Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1269
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1269, 530 aa
1>>>pF1KSDA1269 530 - 530 aa - 530 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2128+/-0.000379; mu= 0.4107+/- 0.023
mean_var=206.5842+/-42.881, 0's: 0 Z-trim(119.6): 36 B-trim: 1030 in 1/60
Lambda= 0.089233
statistics sampled from 33707 (33743) to 33707 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.396), width: 16
Scan time: 11.780
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_036516 (OMIM: 607451) glucocorticoid modulatory ( 530) 3426 453.8 5.8e-127
XP_005260259 (OMIM: 607451) PREDICTED: glucocortic ( 530) 3426 453.8 5.8e-127
XP_006723839 (OMIM: 607451) PREDICTED: glucocortic ( 452) 2954 393.0 1e-108
XP_011527081 (OMIM: 607451) PREDICTED: glucocortic ( 452) 2954 393.0 1e-108
XP_011538823 (OMIM: 604409) PREDICTED: glucocortic ( 563) 695 102.3 4.2e-21
NP_001306603 (OMIM: 604409) glucocorticoid modulat ( 563) 695 102.3 4.2e-21
NP_077808 (OMIM: 604409) glucocorticoid modulatory ( 563) 695 102.3 4.2e-21
NP_006573 (OMIM: 604409) glucocorticoid modulatory ( 573) 684 100.9 1.1e-20
XP_011538821 (OMIM: 604409) PREDICTED: glucocortic ( 573) 684 100.9 1.1e-20
XP_011538820 (OMIM: 604409) PREDICTED: glucocortic ( 573) 684 100.9 1.1e-20
XP_016855576 (OMIM: 604409) PREDICTED: glucocortic ( 573) 684 100.9 1.1e-20
XP_011538824 (OMIM: 604409) PREDICTED: glucocortic ( 367) 651 96.5 1.5e-19
>>NP_036516 (OMIM: 607451) glucocorticoid modulatory ele (530 aa)
initn: 3426 init1: 3426 opt: 3426 Z-score: 2400.4 bits: 453.8 E(85289): 5.8e-127
Smith-Waterman score: 3426; 99.6% identity (99.8% similar) in 530 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAAIGDDTFTFWRGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 DLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAAIGDDTFTFWRGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 KDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 HKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPSTVLGKGSLQAPPA
:::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LARATSGPAAMASQVLTQSAQLALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPSTVLGKGSLQAPPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTVFKVVSPLQLLTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 SSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTVFKVVSPLQLLTL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KSD PGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 PGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
490 500 510 520 530
>>XP_005260259 (OMIM: 607451) PREDICTED: glucocorticoid (530 aa)
initn: 3426 init1: 3426 opt: 3426 Z-score: 2400.4 bits: 453.8 E(85289): 5.8e-127
Smith-Waterman score: 3426; 99.6% identity (99.8% similar) in 530 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAAIGDDTFTFWRGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAAIGDDTFTFWRGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPSTVLGKGSLQAPPA
:::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LARATSGPAAMASQVLTQSAQLALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPSTVLGKGSLQAPPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTVFKVVSPLQLLTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTVFKVVSPLQLLTL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KSD PGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
490 500 510 520 530
>>XP_006723839 (OMIM: 607451) PREDICTED: glucocorticoid (452 aa)
initn: 2954 init1: 2954 opt: 2954 Z-score: 2073.0 bits: 393.0 E(85289): 1e-108
Smith-Waterman score: 2954; 99.6% identity (99.8% similar) in 452 aa overlap (79-530:1-452)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD EDNMETENAAAAAAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKF
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKF
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KSD VCPGINVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VCPGINVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHD
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KSD KVCSNTCRSTKIDLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KVCSNTCRSTKIDLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAA
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KSD IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNF
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KSD GMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLT
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KSD PVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPST
:::::::::::::::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAQLALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPST
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KSD VLGKGSLQAPPASSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VLGKGSLQAPPASSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTV
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KSD FKVVSPLQLLTLPGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FKVVSPLQLLTLPGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHE
400 410 420 430 440 450
530
pF1KSD RK
::
XP_006 RK
>>XP_011527081 (OMIM: 607451) PREDICTED: glucocorticoid (452 aa)
initn: 2954 init1: 2954 opt: 2954 Z-score: 2073.0 bits: 393.0 E(85289): 1e-108
Smith-Waterman score: 2954; 99.6% identity (99.8% similar) in 452 aa overlap (79-530:1-452)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD EDNMETENAAAAAAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKF
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKF
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KSD VCPGINVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VCPGINVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHD
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KSD KVCSNTCRSTKIDLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVCSNTCRSTKIDLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAA
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KSD IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNF
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KSD GMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLT
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KSD PVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPST
:::::::::::::::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAQLALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPST
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KSD VLGKGSLQAPPASSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLGKGSLQAPPASSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTV
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KSD FKVVSPLQLLTLPGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FKVVSPLQLLTLPGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHE
400 410 420 430 440 450
530
pF1KSD RK
::
XP_011 RK
>>XP_011538823 (OMIM: 604409) PREDICTED: glucocorticoid (563 aa)
initn: 1232 init1: 602 opt: 695 Z-score: 499.9 bits: 102.3 E(85289): 4.2e-21
Smith-Waterman score: 1269; 41.8% identity (71.0% similar) in 541 aa overlap (1-512:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
::. .::: . .:::: : . .: . : .:: .. .: : . : . .:: .:.
