Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1253
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1253, 453 aa
1>>>pF1KSDA1253 453 - 453 aa - 453 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8344+/-0.00102; mu= 20.4154+/- 0.061
mean_var=68.0729+/-13.769, 0's: 0 Z-trim(104.4): 24 B-trim: 48 in 2/46
Lambda= 0.155449
statistics sampled from 7868 (7883) to 7868 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.598), E-opt: 0.2 (0.242), width: 16
Scan time: 2.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5125.1 SERINC1 gene_id:57515|Hs108|chr6 ( 453) 3064 696.5 1.5e-200
CCDS30662.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1 ( 455) 1792 411.2 1.1e-114
CCDS55585.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1 ( 459) 1753 402.5 4.8e-112
CCDS55584.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1 ( 459) 1749 401.6 8.9e-112
CCDS55583.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1 ( 464) 1749 401.6 9e-112
CCDS13333.1 SERINC3 gene_id:10955|Hs108|chr20 ( 473) 1341 310.1 3.2e-84
CCDS54874.1 SERINC5 gene_id:256987|Hs108|chr5 ( 461) 1124 261.4 1.4e-69
CCDS83009.1 SERINC5 gene_id:256987|Hs108|chr5 ( 420) 1006 234.9 1.2e-61
CCDS58360.1 SERINC4 gene_id:619189|Hs108|chr15 ( 518) 696 165.5 1.2e-40
>>CCDS5125.1 SERINC1 gene_id:57515|Hs108|chr6 (453 aa)
initn: 3064 init1: 3064 opt: 3064 Z-score: 3714.1 bits: 696.5 E(32554): 1.5e-200
Smith-Waterman score: 3064; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIPG
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CCDS51 MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD MEEQLNKIPGFCENEKGVVPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVKSSSDPRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 MEEQLNKIPGFCENEKGVVPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVKSSSDPRAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLIDFAHSWNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 VHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLIDFAHSWNE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAFISVNMLLC
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CCDS51 SWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAFISVNMLLC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLLSIIGYNTT
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CCDS51 VGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLLSIIGYNTT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD STVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSDESTLIEDGGAR
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CCDS51 STVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSDESTLIEDGGAR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYRYEPSREMKSQW
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CCDS51 SDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYRYEPSREMKSQW
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KSD TAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 TAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
430 440 450
>>CCDS30662.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1 (455 aa)
initn: 1799 init1: 909 opt: 1792 Z-score: 2172.4 bits: 411.2 E(32554): 1.1e-114
Smith-Waterman score: 1792; 54.7% identity (79.7% similar) in 459 aa overlap (1-452:1-454)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIPG
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CCDS30 MGACLGACSLLSCASCLCGSAPCILCSCCPASRNSTVSRLIFTFFLFLGVLVSIIMLSPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KSD MEEQLNKIPGFCENEKGV-------VPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVKS
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CCDS30 VESQLYKLPWVCEEGAGIPTVLQGHIDCGSLLGYRAVYRMCFATAAFFFFFTLLMLCVSS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD SSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLID
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CCDS30 SRDPRAAIQNGFWFFKFLILVGLTVGAFYIPDGSFTNIWFYFGVVGSFLFILIQLVLLID
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD FAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAFI
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CCDS30 FAHSWNQRWLGKAEECDSRAWYAGLFFFTLLFYLLSIAAVALMFMYYTEPSGCHEGKVFI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD SVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLLS
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CCDS30 SLNLTFCVCVSIAAVLPKVQDAQPNSGLLQASVITLYTMFVTWSALSSIPEQKCNPHLPT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD IIGYNTTSTVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSDESTL
