPASSPVSSPSKHGDRFIPSRAGANWSVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FHRINENEKSPSQNRKAKDATSDNGKDGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FHRINENEKSPSQNRKAKDATSDNGKDGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD APELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 APELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD IAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTK
430 440 450 460 470 480
490
pF1KSD ESVSVLNLFTRIR
:::::::::::::
CCDS12 ESVSVLNLFTRIR
490
>>CCDS45916.1 FZR1 gene_id:51343|Hs108|chr19 (496 aa)
initn: 3286 init1: 3225 opt: 3284 Z-score: 2709.9 bits: 510.9 E(32554): 1.3e-144
Smith-Waterman score: 3284; 99.4% identity (99.4% similar) in 496 aa overlap (1-493:1-496)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDQDYERRLLRQIVIQNENTMPRVTEMRRTLTPASSPVSSPSKHGDRFIPSRAGANWSVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MDQDYERRLLRQIVIQNENTMPRVTEMRRTLTPASSPVSSPSKHGDRFIPSRAGANWSVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FHRINENEKSPSQNRKAKDATSDNGKDGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FHRINENEKSPSQNRKAKDATSDNGKDGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD APELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 APELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD IAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTK
430 440 450 460 470 480
490
pF1KSD ---ESVSVLNLFTRIR
:::::::::::::
CCDS45 VKWESVSVLNLFTRIR
490
>>CCDS45917.1 FZR1 gene_id:51343|Hs108|chr19 (404 aa)
initn: 1856 init1: 1856 opt: 1856 Z-score: 1539.6 bits: 294.1 E(32554): 2e-79
Smith-Waterman score: 2518; 81.9% identity (81.9% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDQDYERRLLRQIVIQNENTMPRVTEMRRTLTPASSPVSSPSKHGDRFIPSRAGANWSVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MDQDYERRLLRQIVIQNENTMPRVTEMRRTLTPASSPVSSPSKHGDRFIPSRAGANWSVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FHRINENEKSPSQNRKAKDATSDNGKDGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FHRINENEKSPSQNRKAKDATSDNGKDGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLD
:::::::::
CCDS45 TPEKKGLFT---------------------------------------------------
190 200 210 220 230 240
pF1KSD APELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER
::::::::::::::::::::::
CCDS45 --------------------------------------VTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER
130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRT
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKA
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KSD IAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGY
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTK
340 350 360 370 380 390
490
pF1KSD ESVSVLNLFTRIR
:::::::::::::
CCDS45 ESVSVLNLFTRIR
400
>>CCDS484.1 CDC20 gene_id:991|Hs108|chr1 (499 aa)
initn: 1157 init1: 490 opt: 1094 Z-score: 913.2 bits: 178.5 E(32554): 1.5e-44
Smith-Waterman score: 1113; 41.3% identity (67.2% similar) in 458 aa overlap (29-473:58-473)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDQDYERRLLRQIVIQNENTMPRVTEMRRTLTPASSPV-SSPSKHG-DRFIPSRAGAN
:: .:: : ..::: : ::.:: :..:.
CCDS48 WQRKAKEAAGPAPSPMRAANRSHSAGRTPGRTPGKSSSKVQTTPSKPGGDRYIPHRSAAQ
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100
pF1KSD WSVNFHRIN-----ENEKSPSQNRKAKD-ATSDNGKDGLAYSALLKNELLGAGIEKVQD-
: .. :: ..:..... : : . :: : . . .:. : : : :.
CCDS48 MEVASFLLSKENQPENSQTPTKKEHQKAWALNLNGFD-VEEAKILR--LSG----KPQNA
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KSD PQTEDRRLQPSTPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKLLRSPRKPTR
:. . ::. : .....: : :: :
CCDS48 PEGYQNRLK------------VLYSQKATPG----------------------SSRKTCR
150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KSD KISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEG
: ..: ..:::::...:.::::::::: :::.:.: . :::::: .... .: .. :
CCDS48 YIPSLPDRILDAPEIRNDYYLNLVDWSSGNVLAVALDNSVYLWSASSGDILQLLQMEQPG
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD DSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSR
. ..::.: ..:: .:::: .. ::.::. :.: . .:.::::.:.::. ::::::
CCDS48 EYISSVAWIKEGNYLAVGTSSAEVQLWDVQQQKRLRNMTSHSARVGSLSWNSYILSSGSR
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KSD DRMILQRDIRTPPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVW----NHSSL
. : ..:.:. . :.:: ::::::.:. : . :::::::: . :: ....
CCDS48 SGHIHHHDVRVAE-HHVATLSGHSQEVCGLRWAPDGRHLASGGNDNLVNVWPSAPGEGGW
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KSD SPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNL
:.: .:.: .::::.:: : : ..::.::::.:: ::.::. .: :. .:. ::::..
