FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA1290, 1010 aa 1>>>pF1KSDA1290 1010 - 1010 aa - 1010 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7901+/-0.000437; mu= 18.7839+/- 0.027 mean_var=71.2830+/-14.890, 0's: 0 Z-trim(110.7): 38 B-trim: 818 in 1/52 Lambda= 0.151908 statistics sampled from 19065 (19093) to 19065 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.224), width: 16 Scan time: 13.920 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002532 (OMIM: 203740,613022) 2-oxoglutarate deh (1023) 5389 1191.1 0 NP_001158508 (OMIM: 203740,613022) 2-oxoglutarate (1019) 5281 1167.4 0 XP_005249816 (OMIM: 203740,613022) PREDICTED: 2-ox (1038) 4920 1088.3 0 XP_011513710 (OMIM: 203740,613022) PREDICTED: 2-ox (1038) 4920 1088.3 0 XP_005249818 (OMIM: 203740,613022) PREDICTED: 2-ox (1034) 4917 1087.7 0 NP_001003941 (OMIM: 203740,613022) 2-oxoglutarate ( 427) 1809 406.4 1.7e-112 NP_061176 (OMIM: 204750,614984,615025) probable 2- ( 919) 1555 350.8 1.9e-95 >>NP_002532 (OMIM: 203740,613022) 2-oxoglutarate dehydro (1023 aa) initn: 5200 init1: 4123 opt: 5389 Z-score: 6374.8 bits: 1191.1 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5389; 78.6% identity (93.3% similar) in 981 aa overlap (34-1006:41-1020) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD LRLLPSRLGVQAARLLAAHDVPVFGWRSRSSGPPATFPSSKGGGGSSYMEEMYFAWLENP :.: :. : .: . :.:.:::: :::::: NP_002 LRPLTASQTVKTFSQNRPAAARTFQQIRCYSAPVAAEPFLSGTS-SNYVEEMYCAWLENP 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD QSVHKSWDSFFREASEEAFSGSAQPRP-P------SVVHESRSAVSSRTKTSKLVEDHLA .::::::: :::... : :.: : : ..: ...: : .. ...:::::::: NP_002 KSVHKSWDIFFRNTNAGAPPGTAYQSPLPLSRGSLAAVAHAQSLVEAQPNVDKLVEDHLA 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KSD VQSLIRAYQIRGHHVAQLDPLGILDADLDSFVPSDLITTIDKLAFYDLQEADLDKEFQLP :::::::::::::::::::::::::::::: ::.:.:.. :::.:: :.:.:::: :.:: NP_002 VQSLIRAYQIRGHHVAQLDPLGILDADLDSSVPADIISSTDKLGFYGLDESDLDKVFHLP 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KSD TTTFIGGSENTLSLREIIRRLENTYCQHIGLEFMFINDVEQCQWIRQKFETPGVMQFSSE :::::::.:..: ::::::::: .::::::.:::::::.::::::::::::::.:::..: NP_002 TTTFIGGQESALPLREIIRRLEMAYCQHIGVEFMFINDLEQCQWIRQKFETPGIMQFTNE 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KSD EKRTLLARLVRSMRFEDFLARKWSSEKRFGLEGCEVMIPALKTIIDKSSEMGIENVILGM :::::::::::: :::.:: ::::::::::::::::.::::::::::::: :.. ::.:: NP_002 EKRTLLARLVRSTRFEEFLQRKWSSEKRFGLEGCEVLIPALKTIIDKSSENGVDYVIMGM 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KSD PHRGRLNVLANVIRKDLEQIFCQFDPKLEAADEGSGDVKYHLGMYHERINRVTNRNITLS :::::::::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::.::::::.:::::: NP_002 PHRGRLNVLANVIRKELEQIFCQFDSKLEAADEGSGDVKYHLGMYHRRINRVTDRNITLS 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KSD LVANPSHLEAVDPVVQGKTKAEQFYRGDAQGKKVMSILVHGDAAFAGQGVVYETFHLSDL ::::::::::.::::.::::::::: ::..::::::::.::::::::::.:::::::::: NP_002 LVANPSHLEAADPVVMGKTKAEQFYCGDTEGKKVMSILLHGDAAFAGQGIVYETFHLSDL 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KSD PSYTTNGTVHVVVNNQIGFTTDPRMARSSPYPTDVARVVNAPIFHVNADDPEAVIYVCSV :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.:::.: NP_002 PSYTTHGTVHVVVNNQIGFTTDPRMARSSPYPTDVARVVNAPIFHVNSDDPEAVMYVCKV 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 520 530 pF1KSD AAEWRNTFNKDVVVDLVCYRRRGHNEMDEPMFTQPLMYKQIHRQVPVLKKYADKLIAEGT :::::.::.:::::::::::: :::::::::::::::::::..: :::.:::. :...:. 