Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1269
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1269, 530 aa
1>>>pF1KSDA1269 530 - 530 aa - 530 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5491+/-0.000875; mu= 4.1345+/- 0.052
mean_var=181.9305+/-36.739, 0's: 0 Z-trim(112.2): 31 B-trim: 9 in 1/52
Lambda= 0.095087
statistics sampled from 12949 (12966) to 12949 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.398), width: 16
Scan time: 3.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13528.1 GMEB2 gene_id:26205|Hs108|chr20 ( 530) 3426 482.3 5.9e-136
CCDS328.1 GMEB1 gene_id:10691|Hs108|chr1 ( 563) 695 107.7 3.7e-23
CCDS327.1 GMEB1 gene_id:10691|Hs108|chr1 ( 573) 684 106.2 1.1e-22
>>CCDS13528.1 GMEB2 gene_id:26205|Hs108|chr20 (530 aa)
initn: 3426 init1: 3426 opt: 3426 Z-score: 2554.4 bits: 482.3 E(32554): 5.9e-136
Smith-Waterman score: 3426; 99.6% identity (99.8% similar) in 530 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAAIGDDTFTFWRGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAAIGDDTFTFWRGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPSTVLGKGSLQAPPA
:::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LARATSGPAAMASQVLTQSAQLALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPSTVLGKGSLQAPPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTVFKVVSPLQLLTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTVFKVVSPLQLLTL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KSD PGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
490 500 510 520 530
>>CCDS328.1 GMEB1 gene_id:10691|Hs108|chr1 (563 aa)
initn: 1232 init1: 602 opt: 695 Z-score: 529.2 bits: 107.7 E(32554): 3.7e-23
Smith-Waterman score: 1269; 41.8% identity (71.0% similar) in 541 aa overlap (1-512:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
::. .::: . .:::: : . .: . : .:: .. .: : . : . .:: .:.
CCDS32 MANAEVSVPVGDVVVV--PTEGNEGENPEDTKTQVIL-QLQPVQQGIYEAG--SENNTAV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
.:. . ...:.. . : .:.. ::.::::::.:.: :.:.::::::::::::..
CCDS32 VAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPGINVKCVKF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
....::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..:::::::::::::::::.
CCDS32 NDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCSNTCRSTKF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KSD DL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA---------
:: :.::. . : . . ::..:: . . .:. :. :. : .:..:
CCDS32 DLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSALTAAVTMAT
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KSD ----------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDA
:..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. . :.:. ::
CCDS32 EEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQAPFQVTDA
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQ
..:::....::..: ::::: ... :.....::. :. ::.: .:....... . :::
CCDS32 AVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQGQDHRLKSQ
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD HLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPL
..::. : ::: : : ::::: : ::. . ::. : :: . . .: .:.
CCDS32 TVQNVV--LMPVSTPKPPKRPRLQR----PAS--TTVLSPSPPVQQPQFTVISPITITPV
360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLT
:. : ..: ..:..:: . . :..: : : ::..:. :. :.:: ::: .:::.
CCDS32 GQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTIHP-SSSLA
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KSD VLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGP
.::..:.:::::. .:::..:... :: ..: : ..: ..::. . :: :
CCDS32 LLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEID--PAPDP
470 480 490 500 510 520
520 530
pF1KSD EEHTATIEVAAMAEDHERK
:
CCDS32 EAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
530 540 550 560
>>CCDS327.1 GMEB1 gene_id:10691|Hs108|chr1 (573 aa)
initn: 1232 init1: 602 opt: 684 Z-score: 521.0 bits: 106.2 E(32554): 1.1e-22
Smith-Waterman score: 1258; 41.5% identity (70.7% similar) in 549 aa overlap (1-512:1-531)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAP--HG----GDLTEDNME-
::. .::: . .:::: : . .: . : .:: .. .: : .: : . . .:
CCDS32 MANAEVSVPVGDVVVV--PTEGNEGENPEDTKTQVIL-QLQPVQQGLFIDGHFYNRIYEA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD -TENAAAAAAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPG
.:: .:..:. . ...:.. . : .:.. ::.::::::.:.: :.:.::::::
CCDS32 GSENNTAVVAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD INVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCS
::::::......::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..::::::::::
CCDS32 INVKCVKFNDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KSD NTCRSTKIDL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA-
:::::::.:: :.::. . : . . ::..:: . . .:. :. :. : .:..:
CCDS32 NTCRSTKFDLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSAL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KSD ------------------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQD
:..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. .
CCDS32 TAAVTMATEEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQ
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KSD PPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRA
:.:. ::..:::....::..: ::::: ... :.....::. :. ::.: .:.....
CCDS32 APFQVTDAAVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQG
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD KELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPV
.. . ::: ..::. : ::: : : ::::: : ::. . ::. : :: . .
CCDS32 QDHRLKSQTVQNVV--LMPVSTPKPPKRPRLQR----PAS--TTVLSPSPPVQQPQFTVI
360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KSD PQLTSVPLGKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEI
.: .:.:. : ..: ..:..:: . . :..: : : ::..:. :. :.:: :
CCDS32 SPITITPVGQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTI
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490 500
pF1KSD HPDASSLTVLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTV
:: .:::..::..:.:::::. .:::..:... :: ..: : ..: ..::. .
CCDS32 HP-SSSLALLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEI
470 480 490 500 510 520
510 520 530
pF1KSD PAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
:: ::
CCDS32 D--PAPDPEAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
530 540 550 560 570
530 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 05:41:24 2016 done: Thu Nov 3 05:41:25 2016
Total Scan time: 3.130 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]