CCDS48 VPLQTFTQHQGAVKAVAWCPWQSNVLATGGGTSDRHIRIWNVCSGACLSAVDAHSQVCSI
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KSD AWSKHANELVSTHGYSQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDE
:: : .::.: ::..:::...::::....::.: ::. ::: :.::::: .....:.::
CCDS48 LWSPHYKELISGHGFAQNQLVIWKYPTMAKVAELKGHTSRVLSLTMSPDGATVASAAADE
410 420 430 440 450 460
470 480 490
pF1KSD TLRFWNVFSKTRSTKESVSVLNLFTRIR
:::.: :
CCDS48 TLRLWRCFELDPARRREREKASAAKSSLIHQGIR
470 480 490
>>CCDS54852.1 CDC20B gene_id:166979|Hs108|chr5 (519 aa)
initn: 710 init1: 323 opt: 731 Z-score: 615.1 bits: 123.4 E(32554): 6.1e-28
Smith-Waterman score: 731; 37.1% identity (68.0% similar) in 294 aa overlap (184-473:228-519)
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWS
:..:.:::..::: :.....::. ::.:.
CCDS54 GVRDESFHLKSSGDINDSILQPEVKIHITGLRNDYYLNILDWSFQNLVAIALGSAVYIWN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTAR
. . . . :::. . ..::.: ..:. .:::: .: ::.::... :.: . :: .
CCDS54 GENHNGIENIDLSLTCNYISSVSWIKEGTCLAVGTSEGEVQLWDVVTKKRLRNMLGHLSV
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGN
::::.:: :::::: . ..:.:. : . :.: ::.:::: : .::.:: .
CCDS54 VGALSWNHFILSSGSRLGRVYHHDVRVA--QHHVGTLRHKQAVCALKWSPDGRLLSSGCS
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380
pF1KSD DNKLLVWNHSSLSPVQ----QYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLT
:. : .: :. . .: . . .::::. : : : :.:: ::: : ... . .
CCDS54 DGLLTIWPHDPGASAQGQPLKVITQSTAVKAMDWCPWQSGVLAIGGGMKDGRLHILDINA
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KSD GQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYL
:. .: .:.::.:.: : ...:... .: .:.. :: :.... . . :: :::.:
CCDS54 GKSIQTPSTNSQICSLIWLPKTKEIATGQGTPKNDVTVWTCPTVSRSGGFFGHRGRVLHL
440 450 460 470 480 490
450 460 470 480 490
pF1KSD AMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTKESVSVLNLFTRIR
..::: . ..:.: : :: .
CCDS54 SLSPDQTRVFSAAADGTASVWNCY
500 510
>>CCDS3966.1 CDC20B gene_id:166979|Hs108|chr5 (515 aa)
initn: 635 init1: 323 opt: 720 Z-score: 606.2 bits: 121.7 E(32554): 1.9e-27
Smith-Waterman score: 720; 37.1% identity (67.7% similar) in 294 aa overlap (184-473:228-515)
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWS
:..:.:::..::: :.....::. ::.:.
CCDS39 GVRDESFHLKSSGDINDSILQPEVKIHITGLRNDYYLNILDWSFQNLVAIALGSAVYIWN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTAR
. . . . :::. . ..::.: ..:. .:::: .: ::.::... :.: . :: .
CCDS39 GENHNGIENIDLSLTCNYISSVSWIKEGTCLAVGTSEGEVQLWDVVTKKRLRNMLGHLSV
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGN
::::.:: :::::: . ..:.:. : . :.: ::.:::: : .::.:: .
CCDS39 VGALSWNHFILSSGSRLGRVYHHDVRVA--QHHVGTLRHKQAVCALKWSPDGRLLSSGCS
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380
pF1KSD DNKLLVWNHSSLSPVQ----QYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLT
:. : .: :. . .: . . .::::. : : : :.:: ::: : ... . .
CCDS39 DGLLTIWPHDPGASAQGQPLKVITQSTAVKAMDWCPWQSGVLAIGGGMKDGRLHILDINA
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KSD GQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYL
:. .: .:.::.:.: : ...:... .: .:.. :: :.... .:: :::.:
CCDS39 GKSIQTPSTNSQICSLIWLPKTKEIATGQGTPKNDVTVWTCPTVSR----SGHRGRVLHL
440 450 460 470 480 490
450 460 470 480 490
pF1KSD AMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTKESVSVLNLFTRIR
..::: . ..:.: : :: .
CCDS39 SLSPDQTRVFSAAADGTASVWNCY
500 510
>>CCDS47207.1 CDC20B gene_id:166979|Hs108|chr5 (477 aa)
initn: 559 init1: 323 opt: 479 Z-score: 408.9 bits: 85.1 E(32554): 1.9e-16
Smith-Waterman score: 580; 33.6% identity (61.0% similar) in 292 aa overlap (184-473:228-477)
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVGLGTCVYLWS
:..:.:::..::: :.....::. ::.:.
CCDS47 GVRDESFHLKSSGDINDSILQPEVKIHITGLRNDYYLNILDWSFQNLVAIALGSAVYIWN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTAR
. . . . :::. . ..::.: ..:. .:::: .: ::.::... :.: . :: .
CCDS47 GENHNGIENIDLSLTCNYISSVSWIKEGTCLAVGTSEGEVQLWDVVTKKRLRNMLGHLSV
260 270 280 290 300 310
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