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CCDS30 QLGNETVVAGP-EGYETQWWDAPSIVGLIIFLLCTLFISLRSSDHRQVNSLMQTEECPPM
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD IEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYRYEPS
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CCDS30 LDATQQQQQVAACEG----RAFDNEQDGVTYSYSFFHFCLVLASLHVMMTLTNWYKPGET
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450
pF1KSD REMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
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CCDS30 RKMISTWTAVWVKICASWAGLLLYLWTLVAPLLLRNRDFS
420 430 440 450
>>CCDS55585.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1 (459 aa)
initn: 1756 init1: 909 opt: 1753 Z-score: 2125.1 bits: 402.5 E(32554): 4.8e-112
Smith-Waterman score: 1753; 54.2% identity (79.4% similar) in 452 aa overlap (8-452:12-458)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVM
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CCDS55 MGAEGAPDFLSCPRVRRASCLCGSAPCILCSCCPASRNSTVSRLIFTFFLFLGVLVSIIM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KSD LIPGMEEQLNKIPGFCENEKGV-------VPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMI
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CCDS55 LSPGVESQLYKLPWVCEEGAGIPTVLQGHIDCGSLLGYRAVYRMCFATAAFFFFFTLLML
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD KVKSSSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLV
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CCDS55 CVSSSRDPRAAIQNGFWFFKFLILVGLTVGAFYIPDGSFTNIWFYFGVVGSFLFILIQLV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LLIDFAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSEN
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CCDS55 LLIDFAHSWNQRWLGKAEECDSRAWYAGLFFFTLLFYLLSIAAVALMFMYYTEPSGCHEG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KSD KAFISVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNP
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CCDS55 KVFISLNLTFCVCVSIAAVLPKVQDAQPNSGLLQASVITLYTMFVTWSALSSIPEQKCNP
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD SLLSIIGYNTTSTVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSD
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CCDS55 HLPTQLGNETVVAGP-EGYETQWWDAPSIVGLIIFLLCTLFISLRSSDHRQVNSLMQTEE
310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD ESTLIEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYR
... ... . .: :: :::.:::::::::::: : ::::..::::::::.
CCDS55 CPPMLDATQQQQQVAACEG----RAFDNEQDGVTYSYSFFHFCLVLASLHVMMTLTNWYK
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KSD YEPSREMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
.:.: : :::::::: .:: :..::.:::::::.: ::::
CCDS55 PGETRKMISTWTAVWVKICASWAGLLLYLWTLVAPLLLRNRDFS
420 430 440 450
>>CCDS55584.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1 (459 aa)
initn: 1756 init1: 909 opt: 1749 Z-score: 2120.2 bits: 401.6 E(32554): 8.9e-112
Smith-Waterman score: 1749; 55.0% identity (80.4% similar) in 444 aa overlap (16-452:20-458)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVM
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CCDS55 MRSMRLREEESPGPSHTASCLCGSAPCILCSCCPASRNSTVSRLIFTFFLFLGVLVSIIM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KSD LIPGMEEQLNKIPGFCENEKGV-------VPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMI
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CCDS55 LSPGVESQLYKLPWVCEEGAGIPTVLQGHIDCGSLLGYRAVYRMCFATAAFFFFFTLLML
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD KVKSSSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLV
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CCDS55 CVSSSRDPRAAIQNGFWFFKFLILVGLTVGAFYIPDGSFTNIWFYFGVVGSFLFILIQLV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LLIDFAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSEN
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CCDS55 LLIDFAHSWNQRWLGKAEECDSRAWYAGLFFFTLLFYLLSIAAVALMFMYYTEPSGCHEG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KSD KAFISVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNP
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CCDS55 KVFISLNLTFCVCVSIAAVLPKVQDAQPNSGLLQASVITLYTMFVTWSALSSIPEQKCNP
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD SLLSIIGYNTTSTVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSD
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CCDS55 HLPTQLGNETVVAGP-EGYETQWWDAPSIVGLIIFLLCTLFISLRSSDHRQVNSLMQTEE
310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD ESTLIEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYR
... ... . .: :: :::.:::::::::::: : ::::..::::::::.