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XP_005 DLDVFKNFS 1030 >>XP_011513710 (OMIM: 203740,613022) PREDICTED: 2-oxoglu (1038 aa) initn: 4891 init1: 3814 opt: 4920 Z-score: 5819.2 bits: 1088.3 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5349; 77.4% identity (91.9% similar) in 996 aa overlap (34-1006:41-1035) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD LRLLPSRLGVQAARLLAAHDVPVFGWRSRSSGPPATFPSSKGGGGSSYMEEMYFAWLENP :.: :. : .: . :.:.:::: :::::: XP_011 LRPLTASQTVKTFSQNRPAAARTFQQIRCYSAPVAAEPFLSGTS-SNYVEEMYCAWLENP 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD QSVHKSWDSFFREASEEAFSGSAQPRP-P------SVVHESRSAVSSRTKTSKLVEDHLA .::::::: :::... : :.: : : ..: ...: : .. ...:::::::: XP_011 KSVHKSWDIFFRNTNAGAPPGTAYQSPLPLSRGSLAAVAHAQSLVEAQPNVDKLVEDHLA 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 pF1KSD VQSLIRAYQIRGHHVAQLDPLGILDADLDSFVPSDLITTIDKL---------------AF :::::::::::::::::::::::::::::: ::.:.:.. ::: .: XP_011 VQSLIRAYQIRGHHVAQLDPLGILDADLDSSVPADIISSTDKLDLAVFKERLRMLTVGGF 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KSD YDLQEADLDKEFQLPTTTFIGGSENTLSLREIIRRLENTYCQHIGLEFMFINDVEQCQWI : :.:.:::: :.:::::::::.:..: ::::::::: .::::::.:::::::.:::::: XP_011 YGLDESDLDKVFHLPTTTFIGGQESALPLREIIRRLEMAYCQHIGVEFMFINDLEQCQWI 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KSD RQKFETPGVMQFSSEEKRTLLARLVRSMRFEDFLARKWSSEKRFGLEGCEVMIPALKTII ::::::::.:::..::::::::::::: :::.:: ::::::::::::::::.:::::::: XP_011 RQKFETPGIMQFTNEEKRTLLARLVRSTRFEEFLQRKWSSEKRFGLEGCEVLIPALKTII 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KSD DKSSEMGIENVILGMPHRGRLNVLANVIRKDLEQIFCQFDPKLEAADEGSGDVKYHLGMY ::::: :.. ::.:::::::::::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::: XP_011 DKSSENGVDYVIMGMPHRGRLNVLANVIRKELEQIFCQFDSKLEAADEGSGDVKYHLGMY 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KSD HERINRVTNRNITLSLVANPSHLEAVDPVVQGKTKAEQFYRGDAQGKKVMSILVHGDAAF :.::::::.::::::::::::::::.::::.::::::::: ::..::::::::.:::::: XP_011 HRRINRVTDRNITLSLVANPSHLEAADPVVMGKTKAEQFYCGDTEGKKVMSILLHGDAAF 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KSD AGQGVVYETFHLSDLPSYTTNGTVHVVVNNQIGFTTDPRMARSSPYPTDVARVVNAPIFH ::::.:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 AGQGIVYETFHLSDLPSYTTHGTVHVVVNNQIGFTTDPRMARSSPYPTDVARVVNAPIFH 430 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 520 pF1KSD VNADDPEAVIYVCSVAAEWRNTFNKDVVVDLVCYRRRGHNEMDEPMFTQPLMYKQIHRQV ::.::::::.:::.::::::.::.:::::::::::: :::::::::::::::::::..: XP_011 VNSDDPEAVMYVCKVAAEWRSTFHKDVVVDLVCYRRNGHNEMDEPMFTQPLMYKQIRKQK 490 500 510 520 530 540 530 540 550 560 570 580 pF1KSD PVLKKYADKLIAEGTVTLQEFEEEIAKYDRICEEAYGRSKDKKILHIKHWLDSPWPGFFN :::.:::. :...:.:. :.::::.:::.:::::..::::.:::::::::::::::::. 