XP_011 MANAEVSVPVGDVVVV--PTEGNEGENPEDTKTQVIL-QLQPVQQGIYEAG--SENNTAV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
.:. . ...:.. . : .:.. ::.::::::.:.: :.:.::::::::::::..
XP_011 VAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPGINVKCVKF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
....::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..:::::::::::::::::.
XP_011 NDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCSNTCRSTKF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KSD DL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA---------
:: :.::. . : . . ::..:: . . .:. :. :. : .:..:
XP_011 DLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSALTAAVTMAT
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KSD ----------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDA
:..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. . :.:. ::
XP_011 EEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQAPFQVTDA
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQ
..:::....::..: ::::: ... :.....::. :. ::.: .:....... . :::
XP_011 AVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQGQDHRLKSQ
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD HLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPL
..::. : ::: : : ::::: : ::. . ::. : :: . . .: .:.
XP_011 TVQNVV--LMPVSTPKPPKRPRLQR----PAS--TTVLSPSPPVQQPQFTVISPITITPV
360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLT
:. : ..: ..:..:: . . :..: : : ::..:. :. :.:: ::: .:::.
XP_011 GQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTIHP-SSSLA
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KSD VLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGP
.::..:.:::::. .:::..:... :: ..: : ..: ..::. . :: :
XP_011 LLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEID--PAPDP
470 480 490 500 510 520
520 530
pF1KSD EEHTATIEVAAMAEDHERK
:
XP_011 EAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
530 540 550 560
>>NP_001306603 (OMIM: 604409) glucocorticoid modulatory (563 aa)
initn: 1232 init1: 602 opt: 695 Z-score: 499.9 bits: 102.3 E(85289): 4.2e-21
Smith-Waterman score: 1269; 41.8% identity (71.0% similar) in 541 aa overlap (1-512:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
::. .::: . .:::: : . .: . : .:: .. .: : . : . .:: .:.
NP_001 MANAEVSVPVGDVVVV--PTEGNEGENPEDTKTQVIL-QLQPVQQGIYEAG--SENNTAV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
.:. . ...:.. . : .:.. ::.::::::.:.: :.:.::::::::::::..
NP_001 VAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPGINVKCVKF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
....::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..:::::::::::::::::.
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190 200 210 220
pF1KSD DL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA---------
:: :.::. . : . . ::..:: . . .:. :. :. : .:..:
NP_001 DLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSALTAAVTMAT
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KSD ----------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDA
:..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. . :.:. ::
NP_001 EEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQAPFQVTDA
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280 290 300 310 320 330
pF1KSD VLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQ
..:::....::..: ::::: ... :.....::. :. ::.: .:....... . :::
NP_001 AVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQGQDHRLKSQ
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340 350 360 370 380 390
pF1KSD HLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPL
..::. : ::: : : ::::: : ::. . ::. : :: . . .: .:.
NP_001 TVQNVV--LMPVSTPKPPKRPRLQR----PAS--TTVLSPSPPVQQPQFTVISPITITPV
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pF1KSD GKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLT
:. : ..: ..:..:: . . :..: : : ::..:. :. :.:: ::: .:::.
NP_001 GQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTIHP-SSSLA
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460 470 480 490 500 510
pF1KSD VLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGP
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NP_001 LLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEID--PAPDP
470 480 490 500 510 520
520 530
pF1KSD EEHTATIEVAAMAEDHERK
:
NP_001 EAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
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>>NP_077808 (OMIM: 604409) glucocorticoid modulatory ele (563 aa)
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Smith-Waterman score: 1269; 41.8% identity (71.0% similar) in 541 aa overlap (1-512:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
::. .::: . .:::: : . .: . : .:: .. .: : . : . .:: .:.
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.:. . ...:.. . : .:.. ::.::::::.:.: :.:.::::::::::::..
NP_077 VAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPGINVKCVKF
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pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
....::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..:::::::::::::::::.