CCDS55 CPPMLDATQQQQQVAACEG----RAFDNEQDGVTYSYSFFHFCLVLASLHVMMTLTNWYK
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KSD YEPSREMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
.:.: : :::::::: .:: :..::.:::::::.: ::::
CCDS55 PGETRKMISTWTAVWVKICASWAGLLLYLWTLVAPLLLRNRDFS
420 430 440 450
>>CCDS55583.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1 (464 aa)
initn: 1756 init1: 909 opt: 1749 Z-score: 2120.2 bits: 401.6 E(32554): 9e-112
Smith-Waterman score: 1749; 55.0% identity (80.4% similar) in 444 aa overlap (16-452:25-463)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVC
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CCDS55 MDGRMMRSMRLREEESPGPSHTASCLCGSAPCILCSCCPASRNSTVSRLIFTFFLFLGVL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KSD VACVMLIPGMEEQLNKIPGFCENEKGV-------VPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLL
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CCDS55 VSIIMLSPGVESQLYKLPWVCEEGAGIPTVLQGHIDCGSLLGYRAVYRMCFATAAFFFFF
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD SLLMIKVKSSSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFI
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CCDS55 TLLMLCVSSSRDPRAAIQNGFWFFKFLILVGLTVGAFYIPDGSFTNIWFYFGVVGSFLFI
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LIQLVLLIDFAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPA
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CCDS55 LIQLVLLIDFAHSWNQRWLGKAEECDSRAWYAGLFFFTLLFYLLSIAAVALMFMYYTEPS
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KSD SCSENKAFISVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPE
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CCDS55 GCHEGKVFISLNLTFCVCVSIAAVLPKVQDAQPNSGLLQASVITLYTMFVTWSALSSIPE
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD TNCNPSLLSIIGYNTTSTVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKL
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CCDS55 QKCNPHLPTQLGNETVVAGP-EGYETQWWDAPSIVGLIIFLLCTLFISLRSSDHRQVNSL
310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD TLTSDESTLIEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTL
: . ... ... . .: :: :::.:::::::::::: : ::::..::::
CCDS55 MQTEECPPMLDATQQQQQVAACEG----RAFDNEQDGVTYSYSFFHFCLVLASLHVMMTL
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KSD TNWYRYEPSREMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
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CCDS55 TNWYKPGETRKMISTWTAVWVKICASWAGLLLYLWTLVAPLLLRNRDFS
420 430 440 450 460
>>CCDS13333.1 SERINC3 gene_id:10955|Hs108|chr20 (473 aa)
initn: 1685 init1: 1040 opt: 1341 Z-score: 1625.6 bits: 310.1 E(32554): 3.2e-84
Smith-Waterman score: 1859; 59.2% identity (82.5% similar) in 473 aa overlap (1-452:1-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIPG
::.:::. :.:::.::::..: :::: :::...::::::::::..::... :. .:
CCDS13 MGAVLGVFSLASWVPCLCSGASCLLCSCCPNSKNSTVTRLIYAFILLLSTVVSYIMQRKE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KSD MEEQLNKIPGFCE-----NEKGVVP---CNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVK
:: :.::::::: .: . :..:::::::::. :..:.:....::::.:::
CCDS13 METYLKKIPGFCEGGFKIHEADINADKDCDVLVGYKAVYRISFAMAIFFFVFSLLMFKVK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD SSSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLI
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CCDS13 TSKDLRAAVHNGFWFFKIAALIGIMVGSFYIPGGYFSSVWFVVGMIGAALFILIQLVLLV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD DFAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAF
:::::::::::..::::: : ::::::: :. :.::.. . :...:::.: .:.::: :
CCDS13 DFAHSWNESWVNRMEEGNPRLWYAALLSFTSAFYILSIICVGLLYTYYTKPDGCTENKFF
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ISVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLL
::.:..::: ::..:: ::::: ::::::::::.::.::::::::::.:::. .:::.:.
CCDS13 ISINLILCVVASIISIHPKIQEHQPRSGLLQSSLITLYTMYLTWSAMSNEPDRSCNPNLM
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KSD SIIGY---------NTTSTVPKE---GQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]