FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA1281, 1512 aa 1>>>pF1KSDA1281 1512 - 1512 aa - 1512 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5592+/-0.000947; mu= 5.4302+/- 0.057 mean_var=223.0325+/-45.500, 0's: 0 Z-trim(113.1): 17 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.085880 statistics sampled from 13719 (13731) to 13719 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.724), E-opt: 0.2 (0.422), width: 16 Scan time: 5.980 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS34219.1 ZNF608 gene_id:57507|Hs108|chr5 (1512) 10029 1256.4 0 CCDS32270.1 ZNF609 gene_id:23060|Hs108|chr15 (1411) 1328 178.4 1.4e-43 >>CCDS34219.1 ZNF608 gene_id:57507|Hs108|chr5 (1512 aa) initn: 10029 init1: 10029 opt: 10029 Z-score: 6721.7 bits: 1256.4 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 10029; 99.9% identity (100.0% similar) in 1512 aa overlap (1-1512:1-1512) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD 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CCDS32 GQYDGSA-------GVDTGAVEPLGSI---AIEPGAALNPLGTKPEPEEGENECRLLKKV 200 210 220 230 240 300 310 320 330 340 350 pF1KSD KTEKVDPLFTVPAPPPPISSSLTPQILPSYF-SPSSSN-IAAPVEQLLVRTRSVGVNTCE :.::.. :.: :: .:: .. : .: :..: ::..:::::::::::. CCDS32 KSEKMES---------PVS---TPAVLPIHLLVPVVNNDISSPCEQIMVRTRSVGVNTCD 250 260 270 280 290 360 370 380 390 400 410 pF1KSD VGVVTEPECLGPCEPGTSVNLEGIVWHETEEGVLVVNVTWRNKTYVGTLLDCTKHDWAPP :...::::::::::::::::::::::.:::.:.::::::::::::::::::::.:::::: CCDS32 VALATEPECLGPCEPGTSVNLEGIVWQETEDGMLVVNVTWRNKTYVGTLLDCTRHDWAPP 300 310 320 330 340 350 420 430 440 450 460 470 pF1KSD RFCESPTSDLEMRGGRGRGKRARSAAAAPGSE-ASFTESRGLQN--KNRGGANGKGRRGS :::.:::::::::.::::::: : . .: .: :. ..:.: .: :.:.:::.:::::: CCDS32 RFCDSPTSDLEMRNGRGRGKRMRPNSNTPVNETATASDSKGTSNSSKTRAGANSKGRRGS 360 370 380 390 400 410 480 490 500 510 520 530 pF1KSD LNASGRRTPPNCAAEDIKASPSSTNKRKNKPPMELDLNSSSEDNKPGKRVRTNSRSTPTT :.: .: : . ..::.::::::.::::::: ...:::::::.: .::::::: .. : CCDS32 QNSSEHRPPASSTSEDVKASPSSANKRKNKPLSDMELNSSSEDSKGSKRVRTNSMGSATG 420 430 440 450 460 470 540 550 560 570 580 590 pF1KSD P-QG-KPETTFLDQGCSSPVLIDCPHPNCNKKYKHINGLRYHQAHAHLDPENKLEFEPDS : : : : : ::..: ::::::::::::::::::::::.::::::: : ..: : . :: CCDS32 PLPGTKVEPTVLDRNCPSPVLIDCPHPNCNKKYKHINGLKYHQAHAHTDDDSKPEADGDS 480 490 500 510 520 530 600 610 620 630 640 pF1KSD EDKISDCEEGLSNVAL-ECSEPSTSVSAYDQLKAPASPGAGNPPGTPKGKR-ELMSNGPG : :: . .. : :. ..::: .: .:: .::: . : : .:. CCDS32 EYG----EEPILHADLGSCN--GASVSQKGSL-SPAR------SATPKVRLVEPHSPSPS 540 550 560 570 580 650 660 670 680 690 700 pF1KSD SIIGAKAGKNSGKKKGLNNELNNLPVISNMTAALDSCSAADGSLAAEMPKLEAEGLIDKK : ...: : . : .: .. ..: ..:: : .. :: . . . .: ...: CCDS32 SKFSTK-GLCKKKLSGEGD--TDLGALSN-----D--GSDDGPSVMDETSNDAFDSLERK 590 600 610 620 630 710 720 730 740 750 760 pF1KSD NLGDKEKGKKANNCKTDKNLSK-LKSARPIAPAPAPTPPQLIAIPTATFTTTTTGTIPGL . .::: :: .. : .: :: :::::::::: : : :. .. :::::... :. :: CCDS32 CM-EKEKCKKPSSLKPEKIPSKSLKSARPIAPA-IP-PQQIYTFQTATFTAASPGSSSGL 640 650 660 670 680 770 780 790 800 810 820 pF1KSD PSLTTTVVQATPKSPPLKPIQPKPTIMGEPITVNPALVSLKDKKKKEKRKLKDKEGKETG :.::.:: :.:: :::::::::.::::.::::::. ::::::.:.: . .:: CCDS32 ---TATVAQAMPNSPQLKPIQPKPTVMGEPFTVNPALTPAKDKKKKDKKK--KESSKELE 690 700 710 720 730 