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XP_005 FKNFS 1030 >>NP_001003941 (OMIM: 203740,613022) 2-oxoglutarate dehy (427 aa) initn: 1638 init1: 1638 opt: 1809 Z-score: 2140.5 bits: 406.4 E(85289): 1.7e-112 Smith-Waterman score: 1809; 75.8% identity (89.6% similar) in 364 aa overlap (34-390:41-403) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD LRLLPSRLGVQAARLLAAHDVPVFGWRSRSSGPPATFPSSKGGGGSSYMEEMYFAWLENP :.: :. : .: . :.:.:::: :::::: NP_001 LRPLTASQTVKTFSQNRPAAARTFQQIRCYSAPVAAEPFLSGTS-SNYVEEMYCAWLENP 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD QSVHKSWDSFFREASEEAFSGSAQPRP-P------SVVHESRSAVSSRTKTSKLVEDHLA .::::::: :::... : :.: : : ..: ...: : .. ...:::::::: NP_001 KSVHKSWDIFFRNTNAGAPPGTAYQSPLPLSRGSLAAVAHAQSLVEAQPNVDKLVEDHLA 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KSD VQSLIRAYQIRGHHVAQLDPLGILDADLDSFVPSDLITTIDKLAFYDLQEADLDKEFQLP :::::::::::::::::::::::::::::: ::.:.:.. :::.:: :.:.:::: :.:: NP_001 VQSLIRAYQIRGHHVAQLDPLGILDADLDSSVPADIISSTDKLGFYGLDESDLDKVFHLP 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KSD TTTFIGGSENTLSLREIIRRLENTYCQHIGLEFMFINDVEQCQWIRQKFETPGVMQFSSE :::::::.:..: ::::::::: .::::::.:::::::.::::::::::::::.:::..: NP_001 TTTFIGGQESALPLREIIRRLEMAYCQHIGVEFMFINDLEQCQWIRQKFETPGIMQFTNE 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KSD EKRTLLARLVRSMRFEDFLARKWSSEKRFGLEGCEVMIPALKTIIDKSSEMGIENVILGM :::::::::::: :::.:: ::::::::::::::::.::::::::::::: :.. ::.:: NP_001 EKRTLLARLVRSTRFEEFLQRKWSSEKRFGLEGCEVLIPALKTIIDKSSENGVDYVIMGM 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KSD PHRGRLNVLANVIRKDLEQIFCQFDPKLEAADEGSGDVKYHLGMYHERINRVTNRNITLS :::::::::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::.::::::.:::::: NP_001 PHRGRLNVLANVIRKELEQIFCQFDSKLEAADEGSGDVKYHLGMYHRRINRVTDRNITLS 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KSD LVANPSHLEAVDPVVQGKTKAEQFYRGDAQGKKVMSILVHGDAAFAGQGVVYETFHLSDL ::::::::::.::::.::::::::: ::..:::: NP_001 LVANPSHLEAADPVVMGKTKAEQFYCGDTEGKKVRPRERRARQIVKAPCSSMEFRSPT 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KSD PSYTTNGTVHVVVNNQIGFTTDPRMARSSPYPTDVARVVNAPIFHVNADDPEAVIYVCSV >>NP_061176 (OMIM: 204750,614984,615025) probable 2-oxog (919 aa) initn: 1870 init1: 546 opt: 1555 Z-score: 1834.4 bits: 350.8 E(85289): 1.9e-95 Smith-Waterman score: 2023; 39.2% identity (66.6% similar) in 939 aa overlap (87-1000:34-918) 60 70 80 90 100 110 pF1KSD FAWLENPQSVHKSWDSFFREASEEAFSGSAQPRPPSVVHESRSAVSSRTKTSKLVEDHLA .:: : ::: .. . :: . 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NP_061 KYKHVKDHIWSQEEPQNMGPWSFVSPRFEKQL--ACKLRLVGRPPLPVPAVGIGTVHLHQ 860 870 880 890 900 1000 1010 pF1KSD LKKFLDTAFNLQAFEGKTF . .: .: NP_061 HEDILAKTFA 910 1010 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 05:46:28 2016 done: Thu Nov 3 05:46:30 2016 Total Scan time: 13.920 Total Display time: 0.280 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]