NP_077 NDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCSNTCRSTKF
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190 200 210 220
pF1KSD DL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA---------
:: :.::. . : . . ::..:: . . .:. :. :. : .:..:
NP_077 DLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSALTAAVTMAT
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230 240 250 260 270
pF1KSD ----------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDA
:..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. . :.:. ::
NP_077 EEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQAPFQVTDA
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280 290 300 310 320 330
pF1KSD VLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQ
..:::....::..: ::::: ... :.....::. :. ::.: .:....... . :::
NP_077 AVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQGQDHRLKSQ
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340 350 360 370 380 390
pF1KSD HLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPL
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NP_077 TVQNVV--LMPVSTPKPPKRPRLQR----PAS--TTVLSPSPPVQQPQFTVISPITITPV
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pF1KSD GKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLT
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NP_077 GQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTIHP-SSSLA
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460 470 480 490 500 510
pF1KSD VLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGP
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NP_077 LLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEID--PAPDP
470 480 490 500 510 520
520 530
pF1KSD EEHTATIEVAAMAEDHERK
:
NP_077 EAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
530 540 550 560
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pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAP--HG----GDLTEDNME-
::. .::: . .:::: : . .: . : .:: .. .: : .: : . . .:
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pF1KSD -TENAAAAAAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPG
.:: .:..:. . ...:.. . : .:.. ::.::::::.:.: :.:.::::::
NP_006 GSENNTAVVAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPG
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pF1KSD INVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCS
::::::......::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..::::::::::
NP_006 INVKCVKFNDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCS
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pF1KSD NTCRSTKIDL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA-
:::::::.:: :.::. . : . . ::..:: . . .:. :. :. : .:..:
NP_006 NTCRSTKFDLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSAL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KSD ------------------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQD
:..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. .
NP_006 TAAVTMATEEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQ
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280 290 300 310 320 330
pF1KSD PPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRA
:.:. ::..:::....::..: ::::: ... :.....::. :. ::.: .:.....
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.. . ::: ..::. : ::: : : ::::: : ::. . ::. : :: . .
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pF1KSD PQLTSVPLGKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEI
.: .:.:. : ..: ..:..:: . . :..: : : ::..:. :. :.:: :
NP_006 SPITITPVGQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTI
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pF1KSD HPDASSLTVLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTV
:: .:::..::..:.:::::. .:::..:... :: ..: : ..: ..::. .
NP_006 HP-SSSLALLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEI
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pF1KSD PAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
:: ::
NP_006 D--PAPDPEAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
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Smith-Waterman score: 1258; 41.5% identity (70.7% similar) in 549 aa overlap (1-512:1-531)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAP--HG----GDLTEDNME-
::. .::: . .:::: : . .: . : .:: .. .: : .: : . . .:
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pF1KSD -TENAAAAAAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPG
.:: .:..:. . ...:.. . : .:.. ::.::::::.:.: :.:.::::::
XP_011 GSENNTAVVAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPG
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD INVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCS
::::::......::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..::::::::::
XP_011 INVKCVKFNDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KSD NTCRSTKIDL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA-
:::::::.:: :.::. . : . . ::..:: . . .:. :. :. : .:..:
XP_011 NTCRSTKFDLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSAL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KSD ------------------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQD
:..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. .
XP_011 TAAVTMATEEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQ
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280 290 300 310 320 330
pF1KSD PPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRA
:.:. ::..:::....::..: ::::: ... :.....::. :. ::.: .:.....
XP_011 APFQVTDAAVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQG
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pF1KSD KELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPV
.. . ::: ..::. : ::: : : ::::: : ::. . ::. : :: . .
XP_011 QDHRLKSQTVQNVV--LMPVSTPKPPKRPRLQR----PAS--TTVLSPSPPVQQPQFTVI
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pF1KSD PQLTSVPLGKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEI
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XP_011 SPITITPVGQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTI
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pF1KSD HPDASSLTVLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTV
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XP_011 HP-SSSLALLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEI
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510 520 530
pF1KSD PAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
:: ::
XP_011 D--PAPDPEAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
530 540 550 560 570
>>XP_011538820 (OMIM: 604409) PREDICTED: glucocorticoid (573 aa)
initn: 1232 init1: 602 opt: 684 Z-score: 492.1 bits: 100.9 E(85289): 1.1e-20
Smith-Waterman score: 1258; 41.5% identity (70.7% similar) in 549 aa overlap (1-512:1-531)
10 20 30 40 50
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAP--HG----GDLTEDNME-
::. .::: . .:::: : . .: . : .:: .. .: : .: : . . .:
XP_011 MANAEVSVPVGDVVVV--PTEGNEGENPEDTKTQVIL-QLQPVQQGLFIDGHFYNRIYEA
10 20 30 40 50
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pF1KSD -TENAAAAAAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPG
.:: .:..:. . ...:.. . : .:.. ::.::::::.:.: :.:.::::::
XP_011 GSENNTAVVAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPG
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD INVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCS
::::::......::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..::::::::::
XP_011 INVKCVKFNDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KSD NTCRSTKIDL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA-
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XP_011 NTCRSTKFDLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSAL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KSD ------------------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQD
:..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. .
XP_011 TAAVTMATEEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQ
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KSD PPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRA
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XP_011 APFQVTDAAVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQG
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pF1KSD KELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPV
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pF1KSD PQLTSVPLGKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEI
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XP_011 SPITITPVGQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTI
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pF1KSD HPDASSLTVLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTV
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pF1KSD PAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
:: ::
XP_011 D--PAPDPEAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
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530 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 05:41:25 2016 done: Thu Nov 3 05:41:27 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]