740 830 840 850 860 870 880 pF1KSD SPKMDAKLGKLEDSKGASKDLPGHFLKDHLNKNEGLANGLSESQESRMASIKAEADKVYT :: .:. . :..:. .. : : . : ::: :: :. ..::.:::::::::.:. CCDS32 SPLTPGKVCRAEEGKSPFRESSG----DGM-KMEGLLNGSSDPHQSRLASIKAEADKIYS 750 760 770 780 790 890 900 910 920 930 940 pF1KSD FTDNAPSPSIGSASRLECSTLVNGQAPMAPLHVLTQNGAESSAAKTSSPAYSDISDAADD :::::::::::..:::: .: .. :..::::.::::::.:..::.::::::::::..: CCDS32 FTDNAPSPSIGGSSRLENTTPTQ---PLTPLHVVTQNGAEASSVKTNSPAYSDISDAGED 800 810 820 830 840 850 950 960 970 980 990 1000 pF1KSD GGSDSRSEGMRSKASSPSDIISSKDS--VVKGHSSTTAQSSQLKESHSPYYHSYDPYYSP : :: : ..:::. .:: .. : : . . ::::.... :::: CCDS32 G------EG-------KVDSVKSKDAEQLVKEGAKKTLFPPQPQSKDSPYYQGFESYYSP 860 870 880 890 900 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KSD SYMH--PGQVGAPAAGNSGSTQGMKIKKESE-EDAEKKDKAEQLDSKKVDHNSASLQPQH :: . :: .. :.. . .:..: :.. : :. : : : . . :: . .:.: :: CCDS32 SYAQSSPGALN-PSSQAGVESQALKTKRDEEPESIEGKVKNDICEEKKPELSSSSQQP-- 910 920 930 940 950 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KSD QSVITQRHPALAQSLYYGQYAY----GLYMDQK---SLMATSPAYRQQYEKYYEDQRLAE ::: :: :::::.:::: : : ::. :..:. ::::::: :.:. . CCDS32 -SVIQQRPNMYMQSLYYNQYAYVPPYG-YSDQSYHTHLLSTNTAYRQQYE---EQQK--R 960 970 980 990 1000 1010 1120 1130 1140 1150 1160 1170 pF1KSD QKMAQTGRGDCERKSELPLKELG---KEETKQKNMPSATISKAPSTPEPNKNHSKLGPSV :.. : :: ..:.:. ::: ::: ::: :..:::: . : : CCDS32 QSLEQQQRG-VDKKAEMGLKEREAALKEEWKQKPSIPPTLTKAPSLTD-------LVKSG 1020 1030 1040 1050 1060 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KSD PNKTEETG----KSQLLS--NHQQQL--QA-DSFKAKQMENHQLIKEAVEMKSVMDSMKQ :.:..: : :: .. . ...: :: ...:.: . .: ::: : :. . .: CCDS32 PGKAKEPGADPAKSVIIPKLDDSSKLPGQAPEGLKVKLSDASHLSKEASEAKTGAECGRQ 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KSD TGVDPTSRFKQDPDSRTWHHYVYQPKYLDQQKSEEL---DREKKLKEDSPRKTPNKESGV . .:: ..:. . : : ::: :: : .. .: .:..::::. : .:.: : CCDS32 AEMDPILWYRQEAEPRMWT-YVYPAKYSDIKSEDERWKEERDRKLKEERSR---SKDS-V 1130 1140 1150 1160 1170 1290 1300 1310 1320 1330 pF1KSD PSLPVSLTSIKEEPKEAKHPDSQ--SMEESKLKNDDRKTPVNWKDSRGTRVAVSSPMSQH : ::. ::. : . . :::.: . . . :. : ::::..:: CCDS32 P---------KEDGKESTSSDCKLPTSEESRLGSKEPRPSVH--------VPVSSPLTQH 1180 1190 1200 1210 1220 1340 1350 1360 1370 1380 1390 pF1KSD QSYIQYLHAYPYPQMYDPSHPAYRAVSPVLMHSYPGAYLSPGFHYPVYG-KMSGREETEK :::: :.:.: : : :::.::.::.. :.:..:::.:: .. . :: :.:: :...: CCDS32 QSYIPYMHGYSYSQSYDPNHPSYRSMPAVMMQNYPGSYLPSSYSFSPYGSKVSGGEDADK 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KSD VNTSPSVNTKTTTESKALDLLQQHANQYRSKSPAPVEKATAEREREA------------- . .::::. :...::::::.:::::..:.::::. .:.. ::.: . CCDS32 ARASPSVTCKSSSESKALDILQQHASHYKSKSPTISDKTSQERDRGGCGVVGGGGSCSSV 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1450 1460 1470 1480 1490 pF1KSD ------ER--ERDRHSPFGQRHLHTHHHTHVGMGYPLIPGQYD-PFQ-GLTSAALVASQQ :: .: : :: .:: . :::: : .:: :.:.::. :. ::.:.:.::::: CCDS32 GGASGGERSVDRPRTSP-SQRLMSTHHHHH-HLGYSLLPAQYNLPYAAGLSSTAIVASQQ 1350 1360 1370 1380 1390 1500 1510 pF1KSD VAAQASASGMFPGQRRE .:. ...: :: CCDS32 ----GSTPSLYPPPRR 1400 1410 1512 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 05:44:56 2016 done: Thu Nov 3 05:44:57 2016 Total Scan time: 5.980 Total Display time: 0.210 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]